[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1989.4.1. OOO 토지 287㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2016.4.29. ㈜AAA에게 OOO원에 양도하고 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제(OOO원)를 적용하여 양도소득금액(OOO원)을 산정하여 2016.6.30. 양도소득세를 예정신고․납부하였다.

나. 처분청은 쟁점토지를 「소득세법」 제104조의3에서 규정하고 있는 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득금액을 재계산하고 중과세율(10%)을 적용하여 2022.4.15. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2022.6.14. 이의신청을 거쳐 2022.11.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  쟁점토지는 2008.1.14. 도시개발구역으로 지정되었고 OOO는 2008.8.13. 지장물보상공고를 하였다. 쟁점토지와 관련하여 2008.10.14. 문화재 시굴조사용역이 의뢰되어 2008.11.24. 문화재청장으로부터 문화재 발굴허가를 받았고 2008.11.18. 지장물 철거공사 입찰을 거쳐 구역 내 지장물 철거공사가 이루어졌다.

  2009.4.3. 매장문화재 발굴조사 용역계약(2009.4.6. 발굴조사 착수함)이 체결되어 2009.5.7. 매장문화재 발굴조사 및 도시개발구역 내 기반공사를 위하여 가설펜스 및 비계구조물 설치공사계약이 체결됨에 따라 가설펜스 등 설치와 문화재 발굴공사로 인해 쟁점토지로의 출입과 통행이 통제되어 청구인은 쟁점토지를 사용할 수 없었다.

  쟁점토지는 2010.11.24. 이후 실시계획이 인가되었고, 2011년부터 쟁점토지는 기타토지로 분리과세대상이 되었다.

  위의 사실들을 종합하면 쟁점토지는 실제 2008년 8월부터 경작에 사용하는 것은 불가능하였고, 아무리 사용불가능한 시기를 늦춰 본다고 할지라도 2009년 5월부터는 사실상 경작이 불가능하였다.

  이처럼 2009년 4월경부터 양도시기인 2016년 4월까지 약 7년 가량 실제로 경작에 사용되지 아니하였고, 그 기간은 장기이며, 도시개발사업 사정에 따라 경작이 중단된 후에도 문화재발굴공사와 경작제한 등으로 경작할 수 없었기에 일시적 휴경상태로 볼 수 없다.

  구 「소득세법」 제104조의3 제1항 제1호에 따르면 농지는 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 의미하는 것이므로 쟁점토지가 공부상 지목이 농지라 하더라도 앞서 설명한 바와 같이 농지로 보기 어렵다.

  따라서, 쟁점토지는 구 「소득세법」 제104조의3의 제1항 제1호의 토지로 보아 비사업용 토지에 해당하는지 판정할 수 없고, 농지 등 외의 토지에 해당하며 「소득세법」 제104조의3의 제1항 제4호의 적용대상이 된다. 그리고, 쟁점토지는 지방세법령상 분리과세대상이므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

  또한, 「소득세법」 제104조의3 제1항 제1호의 농지에 해당하더라도 쟁점토지는 「소득세법」 제104조의3 제2항 및 구 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

  위 소득세법령에서 규정하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 여기서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지’ 여부는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(OOO 판결).

  한편, 구 「도시개발법」 제9조 및 같은 법 시행령 제16조에 따르면 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질변경, 토석의 채취, 토지분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장 등의 허가를 받아야 하고 시장 등은 이에 따라 행위에 대한 허가를 하려는 경우에 시행자가 이미 지정되어 있으면 미리 그 시행자의 의견을 들어야 하며, 그 허가에 관하여는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 정한 개발행위허가의 절차나 기준 등도 준용되어 도시개발사업의 시행에 지장이 없을 것 등이 그 기준으로 적용된다.

  이처럼 쟁점토지는 2008년부터 「도시개발법」에 따라 사실상 사용이 제한된 토지에 해당하고, 처분청은 쟁점토지가 도시개발사업 지정 전 이미 일반상업지역에 편입되어 자경여부와 관련 없이 비사업용 토지라 하나, 쟁점토지가 도시개발사업구역으로 지정되기 전에는 일반상업지역으로 편입된 것에는 다툼은 없으나 이때까지 쟁점토지는 상업시설 주거시설 등 개발이나 건축이 가능한 토지였지만 도시개발구역지정(2008.1.14.)부터 건축행위 등 사용이 제한되었다.

  따라서, 쟁점토지는 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호의 규정에 따른 사용금지 또는 제한된 토지에 해당한다.

  도시지역 내 주거지역으로 지정된 농지가 「도시개발법」에 따라 도시개발구역으로 지정되어 건축물 건축 등 개발행위가 제한된 경우 도시개발구역으로 지정고시된 날부터 법령에 따라 사용이 제한된 토지로 보는 것이다(기획재정부 재산-60, 2014.1.21.).

  「도시개발법」에 따른 토지구획정리사업의 시행기간 중 공사중지 및 지장물 보상지연 등 불가피한 사유로 인하여 같은 법에 따라 사업계획이 변경인가되어 사업시행기간이 연장된 경우 해당 연장된 기간은 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제12호에 따른 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당한다(기획재정부 재산-659, 2009.3.30.).

  토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지는 토지 취득 후에 기존 도시계획의 변경 등으로 인하여 사용이 금지 또는 제한된 기간이 연장된 토지도 포함하므로 토지구획 시 사업계획의 변경에 따라 사업기간이 연장된 경우 비사업용 토지로 보지 않는다 할 것이다(OOO 판결).

  특정 용도나 특정 구역으로 지정되어 토지소유자 단독으로는 건축이 불가능한 경우, 예를 들어 도시설계구역으로 지정되거나 아파트 지구 또는 시장부지로 지정된 경우와 같이 인근 토지 소유자와 공동으로 건축을 할 수 밖에 없는 경우에 대해서는 당해 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 것으로 본다(대법원 1996.1.26. 선고 93누17911 판결, 같은 뜻임).

  따라서, 쟁점토지는 구 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호의 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하여, ‘사용이 금지 또는 제한된 기간’ 동안 비사업용 토지로 보지 않게 되는바, 쟁점토지에 대한 법령에 따른 사용제한 개시일은 2008.1.14.이다.

  그러므로, 쟁점토지는 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호에 따라 2008.1.14.부터 쟁점토지의 양도일인 2016.4.29.까지는 비사업용 토지로 보지 아니하고 이는 양도일 직전 5년이 넘는 기간이므로 쟁점토지는 구 「소득세법 시행령」 제168조의6 제1호의 기준기간인 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간과 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간을 충족하지 못함이 명백하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

  쟁점토지는 「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」에 따라 2008.1.14. 이미 표본조사대상에 포함되었으므로 사용이 금지 또는 제한되었고 늦어도 2009.4.3. 문화재발굴조사 용역계약 체결과 2009.5.7. 가설펜스 등을 설치하고 매장문화재 발굴 시부터 출입금지, 통제 등 완전히 사용이 금지 또는 제한되었다.

  따라서, 쟁점토지는 구 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호의 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하여 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용 토지로 보지 않게 되어 쟁점토지에 대한 법령에 따른 사용제한 개시일은 늦어도 도시개발구역 지정 및 고시일 이후인 2009년 5월경으로 보아야 한다.

  결국, 쟁점토지는 구 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제1호에 따라 2009년 5월경부터 쟁점토지의 양도일(2016.4.29.)까지는 비사업용 토지에 해당하지 않고, 이는 양도일 직전 5년이 넘는 기간이므로 쟁점토지는 구 「소득세법 시행령」 제168조의6 제1호의 기준기간인 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간과 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간을 충족하지 못함이 명백하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점토지는 공부상·현황상 지목이 ‘농지’(전)이고, 납세자는 쟁점토지에서 재촌·자경한 사실 또한 없으므로, 재산세 분리과세대상 여부와 관계없이 비사업용 토지에 해당한다.

  청구인은 쟁점토지가 농지나 임야 및 목장용지 이외의 토지로서 재산세 분리과세로 인하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제168조의7은 “법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다.”라고 규정되어 있는바, 쟁점토지는 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제24호에 의해 단순히 도시개발사업으로 고시되어 재산세가 분리과세가 된 것이다.

  쟁점토지는 공부상 및 실제 현황이 농지(전)이므로, 재산세가 분리과세되고 있다 하더라도, 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 이 건 양도일까지 쟁점토지를 경작하지 않았고 소재지에 거주도 아니한 토지이므로 비사업용 토지에 해당한다.

  쟁점토지는 청구인의 쟁점토지 취득시점부터 환지예정지 지정공고일까지 공부상 농지에 해당하고, 재산세 과세내역, 환지예정지 증명원 및 토지특성조사표 등을 통해서도 실제 이용현황 상 농지에 해당한 것으로 확인되므로, 「소득세법」 제104조의3 제1항 제4호의 기타토지에 해당하지 아니한다.

  청구인은 쟁점토지가 「지방세법」상 재산세 분리과세대상 토지에 해당하므로 농지가 아니라고 주장하나, 쟁점토지가 농지전용 의제된 토지라 하더라도 농지임에는 변함이 없고, 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제24호에 따라 도시개발사업에 제공하는 토지에 해당하여 재산세 분리과세대상 토지로 분류되었을 뿐이다.

  사업시행자의 경작금지 조치는 법률에 따른 사용 금지 또는 부득이한 사용에 해당하지 않으므로 쟁점토지는 비사업용 토지이다.

  청구인은 사업시행자의 경작금지 안내 및 공고, 문화재발굴 용역 등을 근거로 쟁점토지가 법률에 따른 사용 금지나 부득이한 사유가 있는 경우에 해당하므로 2009년 5월경부터 비사업용 토지로 보는 기간을 제외하여 사업용 토지로 보아야 한다고 주장한다.

  그러나, 청구인은 쟁점토지에서 자경한 적이 없어 경작금지나 제한 여부는 청구인의 경우와 무관하고, 「도시개발법」 제9조 제5항에서 도시개발구역으로 지정·공고된 경우 건축물의 건축ㆍ공작물의 설치ㆍ토지의 형질 변경ㆍ토석의 채취ㆍ토지 분할ㆍ물건을 쌓아놓는 행위ㆍ죽목의 벌채 및 식재 등은 시장·군수 등의 허가를 받도록 규정할 뿐으로 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것을 금지하거나 제한한 것이 아니다.

  도시개발 시행방법 중 환지방식이 적용된 쟁점토지는 「도시개발법」 제35조에 따라 환지예정지로 지정되고 같은 법 제36조 제1항에 따라 환지예정지 지정공고가 되면 종전의 토지에 대하여 사용하거나 수익할 수 없다는 규정에 따라 법률에 의한 사용이 제한된 시점은 환지예정지 지정일인 2014.6.13.(또는 지정공고에 의하여 농지 본래의 용도로 사용ㆍ수익이 금지 제한된 일자인 2014.7.27.)로 보아야 하고 그로부터 양도일까지의 기간만을 사업용 토지로 보아야 할 것이다.

 (2) 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제2호에서 법 제104조의3 제2항에 따라 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지는 보호구역으로 지정된 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하도록 규정하고 있다.

  쟁점토지가 속한 도시개발사업 구역이 문화유적 지표조사에서 OOO 유물산포지와 유적부존가능지역으로 시굴조사가 의뢰된 사실은 있으나, 「문화재보호법」에 따라 보호구역으로 지정된 사실이 없고, 그 밖에 비사업용토지로 보지 아니하는 부득이한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이다(조심 2021중1874, 2021.6.2. 등 다수).

  OOO 도시개발구역에 포함된 쟁점토지 외 부동산에 대한 불복청구의 결정문(국세청 OOO)에 기재된 사실관계에서도, OOO은 사업시행자의 지장물 보상과 관련한 경작금지 안내가 행정청의 인ㆍ허가 등에 근거한 것이 아니고 사업시행자가 자체적으로 보상계획공고 및 통지 후 경작금지 안내를 한 것이라고 회신한 사실이 나타난다.

  사업시행자의 경작금지 안내는 지장물 보상을 최소화하기 위해 자체적인 조치로서 도시개발사업의 원활한 추진을 위한 것에 불과할 뿐이며 청구인이 쟁점토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것을 금지ㆍ제한하는 효력이 있다고 볼 수 없다(OOO 판결).

  쟁점토지가 도시개발구역으로 지정되었다는 사정만으로 비사업용 토지가 아니라고 한다면 토지의 시세차익을 노린 투기성 소유자들에게 그들이 원하는 혜택을 주게 되어 「소득세법」이 비사업용 토지에 대하여 장기보유특별공제를 허용하지 않는 취지를 완전히 몰각시키는 결과에 이르게 되어 부당하므로 쟁점토지는 그 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없다 할 것이다(OOO판결).

  따라서, 농지의 경우 「소득세법」 제104조의3 제1항 제1호에 따라 소유자가 재촌·재경하지 않으면 재산세 분리과세대상 여부와 관계없이 비사업용 토지에 해당한다.

  청구인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 도시개발사업의 부지조성공사 착공일의 전날인 2014.11.4.까지 그 공부상 지목과 현황이 농지에 해당하나, 청구인은 쟁점토지를 재촌·자경한 사실이 없고 쟁점토지가 도시개발사업으로 인하여 관계 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 시기는 환지예정지 지정일(2014.6.13.) 또는 환지예정지 지정공고에 따른 사용·수익 금지일(2014.7.27.)로 보아야 할 것이다(조심 2019중3093, 2019.12.24. 외 다수, 같은 뜻임).

  그로부터 청구인이 쟁점토지를 양도하는 날(2016.4.29.)까지는 사업용 기간으로 의제된다 할 것이나, 해당 기간이 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간 기준을 충족하지 못하였고, 쟁점토지가 속한 도시개발사업 구역이 「문화재보호법」에 따라 보호구역으로 지정된 사실이 없으며, 그 밖에 비사업용 토지로 보지 아니하는 부득이한 사유가 있다고 보기는 어렵다(조심 2019중3093, 2019.12.24. 등 다수).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 중과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 쟁점토지 인근에서 거주하면서 쟁점토지를 경작하지 않은 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다.

  (가) 처분청 심리자료에 따르면 청구인의 2016년 귀속 양도소득세 경정결정내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 이 건 양도소득세 경정내역

ㅇㅇㅇ

  (나) 처분청이 제출한 쟁점토지를 포함한 OOO의 도시개발사업의 진행 경위는 아래 <표2>와 같다.

<표2> OOO의 도시개발사업의 진행 경위

ㅇㅇㅇ

  (다) 경기도는 2008.1.14. OOO 일원 743,446㎡(쟁점토지 포함)를 「도시개발법」 제3조 및 제4조 규정에 따라 ‘OOO 도시개발구역 지정 및 개발계획’을 결정하고, 아래와 같이 최초로 고시하였다.

ㅇㅇㅇ

  (라) OOO는 2010.11.24. OOO 도시개발사업에 대하여「도시개발법」제17조 규정에 의거 실시계획 인가하고, 아래와 같이 고시하였다.

ㅇㅇㅇ

  (마) OOO는 2014.5.22. OOO 도시개발사업조합이 신청한 환지계획인가 신청[OOO]에 대하여 「도시개발법」 제29조의 규정에 의거 환지계획을 인가하였고, OOO 도시개발사업조합은 2014.6.13. 아래와 같이 환지예정지 지정공고를 하였다.

ㅇㅇㅇ

  (바) 청구인이 제출한 쟁점토지의 연도별 ‘재산세 과세내역’에 의하면, 토지형태는 2010년까지 농지 중 종합합산대상으로, 2011년부터는 기타토지(분리과세)로 되어 있고, 2014년까지는 공부상 지목과 현황상 지목이 ‘전’으로 기재되어 있다가 2015년에 이르러 공부상 및 현황상 지목이 ‘대지’로 전환된 것으로 나타난다.

  (사) 한국문화재보호재단에서 실시한 지표조사 결과 OOO도시개발구역은 유물산포가능지역 및 문화재시굴조사 대상으로 확인되고, OOO문화재시굴조사 계획서에 의하면 해당지역은 ‘OOO 유물’이 산포한 것으로 되어 있다.

  (아) OOO 도시개발사업조합은 2008.11.24. 문화재청으로부터 OOO 도시개발사업 내 유적 발굴 허가신청이 「문화재보호법」 제55조의 규정에 따라 발굴허가를 득하였음을 통보받았다.

  (자) 청구인이 제출한 주민등록표 등·초본에 의하면 청구인은 쟁점토지를 1989.4.1. 취득하고, 1993.2.20. 현 주소지인 OOO에 전입한 이후 현재까지 거주하고 있는 것으로 기재되어 있다.

  (차) OOO의 개별공시지가 토지조사표에 의하면, 쟁점토지는 2005년부터 2014년까지 ‘전’으로 되어 있다가 2015년에 이르러 ‘대지’로 전환된 것으로 나타난다.

  (카) 부동산등기사항전부증명서 및 토지대장에 따르면, 쟁점토지의 지목은 아래와 같이 ‘전’으로 되어 있고, 개별공시지가 토지조사표상 쟁점토지는 2005년부터 2014년까지는 ‘전’으로 되어 있다가 2015년에 ‘대지’로 전환된 것으로 나타난다.

    1) 등기사항전부증명서

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    2) 토지대장

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  (타) 청구인이 제출한 서울고등법원의 사실조회서 주요 내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

(파) 청구인이 제출한 OOO도시개발사업 관련 확인서를 보면, OOO도시개발사업조합은 쟁점토지와 관련하여 OOO도시개발사업 구역지정에 따라 2009년 9월 문화재조사 및 기반시설공사 착공 준비를 위하여 구역 내 경작을 금지하는 현수막 및 공고문을 설치하였고, 「도시개발법」 제9조 제5항에 따른 경작금지를 안내한 것으로 나타난다.

  (하) 청구인이 제출한 판결(OOO 양도세경정처분취소)의 주요 내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경 가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2016.7.14. 선고 2014두7886 판결, 같은 뜻임)인바,

  청구인은 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 중과하여 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면 쟁점토지의 공부지목과 현황지목은 대체로 농지(전)로 나타나는바 이처럼 농지인 쟁점토지가 사업용 토지에 해당하기 위해서는 사업용 토지의 기준 기간에 재산세 분리과세대상 여부와 관계없이 재촌ㆍ자경요건을 충족하여야 함에도 쟁점토지는 이를 충족하지 못한 점, 쟁점토지가 도시개발사업으로 인하여 관계 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 시기는 환지예정지 지정공고에 따른 사용․수익 금지일(2014.7.27.)이므로 이로부터 쟁점토지의 양도일(2016.4.29.)까지는 사업용 기간으로 의제된다 할 것이나, 그렇다 하더라도 쟁점토지는 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간 기준을 충족하지 못한 점, 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제2호에 따르면 「소득세법」 제104조의3 제2항에 따라 토지를 취득한 후「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지는 보호구역으로 지정된 기간 동안 같은 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지가 속한 도시개발사업 구역이 문화유적 지표조사에서 ‘OOO 유물산포지’와 ‘유적부존가능지역’으로 시굴조사가 의뢰된 사실은 있으나「문화재보호법」에 따라 보호구역으로 지정된 것은 확인되지 아니하고 그 밖에 비사업용 토지로 보지 아니하는 부득이한 사유가 있다고 보기 어려운 점(조심 2021중1874, 2021.6.2., 같은 뜻임) 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  따라서, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법

제95조의【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

(중략)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

제104조의3【비사업용 토지의 범위】① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

 가.대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

 가. 「지방세법」또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

 나. 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 소득세법 시행령

제168조의6【비사업용 토지의 기간 기준】법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 ‘비사업용 토지’라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 (3) 지방세법

제106조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지(중략)

마. 가목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

(4) 지방세법 시행령

제102조【분리과세대상 토지의 범위】⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.

24. 「도시개발법」제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

 가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

 (5) 도시개발법

제9조【도시개발구역지정의 고시 등】⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제5항에도 불구하고 허가를 받지 아니하고 할 수 있다.

1. 재해 복구 또는 재난 수습에 필요한 응급조치를 위하여 하는 행위

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 행위

제19조【관련 인·허가 등의 의제】① 제17조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가할 때 지정권자가 해당 실시계획에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ승인ㆍ심사ㆍ인가ㆍ신고ㆍ면허ㆍ등록ㆍ협의ㆍ지정ㆍ해제 또는 처분 등(이하 "인ㆍ허가 등"이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가 등을 받은 것으로 보며, 제18조 제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우에는 관계 법률에 따른 인ㆍ허가 등의 고시나 공고를 한 것으로 본다.

8. 「농지법」제34조에 따른 농지전용의 허가 또는 협의, 같은 법 제35조에 따른 농지의 전용신고, 같은 법 제36조에 따른 농지의 타용도 일시사용허가ㆍ협의 및 같은 법 제40조에 따른 용도변경의 승인

15. 「건축법」제11조에 따른 허가, 같은 법 제14조에 따른 신고, 같은 법 제16조에 따른 허가ㆍ신고 사항의 변경, 같은 법 제20조에 따른 가설건축물의 허가 또는 신고

② 제1항에 따른 인ㆍ허가 등의 의제를 받으려는 자는 실시계획의 인가를 신청하는 때에 해당 법률로 정하는 관계 서류를 함께 제출하여야 한다.

③ 지정권자는 실시계획을 작성하거나 인가할 때 그 내용에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 협의 요청을 받은 날부터 대통령령으로 정하는 기간에 의견을 제출하여야 한다.

④ 도시개발구역의 지정을 제안하는 자가 제1항에도 불구하고 도시개발구역의 지정과 동시에 제1항 제8호에 따른 농지전용 허가의 의제를 받고자 하는 경우에는 제11조 제5항에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 국토해양부장관에게 도시개발구역의 지정을 제안할 때에「농지법」으로 정하는 관계 서류를 함께 제출하여야 한다.

⑤ 지정권자가 도시개발구역을 지정할 때 제1항 제8호에 따른 농지전용 허가에 관하여 관계 행정기관의 장과 협의한 경우에는 제4항에 따른 제안자가 제11조 제1항에 따라 시행자로 지정된 때에 해당 허가를 받은 것으로 본다.

 (6) 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률

제5조(개발사업 계획ㆍ시행자의 책무) ① 국가와 지방자치단체 등 개발사업을 계획ㆍ시행하고자 하는 자는 매장문화재가 훼손되지 아니하도록 하여야 한다.

② 제1항의 개발사업 시행자는 공사 중 매장문화재를 발견한 때에는 즉시 해당 공사를 중지하여야 한다.

제6조(매장문화재 지표조사) ① 건설공사의 규모에 따라 대통령령으로 정하는 건설공사의 시행자는 해당 건설공사 지역에 문화재가 매장ㆍ분포되어 있는지를 확인하기 위하여 사전에 매장문화재 지표조사(이하 “지표조사”라 한다)를 하여야 한다.

② 지표조사의 실시시기에 관하여는 문화체육관광부령으로 정한다.

제10조(보존 조치에 따른 건설공사 시행자의 의무 등) ① 건설공사의 시행자는 제9조에 따라 문화재 보존에 필요한 조치를 통보받은 경우 그 조치를 완료하기 전에는 해당 지역에서 공사를 시행하여서는 아니 된다.

② 제9조제1항에 따라 문화재 보존에 필요한 조치에 관하여 통보를 받은 허가기관의 장은 건설공사의 시행자가 그 조치를 완료하기 전에 해당 공사를 시행한 때에는 공사의 중지를 명하여야 한다.