1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2021. 8. 20. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 법인세 4,162,169,650원의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

 가. 원고는 자동차부품 제조업 등을 목적으로 2010. 7. 6. 설립된 회사로, 2016. 8. 31. 주식회사 A(이하 ‘A’라고만 한다)에 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)되어 해산하였다.

 나. 원고는 이 사건 합병에 따른 양도차익 13,235,367,971원을 익금에 산입하지 아니하고 2016사업연도 법인세를 신고하였다.

 다. 피고는 2021. 3. 29.부터 2021. 5. 29.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였는데, 그 결과 이 사건 합병은 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제44조 제2항의 적격합병의 요건을 충족하였으나, 원고가 2016사업연도 법인세 신고를 하면서 합병 당시의 자산 및 부채에 대한 양도손익 신고를 누락하였고, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제80조 제3항 전문에 따른 합병과세특례신청서를 제출하지 않았으며, A도 같은 조항 후문에 따른 자산조정계산명세서를 제출하지 아니한 사실을 확인하고, 2021. 8. 20. 원고에게 구 법인세법 제44조의3에 따른 적격합병시 합병법인에 대한 과세특례를 적용할 수 없다는 이유로 합병양도차익 13,235,367,971원을 익금에 산입하여 2016사업연도 법인세 4,162,169,640원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

 라. 원고는 이에 불복하여 2021. 11. 17. 이의신청을 거쳐 2022. 3. 29. 조세심판원에 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2022. 8. 23. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 7, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

 이 사건 합병이 구 법인세법 제44조 제2항의 적격합병 요건을 충족하는 이상 위 조문 및 같은 법 제44조의3 제1항에 따라 원고의 A에 대한 자산양도로 발생한 양도손익은 없는 것으로 처리되고, 원고는 완결ㆍ확정적으로 과세특례의 적용을 받게 된다. 그럼에도 피고는 납세자의 협력의무에 불과한 구 법인세법 시행령 제80조 제3항에 따른 합병과세특례신청서 제출의무를 이행하지 않았다는 이유로 원고가 위 관련 법률에 의하여 이미 취득한 합병과세특례자로서의 지위를 박탈하는 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 법리를 오인하고, 조세법률주의, 비례의 원칙, 법익의 균형성, 과잉금지의 원칙에 위반한 것으로 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 부과처분의 적법여부

 가. 과세특례의 적용을 위하여 합병과세특례신청서를 제출하여야 하는지 여부

   1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제23조는 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세와 가산금 등을 납부할 의무를 진다고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 제44조는 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액을 뺀 금액)을 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하되(제1항), 일정한 요건을 갖춘 합병(이른바 적격합병)의 경우 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다고 규정하고 있다(제2항). 그리고 구 법인세법 시행령 제80조 제3항 전문은 적격합병의 경우 양도손익이 없는 것으로 하기 위해서는 피합병법인이 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

   2) 나아가, 구 법인세법 제44조의3은 적격합병의 요건을 충족하여 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하되, 장부가액과 시가와의 차액을 자산별로 계상하여야 하고(제1항), 피합병법인의 합병등기일 현재의 결손금, 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액 등을 승계하여야 한다고 규정하고 있다(제2항). 그리고 구 법인세법 시행령 제80조 제3항 후문은 위의 경우 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

   3) 위 각 규정에 의하면, 흡수합병의 경우 피합병법인의 합병법인에 대한 자산양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 익금 또는 손금 산입함이 원칙이고, 다만 적격합병의 경우에는 양도자산의 가액을 당시의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있는데, 이는 적격합병에 따른 과세특례에 해당한다. 그러나 이와 같은 과세특례의 적용으로 피합병법인의 양도손익을 없는 것으로 하더라도 이로써 양도손익이 완전히 면제되거나 부인되는 것은 아니고, 합병법인이 피합병법인으로부터 장부가액으로 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상함으로써(구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항), 합병법인이 추후 양도받은 자산을 처분하는 시점에 과세대상 소득으로 실현되도록 하는 것이다. 따라서 위와 같은 과세특례의 적용을 받으려고 할 경우 피합병법인의 합병과세특례신청서 및 합병법인의 자산계정조정명세서의 제출은 단순히 협력의무에 불과한 것이 아니라 반드시 필요한 절차이다.

 나. 원고의 주장에 대한 판단

   1) 원고는 구 법인세법 제44조 제2항에 따라 적격합병의 경우 양도손익은 없는 것으로 처리되어야 하고, 그 결과 익금 산입의 대상이 될 양도차익이 발생할 여지가 없음에도, 원고가 A로부터 시가 상당의 양도가액을 수령한 것으로 의제하는 것은 위법하고, 구 법인세법 시행령 제80조 제3항에 따른 과세특례신청서를 제출하지 아니하였다는 이유로 과세특례혜택을 받을 수 없다고 보는 것은 위 시행령 조항이 법률의 위임 없이 과세특례적용의 요건을 추가하는 것으로 조세법률주의에 반할 뿐 아니라 모법의 위임 없는 무효인 시행령에 근거한 것으로 위법하다는 취지로 주장한다.

     그러나 이 사건 합병 당시 원고의 양도자산의 시가와 순자산 장부가액의 차액 13,235,367,971원이 합병양도손익에 해당함은 부인할 수 없고, 이는 구 법인세법 제44조 제1항에 의하여 익금 산입이 원칙이나 과세특례가 적용될 경우 양도손익이 없는 것으로 할 수 있음에 불과한 것임은 위에서 본 바와 같다. 또한, 구 법인세법 시행령 제80조는 구 법인세법 제44조 제4항의 위임에 따라 과세특례의 적용을 위한 절차 등 필요한 사항을 규정하면서 같은 조 제3항에서 합병과세특례의 적용을 받기 위한 절차를 정한 것일 뿐 과세특례의 요건을 추가한 것이라거나, 모법의 위임의 범위를 벗어나 새로운 입법을 한 것이라고 볼 수도 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

   2) 원고는 ‘피고로서는 원고가 제출한 합병에 관한 서류가 첨부된 법인세 신고자료를 통해 합병과세특례신청서에 포함될 내용을 충분히 파악할 수 있었다’는 취지로도 주장하나, 피합병법인이 합병에 관한 서류를 첨부하여 법인세 신고를 하였더라도, 이와는 별개로 합병과세특례신청서를 제출함으로써 과세특례적용의 선택여부를 명확하게 하여 과세당국으로 하여금 앞서 본 바와 같은 과세특례적용에 따른 과세이연 및 이연된 과세의 사후관리를 할 수 있도록 하여야 하는바, 합병과세특례신청서가 새로운 내용을 포함하고 있지 않다고 하여 그 제출이 불필요하다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 과세당국이 납세자의 신고가 아닌 다른 경로를 통해 납세자의 의사를 직접 확인하거나 그 확인을 위한 보완을 요구할 의무도 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

   3) 또한, 원고는 납세자의 협력의무에 불과한 구 법인세법 제80조 제3항의 합병과세특례신청서의 제출의무 불이행의 제재로 원고가 이미 얻은 과세특례자로서의 지위를 박탈하는 것은 납세자의 재산을 부당하게 침해하는 것이라는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 합병과세특례신청서의 제출은 단순한 협력의무에 불과한 것이 아니라 과세특례의 적용을 받기 위한 필수적인 절차이고, 이 사건 부과처분은 협력의무 불이행에 따른 제재가 아닌 누락된 양도차익에 대한 과세라고 할 것이므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

 다. 소결

   따라서, 원고가 2016사업년도 법인세 신고를 하면서 합병과세특례신청서를 제출하지 아니한 이상 구 법인세법에 따른 과세특례의 적용을 받을 수 없는바, 이 사건 부과처분은 적법하므로, 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

5. 결론

 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.