가. 원고는 모바일 기기 및 전자제조업 관련 특허를 확보․개발하여 이를 대여하는 사업을 영위하는 미국법인이다.

나. 원고는 2016. 7. 30. 엘지전자 주식회사(이하 ‘엘지전자’라 한다)와, 원고 및 원고의 자회사 Cellular Communications Equipment LLC 및 Parthenon Unified Memory Architecture LLC가 보유하고 있는 특허권 555개(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다)와 관련한 특허 라이센스 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 그 특허 목록은 별지 2 기재와 같다.

다. 엘지전자는 이 사건 계약에 따라 2016. 9. 9. 5,500,000달러(미국달러, 이하 같다), 2016. 11. 10. 6,000,000달러, 2017. 1. 5. 6,000,000달러, 총 17,500,000달러(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)를 원고에게 지급하였고, 이 사건 사용료를 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제93조 제8호에서 정한 국내원천소득으로 보고 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 ‘한미조세협약’이라 한다) 제14조에 따라 사용료소득에 대한 제한세율 15%를 적용하여 2016 및 2017 사업연도 법인세 합계 3,034,125,002원을 피고에게 원천징수세액으로서 신고․납부하였다.

라. 그런데 원고는 2021. 2. 9. 피고에게, ‘이 사건 계약 체결 당시 이 사건 특허권 중 대한민국에 등록된 특허권은 22개에 불과하고 나머지 533개는 모두 대한민국에 등록되지 않은 특허권이므로, 이 사건 사용료 중 693,694달러(= 17,500,000달러 × 22개/555개)만이 국내원천소득에 해당하여 정당한 원천징수세액은 120,271,622원에 불과하다.’는 이유로 엘지전자가 원천징수하여 납부한 법인세 3,034,125,002원 중 2,913,853,380원(= 3,034,125,002원 –120,271,622원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 그러나 피고는 2021. 3. 30. 위 경정청구를 거부하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 이에 원고가 2021. 4. 26. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 7. 27. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

가) 원고가 엘지전자로부터 지급받은 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않고 미국이나 제3국에 등록된 특허권에 대한 부분은 한미조세협약에서 정한 국내원천소득에 해당하지 않는다.

나) 또한 아직 출원 중이거나 소멸된 특허, 그 외에 원고가 실시권을 취득하여 관리하고 있는 제3자의 특허권 역시 국내에 등록된 특허가 아니며, 구 법인세법 제93조 제8호 나목, 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정하는 ‘발명, 기술 등에 관한 비공개 정보’에 해당하지 않고 이것이 국내에서 엘지전자의 제품 제조에 실제 사용되었다는 점도 확인되지 않았으므로, 국내원천소득에 해당하지 않는다.

다) 결국 이 사건 특허권 중 국내에 등록된 특허 22개에 대한 사용료만을 국내원천소득으로 볼 수 있고, 이 사건 특허권 전체 개수는 554개이므로[이 사건 특허권 중 2개(별지 2 기재 ‘Appllication#’란 2013515821 특허 및 2013-515821 특허)가 동일한 것으로 보아 1개를 제외함], 이 사건 사용료 중 특허개수의 비율에 따라 산정한 120,488,718원(17,500,000달러 × 22/554)이 정당한 원천징수세액이고, 따라서 이를 초과하는 부분에 대한 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 한미조세협약은 특허권의 사용지를 사용료소득의 원천지로 보는 ‘사용지주의’를 채택하면서도 ’사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한미조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미를 국내법에 따라 판단하여야 한다. 그런데 구 법인세법은 제93조 제8호 단서 후문에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정하였으므로, 미국에 등록된 특허권이라 하더라도 국내에서 제조⋅판매에 사용된 경우 그 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다. 또한 대한민국과 미국이 아닌 제3국에 등록된 특허권의 사용료소득은 그 사용지를 한미조세협약만으로 결정할 수 없고, 구 법인세법 제93조 제8호 본문에 따라 그 사용료를 국내에서 지급하는 경우 국내원천소득에 해당한다.

나) 더구나 이 사건 특허권에는 등록되어 유효한 특허권뿐만 아니라 출원 상태에 있는 발명, 이미 존속기간이 경과하여 소멸한 특허권(이하 ‘이 사건 기타 무형자산’ 이라 한다)이 포함되어 있다. 최근에 선고된 대법원 판례(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결)에 의하면, 이와 같이 출원 중이거나 권리관계가 불확실한 발명, 기술 등은 등록된 특허권과 구분되는 무형자산에 해당하므로 그와 관련하여 지급된 사용료는 구 법인세법 제93조 제8호 나목, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따라 국내원천소득에 해당한다.

다) 설령 이 사건 사용료 중 일부가 사용료소득으로서 국내원천소득에 해당하지 아니한다고 하더라도, 이 사건 사용료는 원고와 엘지전자 사이에서 있었던 특허권 침해에 대한 합의금 내지 사례금으로 교부된 것이므로 구 법인세법 제93조 제10호 차목 분쟁의 종결 내지 재발 방지에 대한 대가로서 기타소득(사례금)에 해당한다. 이와 같은 기타소득에는 원천징수세율 20%가 적용되어야 하는바, 원천징수세율 15% 기준으로 징수⋅납부된 원천징수세액에 대한 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 결국 적법한 납부세액의 범위 내에 있어 적법하다.

나. 관계 법령

별지 3 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 국내 미등록 특허권(미국 및 제3국) 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 제2조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제93조는 “외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.”라고 하면서, 제8호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리⋅자산 또는 정보(이하 ‘권리 등’이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내 지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 ‘특허권 등’이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조⋅판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에 서 사용된 것으로 본다.”고 규정하고 있다. 한편 한미조세협약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음의 것을 의미한다.”라고 하면서, 제a호에서 ’문학⋅예술⋅과학작품의 저작권 또는 영화필름⋅라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금‘을 규정하고 있고, 제6조 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있다.

나) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조⋅판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조⋅판매 등에 사용된 경우 미국 법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단하여야 한다. 그런데 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국 법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국 법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국 법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결 등 참조).

다) 위 규정 및 법리에 의하면, 이 사건 특허권 중 국외에 등록되었으나 국내에 는 등록되지 않은 특허권의 사용대가는 그 특허권이 국내에서 제조⋅판매 등에 사실상 사용되었는지 여부와 관계없이 국내원천소득에 해당하지 않고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2) 특허 등록되지 않은 이 사건 기타 무형자산 사용료가 국내원천소득에 해당하는지 여부

가) 구 법인세법 제93조 제8호 (나)목은 산업상⋅상업상⋅과학상의 지식⋅경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하는 대가를 국내원천소득으로 정하고 있고, 이는 지식재산권의 대상이 될 수 있는지 여부와 관계없이 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 정보를 사용하는 대가를 말한다(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조). 그리고 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따르면 저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

나) 감액경정청구를 받은 과세관청은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사⋅확인할 의무가 있는바(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두 9261판결 등 참조), 특허 등록 여부가 확인되지 않는 이 사건 기타 무형자산 부분 사용료가 국내원천소득에 해당한다는 점에 대하여는 원칙적으로 피고에게 입증책임이 있다고 보아야 할 것이다. 따라서 피고는 이 사건 기타 무형자산 중 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보가 국내에서 엘지전자의 제품을 제조하는데 사용되었다는 점을 입증하여야 할 것이나, 피고가 제출한 증거를 모두 살펴보아도 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

3) 이 사건 사용료가 기타소득에 해당하는지 여부

나아가 갑 제2호증의 기재에 의하면, 이 사건 사용료는 원고와 그 자회사가 엘지전자 및 그 계열사를 상대로 제기한 특허침해소송을 종결하면서 원고가 엘지전자에게 원고 및 원고의 자회사들이 소유한 특허권을 포괄적으로 사용할 권리를 부여하고, 그에 대한 대가로 지급받은 금액인 것으로 보이기는 한다. 그러나 구 법인세법 제93조 제10호에서는 ‘제1호부터 제9호까지에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득’을 기타소득으로 정하고 있을 뿐이므로, 이 사건 사용료가 일단 구 법인세법 제93조 제8호에서 정한 사용료소득에 해당하는 이상, 위 소득이 구 법인세법 제93조 제10호에서 정한 기타소득에 해당할 여지는 없다.

4) 취소의 범위

가) 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 또한 경정거부취소소송에 있어서도 적법한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그에 따른 불이익은 처분청인 피고가 부담하게 된다.

나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 특허권 중 국내에 등록된 22개 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하나, 나머지 특허권 및 이 사건 기타 무형자산에 대한 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는 것으로 보인다. 그런데 이 사건 계약은 각 특허권에 대응하는 사용료를 개별로 산정하거나 특정하지 않고 있고, 달리 이를 확인할 만한 아무런 자료가 없다. 이에 원고가 이 사건 특허권 554개 중 국내에 등록된 22개 특허권이 차지하는 개수 비율(22/554)에 따라 이 사건 사용료 중 국내원천소득에 해당하는 액수를 특정하여 그에 따라 산정한 법인세를 초과하는 부분의 감액을 구하는 경정청구를 하였던 것인데, 피고는 그와 달리 더 타당한 법인세 산정방법에 대한 주장․입증을 하지 못하고 있다. 원고의 산정방법이 부당하다고 단정할 뚜렷한 이유도 없으므로, 결국 그와 같은 감액경정을 거부한 이 사건 처분은 그 전부가 위법하여 취소할 수 밖에 없다(피고는 이 사건 특허권 중 원고와 무관한 것으로 보이거나 특허검색이 불가능한 66개 및 소멸된 18개의 경우 이 사건 사용료 지급대상에 포함될 수 없는 것이므로 위 특허권들을 전체 개수에서 제외하고 이 사건 사용료 중 국내원천소득에 해당하는 액수를 다시 특정하여야 한다고도 주장한다. 그러나 갑 제2, 6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고와 엘지전자가 이 사건 계약에서 이 사건 특허권 전부를 구체적으로 명시하고 그에 대하여 포괄적인 사용료 지급약정을 하였던 점, ② 온라인 검색이 되지 않는다는 사정만으로 해당 특허권이 존재하지 않는다고 단정하기 어렵고, 원고가 실시권만을 취득한 특허권도 있는바, 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 당사자 사이의 명시적인 계약 내용과 달리 이 부분 특허권이 이 사건 사용료 지급대상에 포함되지 않았다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면 이 부분 피고 주장 역시 받아들이기 어렵다).

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.