주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고 ○○세무서장이 2019. 10. 1. 원고 PPP에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 원(가산세 포함)의, 2019. 10. 1. 원고 SSS에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 243,016,360원(가산세 포함)의 각 경정처분과 피고 ○○세무서장이 2019. 10.1. 원고 CCC에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 243,016,360원(가산세 포함)의 경정처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 박○○과 함께 2004. 7. 19. ○○도 ○○시 ○○동 00-0 전 17,040㎡, 같은 동 453-2 전 22㎡ 합계 17,062㎡(이하 ‘이 사건 취득토지’라 한다)의 각 1/4 지분을 취득하여 보유하다가 2016. 4. 20. 주식회사 JJ(이하 ’JJ‘이라 한다)에게 총 68억 원에 양도하였다.

나. 원고들은 이 사건 취득토지가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항에서 정한 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 전제하에 장기보유 특별공제액을 차감한 금액을 양도소득금액으로 하고 기본세율을 적용하여 2016. 6. 27. 원고 PPP, SSS은 피고 ○○세무서장에게, 원고 CCC은 피고 ○○세무서장에게 아래 표1 ’신고세액‘ 기재와 같은 양도소득세를 각 신고하였다.

다. 피고들은, 원고들이 JJ에 양도한 이 사건 취득토지 17,062㎡ 중 아래 표2와 같이 주택 부수토지 580㎡를 제외한 합계 16,482㎡ 부분(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 사실상 현황이 임야이고, 원고들이 재촌하지 아니하였다는 이유로 ‘비사업용 토지’에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하고, 기본세율에 10%를 가산한 세율을 적용하여, 피고 ○○세무서장은 2019. 10. 1. 원고 PPP에 대해 2016년 귀속 양도소득세 230,601,710원(가산세 포함), 원고 SSS에 대해 2016년 귀속 양도소득세 243,016,360원(가산세 포함)을 각 더 부과하는 것으로 경정․고지하였고, 피고 ○○세무서장은 같은 날 원고 CCC에 대해 2016년 귀속 양도소득세 243,016,360원(가산세포함)을 더 부과하는 것으로 경정․고지하였다(이하 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2019. 12. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 9. 2. 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3호증, 을 제1호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고들의 주장¹⁾

이 사건 토지는 아래와 같은 이유로 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 따라서 이

사건 토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유 특별공제를 배제하고, 양도소득세 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

① 이 사건 토지는 원고들이 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 상태에서 취득하였다가 이를 이 사건 취득토지 일대 ○○ ○○지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 사용하기 위해 건설에 착공한 토지로서 착공일에 해당하는 분묘이장공사가 있었던 2013. 3.경부터 이 사건 토지의 양도일까지 약 3년 동안은 구 소득세법 시행규칙(2017. 3. 10. 기획재정부령 제604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제1항 제5호에 따라 비사업기간에서 제외됨에 따라 이 사건 토지는 기간요건[구소득세법 제104조의3 제1항 각호, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호]을 충족하지 못하여 ‘비사업용 토지’에 해당하지 않는다²⁾.

② 설령 2013. 3.경 시행된 분묘이장공사가 착공 준비작업에 불과하다고 보더라도, 이 사건 토지상에 분묘가 존재한 때로부터 장사 등에 관한 법률에 따라 그 분묘를 적법하게 개장 및 이장한 시점까지는[이 사건 토지의 양도일로부터 5년 전인 2011. 4. 20.부터 위 분묘가 이장된 2013. 3. 21.까지의 기간(701일)] 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에 따라 비사업기간에서 제외됨에 따라 위 기간요건을 충족하지 못하므로, 어느 모로 보나 이 사건 토지는 ‘비사업용 토지’에 해당하지 않는다³⁾.

③ 원고들은 이 사건 사업을 위해 2011. 9.경 ○○시장에 대해 농지전용허가 및 농지전용협의를 각각 신청하였고, 2011. 12. 2. 이 사건 사업에 대한 실시계획이 인가됨으로써 도시개발법 제19조 제1항 제8호에 따라 이 사건 토지에 대해 농지전용허가 또는 농지전용협의가 있었던 것으로 의제되었으며, 실제 전용목적인 이 사건 사업에 사용되었으므로, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제168조의8 제3항 제4호에 따라 이 사건 사업에 대한 실시계획인가일부터 이 사건 토지의 양도일까지 약 52개월의 기간은 비사업기간에서 제외되어 위 기간요건을 충족하지못한다. 따라서 이 사건 토지 중 농지 부분은 ‘비사업용 토지’에 해당하지 않는다⁴⁾.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

가) 원고들 및 박○○은 2004. 4. 16. 매도인과 사이에 이 사건 취득토지 및 인접임야 2,150㎡를 34억 8,000만 원에 매수하는 내용의 계약을 체결하였고, 2004. 7. 19. 이사건 취득토지의 각 1/4 지분에 대한 소유권을 취득하였다.

나) 이 사건 취득토지 일대는 2006. 5. 12. 이 사건 사업 구역으로 지정되었고, 같은 해 12. 22. 강원도 고시 제2006-260호로 개발계획이 승인되었으며, 2007. 6. 27. 원고들 및 JJ을 포함한 35인이 이 사건 사업의 사업시행자로 지정되었다.

다) JJ은 2011. 6. 17. 및 같은 해 7. 17.에 걸쳐 이 사건 취득토지 등 지상에 있

는 분묘에 대하여 연고자의 공고기간 내 신고가 없을 경우 무연분묘로 간주하여 관계법령에 따라 임의 개장할 계획임을 알리는 분묘개장공고(1, 2차)를 하였고, 원고들은 2013. 3. 21. 위 각 분묘개장공고 기간 내에 신고되지 않은 무연고 분묘에 대한 이장공사를 하였다.

라) 원고들 및 JJ 등은 2011. 9. 이 사건 취득토지를 포함한 이 사건 사업예정부지에 대해 농지전용허가를 신청하였고, 2011. 12. 2. 이 사건 사업 실시계획이 인가됨으로써 도시개발법 제19조 제1항 제8호에 따라 농지전용허가를 받은 것으로 의제되었다.

마) 원고들과 JJ 등은 ○○시장을 상대로 농지보전부담금부과처분 취소소송을 제기하였고, 1심에서는 청구가 전부 인용되었는데(○○지방법원 2013. 2. 15. 선고 2012구합000 판결), 항소심에서는 1심 판결을 취소하고 청구를 일부 인용하면서 이 사건 사업의 시행자들에게 부과되어야 할 정당한 농지보전부담금은 34,499㎡를 기준으로 부과된 1,724,950,000원에서 12,347㎡에 해당하는 618,238,984원을 공제한 1,106,711,016원이므로 이를 초과하는 부분이 위법하여 취소되어야 한다고 판단하였다(서울고등법원2013. 11. 27. 선고(○○) 2013누00 판결). 위 항소심 판결 결과에 따라 ○○시장은 농지보전부담금 부과면적을 22,152㎡(= 34,499㎡ –12,347㎡)로 변경한바, 그중 이 사건 토지에 해당하는 부분은 5,916㎡이다(이하 ‘이 사건 농지’라고 한다).

바) 이 사건 사업의 보상계획이 2015. 7. 1. 공고되었고, 앞서 본 바와 같이 원고들은 2016. 4. 20. JJ에게 이 사건 토지를 양도하였다.

사) 원고들은 2004. 7. 19. 이 사건 취득토지를 취득하여 2016. 4. 20. JJ에게 이

를 양도할 때까지 이 사건 토지 소재지에 거주하거나 스스로 경작한 사실이 없다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 15호증 및 을 제3, 4, 5, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 위 ①주장에 관한 판단

가) 관계 규정의 내용

구 소득세법 제104조의3 제1, 2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호에 의하면, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’, ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’, ‘토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 동안 모두 사업용에 사용하지 않은 토지인 경우에는 양도소득세가 중과되는 비사업용 토지에 해당하고, 토지의 취득 후 법률에 따른 사용금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

그리고 구 소득세법 제104조의3 제2항의 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호는 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당하는 토지는 기획재정부령이 정하는 기간 동안 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 하였고, 다시 그 위임을 받은 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호(이하, ‘이 사건 규정’이라 한다)는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지는 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)뿐만 아니라 토지의 취득일로부터 2년 동안을 비사업용에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 규정하고 있다.

나) 분묘이장공사가 이 사건 규정에 따른 “착공”에 해당하는지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적

이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 조세감면요건에 대하여는 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조). 그런데 이 사건 규정의 취지는, 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하기 위해서는 각종 인․허가를 받고 건축 설계를 하는 등의 준비 작업을 하는데 상당한 시간이 소요되므로 토지 취득일로부터 2년 동안은 건설에 착공하기 이전이라도 비사업용이 아닌 것으로 의제하는 것에 있고, 또한, 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 “착공”하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 “착공”하였다고 볼 수 있다 할 것이므로(대법원 1994. 12. 2. 선고 94누7058 판결 참조), 이 사건 규정에서 말하는 건설에 “착공”은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고, 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함

한다고 보기는 어렵다고 해석함이 타당하다(대법원 1995. 9. 26. 선고 95누7857 판결, 대법원 2017. 3. 15. 선고 2016두58406 판결 등 참조).

결국, 위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 원고들이 그 주장과 같이 2013. 3.경 이 사건 토지에서 분묘이장공사를 한 사실이 있다고 하더라도, 그러한 사실만으로 이 사건 토지에서 이 사건 규정이 정한 바와 같이 “사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공”한 것이라고 인정할 수는 없다고 할 것이다[갑 제12호증, 을 제5호증 내지 을 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 2014. 5. 30.자 주택건설사업계획승인서에 착공예정일이 ‘2014. 6. 21.’로 기재된 사실, 2014. 5. 3.까지 이 사건 토지상에 임령이 20~30년에 이르는 수목들이 무수히 식재되어 있었던 사실, JJ과 SG건설㈜ 사이에 2018. 12. 30. 작성된 이 사건 사업 조성공사 관련 도급계약서에 착공일이2014. 6. 25.로 기재된 사실, ○○시가 2019. 9. 5. ‘JJ으로부터 접수된 2014. 10. 30. 개발계획 변경 및 실시계획변경인가 신청 도서부터 최근 접수한 구역지정 변경(5차)및 개발계획 변경(8차) 신청된 도서 내용에 ○○지구 도시개발사업 추진경위에 도시개발사업 착공으로 2014. 7. 16. 날짜가 명기되어 있으며, 이에 해당 날짜를 근거로 착공일 회신함’이라는 내용으로 이 사건 사업 토지조성공사 착공신고서 관련 재회신을 한 사실이 인정되는바, 이에 비추어 보면 이 사건 규정에 따른 착공일은 2014. 6. 25.경 또는 2014. 7. 16.경으로 인정함이 타당하고, 이와 같이 볼 경우 아래 표와 같이 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 가, 나, 다목의 기간요건을 모두 충족하므로 이 사건 처분은 적법하다].

다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장은 받아들이지 않는다.

3) 위 ②주장에 관한 판단

구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호는 당해 토지를 취득한 후 도시계획

의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 대하여는 당해 사유가 발생한 기간동안 구 소득세법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다고 규정하고 있다. 따라서 사업에 사용하지 않는 사유가 당해 토지를 취득하기 ‘이전’에 발생한 것이라면 이를 적용할 여지가 없다.

앞서의 인정사실, 앞서 든 증거들과 을 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보

태어 보면, 원고들이 2004. 4. 16. 이 사건 취득토지의 매도인과 작성한 이 사건 취득 토지에 관한 매매계약서의 특약사항에 ‘매도인은 상기 소재지에 지상권에 묘지 4기를 잔금 지불일로부터 3개월까지 책임지고 이장하기로 한다’고 기재된 사실이 인정된다.

이에 의하면 원고들은 이 사건 취득토지 지상에 분묘 4기가 존재하고 있음을 인지한 상태에서 이 사건 취득토지를 취득한 것인바, 원고들이 이 사건 취득토지를 취득할 당시부터 그 지상에 분묘가 존재하고 있었던 것이므로, 원고들이 이 사건 토지를 사업에 사용하지 아니하거나 못한 사유는 이 사건 토지 취득 ‘이전’에 존재하고 있던 위 각 분묘 그 자체로 인한 것에 불과하고 이는 이 사건 토지 취득 후에 발생한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장도 받아들이지 않는다.

4) 위 ③주장에 관한 판단

가) 관계규정의 해석

구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목은 ‘소유자가 농지 소재지에 거주하지

아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’를 ‘비사업용 토지’로 보되, 그 단서에서 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우를 제외하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제4호는 ‘농지법에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 위 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서의 제외 사유에 해당하는 것으로 규정하고 있다.

이에 대하여 원고들은, 구 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제4호 규정 중 ‘당

해 전용목적으로 사용되는 토지’ 부분은 ‘농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지’가 아닌 ‘농지전용협의를 완료한 농지’에만 적용되는 것으로 해석해야 한다는 취지로 주장하나, ① 농지전용허가, 신고, 협의를 병렬적으로 나열하고 있는 위 조문의 구조에 비추어 ‘전용목적 사용’ 요건은 위 3가지 경우에 모두 적용된다고 보는 것이 자연스럽고, 농지전용허가 및 신고 부분과 농지전용협의 부분이 나누어져 기재되어 있는 것은 농지법상 그 규정조항이 달라 이를 명시하기 위한 필요에 기인한 것으로 보이는 점, ② 농지전용허가, 신고, 협의 과정에서 각 ‘전용목적’을 밝혀야 하는바(농지법 시행규칙 제21조 제2항, 제26조 제2항, 제30조 2항), 조세감면 요건으로 ‘전용목적사용’을 요구할 필요성은 농지전용허가, 신고, 협의 사이에 차이가 없어 보이는 점 등에 비추어 원고들의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

나) 구체적 판단

원고들은 설령 농지전용허가를 받은 경우에도 ‘당해 전용목적 사용’ 요건이 요구된다고 해석하더라도, 원고들이 제출한 농지전용허가신청서(갑 제14호증)상 농지전용의 목적은 “시가지 주변 미개발지역에 대하여 계획적 토지이용계획을 수립하여 토지의 효율성을 높이고 공공기반시설을 확보하며 미래에 추구하는 새로운 도시공간구조 형성에 이바지하고, 사회적·지역적 여건을 적극 반영하여 주변지역과 조화를 이룰 수 있는 쾌적하고 합리적인 주거환경 형성하기 위함”으로서, 이 사건 토지에 도시이용계획이 수립되고 위 계획이 주거환경 형성을 위한 목적에 따라 연속적으로 추진되었다면 사업상 이용이 있었던 것으로 평가받기에 충분하고, 반드시 구체적인 건물 공사의 ‘착공’에 이를 필요는 없으므로, 적어도 분묘이장공사 시점부터는 이 사건 농지가 당해 전용목적

대로 사용되었다고 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 규정에 의한 착공일인 2014. 6. 25.경 내지2014. 7. 16.경 이전까지는 이 사건 농지와 관련하여 건축을 위한 준비행위만이 있었을 뿐 실제 건축행위가 이루어지지 않았을 뿐 아니라, 원고들이 제출한 갑 제14호증의 기재에 의하더라도, 전용목적으로 기재된 ‘공공기반시설의 확보’ 내지 ‘주거환경 형성’과 직접적으로 관련된 것으로 보기 어려운 분묘이장공사 시점 당시부터 이 사건 농지가 전용목적으로 사용되는 토지였다고 보기는 어렵다.

결국 원고들의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.