주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 한 2020년 제2기분 부가가치세 16,068,520원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다(소장 기재 청구취지에 명백한 오기가 있으므로 이와 같이 선해하여 판단하다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 00 00군 00리 195-1 답 124㎡, 같은 리 195-2 답 1,482㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다)의 소유자로, 2020. 2. 21. 빵?과자류 도소매업을 목적으로 ‘CC’라는 상호로 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 2020. 8. 5. 주식회사 DD(이하 ‘DD’이라고 한다)과 사이에 이 사건 토지 지상에 근린생활시설을 신축하는 공급가액 630,000,000원의 공사도급계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라고 하고, 위 신축 공사를 ‘이 사건 공사’라고 한다)을 체결하였다. 이 사건 공사계약에 따르면, 공사기간은 ‘착공년월일 : 2020. 8. 18., 준공예정일 2021. 2. 18.’이고, 공사대금은 ‘선금(20%) : 착공시 지급, 기성부분금 : 매월 1회 또는 공사 기성률에 해당하는 금액 지급, 잔금(20%) : 사용승인 후 그로부터 30일 이내 지급’하는 것으로 되어 있다.

다. DD은 이 사건 공사계약에 따라 2021. 6. 4. 지하 1층, 지상 2층의 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 완공하여 사용승인을 받았고, 같은 날 원고가 그에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

라. 원고는 2020년 제2기분 부가가치세 확정신고 당시 DD로부터 발급받은 4매의 매입세금계산서(공급가액 합계 520,564,272원, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)와 그 외의 공제대상 매입세액을 합산하여 부가가치세 52,833,228원의 환급을 신청하였다. 그러나 피고는 2021. 3. 24. 이 사건 공사계약 관련 공사비 중 토공사 관련 공사비의 공급가액 44,993,640원은 토지관련 매입금액이므로 그에 따른 매입세액4,499,364원을 불공제하고 초과환급신고가산세 449,936원을 적용하여 47,883,928원을 환급결정하였다.

마. 원고는 2021. 3. 24. DD로부터 이 사건 세금계산서의 공급가액을 550,400,656원으로 수정한 세금계산서(이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라고 한다)를 발급받고, DD과 사이에 공급가액을 570,000,000원으로 변경하는 내용의 2021. 5. 21.자 공사변경계약서(이하 ‘이 사건 변경계약서’라고 한다)를 작성한 후, 2021. 7. 30. 피고에 대하여 2020년 제2기분 부가가치세 2,983,638원을 환급해달라는 경정청구를 하였다.

바. 피고는 원고와 DD로부터 제출받은 기성청구서, 이 사건 변경계약서 등을 바탕으로 원고의 경정청구를 검토한 결과, 위 기성청구서, 이 사건 변경계약서 등이 허위로 작성되었고, 이 사건 수정세금계산서는 공급시기가 도래하기 이전에 선발행된 세금계산서에 해당한다고 보아, 2020년 제2기 과세기간 중 대금지급이 확인되는 공급가액 340,948,182원을 초과하는 나머지 공급가액 209,452,474원(2021. 3. 24. 이미 환급배제한 토공사 관련 공급가액 44,993,640원 포함)에 관하여 매입세액을 불공제하고,2022. 5. 9. 원고에 대하여 2020년 제2기분 부가가치세 16,068,520원(가산세 포함)을경정?고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에 대하여 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022. 10. 5. 원고의 청구를 기각하였다.

마. 한편, 이 사건 세금계산서 내지 수정세금계산서의 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 공사 중 토목공사를 직접 시공하고 그 과정에서 포크레인 사용대금 등으로 합계 18,991,360원을 DD 외의 다른 업자에게 지급하였으므로, DD로부터 발급받은 매입세금계산서에는 토공사 관련 공사대금이 포함되어있지 않다. 따라서 토공사 관련 공급가액 44,993,640원에 관한 매입세액을 불공제한 이사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 이 사건 공사계약은 월 1회 또는 기성률에 따라 공사대금을 지급하는 것으로 정하고 있으므로, 구 부가가치세법(2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제2항, 구 부가가치세법 시행령(2020. 8. 11. 대통령령 제30934호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항 제2호가 정하는 ‘완성도기준지급조건부로용역을 공급하는 경우’에 해당하여 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 용역의 공급시기로 보아야 한다. 원고는 이 사건 공사계약에 따라 DD로부터 기성률에 따른 매입세금계산서를 발급받은 것이므로 해당 매입세액은 2020년 제2기분 부가가치세 산정에 있어 모두 공제되어야 한다. 이와 다른 전제에서 용역의 제공완료일인 이 사건 건물의 사용승인일을 용역의 공급시기로 보아 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 토공사 관련 공사비에 관한 주장에 대하여

원고는 이 사건 공사 중 토목공사를 직접 시공하였음을 입증하기 위하여 계좌이체내역(갑 제3호증)을 제출하였다. 그러나, 앞서 든 증거, 을 제9, 17호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 위 계좌이체내역에 따르더라도 송금일시, 상대방, 송금금액만 확인할 수 있고, 해당 송금이 어떠한 명목으로 이루어진 것인지는 확인할 수 없는 점, ② 위 계좌이체내역 중 2020. 5. 27.자 3,500,000원을 제외하면 나머지 계좌이체는 2021. 5.부터 2021. 12.까지 사이에 이루어진 것인데, 2021. 1.경 이미 이 사건 공사 중 토목공사는 거의 완료된 것으로 보이고 2021. 6. 4. 이 사건 건물에 대한 사용승인이 이루어졌다는 점에서 위 기간 중 이루어진 계좌이체가 토목공사와 관련된 것이라고 보기는 어려운 점, ③ 이 사건 공사계약에 관하여 2020. 8. 5. 최초 작성된 계약서에는 토공사 관련 공급가액이 44,993,640원으로기재되어 있었고 2021. 5. 21.자로 작성된 이 사건 변경계약서에는 위 토공사 관련 비용이 삭제되기는 하였으나, 위 2021. 5. 21.경에는 이미 이 사건 공사 중 토목공사를 포함한 대부분의 공사가 완료된 상태였다는 점에서 이 사건 변경계약서의 기재를 그대로 믿기 어려운 점, ④ 원고는 2021. 9. 1. “토목공사를 한 사실이 없을 뿐만 아니라 있다면 사소한(100,000원 이하) 것이라 본인이 직접 하였습니다”라는 내용의 소명서를 작성하여 피고에게 제출하였는바 이는 앞서 본 원고의 주장이나 계좌이체내역과도 모순되는 점, ⑤ 설령 위 계좌이체내역이 모두 토목공사와 관련된 것이라고 가정하더라도 이 사건 공사계약에 이를 제외한 나머지 토공사가 포함되어 있을 가능성이 배제되는 것은 아닌 점 등에 비추어 보면, 위 갑 제3호증의 기재만으로는 원고가 이 사건 공사 중 토목공사를 직접 하였다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 자료가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이이유 없다.

2) ‘완성도기준지급조건부 용역 공급’에 해당한다는 주장에 대하여

가) 관련 규정과 법리

구 부가가치세법은 용역의 공급시기에 관하여, 원칙적으로는 ‘역무의 제공이 완료되는 때’, ‘시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때’로 규정하는 한편(제16조 제1항), 예외적으로 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등에는 이를 대통령령으로 정하도록 규정하고 있고(제16조 제2항), 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령은 그 예외 중 하나로 ‘완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우’, ‘기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우’에는 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다(제29조 제1항 본문, 제2호, 제3호). 여기에서 ‘완성도기준지급조건부 용역의 공급’이라 함은 장기간에 걸쳐 용역을 공급하는 경우 진행도 또는 완성도를 확인하여 그 비율만큼 대가를 지급하는 거래 형태를 말하고, 부가가치세법 시행규칙은 ‘중간지급조건부 용역의 공급’ 중 하나로 ‘계약금을 받기로 한 날의다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우’를 정하 고 있다(제18조 제1호).한편, 구 부가가치세법은 선발행세금계산서와 관련하여, 사업자가 앞서 본 용역의 공급시기가 되기 전에 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하면 그 세금계산서를 발급하는 때를 그 용역의 공급시기로 본다고 정하고 있다(제17조 제1항).    

나) 구체적 판단

이 사건 공사계약은 공사대금을 ‘선금(20%) : 착공시 지급, 기성부분금 : 매월1회 또는 공사 기성률에 해당하는 금액 지급, 잔금(20%) : 사용승인 후 그로부터 30일 이내 지급’하는 것으로 정하고 있음은 앞서 본 바와 같다. 그러나, 앞서 든 증거, 을 제7, 8, 10 내지 16호증(가지번호 포함)의 각 기재와     변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정을 종합하여    앞서 본 관련 규정과 법리에 비추어 보면, 이 사건 공사계약은 위와 같은 공사대금 지급약정 내용에도 불구하고 ‘완성도기준지급조건부 용역의 공급’에 해당한다고 볼 수     없다. 따라서 이를 통상적인 용역의 공급으로 보고 이 사건 세금계산서 내지 수정세금계산서가 선발행세금계산서에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.   

(1) 공사도급계약이 체결되어 기성률에 따라 기성금이 지급되고 그에 관한 세금계산서가 발급되는 경우 통상적으로 도급인과 수급인 사이에 기성률을 확인하는 절차를 거치기 마련인데, 원고와 DD은 1차 내지 3차 기성금 관련 각 세금계산서에 관하여 DD 명의로 작성된 기성청구서와 그 첨부서류만을 제출하였을 뿐 원고가 위 기성청구서 등을 검토하고 이를 승인하였음을 알 수 있는 자료는 제출한 바 없다.

(2) 원고는 피고로부터 수차례 기성청구 및 확정 내용을 확인할 수 있는 서류제출을 요구받았음에도 2021. 8. 25. 기성청구서 1매를 제출하면서 추가로 제출할 서류가 없다는 취지로 회신하였고 그 이후로는 회신조차 하지 않았다. 그런데 원고가 제출한 위 기성청구서에는 기성금 청구 내역만 ‘선급금 138,600,000원, 1차 기성금 126,728,000원, 2차 기성금 130,147,143원, 3차 기성금 197,292,700원’으로 기재되어 있을 뿐 공사항목별 진행률 등 기성률을 확인할 수 있는 내용은 전혀 포함되어 있지 않을 뿐더러, 2021. 3. 24. 발급된 수정세금계산서에 따라 1차 기성금이 139,400,800원으로 변경된 내용도 반영되어 있지 않다. 이에 비추어 보면 원고가 제출한 위 기성청구서의 기재를 그대로 믿기 어렵다.

(3) DD은 2021. 10. 2. 총공사금액 693,000,000원의 기성청구서를, 2021. 11. 3. 총공사금액 627,000,000원의 기성청구서를 피고에게 각각 제출하였다. 그런데, ① 위 각 기성청구서에 기재된 공사항목별 진행률이 서로 일치하지 않는 점, ②위 각 기성청구서의 총공사금액이 서로 다른 것은 이 사건 변경계약서에 따른 것으로 보이나 앞서 1)항에서 본 바와 같이 이 사건 변경계약서의 기재를 믿기 어려운 점, ③위 각 기성청구서에 첨부된 공정확인서 및 내역서, 현장 사진들은 그 하단의 수신인 기재에 비추어 볼 때 원고가 아닌 JJ농협 KK지점장에게 제출하여 대출금을 지급받을 용도로 작성된 것으로 보이는 점, ④ JJ농협 KK지점에서는 DD로부터 제출받은 위와 같은 기성청구서와 그 첨부서류만 확인한 후 대출금으로 공사대금을 지급하였고 감리자확인서 등 기성청구서의 진위를 확인할 수 있는 자료를 추가로 요구하지는 않았던 점, ⑤ 2021. 11. 3. 제출된 기성청구서에는 2020. 12. 24. 3차 기성금 청구 당시 전체 공사의 96%가 진행된 것으로 기재되어 있고 외부테라스 바닥과 담장이 완성된 모습이 촬영된 사진이 첨부되어 있으나 실제로는 2021. 1.까지도 이 사건공사 중 기본토목공사, 골조공사, 일부 외벽공사만 진행된 상태로 외부테라스 바닥과담장은 완성되기 전이었던 것으로 확인되는 점 등에 비추어 보면 DD이 제출한 위 각 기성청구서의 기재 역시 그대로 믿기 어렵다.

(4) 원고는, 피고가 원고에 대하여만 이 사건 세금계산서 내지 수정세금계산서의 공급가액 중 209,452,474원에 관하여 매입세액을 불공제하고 이를 전제로 이 사건 처분을 하고 DD에 대하여는 위와 같은 매입세액을 불공제하거나 이를 전제로 한 처분을 하지 않은 것은 모순이 있다는 취지로도 주장하나, DD의 관할세무서에 위와 같은 매입세액 불공제에 따른 과세자료가 파생되어 있고 단지 그에 따른 후속 처분만 이루어지지 않은 상태인 것으로 보이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.