주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2021. 4. 6. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 60,967,930원의 경정거부처분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2019. 4.10.경 주택재건축정비사업 시행에 따라 서울 OO구 OO동 aa 아파트 (이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)의 권리가액 1,250,759,000원과 분양 예정인 서울 OO구 ㅁㅁ아파트 분양가액 951,750,000원고의 차액 299,009,000원을 청산금으로 수령하였다.

나. 원고는 2019. 6. 30. OO세무서장에게 이 사건 주택 양도에 관하여 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제155조 제20항 전문의 1세대 1주택 특례를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 809,180을 예정신고·납부하였다.

다. 원고의 배우자 권aa은 2015. 11. 27. OO시 OOO구 ss 아파트(이하 ‘이사건 임대주택’이라 한다)를 취득하여 2018. 9. 21. 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482 호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제5조 미 소득세법 제168조에 따라 장기일반민간임대주택에 대한 임대사업자 등록을 하였다가, 2020. 9. 15. 자진하여 그 등록을 말소하였다.

라. 원고는 OO세무서장으로부터 ‘이 사건 임대주택이 임대기간요건을 충족하지 못하였으므로 이 사건 주택에 대한 양도소득세가 추가 과세된다’는 취지의 안내를 받고, 2020. 11. 27. 이 사건 주택 양도에 관하여 2019년 귀속 양도소득세 60,967,926원(가산세 포함)을 수정신고하였고, OO세무서장의 2020. 12. 1.자 납부고지에 따라 위 양도소득세를 납부하였다.

마. 원고는 2021. 3. 12. 기준 원고의 주소지 관할세무서장인 피고에게 위 양도소득세 60,967,935원의 취소를 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 4. 6. ‘이 사건 임대주택은 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정된 것, 이하 ’개정된 소득세법 시행령‘이라 한다) 제155조 제23항 제1호에서 정하는 요건을 충족하지 아니하므로 이 사건 주택 양도는 1세대 1주택 특례 규정의 적용 대상에 해당되지 않는다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2022. 6. 8. 기각되었다.

사. 피고는 이 사건 소송 계속 중 ‘개정된 소득세법 시행령 제155조 제21항 및 제22항은 세법상 임대기간요건을 미충족한 임대주택의 등록이 말소되기 전 거주주택을 양도한 경우에 적용되는 규정이고, 같은 조 제23항은 세법상 임대기간요건을 미충족한 임대주택의 등록이 말소된 이후 5년 이내에 거주주택을 양도한 경우에 적용되는 규정이므로, 원고가 아래 [표] 기재와 같이 이 사건 임대주택 임대사업자 등록 말소 전에 이 사건 주택을 양도하였고, 이후 이 사건 임대주택이 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 것은 개정 소득세법 시행령 제155조 제2항 제2호 라목을 충족하지 못한 경우로서 감경받은 양도소득세를 추가납부하여야 한다.’는 것으로 처분사유를 변경하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제3호증, 제5호증 내지 제8호증, 제14호증, 을 제1호증 내지 제3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 , 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 원고의 소장부본을 송달받고 30일 이내 답변서를 제출하지 아니하고 변론기일 1주일 전 급박하게 답변서를 제출하여 강행규정을 위반하였고, 원고가 다른 이유 없이 정부의 임대사업자등록 자진말소정책에 호응하여 자진말소신청을 한 경우 구청이나 세무서는 구 민간임대주택법 제6조 제2항의 청문의무를 이행하였어야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로, 이 사건 처분에는 절차적 위법이 있다.

2) 이 사건 주택의 양도일은 2019. 4. 6.인데 피고는 2020. 10. 7. 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항을 근거규정으로 들고 있으므로, 이 사건 처분은 소급과세에 의한 것으로서 헌법 제13조 및 국세기본법 제18조에 위배되어 위법하다.

3) 설령 피고의 주장대로 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항이 이 사건 처분의 근거규정이 될 수 있다고 하더라도, 이 사건 임대주택은 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 라목의 요건을 충족한다. 즉 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법 제43조 및 제2조에 의하면 아파트에 대하여는 임대의무기간이 부존재하였고, 설령 피고의 주장과 같이 임대의무기간 8년의 적용을 받는다고 하더라도, 원고는 임대사업자 등록 이전인 2015. 9. 5.부터 이 사건 임대주택을 주택임대에 이용하였으므로 실질적으로는 임대의무기간의 1/2 이상 임대 요건을 충족하고, 이 사건 양도에 관하여 추가로 신고·납부할 세액이 없다.

4) 원고는 세무대리인에게 이 사건 주택 양도소득세의 자진신고 및 수정신고를 위하여 성실히 신고납부의무를 이행하였으므로, 설령 그 신고납부내용에 일부 위법이 있다고 하더라도 세법에 무지한 일반인인 원고에게 신고불성실, 납부불성실 관련 가산세를 부과한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 절차적 위법 주장에 대한 판단

가) 피고가 원고의 소장 부본을 송달 받고 30일 이내에 답변서를 제출하지 아니하였다고 하더라도 이는 강행규정위반이 아니고, 그와 같은 사실만으로 이 사건 처분의 적법 여부에 영향을 미칠 수 없다.

나) 구 민간임대주택법 제6조 제2항 본문은 ‘시장·군수·구청장은 제1항에 따라 등록을 말소하는 경우 청문을 하여야 한다.’고 규정하고 있을 뿐 세무서장에 대하여 임대사업자 등록 말소와 관련하여 어떠한 청문의무를 규정하고 있지 아니하고, 설령 이 사건 임대주택의 임대사업자 등록말소처분에 관하여 어떠한 절차상 위법이 있었다고 하더라도 원고는 등록말소처분을 다투지 아니하였던 것으로 보이는바, 뒤늦게 이 사건 처분의 위법사유로 해당 사유를 주장할 수 없다.

다) 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 소급입법에 의한 과세로서 위법한지 여부

가) 민간임대주택법의 개정에 따른 민간임대주택의 등록말소 특례

구 민간임대주택법 제2조 제5호는 “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다고 규정하고, 제6호는 “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다고 규정하고 있었다. 그런데 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법(이하 ’개정된 민간임대주택법‘이라 한다, 이하 같다)은 단기민간임대주택 및 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 폐지하는 한편, 민간임대주택의 임대의무기간을 종전 8년 이상에서 10년이상으로 연장하는 내용으로 개정되었고, 같은 법 제6조 제1호 제11호에 ’제43조에도 불구하고 구 민간임대주택법 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우에는 시장·군수·구청장은 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.‘고 규정하여 임대의무기간이 지나지 아니한 경우에도 임대주택을 양도를 할 수 있는 특례규정을 두었다. 또한 위와 같은 민간임대주택법령의 개정을 반영하여 2020. 10. 7. 개정된 소득세법시행령 제155조 제22항 후문 제2호 라목 1)에서는 ’1세대가 민간임대주택법에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택(거주주택)을 보유하다가 거주주택을 양도하여 같은 조 제20항에 따라 1세대 1주택의 특례를 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에도, 그것이 민간임대주택법 부칙(법률 제17482호) 제5조 제1항이 적용되는 장기임대주택으로서 ’민간임대주택법 제6조 제1항 제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다)‘에는 그 등록이 말소된 날에 같은 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다고 규정하여 임대기간요건 미준수에 따른 추가 양도소득세 신고·납부의무를 면제하는 규정을 두었다.한편 소득세법 시행령 부칙<제31083호, 2020. 10. 7.> 제3조 제1항은 제155조 제22항 제2호 라목의 개정규정은 2020년 8월 18일 이후 등록이 말소되는 분부터 적용한다고 규정하고, 민간임대주택법 부칙<제17482호, 2020. 8. 18> 제5조 제1항은 ’이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반 민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.‘고 규정하고 있다.

나) 이 사건 처분의 근거 법령 및 소급과세 여부

원고는 이 사건 주택의 양도일은 2019. 4. 6.인데 피고는 2020. 10. 7. 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항을 이 사건 처분의 근거규정으로 들고 있으므로, 이 사건 처분이 소급과세로서 위법하다고 주장하나, 이 사건 처분의 근거 법령은 구 소득세법시행령 제155조 제22항 전단으로서 이 사건 주택 양도 당시에도 이미 존재하고 있었고 2020. 10. 7. 개정된 소득세법 시행령에서 신설된 것이 아니므로 이 사건 처분은 소급과세에 해당하지 아니한다.

피고가 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항 후단 제2호 라목을 처분의 근거로 든 것은 원고가 위 개정 규정에서 정하는 요건을 충족하지 못하여 추가 양도소득세 신고·납부의무를 면제받을 수 없음을 언급한 것으로서, 위 개정규정은 민간임대주택법의 개정에 따라 임대사업자등록을 말소한 사람이 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하는 등의 일정한 요건을 갖춘 경우 등록말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 간주하는 납세자에게 유리한 규정이므로, 조세공평의 원칙에 어긋나지 않는 한 소급효가 허용된다(대법원 1983. 4. 26. 선고 81누426 판결 등 참조).

따라서 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항 후단 제2호 라목을 이 사건 주택양도에 적용하는 것은 원고에게 유리한 경우로서 그 적용에 아무런 문제가 없고, 다만 아래 3)항에서 살피는 것과 같이 이 사건 임대주택이 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하는 등의 요건을 충족하지 못하였기 때문에 원고는 위 후단 제2호 라목에 따른 혜택을 적용받지 못하는 것뿐이다.

이 사건 처분이 원고에게 불리한 소급과세에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 주택의 양도가 개정 소득세법 시행령 제155조 제22항 후단 제2호 라목의 요건을 충족하는지 여부

가) 원고는 개정된 민간임대주택법 원고는 개정된 민간임대주택법 제43조, 제2조에 의하면 아파트에 대하여는 임대의무기간이 부존재한다고 주장하나, 민간임대주택법 부칙<제17482호, 2020. 8. 18> 제5조 제1항은 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반미난임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.’고 규정하고 있으므로, 개정된 민간임대주택법 시행 전에 이미 아파트를 임대하는 민간매입임대주택을 등록한 경우 임대의무기간은 종전의 규정에 따라 장기임대주택 8년 이상, 단기임대주택 4년 이상이 적용된다. 또한 구 민간임대주택법 제2조 제1호에 의하면, 민간임대주택이란 임대 목적으로 제공되는 주택으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말한다고 규정하고 있는바, 임대사업자로 등록하기 전에 이 사건 임대주택을 임대한 기간도 임대의무기간 충족여부를 판단할 때 고려하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

나) 결국 원고는 이 사건 임대주택에 대하여 임대사업자로 등록한 2018. 9. 21.

부터 임대사업자 등록을 자진말소한 2020. 9. 15.까지 약 2년에 가까운 임대의무기간을 충족하였을 뿐이므로, 원칙적으로 구 소득세법 시행령 제155조 제21항, 제20항, 제167조의3 제2항 1항 제2호 가목에서 정하는 임대기간 5년을 충족하지 못하였고, 2020. 10. 7. 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항 후단 제2호 라목에서 민간임대주택법의 개정에 따라 임대사업자등록을 말소한 사람이 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대하는 등의 일정한 요건을 갖춘 경우 등록말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 간주하는 특례규정의 요건도 충족하지 못하였다.

다) 따라서 원고가 개정된 소득세법 시행령 제155조 제22항 후단 제2호 라목의 요건을 충족한다는 취지의 원고의 주장은 이유 없고, 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 전단에 근거한 이 사건 처분은 적법하다.

4) 가산세 부과처분의 적법 여부

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 참조). 그러나 세법 해석상 의심스러운 부분으로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반한 신고를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정단한 사유가 있다고 할 수는 없다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773 판결, 대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

나) 앞서 살핀 것과 같이 이 사건 처분은 소급과세에 해당하지 아니하고, 원고는 이 사건 임대주택에 관한 임대기간요건을 충족하지 못하였으므로 이 사건 주택의 양도에 관하여 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 전단에 따라 같은 조 제20, 21항을 적용하여 신고납부한 양도소득세액과의 차액을 납부하여야 하는 경우에 해당함이 분명하다. 따라서 원고가 개정된 민간임대주택법에 따라 이 사건 임대주택에 대한 임대사업자등록을 말소하는 경우에는 임대기간요건을 충족하지 못한 경우에도 이 사건 주택의 양도에 관하여 추가로 신고·납부할 양도소득세가 없다고 생각하였더라도, 이는 단순한 법률의 부지나 오해로 인한 것이므로 그 의무위반을 탓할 수 없어 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.