주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2019. 10. 8. 원고에 대하여 한 증여세 285,076,390원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 1972. 11. 8. 설립되어 대전 서구 ○○1길 ○○에서 대전○○중학교 및 대전 ○○고등학교를 운영하고 있는 학교법인이다.

나. 원고의 주식 보유 경위

원고는 1989. 8. 14. 최○○, 정○○로부터 ○○기업 주식회사(이하 ‘○○기업’이라한다)의 주식 합계 70,120주(68.08%)를, 1993. 12. 21. 최○○으로부터 주식회사 ○○젼(변경 전 상호 : 주식회사 ○○인터내셔날)의 주식 49,278주(19.80%)를 각 출연받았고(이하 위 각 주식을 함께 ‘이 사건 주식’이라 한다), 이후 2009. 12. 31. 기준으로 이 사건 주식을 보유하고 있었다.

다. 이 사건 주식 보유에 관한 증여세부과처분

1) 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하‘2007년 개정 전 상증세법’이라 한다) 제49조 제1항, 제78조 제4항 및 그 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2008년 개정 전 상증세법 시행령’이라 한다) 제42조 제1항은 공익법인 등이 2000. 1. 1. 이후 동일 내국법인의 발행주식총수의 5/100를 초과하여 보유하는 경우에는 그에 대하여 가산세를 부과하나, 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인인 ’성실공익법인’에 해당하는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있었다. 그리고 원고는 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인인 ’성실공익법인’에 해당한다는 이유로 종래 이 사건 주식에 대하여 초과보유 가산세가 부과되지 아니하였다.

2) 그런데 상증세법 시행령이 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정(이하 ‘2008

년 개정 상증세법 시행령’이라 한다)되면서 주식 초과보유 가산세의 부과 대상에서 제외되는 ‘성실공익법인’의 정의에 구 상증세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되어 2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2008년 개정 상증세법’이라 한다) 제50조 제3항에 따른 외부감사의 이행 등 요건이 추가되었다.

3) 피고는 2019. 10. 8. 원고에게 “원고가 2009년 회계연도에 외부감사를 받지 않아 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항, 제13조 제5항이 정한 성실공익법인에 해당하지 아니 한다”는 이유로 이 사건 주식 지분율 5% 초과액을 과세표준으로 한 2009. 12. 귀속 증여세(초과보유 가산세) 285,076,390원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

4) 원고는 2020. 1. 6. 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 5. 13. 심사청구를 기각하였다.

2. 원고의 주장 요지

가. 이 사건 주식에는 강화된 성실공익법인 요건이 적용되지 아니한다는 주장

2008년 개정 상증세법 시행령 부칙 제3조는 제42조의 개정규정을 개정 시행령 시행 후 최초로 주식을 출연하거나 취득하는 분부터 적용하도록 정하고 있는데, 이 사건 주식은 2008년 개정 상증세법 시행령이 시행된 2008. 2. 22. 이후 최초로 출연하거나 취득한 주식이 아니므로, 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항은 이 사건 주식에 대하여 적용되지 않는다. 따라서 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙, 신의칙 위반 주장

2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항, 2008년 개정 전 상증세법 시행령 제42조 제1항은 1996. 12. 31.을 기준으로 공익법인의 주식보유기준과 함께 초과보유의 예외를 정한 것인데, 2008년 개정 상증세법 시행령은 초과보유의 예외를 인정하는 성실공익법인의 요건을 강화함으로써 원고에게 불리하게 개정한 것이므로, 이를 원고에게 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙, 신의칙에 반한다.

다. 원고가 외부감사 대상 법인에 해당하지 아니한다는 주장

설령 원고에게 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항이 적용된다고 하더라도, 원고는 학교법인으로서 2007년 개정 상증세법 제50조 제3항 단서, 2008년 개정 상증세법 시행령 제43조 제4항, 제12조 제2호에 따라 외부감사를 받지 않아도 되는 법인에 해당한다. 따라서 원고가 2009년 회계연도에 외부감사를 받지 않았다는 이유로 성실공익법인에 해당하지 아니한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 소의 적법 여부에 대한 판단

가. 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 참조).

나. 을 제2호증, 을 제3호증의 각 기재에 의하면, 피고가 이 사건 항소심 진행 중이던 2023. 3. 6. 이 사건 처분을 직권취소한 사실이 인정되므로, 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 이미 효력을 상실하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 이 사건 소를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.