1. 피고가 원고에게, 원고의 20××.××.××. 20××년 제×기 부가가치세 000,000,000원의 국세환급신청에 대하여 20××.××.××. 한 000,000,000원의 국세환급금 지급 거부 처분 및 20××.××.××. 한 20××년도 제×기분 부가가치세 가산세 000,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

주문과 같다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 대전○○○ ○○○○ ○○○○ 조성 민자유치사업 공모 경위 등

1) 원고는 20××. ××. ××. 지방공기업법에 따라 대전○○○ 관련 자산의 관리 및 운영, 대전○○○○○의 성과 계승 및 기념사업 등을 목적으로 설립된 지방공사이다(원고의 명칭은 20××. ××. ××. ‘대전○○○○○’에서 ‘대전○○○○’로 변경되었다).

2) 원고는 20××. ××. ××. ‘대전○○○ ○○○○ ○○○○ 조성 민자유치사업’(이하 ‘이 사건 민자유치사업’이라 합니다)을 공모하였는데, 당시 원고가 제시한 ‘공모지침서(사업설명서)’에 의하면, 원고가 사업시행자에게 ○○○○ ○○○○부지인 대전광역시 ○○○ ○○○○ ××× 54,058㎡ 중 민자사업부지 47,448㎡(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)를 제공하고, 사업시행자는 자신의 비용으로 이 사건 부지에 시설물을 건설하여 운영하다가 토지사용기간 종료 후 원고에게 시설물을 무상 인계 또는 철거한다는 것으로서 그 주요한 내용은 아래와 같다.

-아래-

1. 목적

본 지침은 원고가 이 사건 민자유치사업을 시행함에 있어 필요한 제반사항을 정하는 목적이 있다.

3. 사업개요

다. 부지현황

◇위치: 대전광역시 ○○○ ○○○○ ×××

◇○○○○ ○○○○ 부지: 54,058㎡(민자사업부지+한국○○○○○ 부지)

◇민자사업부지: 47,448㎡

마. 사업추진방식

◇원고는 부지만 제공하며, 사업시행자가 투자하여 부지조성 및 시설물 건설 후 토지사용기간 동안 소유 및 운영(토지는 원고 소유)

◇사업시행자는 토지사용기간 종료 후 시설물을 원고에 무상 인계 또는 철거

바. 사업시행자 선정방식

◇적격업체 중 최고 점수를 획득한 사업신청자를 우선협성대상자로 선정함. (최고점수자가 2인 이상인 경우 공공기여도 점수가 높은 자로 선정)

아. 토지사용기간: 착공일로부터 30년 이내 자율제시. 다만, 토지사용기간 종료 후에는 원고와 협의를 거쳐 10년 단위로 계속 사용 여부 결정

자. 토지사용료 제안

◇토지사용료는 착공일로부터 기산하여 원고에 납부. 다만 착공일로부터 운영개시일 전까지는 토지사용료의 50%를 납부하며, 운영개시 후부터는 100% 납부.

◇사업신청자는 원고가 제시한 최저수용금액 이상으로 토지사용료를 제시하여야 하며, 최저수용금액 미만으로 토지사용료를 제시하였을 경우에는 사업시행자 선정에서 제외

5.5. 토지사용료

다. 토지사용료 제안

◇민자사업부지 면적은 실시계획 승인 또는 각종 영향평가와 인허가과정에서 일부 조정될 수 있으며 이에 따른 토지사용료 조정은 불가

5.8. 사업시행자의 의무 및 부담

카. 사업신청자는 대전의 랜드마크시설(전망타워, 대관람차 등)과 관련된 사업에 200억 원 이상을 투자하여 건립·운영하여야 한다. 다만, 일정금액을 원고가 제시하는 공익사업에 투자하여 기부채납하게 할 수 있다. 구체적인 사항은 실시협약에서 따로 정한다.

타. 사업시행자는 실시협약 체결 이후 법인설립계획에 따라 대전광역시를 주사무소로 하는 현지법인 설립등기를 완료하여야 한다.

5.14. 사업이행보증금 및 협약해지

나. 원고는 아래사항에 해당되어 정상적인 사업추진이 어렵다고 판단하는 경우 상당한 기간을 정하여 그 이행을 최고한 후 실시협약을 해지하고, 사업이행보증금은 원고에 귀속된다.

1) 사업시행자가 실시협약에서 정한 내용을 이행하지 않거나 임의로 변경하여 이를 시정하도록 통보한 후 60일 이내에 사업시행자가 시정조치를 취하지 않은 경우

11) 사업시행자가 모집공고, 본 공모지침서, 실시협약에서 정한 조건을 위배하거나 의무를 이행하지 아니한 경우

- 끝 -

3) 주식회사 ○○○, 주식회사 ○○○○○○○, 주식회사 ○○○○○○○로 구성된 ○○○ 컨소시엄은 20××. ××. ××. 원고에게 이 사건 민자유치사업의 사업시행자 지정 신청서 및 사업계획서를 제출하였는데, 위 사업계획서에는 이 사건 민자유치사업의 총사업비가 0,000억 원으로, 그중 공공기여 투자금액이 000억 원(랜드마크시설 투자비 000억 원, 공공시설 투자비 000억 원, 현금기부채납 제시금액 000억 원)으로 되어 있었다. 이후 OOO 컨소시엄은 20××. ××. ××. 추가사업계획서를 제출하면서 지역환원금액 00억 원을 추가한 총 000억 원의 공공기여 투자금액을 제시하였다.

4) 원고는 위 사업계획서를 바탕으로 OOO 컨소시엄을 이 사건 민자유치사업의 사업시행자로 선정하였고, 20××. ××. ××. ○○○ 컨소시엄과 사이에 다음과 같은 내용의 이 사건 민자유치사업 실시협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였다.

- 다음 -

제2조(용어의 정의)

6. “사업계획서”라 함은 사업시행자로 지정받기 위하여 공모지침서에 의거 사업시행자가 20××. ××. ××.자로 원고에 제출한 이 사건 민자유치사업의 사업계획서 및 20××. ××. ××.자로 원고에 제출한 ○○○○ ○○○○ 과학성·공공성 강화를 위한 추가 사업계획서를 말하며, 이후 사업시행자가 원고의 승인을 얻어 수정, 변경한 사업계획도 포함한다.

30. “공익사업 기부채납 시설”이라 함은 대전○○○‘××의 성과 계승·기념 및 영광을 재현하기 위한 사업 등 원고 사장이 제시하는 시설 등을 말한다.

31. “지역환원금액”이라 함은 대전○○○ ○○○○ ○○○○ 조성 민자유치사업의 공공성 강화를 위해 사업시행자가 추가 사업계획서에서 제시한 금액을 말한다.

제3조(협약서의 구성 및 우선순위)

① 협약서는 본 협약, 공모지침서 및 사업계획서로 구성된다.

제19조(토지사용료 등)

① 사업시행자는 붙임 4(연간 토지사용료 납부예정액)에서 정한 “연간 토지사용료 납부예정액”에 부가가치세를 가산하여 매년 1월 31일까지 원고가 지정하는 계좌에 납부하여야 하며, 이때 토지사용료 산정기간은 1월 1일부터 12월 31까지로 한다. (후략)

제42조(공익사업 기부채납 시설)

① 사업시행자는 원고가 공익사업 기부채납 시설을 제시하는 경우, 설계도서를 포함한 기부채납시설 실시계획을 원고에 제출하여야 한다.

③ 사업시행자는 기부채납시설 설계확정 후 사업시행자가 설치하는 시설물 착공 후 1개월 이내에 “공익사업 기부채납 시설”을 착공하여야 하고, 착공일로부터 1년 이내에 원고에 기부채납하여야 한다. 다만, 원고는 사업시행자와 협의하여 기부채납 기한 연장이 필요하다고 일정할 경우 기부채납 기한을 연장할 수 있으며, 현금으로 기부채납을 요청할 수 있다. 이 경우 사업시행자의 시설물 착공 시 50%, 준공 시 50%를 납부한다.

④ 공익사업 기부채납시설에 대한 총사업비는 사업시행자가 사업계획서에 제시한 000억 원으로 한다.

제43조(지역환원금액)

사업시행자가 공공성 강화로 제시한 00억 원에 대해서는 본 시설 착공 시 일시에 납부한다.

<붙임 4>

연간 토지사용료 납부예정액

토지사용료 000억 원정 (부가가치세 별도)

- 끝 -

5) ○○○ 컨소시엄은 2016. 4. 22. 백화점 상품 수출입업, 백화점 경영 등을 목적으로 하는 주식회사 대전○○○(이하 ‘대전○○○’라고만 한다)를 설립하여 이 사건 민자유치사업의 사업시행자 지위를 승계하도록 하였다.

나. 대전○○○의 공익사업 기부채납 등

1) 원고는 이 사건 협약 체결 후 주식회사 ○○○○○에 ‘○○○기념구역 활성화를 위한 연구용역’을 발주하였고, 주식회사 ○○○○○는 20××. ×.경 000억 원의 투자금을 기초로 □□□□(00억 원)와 □□□ □□□□(00억 원)의 조성이 적정하다는 내용의 보고서를 제출하였다.

2) 원고는 20××. ××. ××. 대전○○○와 사이에 다음과 같은 내용으로 이 사건 협약 제42조의 ‘공익사업 기부채납 시설’에 관한 합의(이하 ‘이 사건 합의’라 한다)를 하였다.

- 다음 -

제1조 사업개요

① 사업명: 공익사업 기부채납시설 추진사업

② 부지위치: 대전광역시 ○○○ ○○○○ ××× ○○○ ○○○○ 일대

③ 총사업비: 000억 원 (VAT 별도)

④ 기부채납조건: 현물 기부채납

제2조 업무의 분담

① 원고는 다음 각 호의 사항을 수행한다.

1. 공익사업시설 제시, 설계검토 및 승인, 인허가업무

2. 공익사업시설 기부채납 시 자산취득 행정업무 및 취득세 납부

(단, 사업시행자가 취득세 납부 시 이를 총 사업비 내 포함)

3. 기부채납 이후 시설 운영, 안전관리 및 유지보수

제3조 사업비의 부담

① 사업시행자는 총사업비 000억 원(VAT별도)을 부담하며, 세부내용은 각 호와 같다.

6. 공익사업시설 공사, 인허가에 필요한 개발분담금 및 제세(취득세 제외)

② 원고는 공익사업시설 사업관리에 필요한 자체 용역비 및 시설물 취득세를 부담한다.

제6조 기부채납 및 정산

① 공익사업시설 공사기간은 설계 완료 후 별도 협의하며, 원고의 감정평가 이후 즉시 기부

채납된다. (후략)

④ 원고는 공익사업시설을 기부채납 받을시 사업시행자에게 세금계산서를 발행하고 부가가

치세를 별도 징수하여야 한다.

- 끝 -

3) 대전○○○는 2019. 8. 5. 원고가 ‘공익사업 기부채납 시설’로 제시한 □□□□, □□광장, □□□□트리, □□□길, 조경시설(이하 ‘이 사건 시설이라 한다)의 조성에 착수하여 20××. ××. ××. 준공하였고, 20××. ××. ××. 준공승인을 받았다.

4) 원고는 20××. ××. ××. 주식회사 ○○감정평가법인에 이 사건 시설의 감정평가를 의뢰하였는데, 위 감정평가법인은 이 사건 시설의 감정평가액이 000억 원(부가세 제외)이라고 회신하였다. 한편 원고는 ○○회계법인에 이 사건 시설의 자산취득 및 회계처리 관련 자문을 하였는데, 위 회계법인은 다음과 같이 답변하였다.

- 다음 -

대전○○○의 기부채납시설은 부가가치세법상 공사 부지사용 대가성으로 보아, 공사에 30년 부지임대료의 선납(교환거래: 부지임대료와 공사대가)에 해당되며 따라서, 공사에게 인수시기에 세금계산서를 발행하여야 하고, 공사는 30년 부지임대료를 선납으로 수령하였기에 세금계산서를 대전○○○에 발행하여야 함. 이에 부가가치세 00억 원은 용역과 재화의 교환거래에 의거 상호 세금계산서 발행만으로 갈음.

- 끝 -

5) 대전○○○는 2020. 10. 28. 원고에게 이 사건 시설을 인계하면서 공급가액 000억 원, 부가가치세 00억 원의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 대전○○○에게 동일하게 공급가액 000억 원, 부가가치세 00억 원의 세금계산서를 발행하였다.

6) 대전○○○는 이 사건 협약에 따라 현재 이 사건 부지에 백화점을 건설하여 운영하고 있다.

다. 피고의 매입세액공제 부인 및 부가가치세 가산세 부과처분

1) 원고는 20××. ××. ××. 20××년 제×기 부가가치세 확정 신고 시 환급세액000,000,000원을 신청하였는데, 피고는 원고에게 이 사건 시설에 대한 매입세액 공제가 가능한지 여부에 대하여 현장 확인을 하겠다는 통지를 하였다.

2) 피고는 20××. ××. ××. 원고에게 현장 확인 결과를 다음과 같이 통지하면서, 매출세금계산서의 부인과 관련하여 가산세의 한도인 1억 원을 부과할 예정이라는 과세예고 통지를 하였다.

- 다음 -

현장 확인 결과

(1) 매출세금계산서: 사실과 다른 세금계산서로 부인 결정

(2) 매입세금계산서: 건설용역으로 무상 공급한 것이므로 과세대상 아님

- 끝 -

3) 피고는 20××. ××. ××. 원고가 신청한 환급세액 000,000,000원 중 가산세 0억 원을 제외한 나머지 000,000,000원을 환급 통보하였으며, 20××. ××. ××. 가산세 한도 적용오류를 이유로 가산세 0억 원을 추가 고지하였다(이하 피고의 20××. ××. ××.자 0억 원의 국세환급금 지급 거부처분 및 20××. ××. ××.자 가산세 0억 원의 부과처분을 통틀어 ’이 사건 각 처분‘이라 한다).

4) 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 불복하여 20××. ××. ××. OO지방국세청장에 이의신청을 하였으나 OO지방국세청장은 20××. ××. ××. 원고의 신청을 기각하였고, 이에 원고는 20××. ××. ××. 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20××. ××. ××. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 21, 23, 24호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 각 처분에는 아래와 같은 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

가. 주위적 주장

1) 대전○○○는 원고에게 토지사용료를 지급하는 외에 이 사건 시설을 기부채납 하여서라도 이 사건 민간유치사업의 사업시행자로 선정되어 이 사건 부지에 상업시설인 백화점 등을 건축하고 영업 등에 활용하는 것이 현저히 높은 경제적 가치가 있다고 판단하여 이 사건 시설을 기부채납하게 된 것이다.

2) 따라서 대전○○○가 원고에게 이 사건 시설의 건설용역을 공급한 것은 무상의 거래가 아닌 대가관계에 따른 거래에 해당하는바, 대전○○○가 대가관계 없이 이를 공급한 것으로 보아 원고의 매입·매출세금계산서를 부인하는 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 각 처분은 부가가치세법에 반하여 위법하다.

나. 예비적 주장

1) 설령 원고의 주위적 주장이 이유 없다 하더라도, 대전○○○의 원고에 대한 이 사건 시설 이전이 이 사건 부지사용 및 상업시설물의 운영권 확보와 대가적 관계에 있다고 해석할 여지가 충분히 있고, 현재까지 원고에 대하여만 이 사건 각 처분이 이루어졌을 뿐 대전○○○에 대하여는 가산세가 부과되지도 않았다.

2) 국세기본법 제48조 제1항은 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 않는다고 하고 있는바, 위와 같은 사정을 종합하여 보면 납세의무자인 원고에게 부가가치세 신고 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 원고에게 가산세를 부과한 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

1) 부가가치세법 제12조 제2항 본문은 “사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.”고 정하고 있다.

2) 한편 부가가치세법 제29조 제1항 본문은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.”고 규정하고 있고, 동조 제3항 제1호는 “금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가”를, 제2호는 “금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 각 공급가액으로 규정하고 있다. 따라서 사업자가 토지 사용 용역을 공급하고 토지 사용료를 일부는 금전으로 나머지는 금전 이외의 것으로 받은 경우 그 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 토지 사용료로 받은 금전에 금전 이외의 것과 대가관계가 있는 부분의 시가를 더한 금액이라고 보아야 한다(대법원 2022. 1. 27. 선고 2017두51983 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 인정한 사실 및 앞서 거시한 증거와 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 대전○○○가 원고에게 이 사건 시설의 건설용역을 공급한 것과 원고가 대전○○○에게 이 사건 부지의 사용 허락을 해 준 것은 서로 실질적, 경제적 대가관계에 있다고 봄이 타당하다.

1) 원고는 이 사건 민자유치사업에 대한 공모지침서에서 공공기여도 점수가 높은 업체를 사업시행자로 선정하겠다고 정하고 있었고, ○○○ 컨소시엄은 최초에는 000억 원의 공공기여 투자금액을 제시하며 그중 000억 원을 현금으로 기부채납하겠다고 하였다가, 사업시행자로 선정될 목적으로 이후 00억 원을 추가로 기부채납하겠다고 한 것으로 보인다. 원고는 OOO 컨소시엄이 기부채납하겠다고 한 위 현금 000억 원을 그에 상응하는 가치의 이 사건 시설 건설로 대신 공급받은 것인바, 그렇다면 대전○○○가 이 사건 시설을 건설하여 원고에게 공급하게 된 것은 오로지 이 사건 민자유치사업의 시행자로 선정되어 이 사건 부지에 백화점을 건설하여 영업하기 위한 목적에서 이루어진 것으로 보아야 할 것이다.

2) 대전○○○가 이 사건 시설을 건설하여 공급하지 않을 경우 원고로서는 대전○○○의 협약상 의무 불이행을 이유로 이 사건 협약을 해지할 수도 있었던 것이므로, 원고가 대전○○○에게 이 사건 부지의 사용을 허락해 주게 된 것 역시 대전○○○가 이 사건 시설을 건설하여 공급하는 것을 조건으로 하였다고 봄이 타당하다.

3) 비록 대전○○○가 원고에게 이 사건 부지사용과 관련하여 토지사용료를 지급하고 있기는 하나, 대전○○○가 영리를 목적으로 경제활동을 하는 회사인 점을 참작하면 대전○○○로서는 이 사건 부지에 □□□ 건물을 건설하고 이를 운영하는 것에서 토지사용료 이상의 경제적 가치를 파악하여, 원고에게 토지사용료를 지급하는 데 더하여 이 사건 시설을 건설·공급하더라도 이 사건 부지사용과 사이에 대등할 만한 경제적 가치가 있는 것으로 판단하여 원고와 이 사건 협약을 체결하였다고 보아야 할 것이다.

4) 피고는 ① 이 사건 민자유치사업 공모지침서에서 이 사건 부지의 면적이 조정될 수 있으나 토지사용료의 조정은 불가능하다고 정하고 있는 점, ② 이 사건 시설이 위치한 공원녹지가 이 사건 부지에 포함되어 있지 않고, 대전○○○에게 이 사건 시설이나 그 부지를 사용·수익할 권리가 없는 점, ③ 원고와 대전○○○ 사이에서 이 사건 부지의 토지사용료의 액수가 다투어진 중재 사건에서 이 사건 시설 공급이 이 사건 부지사용과 대가관계에 있다는 주장이 이루어지지 않은 점 등을 들어 대전○○○가 원고에게 이 사건 시설의 건설용역을 공급한 것과 원고가 대전○○○에 이 사건 부지의 사용 허락을 해 준 것이 대가관계에 있지 않다는 취지로 주장하나 이러한 주장들은 아래에서 살펴보는 바와 같이 모두 받아들이기 어렵다.

가) 이 사건 민자유치사업 공모지침서에서 토지사용료의 조정이 불가능하다고 정하고 있는 것은 단순히 원고와 사업시행자 사이에 일단 토지사용료가 정하여진 후에는 실시계획 승인 또는 각종 영향평가와 인허가과정에서 이 사건 부지의 면적이 일부 조정되더라도 토지사용료를 변경할 수는 없다는 취지로 보이고, 이러한 규정의 존재가 대전○○○가 원고에게 이 사건 시설의 건설용역을 공급한 것과 원고가 대전○○○에 이 사건 부지의 사용 허락을 해 준 것이 대가관계에 있는지 여부에 어떠한 영향을 미친다고도 보이지 않는다.

나) 비록 이 사건 시설이 위치한 공원녹지가 이 사건 부지에 포함되어 있지 않으나, 이 사건 시설의 건설용역 공급과 이 사건 부지의 사용 허락이 대가관계에 있기 위하여 이 사건 시설이 반드시 이 사건 부지 지상에 위치하여야 하는 필요 불가분적 관계가 존재한다고는 보이지 않는다.

다) 원고와 대전○○○ 사이의 중재 사건에서 쟁점이 된 것은 이 사건 협약의 규정에 따라 대전○○○가 원고에게 지급하여야 하는 토지사용료의 구체적인 액수로 보이고, 대전○○○가 원고에게 이 사건 시설의 건설용역을 공급한 것과 원고가 대전○○○에 이 사건 부지의 사용 허락을 해 준 것이 대가관계에 있는지 여부는 위 사건에서 쟁점이 되었다고 보이지 않는바, 이와 같은 주장이 위 중재 사건에서 이루어지지 않았다고 하여 대가관계의 존재를 부인할 수는 없다.

5) 한편 피고는 이 사건 시설은 대전○○○가 이 사건 민자유치사업의 사업시행자로 선정되기 위하여 기부한 것으로 보아야 한다고도 주장하는데, 원고가 이 사건 민자유치사업의 사업시행자에게 부담하는 주된 의무가 이 사건 부지의 사용허락인 점을 감안하면 이러한 주장은 오히려 그 자체로 대전○○○가 원고에게 이 사건 시설의 건설용역을 공급한 것과 원고가 대전○○○에게 이 사건 부지의 사용 허락을 해 준 것이 서로 대가관계에 있음을 인정하는 취지로 보인다.

다. 소결론

따라서 이 사건 시설의 기부채납과 관련하여 원고가 대전○○○에 발행한 매출세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없으므로 이를 전제로 하여 가산세를 환급세액에서 제외하거나 부과한 이 사건 각 처분은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.