주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 4. 15. 원고에게 한 2013년 귀속 양도소득세 171,853,910원의 부과처분

을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 3. 11. QQ QQ군 @@면 ##리 1056-3 과수원 5,620㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 XXX원에 취득하였다.

나. 원고는 2011. 8. 31. QQ영농조합법인(QQ양돈영농조합법인, 이 사건 부동산과 연접한 QQ QQ군 @@면 ##리 1056-4에서 가축분뇨를 처리하여 비료를 생산하여 공급하였다)과 이 사건 부동산에 관하여 매매대금 XXX,000원(계약금 XXX,000원은 계약 시, 잔금 XXX,000원은 2011. 10. 30. 지급하되, TT농협에 대한 XXX 원의 대출금 채무를 승계한다), 소유권 이전 및 인도일을 2013. 7. 29.로 정하여 매매계약을 체결하고, 2011. 10. 18. 매매예약을 원인으로 한 소유권이전청구권가등기를 마쳐 주었다(이 사건 부동산은 2012. 12. 5. QQ QQ군 @@면 ##리 1056-3 과수원 5,596㎡와 같은 리 1056-8 과수원 24㎡로 분할되었다).

다. QQ영농조합법인은 2013. 6. 28. 원고에게 잔금을 지급하고 소유권등기를 하려 하였으나 법인 내부 사정으로 등기가 지연되었고, 2018. 5. 21. 이 사건 부동산에 관하여 위 가등기에 기한 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2018. 8. 27. 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 이 사건 부동산이 ‘8년 이상 자경농지’에 해당한다고 주장하며 양도소득세 감면을 신청하였다. 그러나 피고는

이 사건 부동산이 8년 이상 자경농지에 해당하지 아니한다는 이유로 위 양도소득세 감

면을 배제하고, 2019. 5. 1. 원고에게 2013년 귀속 양도소득세 XXX원을 부과하였다.

마. 원고는 위 처분에 대하여 이의를 신청하였고 이 사건 부동산의 일부가 다른 부분과 다르게 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보고 장기보유특별공제를 배제한 처분이 잘못되었다는 취지의 일부 인용 결정이 내려져, 피고는 2019. 10. 21. 비사업용토지에

대한 공제를 적용하되 8년 자경 감면은 부인하여 원고의 2013년 귀속 양도소득세를 XXX원으로 경정, 통지하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2020. 1. 9. 심판청구를 제기하였으나 2020. 11. 30. 기각결정이 내려졌다.

사. 피고는, 원고가 위 양도소득세부과처분에 불복하여 위 처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하여 소 계속 중이던 2021. 4. 5. 종전 양도소득세 부과처분에 절차상 하자가 있음을 이유로, 피고가 2019. 5. 1. 원고에게 한 2013년 귀속분 양도소득세 부과 처분을 직권 취소하고, 과세예고 통지를 거쳐 2021. 4. 15. 원고에게 2013년 귀속 양도소득세 XXX원 부과처분을 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나 2021. 11. 9. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 10, 12호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2005. 3. 11. 지목이 과수원인 이 사건 부동산을 매수한 후 양도일인 2013.6.까지 약 8년 2개월 간 토지 중 약 절반은 감나무, 대추나무 등의 유실수를 심어 과수원으로 경작하고, 나머지 절반은 배추, 상추, 무, 고추, 고구마 등을 심어 밭으로 경작하면서 종종 밭의 일부는 텃밭으로 인근 주민에게 빌려주어 간단한 채소를 재배하게 하는 등 이 사건 부동산을 과수원 및 밭으로 경작하였다. 따라서 이 사건 부동산은 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지에 해당하고, 조세특례제한법 제69조 제1항, 같은 법 시행령 제66조 제1항, 제13항에 의하여 위 토지의 양도소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하여야 한다.

또한 이 사건 부동산에 대하여는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업법인 등에 2015. 12. 31.까지 양도하는 경우 3년 이상 자경한 토지에 대한 양도소득세 감면을 규정한 조세특례제한법 제69조 제1항이 적용되어야 한다.

그럼에도 위 감면규정을 적용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 중대한 하자가 있어 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 8년 이상 자경 농지에 의한 감면요건에 관한 판단

(1) 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데, 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다.

한편 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고(제69조 제1항 본문), 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 ‘제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다’고 규정하고 있으며(제66조 제5항 본문), 구 농지법(2018. 12. 24. 법률 제16073호로 개정되기 전의 것) 제2조는 ‘농지란 전・답, 과수원 그 밖에 법적 지목을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생 식물 재배지로 이용되는 토지를 말한다’고 규정하고, 구 농지법 시행령 제2조 제1항은 법 제2조 제1호에서 말하는 다년생 식물로 ‘목초·종묘·인삼·약초·잔디 및 조림용 묘목, 과수·뽕나무·유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식물, 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다)’을 들고 있다.

(2) 갑 제3 내지 12호증, 을 제2 내지 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 부동산을 양도할 때까지 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

○ 이 사건 부동산에 관한 농지원부에는 실제 지목이 ‘과수원’으로 주재배작물이 ‘과수’, 경작구분이 ‘자경’으로 각 기재되어 있다. 그러나 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적인 추진을 위해 작성․비치하는 행정내부자료로서 행정관청의 실질적 심사에 의해 계속 관리되었다고 단정하기 어려워 농지원부에 기재되어 있다는 사실만으로 경작 사실을 그대로 인정할 수는 없고, 오히려 원고가 제출한 농지원부에는 이 사건 부동산이 2005. 6. 29. 과수원으로 최초 등록된 후 2018. 5. 25. 삭제되었는데, 이미 과수원이 철거되고 사실상 소유권이 이전되었음에 다툼이 없는 2013년 이후에도 여전히 지목이 과수원으로 기재되어 있었던 사정에 비추어 보면 위와 같은 농지원부의 기재를 믿기 어렵다.

○ 이 사건 부동산에 대한 토지특성조사표에는 토지이용상황이 2005. 1. 1.부터 2013.

1. 1.까지 ‘과수원’으로 기재되어 있다. 그런데 토지특성조사표는 국토교통부가 매년 개별공시지가 산정을 위하여 통상 공부, 도면 등에 나타난 지목(과수원), 과거 토지이용 상황(과수원) 등을 참작하여 토지의 이용 상황을 정리한 자료로서, 2012년 및 2013년에 실시된 위 조사 당시 담당공무원이 현장 상황을 확인하여 작성하였는지는 알 수 없다.

○ TT농협이 작성한 2012. 1. 1.부터 2018. 8. 14.까지 기간 동안의 거래자별매출상세내역에는 원고가 비료, 농약, 비닐 등을 구매한 내역이 확인된다. 그러나 위 물품들이 이 사건 부동산의 경작과 관련된 것임을 알 수 없다(위 기간 중 상당기간은 구매내역이 없고, 이 사건 부동산의 과수원 철거 이후에도 계속 구매내역이 확인되고 있다).

○ QQ영농조합법인은 이 사건 부동산을 매수한 후 농지로 사용하지 않고 대지로 지목을 변경하여 비료공장 관련 시설로 활용할 계획이었던 것으로 보이고, 원고와 QQ영농조합법인 사이에 작성된 부동산매매계약서 특약사항에는 ‘지상물(소나무)은 2011년 10월 31일까지 이동한다.’라고 기재되어 있다.

○ 매수인인 QQ영농조합법인이 HH협동조합으로부터 대출을 받으면서 작성된 감정평가서(기준시점 2013. 6. 24. 조사기간 2013. 6. 24. 작성일 2013. 6. 25.)에는 당시 이 사건 부동산이 지목에도 불구하고 자체지반 평탄하게 조성되어 있고 이용 상황이 잡종지 상태(분뇨숙성장)로 기재되어 있다(이 사건 부동산 바로 옆 토지인 ##리0000-0 토지는 법인이 2003. 3. 19. 취득하여 2013. 6. 24. 현재 유기질 비료공장 부지로써 지상 건물 또한 유기질 비료공장으로 사용되고 있었다).

○ 이 사건 부동산을 2011. 10. 12., 2011. 10. 16., 2011. 12. 26., 2012. 5. 9. 각 촬영한 구글어스 스카이뷰 위성사진들에는 이 사건 부동산에 과수나 농작물 등이 보이지 않고 토지가 평탄화되어 있거나 포장이 되어 있는 상태가 확인될 뿐이다. 또한 다음 사이트의 스카이뷰 및 로드뷰 사진들을 보면 2010년 촬영된 사진에는 이 사건 부동산 지상에 수목이 식재된 모습이 보이나, 2011. 5. 촬영된 사진에는 농작물이 확인되지 않고, 2012. 2. 촬영된 사진에는 이미 농지가 아닌 대지로 조성되어 있고 펜스, 건설 자재 등이 방치되어 있음이 확인된다. 위와 같은 토지 현황 변화는 매매계약서 특약사항에 의한 경작물 철거 시점과 대략 부합한다. 이에 대해 원고는 위 사진들이 휴경기 때 복토를 하는 과정에서 촬영된 것일 뿐이라 주장하나 위 사진이 촬영된 시점과 그 이후의 상태 등을 고려하면 위 주장을 받아들일 수 없다.

○ MMMM 주식회사의 직원인 김YY, 김RR 작성의 사실확인서에 의하더라도 2011년 이후 양도시까지 계속 원고의 경작이 이루어졌다는 점이 확인되지 않고, 단지 자신들이 이 사건 부동산 중 10평가량을 스스로 상추, 무를 경작하여 먹었다는 내용에 불과하며, 위 확인서의 작성 시기가 ‘2020. 1.’, 용도가 ‘은행 제출용’으로 기재되어 있는 점에 비추어 보면 신빙성을 부여하기 어렵다.

○ 대출당시 담당자였던 FF 직원 박FF은 ‘2013년 이 사건 부동산을 담보로 대출신청이 있어 확인차 방문하였고 당시 토지의 2분의 1은 감나무 및 유실수, 나머지는 고추 등 밭작물이 심어져 있었던 것으로 기억된다’는 내용의 사실확인서를 제출하였으나, 이는 앞서 본 감정평가서 등 객관적인 자료들과 일치하지 않아 믿기 어렵다.

○ 원고는 2005년부터 2013년까지 주식회사 JJJJ건설의 대표이사로 재직하였고, 위 회사로부터 지급 받은 급여 소득 외에 다른 소득이 발생한 자료가 없다.

라. 경영이양직접지불보조금의 지급대상 농지에 의한 감면요건에 관한 판단

(1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사에 양도하는 경우 3년 이상 자경한 토지에 대해서는 양도소득세를 전액 감면한다는 취지로 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제3항, 구 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정(2014. 3. 18.

대통령령 제25259호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 시행규정’이라 한다) 제4 내지 7조, 구 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규칙(2014. 3. 18. 농림축산식품부령 제85호로 개정되기 전의 것) 제4조 제2항 등 관련 법령의 내용과 제도의 취지 등을 종합하여 보면, 3년 자경 특례규정 적용 대상 토지인 ‘대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지’는 이 사건 시행규정 제6조에서 정하고 있는 ‘경영이양보조금의 지급대상 농지’ 모두를 의미하는 것이 아니라 위 규정 제5조와 제7조에서 정하고 있는 경영이양보조금의 신청대상자 요건 및 지급요건까지 모두 충족하여 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 의미한다고 봄이 타당하다. 또한 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ‘양도할 때’ 발생하는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있으므로, 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지에 해당하는지 여부도 당연히 ‘양도할 때’를 기준으로 판단해야 할 것이다.

(2) 그런데 위 다.항에서 살펴본 바와 같이, 이 사건 부동산은 양도일인 2013. 6. 28.현재 실제 현황이 논, 밭, 과수원이 아닌 잡종지였으므로 이 사건 시행규정에 의한 경영이양보조금의 지급 대상 농지에 해당되지 않고, 그 밖에 위 규정이 정한 경영이양보조금의 지급요건을 갖추었음을 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 부동산은 나머지 요건에 관하여 살펴볼 필요 없이 양도소득세 감면 대상에 해당하지 않는다.

마. 따라서 원고의 이 사건 부동산 양도에 대해 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 의한 감면 규정을 적용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.