주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 8. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 법인세 25,972,190원(가산세6,695,691원 포함), 2017년 귀속 법인세 20,972,390원(가산세 4,021,579원 포함), 2018년 귀속 법인세 29,056,110원(가산세 3,354,111원 포함)의 각 부과처분 및 2019. 8. 7. 소득자를 CCC으로 한 2016년 귀속 소득금액 905,000,000원에 대한 소득금액변동통지처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 4. 14. 두부류 및 유사식품 제조·유통업 등을 목적으로 설립된 회사이고, CCC은 위 설립일부터 2018. 6. 22.까지 원고의 대표이사로 재직하였다.

나. CCC은 아래 표와 같이 두부제조방법과 관련된 발명(이하 ‘이 사건 발명’이라한다)에 대하여 특허권자, 발명인을 모두 자신으로 한 특허를 출원·등록하였다(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다).

다. 원고는 2016. 2. 29. CCC으로부터 이 사건 특허권을 905,000,000원(이하 ‘이 사건 대금’이라 한다)에 양수하고 이 사건 대금을 원고의 CCC에 대한 가지급금(주주임원종업원단기대여금)과 상계하기로 하는 계약을 체결하고 2016. 4. 28. CCC으로부터 이 사건 특허권에 관하여 양도를 원인으로 한 이전등록을 마쳤다. 이후 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로, 이 사건 특허권의 2016년 내지 2018년의 감가상각비 합계 353,402,500원을 비용으로 각각 계상하여 회계처리를 하였고, 이 사건 대금은 기타소득으로 원천징수하여 신고·납부하였다.

라. OO지방국세청장은 2019. 4. 8.부터 2019. 4. 25.까지 피고에 대한 정기감사를 실시하여, 이 사건 특허권의 실질적 소유권이 원고에게 있음을 전제로 원고가 이 사건 특허권을 CCC에게 이전한 뒤 다시 권리를 취득하는 거래 형식을 가장하여 법인자금을 부당하게 유출하였다고 지적하였다.

마. 이에 피고는 원고에 대하여 2019. 8. 1. “대표이사로부터 매입한 특허권 905백만 원이 가공자산 매입으로 확인 및 특허권 감가상각비 부인하여 법인세 고지합니다.”는 사유를 들어 2016년 귀속 법인세 25,972,190원(가산세 6,695,691원 포함), 2017년 귀속 법인세 20,972,390원(가산세 4,021,579원 포함), 2018년 귀속 법인세 29,056,110원(가산세 3,354,111원 포함) 합계 76,000,690원을 경정·고지하고, 2019. 8. 7. 2016년 귀속 CCC의 소득금액을 ‘905,000,000원’, 소득종류를 ‘상여’로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2019. 10. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2021.11. 30. ‘CCC 개인이 이 사건 특허를 발명하였는지 여부와 위 특허발명이 직무발명에 해당하는지 여부 등을 재조사하라’는 결정이 있었으나, 피고는 현지 확인을 통해 당초 처분이 정당하다고 판단하고 2021. 1. 27. 원고에게 ‘당초 처분에 대한 취소·경정 등 변경처분의 이유가 없다’는 재조사결정 결과를 통보하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 요지

1) 원고

이 사건 특허권은 원고의 당시 대표이사인 CCC이 오랜 기간 본업에 종사하면서 체득한 노하우를 바탕으로 직접 발명한 것으로서, 실질적인 가치가 있는 CCC 개인의 재산권에 해당한다. 따라서 원고가 이 사건 특허권을 CCC으로부터 취득하고, 해당 거래 대금을 CCC의 가지급금과 상계하고 이를 기타소득으로 신고·납부한 사실에 잘못이 없다. 피고는 처분청으로서 과세요건에 대한 입증책임을 부담함에도 불구하고, 위와 달리 이 사건 특허권 양수가 가지급금의 상계를 위한 것으로서 CCC의 근로소득으로 판단한 잘못이 있다.

2) 피고

① 이 사건 특허권의 가치 평가 방식이나, 대표자에게로의 소득의 귀속, 그리고 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합하여 보면 이와 같은 대가는 임원 또는 직원의 직무집행에 대한 정상적인 대가가 아니라 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과한 것으로 상여금과 실질이 동일하다.

② 원고에 대한 소득금액변동통지 처분은 이 사건 발명이 직무발명일 경우 인건비의 손금불산입 규정에 의하여, 개인발명의 경우 부당행위계산부인 규정에 의하여 적법하고, 원고에 대한 법인세부과처분은 이 사건 발명이 직무발명일 경우 자기 제조 취득자산의 취득가액 규정에 의하여, 개인발명의 경우 시가초과액을 제외하는 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액 규정에 의하여 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

국세기본법 제14조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득􎅔수익􎅔재산􎅔행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다‘고 규정함으로써 실질과세의 원칙을 선언하고 있다. 이는 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

한편 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권, 디자인권 기타 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 대가를 지급하였더라도, 그 대가가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 지적재산권의 가치평가의 적절성, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 임원 또는 직원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지적재산권 가치가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(임원의 보수에 관한 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

2) 인정사실

가) CCC의 원고 및 원고 관련회사에서의 지위, 급여 등

(1) CCC은 1994. 4.경 DDDD이라는 상호로 콩 관련 사업을 시작한 이후, 1997. 3.경 두부 등 제조업체인 ‘주식회사 EEE에’를, 2005. 4.경 두부 제조업체인 ‘주식회사 FFFF’을, 2011. 4.경 두부 제조업체인 원고를, 2014. 6.경 콩나물 재배업체인 ‘주식회사 GGGG’을, 2015. 6.경 낫또 제조업체인 ‘주식회사 HHHH’을 각각 설립하고 아래와 같이 7개 회사의 회장 직함을 갖고 업무를 수행하였다.

(2) 이 사건 특허권 거래가 이루어진 2016년도에 CCC은 원고의 대표이사로 재직 중이었고, 원고의 주식을 직접 보유하거나 또는 자신이 대주주로 있는 ‘주식회사 EEE에’를 통하여 보유하는 방식으로 원고의 최대주주 지위에 있었다.

(3) CCC은 위 2016년도에 원고 및 원고 관계회사인 ‘주식회사 FFFF’ 및 ‘주식회사 JJJJ’의 대표이사를 역임하여 합계 215,300,000원 상당의 급여 및 상여를 수령하였고, 그중 원고로부터 수령한 금원은 79,500,000원이다.

나) 이 사건 특허권 양도·양수 관련 사항 등

(1) 주식회사 KK경영연구소(이하 ‘KK경영연구소’라 한다)는 국내 최초로 특허권 구입을 통하여 가지급금 문제를 수월하게 해결할 수 있는 ‘특허권 자본화’라는 경영컨설팅 기법을 개발했다고 홍보하였다.

(2) 주식회사 LL감정평가법인은 KK경영연구소의 의뢰에 따라 2016. 3. 29. 이 사건 특허권의 사업가치를 905,000,000원으로 평가하였다.

(3) KK경영연구소는 2016. 4. 1. CCC에게 ‘특허권자본화를 이용한 가지급금 정리’ 사업의 완료를 알리면서, 구체적으로 ‘① 해당 특허권의 금액이 원고의 대표이사에 대한 가지급금과 상계처리될 것이고, ② 주주총회 결의서, 특허권 양수․양도 계약서를 보내니 이에 법인인감 등을 찍어서 계약을 완료하고, ③ 이를 회계사에게 제출할 때 감정평가서와 함께 첨부해달라’고 안내하는 등 주주총회 결의서, 양수도 계약서 등의 서류 준비를 비롯한 제반 절차를 주도적으로 진행하였다.

(4) CCC은 이 사건 특허권 거래일을 전후로 약 4개월에 걸쳐 아래와 같이 원고의 관계회사들에게 이 사건 특허권과 유사한 ‘두부의 제조방법’ 또는 ‘과일을 이용한 두부의 제조방법’에 관한 특허 2건을 각각 양도하고 그 거래금액을 CCC에 대한 가지급금(주주임원종업원단기대여금)과 상계하기로 하여, 이 사건 특허권을 포함하여 합계 약 28억 1,500만 원 상당의 이익을 취득하였다.

(5) 한편 원고의 관계회사 ‘주식회사 FFFF’은 OO지방국세청 정기감사 과정에서 위 표와 같이 특허권의 양수대금을 감정평가액과 동일한 1,110,000,000원으로 정한 특허권 양수도 계약서를 제출하였는데, 위 계약서의 작성일은 해당 감정평가서의 작성일자(2016. 5. 25.) 보다 앞선 2016. 4. 18.이었다. 이후 ‘주식회사 FFFF’은 “제출된 서류가 잘못 작성되어 폐기되었어야 할 서류가 있다”는 이유로 작성일을 2016. 6. 20.로 한 주주총회 결의서 및 양수도 계약서를 다시 제출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제23, 27호증, 을 제3, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들, 갑 제13호증, 을 제10호증의 각 기재 및 이 법원의 CCC에 대한 증인신문에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 고려해 보면, 원고가 CCC으로부터 이 사건 특허권을 양수하면서 그 대가로 지급한 돈은 실질에 있어 원고에게 유보된 이익을 특별히 분여한 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 동일한 성질의 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 특허권의 정당한 취득가액을 인정하기 어려우므로, 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 특허권의 양수대금의 전부 또는 일부가 손금산입의 대상이 된다고 보기도 어렵다. 결국 위와 같은 전제에서 이 사건 특허권의 양수대금을 손금불산입하고 위 금액을 CCC에 대한 상여로 소득처분한 이 사건 각 처분은 적법하다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다(위와 같이 이 사건 각 처분이 실질과세원칙에 따라 행해진 것으로 적법하다고 보는 이상, 실질과세원칙을 보충하는 규정인 부당행위계산 부인과 관련한 원고의 주장에 대해서는 나아가 살피지 아니한다).

가) 주식회사 LL감정평가법인이 작성한 이 사건 특허권에 관한 감정평가(이하 ‘이 사건 감정평가’라 한다)는 아래와 같은 이유에서 신뢰하기 어려워, 이 사건 대금이 객관적인 기준에 따라 합리적으로 산정된 것이라고 볼 수 없다.

(1) 주식회사 LL감정평가법인은 이 사건 특허권에 대한 평가를 ‘시장가치’를 기준으로 감정하였는데, 위 감정평가 자체에서도 ‘향후 추정손익 등의 예측에 대한 합리성의 검토는 불확실한 미래에 대한 추정을 전제로 하는 것으로서 이에 대한 검토결과가 장래 예측의 정확성을 보장하는 것은 아니며, 본 평가의 추정결과와 향후의 실제 발생손익과는 차이가 발생할 수도 있다’고 하여 위와 같은 평가방식에는 한계가 있음을 명시하고 있다(갑 제27호증 5, 9면).

(2) 이 사건 감정평가는 이 사건 특허권의 감정평가액을 산정함에 있어 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제89조, 감정평가에 관한 규칙 제23조 및 감정평가에 관한 일반이론에 근거, ‘수익환원법’을 적용하되, 현금흐름의 추정, 할인율의 추정 등 구체적인 평가방법 적용에는 ‘한국산업기술진흥원’에서 발간한 ‘기술가치평가 실무가이드’의 내용을 인용하였다고 밝히고 있다(갑 제27호증 8면). 그러나 다음과 같은 점에서 위 평가방법은 위 실무가이드의 내용에 배치되고 합리성이 결여된 것으로서, 평가내용의 최소한의 적정성이 담보되었다고 볼 수 없다.

(가) 이 사건 감정평가 작성 당시 적용되던 ‘기술가치평가 실무가이드(2014)‘(이하 ’이 사건 해설서‘라 한다)는 정부가 기술평가 업무를 수행하는데 공통적으로 활용할 수 있는 표준화된 기준으로서 제정한 구 기술평가기준 운영지침(2016. 6. 16. 산업통상자원부고시 제2016-114호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘이 사건 지침’이라한다)을 구체화한 해설서이다. 이 사건 지침에 따르면 수익접근법은 평가대상 기술의 경제적 수명 동안 기술사업화로 인하여 발생될 경제적 이익을 추정한 후 할인율을 적용하여 현재가치로 환산하는 방법으로, 기술의 경제적 수명, 현금흐름, 할인율, 기술기여도 등의 추정이 필요하다. 한편 이 사건 해설서에 따르면 수익접근법은 매우 엄격하고 구조적으로 체계화된 가치분석 방법론으로, 투입정보의 수준에 따라 평가결과가 상당히 달라지고, 평가요소의 추정에 따라 편차가 발생하게 된다. 따라서 매출액, 원가 등 주요 경제적 평가요소의 추정근거가 분명하고 객관적이어야 하고, 기술기여도 등 주요 평가요소들에 관한 구체적이고 개별적인 접근이 필요하며, 이와 달리 충분한 객관적 근거가 없거나 평가자가 임의로 값을 부여할 경우 객관성과 합리성이 결여될 위험이 있다(위 해설서 31, 32면 참조). 실제로 위와 같은 평가방법의 특성을 반영하여 개정된 기술평가기준 운영지침(2016. 6. 16. 산업통상자원부고시 제2016-114호)은 특히 현금흐름을 추정하기 위해서는 대상기술에 대한 기술성, 권리성, 시장성, 사업성 등을 분석하고 이를 토대로 매출액을 추정하여야 하고, 매출액은 반드시 추정의 근거를 명시하여야 한다고 규정하고 있다(제43조 제1, 2항). 또한 특허권 평가에 있어 매출액 추정은 미래 현금흐름 추정 시 가장 중요한 과정이자 가치금액에 결정적인 영향을 주기 때문에 과다하게 추정되지 않도록 각별히 주의해야 하고, 사업화 초기 매출액과 최대 매출시현 시기 등에 대한 추정의 합리성 확보 여부는 추정과정의 객관성에 큰 영향을 미치므로 사업주체가 제시한 자료를 별도 검토 없이 그대로 수용하는 것은 지양해야하며, 사업주체가 수립한 사업계획을 활용하는 경우에는 해당 정보의 타당성, 구체성 등의 검토가 선행되어야 한다[‘기술평가 실무가이드(2021)’ 80, 81, 97면 참조].

(나) 그러나 이 사건 감정평가는 원고가 제공한 사업계획서 등의 자료에 관하여 “회사의 재무상태나 경영성과를 정확하게 반영하고 있는지 여부를 별도로 검토함 없이” 반영하였다고 명시하고 있다(갑 제27호증 8면). 또한 이 사건 감정평가는 다음과 같이 수익접근법 방식의 가치평가에 있어 가장 결정적인 영향을 미치는 매출액 추정에서부터 원고의 사업상 현황을 전혀 반영하지 못하고 원고의 일방적인 사업계획만을 근거로 함으로써 최소한의 객관성도 확보하지 못한 것으로 보인다. ① 이 사건 감정평가는 이 사건 특허권을 적용한 신제품의 2016년도 추정매출액을 92억 원으로 산정하였는데, 이는 원고가 사업계획서에서 2016년도 매출 목표로 밝힌 96억 원을 바탕으로(위 96억 원은 2015년도 추정매출액인 약 80억 원에 전년대비 매출증가율을 20%로 예측하여 산정한 목표치이다), 사업의 불확실성을 고려한다는 명목으로 70%만을 반영하여 산출한 것이다(갑 제27호증 43면). ② 이는 결국 원고의 2015년도 총매출액에 전년대비 매출증가율을 14%(= 기존 예측한 매출증가율 20% × 보정치 70%)을 적용하여 산출한 것으로서, 2016년도에 이 사건 특허를 이용한 신제품 매출액이 기존 전년도 매출액 전부와 같다고 본 것이다. 그런데 ㉮ 이 사건 감정평가가 2015. 12. 31.을 기준시점으로 하여 2016. 3. 29.에 작성되었다는 점을 고려하면, 당시 2016년도에 아직 출시되지도 아니한 이 사건 특허권을 이용한 신제품의 매출이 원고의 기존 2015년도 매출액 전부에 육박할 수 있다는 가정은 그 자체로 비합리적이고 실현 불가능하다고 하지 않을 수 없고, ㉯ 그전까지 대기업에 OEM방식으로 납품하여 달성하였던 매출액을 그대로, 중소기업에 불과한 원고가 이 사건 특허권을 이용하고 원고 고유의 상표를 부착하여 생산·판매하는 제품의 매출액의 추정 근거로 삼은 것으로 그 자체로 불합리하다. ③ 위 가정은 원고의 당시 대표이사 CCC이 이 법원의 증인신문에서 당시 원고는 기존 OEM 방식의 매출과 이 사건 특허권을 이용한 신제품 생산을 병행하여 사업을 수행할 계획이었다고 밝힌 것과도 모순된다.

(다) 원고는 위 매출액 추정치는 관계회사에 대한 매출액 기여 가능성, 신규 대형마트 추가 출점 가능성, 웰빙수요 증가로 두부 관련 제품 매출액 향상 등 여러 요소를 종합적으로 고려한 것으로서, 실제로 원고의 2020년의 매출액이 2015년의 매출액과 비교할 때 2배가 넘게 증대된 것을 볼 때 2015년 당시 대기업 OEM방식 매출을 동일한 규모로 유지하면서도 그와 비슷한 규모로 신제품 매출을 추가로 올릴 수 있을 것으로 예상하고 이 사건 특허권을 이용하여 생산한 신제품의 매출액만을 위 추정 매출액에 포함한 것이라는 취지의 주장도 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 감정평가의 추정 매출액은 원고가 그전까지 대기업 OEM방식으로 달성하였던 매출액을 기준으로 일정한 매출증가율, 보정치 등을 반영한 것으로, 그 외에 이 사건 특허권을 이용하여 생산하는 제품의 매출액을 추산할 근거는 전혀 제시되지 않은 점, 역시 앞서 본 바와 같이 중소기업에 불과한 원고가 이 사건 특허권을 이용하고 원고 고유의 상표를 부착하여 생산·판매하는 제품이 기존 대기업 OEM방식으로 달성한 매출액과 동일하다는 추정은 그 자체로 불합리한 것으로 보이는 점, 이 사건 감정평가 역시 두부시장의 경우 “이미 성숙단계에 진입한 저성장산업으로 수요가 크게 증가하기 어렵다”고 전제하고 있는 점(갑 제27호증 19면), 원고의 주장 자체에 의하더라도 2020년의 매출 신장은 CCC도 인정한 바와 같이 원고가 코로나19 특수를 누린 덕분이었던 데다가, 원고가 약 31억 원의 자금을 투입하여 설비증설을 본격적으로 진행한 것은 2017년경부터였으므로(갑 제14호증), 설비 증설의 효과 반영이 불가능한 2016년 매출에 관하여 위와 같은 예측을 한다는 것은 불가능한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 감정평가는 원고가 기존 대기업 OEM방식으로 달성하였던 매출액을 근거로 한 것으로 봄이 타당하다(더욱이 위와 같이 신장된 원고의 2020년 매출액은 이 사건 특허권을 이용하여 생산·판매한 제품에 관한 것이 아니다).

(3) 이 사건 감정평가서는 개별기술강도를 결정함에 있어서 아무런 근거도 제시함 없이 아래 표 기재와 같이 20가지 평가지표 중 17가지 지표에 최고점인 5점을, 나머지 3가지 지표에 차점인 4점을 부여하여 개별기술강도를 97%로 결정하였고, 이를 근거로 이 사건 특허권의 가치를 평가하였다

(4) 앞서 본 바와 같이 CCC은 KK경영연구소가 가지급금 문제를 해결하겠다는 목적에서 진행한 ‘특허권 자본화’ 컨설팅에 참여하였고, 이 사건 특허권을 포함하여 원고 및 관계회사들에게 각 특허권의 대가 명목으로 합계 약 28억 1,500만원의 금원을 같은 액수의 가지급금과 상계하여 해당 금액 상당의 이익을 취득하였다. 위와 같은 특허권의 양수·양도는 특허권의 가치가 높게 평가될수록 더 많은 액수의 가지급금이 탕감될 수 있는 구조이고, 앞서 본 바와 같이 수익환원법에 따른 가치평가의 경우 충분한 객관적 근거가 없거나 평가자가 임의로 값을 부여할 경우 객관성과 합리성이 결여될 위험이 있으므로, 전문적이고 합리적인 근거에 기반함으로써 추정의 객관성 및 합리성을 담보하는 것이 무엇보다 중요하다. 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 감정평가는 그 내용 자체로도 평가기준으로 삼은 각종 지침 및 해설서의 기준에 부합하지 않을뿐더러, KK경영연구소가 직접 감정평가를 의뢰하였고, 이 사건 감정평가서가 작성된 직후 KK경영연구소가 마련한 주주총회 결의서, 특허권 양수․양도 계약서에 인감을 날인하여 제출하도록 지시하였던 점, KK경영연구소는 이 사건과 유사한 절차로 진행된 원고 관련회사 ‘주식회사 FFFF’의 특허권 양수와 관련하여 해당 감정평가서가 작성되기도 전에 최종 감정평가액을 지급금액으로 기재하여 특허권 양수·양도계약서를 작성하는 등 전반적으로 감정평가 과정에 깊이 관여한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 가치평가의 객관성 및 합리성이 심각하게 훼손되었다고 보지 않을 수 없다.

나) 앞서 본 바와 같이 CCC은 원고 설립 당시부터 대표이사이자 지배주주로서 원고 및 원고 관계회사들의 의사결정, 자금관리 등 실질적인 운영을 전부 맡아서 하고 있었다. 이에 따르면 CCC은 원고가 이 사건 특허권을 취득하고 그 취득가액을 산정하는데 있어서도 상당한 영향력을 끼칠 수 있었던 것으로 보인다.

다) 이 사건 특허권의 대가로 지급된 905,000,000원은 원고의 2016년도 순이익(70,345,797원)의 약 12.9배에 달하는 금액이고, 원고의 기존 미처분이익잉여금(1,248,494,904원)의 약 72.5%에 해당한다.

라) 이처럼 원고는 이 사건 특허권에 관하여 거액의 비용을 지출하였으나, 이 사건 특허권을 취득한 시점 이후 위 특허권과 관련한 상품화 작업을 진행하거나 비용을 들인 바 없다. 특히 주식회사 LL감정평가법인은 이 사건 특허권을 두부 등 제조사업에 계속적으로 사용할 경우를 전제하여 가치를 평가하였고, 이 사건 감정평가에 따르면 이 사건 특허권의 경제적 수명(해당 기술을 기반으로 경쟁우위를 유지할 수 있는 기간)은 10년(2016년~2025년)에 불과하다(갑 제27호증 5, 41, 42면). 그런데 현재 이 사건 특허권의 양수·양도 거래일로부터 상당기간이 경과하였고, 위 특허권의 경제적 수명 또한 약 3년 남짓밖에 남지 않았음에도 이 사건 특허권을 이용한 신제품이 출시되었는지 여부, 해당 제품의 매출액 등을 확인할 수 있는 자료는 전혀 제출되지 않았다.

마) 원고는 당시 대표이사였던 CCC과 이 사건 특허권에 관한 양도·양수도계약을 체결하면서, 대금 905,000,000원을 CCC에 대한 가지급금과 상계하는 것으로 회계처리한 점, 이 사건 대금은 이 사건 특허권의 정당한 취득가액으로 보기 어려운 점 등은 앞서 본 바와 같고, 이에 더하여 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용액 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 자가 증명하여야 하는바(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두4053 판결 등 참조), 이 사건 대금이 이 사건 특허권의 정당한 취득가액에 해당하지 않음에도 불구하고, 원고는 이 사건 대금을 당시 대표이사였던 CCC에 대한 가지급금과 상계하는 것으로 회계처리 되었으므로 대표이사에 대한 가지급금 상당액이 사외로 유출된 것으로 볼 수 있고, 달리 CCC에 대한 가지급금이 존재하지 아니함에도 불구하고 착오로 계상되어 있었다고 볼만한 자료도 없는 점, ② 원고가 이 사건 대금을 회계상으로 처리하는 것에 그치지 않고, 나아가 주주총회 결의를 거쳐 CCC과 사이에 특허권 양도·양수계약을 체결한 점 등을 고려해 보면, 이 사건 대금 전부가 사외 유출 되었다고 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.