1. 이 사건 소 중 피고가 2019. 1. 15. 원고에 대하여 한 2013년 2기분 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 8X,XXX,XXX원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2019. 1. 15. 원고에 대하여 한 별지1 목록 표의 고지세액란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 같은 표 취소세액란 기재 금액 부분을 각 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

피고가 2019. 1. 15. 원고에 대하여 한 별지1 목록 표의 고지세액란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 원목, 합판 등의 수입알선 및 도매업을 목적으로 하는 법인으로, 대표이사는 소외 송OO이다.

 나. OO지방국세청장은 2017. 5. 25부터 2017. 9. 29.까지 합판 등의 수입 및 도매업을 영위하는 업체들인 주식회사 BB(대표이사 박CC, 이하 ‘법인’이라 한다), 법인과 특수관계에 있는 주식회사 DDDDD(대표이사 박CC, 이하 ‘DDDDD’이라 한다), 주식회사 EEEEEE(대표이사 김OO, 이하 ‘EEEEEE’라고 한다), FFFF(대표자 오OO, 이하 법인, DDDDD, EEEEEE, FFFF를 통칭하여 ‘법인 관계사’라 한다), GGGG 주식회사(대표이사 배OO, 이하 ‘GGGG’라 한다)에 대한 2012 내지 2015 사업연도 법인통합조사 및 개인통합조사를 실시하였다. 그 결과, 법인관계사가 순환거래 형식으로 실제 재화의 공급을 수반하지 않은 가공거래를 하였다고 판단하고 그에 따라 부가가치세법상 세금계산서 불성실 가산세 등을 부과하였다. 또한 OO지방국세청장은 OO지방검찰청에 법인, DDDDD, EEEEEE 및 박CC, 김OO, 오OO, 배OO을 허위 세금계산서 수수 혐의로 고발하였고, OO지방검찰청은 오OO을 제외한 나머지를 각 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부 등) 혐의로 기소하였는데, OO지방법원은 2019. 4. 25. 각 조세범처벌법위반죄의 유죄 판결을 선고하였고(OO지방법원 2018고합OOO호) 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 ‘법인 사건’이라 한다).

 다. 피고는 2018. 3. 27.부터 2018. 12. 12.까지 원고에 대하여 2012년 1기분부터 2017년 1기분까지의 부가가치세 세무조사를 실시하였고, 그 결과 2012년경부터 2017년경까지 원고가 법인 관계사, GGGG, 주식회사 HHHH(이하 ‘HHHH’라고 하고 원고, 법인 관계사, GGGG, HHHH를 통칭하여 ‘이 사건 거래 당사자’라 한다)와 실제 합판을 공급하거나 공급받지 않고 허위 세금계산서를 발급·수취하였다고 보아(이하 문제된 세금계산서를 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 대상 거래를 ‘이 사건 거래’라한다) 실물거래가 없다고 판단한 매출분 및 매입분에 대하여 매출세액 감액과 매입세액 불공제를 하여 과세표준을 경정하고, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 허위 세금계산서라는 이유로 세금계산서불성실가산세, 일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세 및 납부불성실가산세 등을 적용하여 별지1 기재와 같이 2012년 1기분부터 2017년 1기분까지의 부가가치세 및 가산세를 증액경정한 후 2019. 1. 15. 원고에 대하여 부가가치세 및 가산세 합계 X,XXX,418,010원을 부과·고지하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).

 라. 이에 원고는 당초 처분에 불복하여 2019. 7. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 11. 13. 원고의 청구를 기각하였다.

마. OO지방국세청장은 2021. 11. 30.경 피고에게 ‘원고에 대한 2013년 2기분 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세를 XX,413원 감액경정할 것’을 지시하였고, 그에 따라 피고는 그 시기경 2013년 2기분 부가가치세의 신고불성실가산세를 기존 XXX,883원에서 XXX,470원으로, 가산세 합계를 XX,064,183원으로 재계산하여 당초 처분 당시의 2013년 2기분 부가가치세의 가산세 합계 XX,106,596원과의 차액에 해당하는 부분인 XX,413원을 직권취소하였다(이하 당초 처분 중 직권취소되고 남은 2012년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부과처분 부분을 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 바. 한편 피고는, 2018. 12. 27. ‘원고의 대표이사 송OO는 2015. 4. 30.경부터 2017. 5. 31.경까지 재화 또는 용역을 공급한 사실이 없음에도 마치 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 하여 공급가액 합계 XX,292,514,058원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하고, 2015. 4. 9.부터 2017. 5. 31.경까지 재화 또는 용역을 공급받은 사실이 없음에도 마치 재화 또는 용역을 공급받은 것처럼 하여 XX,217,507,035원의 사실과 다른 세금계산서를 발급받았으며, 원고는 위와 같이 이 사건 거래에 대하여 허위세금계산서를 수수하였다’는 이유로 원고와 송OO를 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였다. 검찰은 2020. 4. 8. 이 사건 세금계산서 중 5년의 공소시효가 지난 허위 세금계산서 수수 부분에 대해서는 불기소 결정을 하고, 나머지 부분에 대하여는 2020. 4.경 OO중앙지방법원 2020고단OOOO호로 조세범처벌법위반죄로 기소하였다.

 사. 그런데 제1심법원은 이에 대하여 원고 및 송OO에게 무죄를 선고하였고, 검사가위 무죄판결에 불복하여 항소(OO중앙지방법원 2020노OOOO호)하였으나 2021. 12. 10.항소기각판결이 선고되어, 위 무죄판결은 2021. 12. 18.경 그대로 확정되었다(이하 ‘관련 형사판결’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 6, 7, 8, 15, 31, 32호증, 을 제1, 2, 3, 4, 8, 9호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 직권판단

 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 것이고, 존

재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원

2010. 4. 29. 선고 2009두16879 판결 참조).

앞서 본 바와 같이 피고는 당초 처분 중 2013년 2기분 부가가치세의 정당한 가산세와 당초 처분 당시의 부가가치세 가산세의 차액에 해당하는 부분 XX,413원을 직권 취소하였으므로, 당초 2013년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 고지세액 중 XX,706,357원(= 기존 고지세액 XX,748,770원 – XX,413원)을 초과하는 부분은 효력을 상실하였다. 따라서 이 사건 소 중 위와 같이 직권으로 취소된 부분에 대한 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이미 효력을 상실하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

   1) 주위적 주장

   ‘매도인 측 법인 관계사 → 중간도매업체(원고 등) → 매수인 측 법인 관계사’ 사이에 순차로 계약이 이루어졌고 점유개정, 목적물반환청구권의 양도, 단축급부 방식으로 실제 물품(합판)의 인도가 있었으며 그에 따른 대금결제도 모두 이루어졌는바, 이 사건 거래는 가공거래가 아니고, 이 사건 세금계산서도 허위 세금계산서에 해당하지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

   2) 예비적 주장

   2012년 1기분, 2012년 2기분 및 2013년 1기분 각 부가가치세 부과처분(가산세

포함)은 부과제척기간 5년이 도과한 후에 이루어진 것이어서 무효이다.

나. 관계 법령

 별지 2 기재와 같다.

다. 판단

   1) 인정사실

     가) 이 사건 거래당사자 중 원고를 제외한 나머지 업체들의 각 대표자, 소재지

등을 정리하면 아래 표와 같다.

     나) 이 사건 세금계산서 흐름은 아래 그림과 같다.

                      (그림. 이 사건 세금계산서 흐름)

     다) 관련 형사판결은, 법인 관계사들의 인적 구성, 이 사건 거래 관련 대금 결제방식의 특이성에 비추어 법인 관계사들은 사실상 박CC이 지배, 운영하는 가족회사로 보이는 점, 이 사건 거래의 낮은 총 이익률, 이 사건 거래 대상물인 합판의 현실적 인도가 없었던 점, 이 사건 거래에 관한 매매계약서의 부존재, 이 사건 거래 관련 협의 과정을 입증할 만한 객관적인 자료도 없는 점, 법인 사건에서 이 사건 세금계산서를 실물인 재화의 공급 없이 수수된 허위의 세금계산서라고 사실 인정하여 확정된 점, 원고가 물류 관리, 물품 보관, 거래의 위험 부담 또는 신용 공여 등 이 사건 거래와 관련하여 실질적인 역할을 수행한 바 없는 점 등 이 사건 세금계산서가 허위세금계산서라고 의심되는 정황이 있음을 인정하면서도, ‘① 이 사건 거래에 관한 재화인 합판이 실제로 존재하고, 합판은 그 부피나 중량 때문에 도매상 간의 거래에서는 거래 관행상 실물의 현실적 이동 없이 점유개정, 목적물반환청구권 양도 방식도 흔히 선택되어 단축급부 방식으로 실물 이동이 최종판매처에 바로 이루어지는 것으로 보이므로, 합판실물의 현실적 이동이 없었다 하여 곧바로 이 사건 거래를 가공거래로 의심할 만한 사정이 있다고 볼 수는 없는 점, ② 이 사건 거래에 관한 의사 합치의 개연성이 있고, 원고의 매도 거래와 매수 거래가 같은 날 이루어진 것이 외상거래로 인한 것으로 볼 여지도 있으므로 ERP 시스템1)상 일부 모순되는 기재가 있다는 사정만으로는 ERP 시스템상 기재 내역과 같이 거래하기로 하는 의사의 합치가 있었다는 사실을 인정하는 데방해가 된다고 하기 어려운 점, ③ 이 사건 거래에 따른 대금 결제 흔적이 존재하는점, ④ 이 사건 거래에 따른 경제적 이익이 실제로 원고에게 귀속된 점, ⑤ 법인 관계사 대표자 등에 대해 유죄를 인정한 선행 사건 판결의 사실 판단을 채용하기 어려운 특별한 사정이 있는 점(박CC이 관련 형사판결의 수사과정이나 공판 과정에 진술을 한 적이 없고, 송OO도 법인 사건의 공판정에서 진술할 기회를 갖지 못한 점) 등을 고려하면 이 사건 거래가 원고와 법인 관계사 사이의 통정한 허위표시에 의한 매매계약에 기한 것으로서 실물 재화인 합판의 공급 없이 이루어졌다고 단정하기 어렵고, 이에 따라 이 사건 세금계산서가 조세범 처벌법 제10조 제3항 소정의 허위의 세금계산서에 해당한다고 보기에 부족하다’고 보아 원고 및 송OO에 대하여 무죄를 선고하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거들, 갑 제10 내지 13호증, 을 제5 내지 9호증의 각 기재, 변론전체의 취지

   2) 구체적 판단

     가) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법에서 규정하는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등). 행정소송에 있어서도 형사판결이 그대로 확정된 이상 위 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결, 대법원 1983. 9. 13. 선고 81누324 판결 등 참조).

     나) 관련 형사판결로 원고와 법인 관계사 사이의 거래를 가공거래로 볼 수 없다는 이유로 원고 및 송OO에 대한 조세범처벌법위반 혐의에 관하여 무죄판결이 선고되어 확정된 사실은 앞서 본 바와 같다. 반면 그 이전의 법인 사건에서 이 사건 세금계산서가 허위세금계산서라는 사실이 인정되고 그 판결이 그대로 확정되기는 하였으나,앞서 본 인정사실에다 갑 제9호증, 을 제12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지로 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 해당 사건에서도 최초에는 허위 세금계산서가 아님을 주장하다가 제5회 공판기일에 이르러 박CC이 기존 입장을 번복하여 공소사실을 자백하였고, 이에 이 사건 거래에 실제 거래 대상 합판이 존재하였는지, 실제 거래가 있었는지 여부에 관하여 실질적인 심리가 나아가 이루어지지 않았던 것으로 보이는 점(박CC이 자백함으로써 송OO가 법인 사건 공판과정에서 진술할 기회도 갖지못하였던 것으로 보인다), ② 법인 사건의 고발장을 작성하였던 세무공무원은 세무조사 과정에서 이 사건 거래의 최종 수요처가 어디였는지에 관하여 확인하지 않았고, 원고와 관련된 거래도 24건 정도만을 발췌하여 수익을 확인해보았을 뿐인 점, ③ 법인 사건은 법인 관계사에 관한 것임에 반해, 관련 형사판결은 원고에 대한 것으로서 이 사건과 직접적으로 연관이 있는 것인 점, ④ 피고가 이 사건 처분 사유를 증명하기 위하여 제출한 증거들(을 제8 내지 12호증)과 법인 사건 판결문 모두 이미 관련 형사판결에서도 참작된 것으로 보이는 점 등을 모두 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 관련 형사판결과 달리 이 사건 거래가 실물 거래 없는 가공거래라고 단정하기에 부족하고, 달리 관련 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼 만한 특별한 사정도 보이지 아니한다. 따라서 이 사건 거래가 가공거래라거나 이 사건 세금계산서가 허위세금계산서라고는 볼 수 없고, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다(원고의 주위적 주장을 받아들이는 이상, 예비적 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 아니한다).

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고가 직권취소한 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.