피고가 2021. 4. 30. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 종합소득세에 관한 경정거부처분 을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 벤처기업육성에 관한 특별조치법이 규정하는 벤처기업인 주식회사 AAA(변경 후 이름 주식회사 BBB. 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 임직원이다.

나. 원고는 이 사건 회사로부터 상법상 주식매수선택권을 부여받아 보유하고 있었는데(행사수량 xx,xxx주, 행사가액 x,xxx원, 이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다), 2015. 12. 9. 이 사건 주식매수선택권을 모두 행사하여 주당 행사가액 x,xxx원을 납입하고 이 사건 회사의 주식 xx,xxx주를 인수하였다(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다). 이사건 주식매수선택권 행사 당시 이 사건 회사의 주가는 1주당 xx,xxx원이었다.

다. 원고는 2016년 초 이 사건 주식매수선택권의 행사에 따른 행사이익 xxx,xxx,xxx원(= 이 사건 주식 전체의 시가 xxx,xxx,xxx원 – 원고가 납입한 이 사건 주식의 행사가액 xx,xxx,xxx원)을 소득으로 포함시켜 피고에게 2015년 귀속 종합소득세를 신고‧납부하였다.

라. 원고는 2021. 3. 16. 이 사건 주식매수선택권 행사 당시 이 사건 주식의 시가였던 xxx,xxx,xxx원 전액이 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항 본문, 제4호에서 규정하는 ‘벤처기업 등에 대한 출자 또는 투자금’으로써 종합소득금액의 비과세 특례조항(이하 ‘이 사건 과세특례 조항’이라 한다)의 적용대상이라고 주장하면서, 피고를 상대로 이 사건 주식매수선택권의 행사이익 xxx,xxx,xxx원에 대하여 신고‧납부한 종합소득세 xx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

마. 피고는 2021. 5. 4. 원고에 대하여, ‘이 사건 과세특례 조항은 벤처기업 등에 실제 출자 또는 투자한 금액을 종합소득금액에서 공제하는 내용이므로, 원고가 이 사건회사에 실제 납입한 이 사건 주식의 행사가액 xx,xxx,xxx원은 종합소득금액에서 공제될 수 있으나 이를 초과한 부분은 공제될 수 없다.’는 이유로 원고의 경정청구 중xx,xxx,xxx원 부분을 일부 받아들여 위 돈을 환급하였고, 원고의 나머지 경정청구는 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2021.12. 2. 기각결정이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 기재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

국세청이 2019. 10. 17. 벤처기업 임원 등이 부여받은 주식매수청구권을 행사하여 주식을 인수하는 경우에는 소득공제를 받을 수 있다는 유권해석을 한 점(소득, 서면-2019-법령해석소득-2047), 구 조세특례제한법 제25조의2는 이 사건 과세특례 조항과 유사하게 에너지절약시설에 투자하는 경우 투자금액 중 일정 비율로 계산한 액수에 관한 세액공제를 규정하고 있는데, 위 조항의 ’투자‘는 ’실제 투자한 금액‘이 아니라 자산의 취득가액을 의미하는 것으로서 법인세법 시행령 제72조는 자산의 취득가액을 시가로 한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제163조 제13항도 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 취득가액으로 한다고 규정하는 점, 동일한 조세특례제한법 내에서는 ’투자금액‘의 의미를 동일하게 해석하는 것이 타당한 점에 비추어 보면, 원고의 투자금액 또한 원고가 투자로 인하여 취득한 자산의 시가와 동일한 것으로 해석하는 것이 타당하다. 따라서 원고가 투자에 따라 취득한 이 사건 주식의 시가 전액이 이 사건 과세특례 조항에 따라 비과세되어야 한다고 봄이 타당하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판 단

1) 구 조세특례제한법 제16조 제1항 본문, 제4호 본문(이 사건 과세특례 조항)은 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업에 출자 또는 투자 금액 중 일정 비율에 해당하는 금액을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제하도록 규정하면서, 제1항 단서에서는 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정한다. 이 사건의 쟁점은 위 조항이 규정하는 ’출자 또는 투자‘의 의미이다.

2) 이 사건 과세특례 조항 및 관계 법령의 내용, 체계 및 취지 등을 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 점들에 비추어 보면, 이 사건 과세특례 조항의 ’출자 또는 투자‘는 자본의 증가를 위한 직접적인 출연행위 가액, 즉 주식매수청구권의 행사가액으로서 벤처기업의 자본으로 직접 출연된 돈을 의미한다고 해석함이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조).

이 사건 과세특례 조항은 ’출자 또는 투자를 하는 경우‘에 ’출자 또는 투자에 대한 금액‘ 중 일정 부분을 종합소득금액에서 공제한다고 규정하는데, 문언해석상 ‘출자’라 함은 ‘자본의 증가를 위한 출연행위’를 의미하고, 위 조항의 공제대상도 출자 또는 투자에 대한 ‘금액’ 중 일정 부분이다. 또한 상법상 주식의 인수에 따른 주식인수대금의 납입은 현물출자 등의 특별한 사정이 없는 한 현금의 납입으로 해석되고, 상법상주식매수청구권의 행사에 따라 신주를 인수하는 이 사건의 경우에도 마찬가지이다. 따라서 원고가 이 사건 회사에 출연한 돈, 즉 주식매수청구권의 행사가액이 ‘출자 또는 투자에 대한 금액’에 해당하고 원고가 그 대가로 이 사건 회사의 주식을 취득하였다고 볼 수 있을 뿐, 이와 정반대로 원고가 출연의 대가로 취득한 주식의 시가 상당액을 원고가 출연한 금액이라고 되돌려서 해석할 수는 없다.

② 구 조세특례제한법은 벤처기업에 대한 설립과 투자를 촉진하기 위하여 벤처기업 주식 등의 양도차익 등에 대한 비과세(제13조), 창업자 등의 출자에 관한 과세특례(제14조), 이 사건 과세특례 조항(제16조) 등을 규정하고 있으므로, 이 사건 과세특례조항의 출자의 의미를 해석할 때에는 위 조항들의 입법취지 및 해석상 균형 등을 아울러 고려할 수 있다. 대법원은 구 조세특례제한법 제13조, 제14조의 입법 취지에 대하여 ‘벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 하는 것’으로 보면서, 구 조세특례제한법 제13조 제2항의 ‘출자’의 의미를 ‘실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것’으로 보아야 한다고 판시한 바 있다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결). 이와 같은 유사 조항의해석론 또한 이 사건 과세특례 조항의 해석에 고려될 수 있다.

③ 원고 주장과 같이 ‘출자 또는 투자’를 이 사건 주식매수청구권의 행사가액이 아니라 그로 인하여 취득한 가액으로 보는 경우에는 투자자가 실제로 부담하는 위험에 대하여 과세특례를 부여함으로써 투자자의 모험자본 투자를 용이하게 하려는 입법취지를 넘어 투자자가 투자로 인하여 취득한 이익을 전부 비과세하는 결과가 됨으로써 투자자에게 과도한 이익을 부여하게 된다.

즉, 상법상 주식매수청구권은 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 부여되는 것으로서(상법 제340조의2 제1항), 이러한 회사에 대한 임원 등의 장래 기여를 고려하여 주식매수청구권의 행사가액이 사전에 결정되고, 임원 등은 주식매수청구권 행사시 주가보다 행사가액이 높은 경우에는 주식매수청구권의 행사를 포기하면 되므로 주가가 하락하더라도 아무런 금전적 손해를 보지 아니한다. 이와 같은 주식매수청구권의 특성상 주식매수청구권의 시가에서 행사가액을 제외한 차액에는 회사의 임직원 등이 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하는 대가가 어느 정도 포함되어 있다고 볼 수밖에 없는바, 이 부분은 벤처기업의 모험자본에 대한 과세특례를 부여하는 이 사건 과세특례 규정의 입법취지와 무관하다.

④ 원고가 주장하는 국세청의 유권해석은 주식매수청구권의 행사에 따른 주식 인수의 경우에도 이 사건 특례조항에서 규정하는 요건을 충족하는 경우 소득공제를 받을 수 있다는 원론적 내용의 답변에 불과하고, 구 조세특례제한법 제25조의2는 시설투자에 대한 세액공제 규정으로써 이 사건 과세특례 조항과는 입법목적과 그 내용이 상이하며¹⁾, 법인세법 및 소득세법 각 시행령 규정은 모두 양도소득세의 취득가액 산정에 적용되는 것으로서 이 사건에 직접 적용되는 것으로 보기 어렵다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지 관계 법령

■ 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외 하고는 제3조제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따 른다.

제3조(조세특례의 제한)

① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세 특 례를 정할 수 없다.

1. 「소득세법」

2. 「법인세법」

제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)

② 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처 기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투 조합등 을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자, 신기술사업자, 벤처 기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인소 유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납 입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법

제14조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제2호의3·제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합을 통하여벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

제16조(중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제)

① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호 또는 제4호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 1천500만원 이하분은 100분의 100, 1천500만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 50, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다. 다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 소재ㆍ부품전문투자조합에출자하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 “벤처기업투자신탁”이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우

3. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합에 출자한 금액을 대통령령으로 정하는바에 따라 벤처기업 또는 이에 준하는 창업후 3년이내 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 “벤처기업등”이라 한다)에 투자하는 경우

4. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우

④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제25조의2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제)

① 내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에 2016년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 6)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

■ 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제14390호로 개정되기 전의 것)

제14조(중소기업창업투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제)

⑤ 법 제16조의 규정에 의한 소득공제를 받고자 하는 거주자는 기획재정부령이 정하는 소득공제신청서에 「중소기업창업 지원법」에 의한 중소기업창업투자조합(이하 “중소기업창업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 한국벤처투자조합(이하 “한국벤처투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)을 관리하는 자, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자업자 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제27조의 규정에 의하여 중소기업청장의 위임을 받은 자, 「소재ㆍ부품전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 소재ㆍ부품전문투자조합(이하 “소재ㆍ부품전문투자조합”이라 한다)을 관리하는 자(이하 이 조에서 “투자조합관리자등”이라 한다)로부터 기획재정부령이 정하는 출자 또는 투자확인서를 발급받아 이를 첨부하여 다음 각호의 규정에 의한 날까지 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

1. 「소득세법」 제73조의 규정이 적용되는 거주자는 당해 연도의 다음 연도 1월분의 급여 또는 사업소득을 받는 날(퇴직 또는 폐업을 한 경우에는 당해 퇴직 또는 폐업한 날이 속하는 달의 급여 또는 사업소득을 받는 날)

2. 제1호외의 거주자는 종합소득과세표준확정신고기한

⑥ 투자조합관리자등은 법 제16조제2항의 규정에 의한 추징사유가 발생한 경우에는 기획재정부령이 정하는 출자지분등변경통지서를 제5항의 규정에 의하여 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 경우에는 출자지분등 변경통지서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 원천징수의무자의 휴업 또는 폐업

2. 납세조합의 해산

3. 근로자의 퇴직

4. 「소득세법」 제73조제1항4호에 따른 사업소득만 있는 자의 휴업 또는 폐업

⑦ 제6항의 규정에 의하여 출자지분등변경통지서를 제출받은 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체없이 당해 거주자가 법 제16조제1항의 규정에 의하여 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전ㆍ회수나 수익증권의 양도ㆍ환매와 관련된 분에 한한다)에 상당하는 금액을 추징하여야 한다.

⑧ 법 제16조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 「해외이주법」에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우

2. 천재ㆍ지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우

3. 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합, 소재ㆍ부품전문투자조합 또는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 의한 집합투자업자가 해산하는 경우 끝.

1) 구 조세특례제한법 제25조의2 제2항, 제11조 제1, 3, 4항, 구 조세특례제한법 시행령 제10조 제6항, 제4조 제3항 제2호의 내용을 종합하면, 시설투자에 대한 세액공제액의 산정도 원고가 주장하는 시가가 아니라 해당 과세연도까지 실제로 지불한 금액을 기준으로 하는 것으로 보인다.