주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 6. 4. 원고에 대하여 한 2019사업연도 법인세 0000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 질소산화물 저감장치, 선박평형수 처리장치 등의 생산 및 판매를 영위하는 회사로, 2014. 9. 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」(이하 ‘연구개발특구법’이라고 한다) 제9조 제1항에 따라 첨단기술기업으로 지정(유효기간 : 2014. 10. 21. ~ 2016. 10. 20.)받아 연구개발특구로 지정된 부산 강서구 00산단3로에 공장을 신축하여 2015. 1. 12. 입주하였다.

나. 이후 원고는 2017. 9.경 첨단기술기업으로 다시 지정(유효기간 : 2017. 9. 7. ~ 2019. 9. 6.)받았으나, 2019. 8. 29. 첨단기술기업 재지정 신청시에는 매출액 대비 연구개발비 비율이 연구개발특구법이 정하는 요건을 충족시키지 못한다는 이유로 재지정받지 못하였다.

다. 원고는 첨단기술기업에 대한 법인세를 감면해주는 규정인 조세특례제한법 제12조의2에 따라 2015사업연도 법인세 00000원과 2019사업연도 법인세 중 0000원을 감면받았다.

라. 부산지방국세청장은 2021. 3. 25.부터 2021. 5. 14.까지 원고의 2017~2019사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 원고는 첨단기술기업 지정 유효기간이 2019. 9. 6. 만료되어 2019사업연도에는 첨단기술기업에 해당하지 않음에도 2019사업연도 법인세를 감면받았다는 내용을 포함한 조사결과를 000세무서장에게 통보하였다.

마. 이에 따라 000세무서장은 2021. 6. 4. 원고에 대하여 2019사업연도 법인세 0000원을 경정․고지하였다(그 중 첨단기술기업 지정 유효기간 만료와 관련된 부분은 0000원이고, 해당 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 18. 원고의 청구를 기각하는 재결을 하였다.

사. 한편 「국세청과 그 소속기관 직제」[별표 1]이 2022. 2. 22. 대통령령 제32478호로 개정됨에 따라 피고가 000세무서장으로부터 이 사건 처분에 관한 사무를 승계하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

가. 원고

1) 원고는 2014. 9. 첨단기술기업으로 지정되고 2015. 1. 12. 연구개발특구에 입주함으로써 당시 적용 중이던 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제12조의2(이하 개정 여부와 상관없이 ‘쟁점 조항’이라고 통칭한다) 제1항이 정하는 법인세감면대상 요건을 충족하였으므로, 원고의 첨단기술기업 지정 유효기간이 2019사업연도 내인 2019. 9. 6. 만료되었다고 하더라도 같은 조 제2항에 따라 위 2015년으로부터 5년째에 해당하는 2019년에도 50%의 법인세가 감면되어야 한다. 쟁점 조항은 제1항이 요구하는 감면요건을 충족하면 별다른 조건 없이 제2항에 따라 5년 동안 법인세를 감면하도록 규정하고 있고, 과세연도 기간내 첨단기술기업 지정 유효기간이 만료된 경우 해당 사업연도에 대하여 법인세 감면을 배제하는 규정이 없기 때문이다. 유효기간 만료 시 세액감면을 배제하는 규정을 명시하고 있는 구 조세특례제한법상 다른 세액감면 규정과 비교하더라도 이와 같이 해석하는 것이 타당하고, 이러한 해석이 쟁점 조항의 입법취지에도 부합한다.

나아가 원고는 쟁점 조항과 유사한 조세특례제한법 및 지방세특례제한법 규정들에 대한 조세심판원의 선결정례들과 쟁점 조항의 해석에 관한 국세청의 질의회신을 신뢰하였으므로, 그에 반하여 이루어진 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에도 반한다.

따라서 원고에 대한 2019사업연도 법인세가 감면되지 않는다는 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 설령 원고에 대한 2019사업연도 법인세를 감면할 수 없다고 하더라도, 원고는 앞서 본 바와 같이 쟁점 조항과 유사한 조세특례제한법 및 지방세특례제한법 규정들에 대한 조세심판원의 선결정례들과 쟁점 조항의 해석에 관한 국세청의 질의회신을 신뢰하여 2019사업연도 법인세에 관한 감면신청을 하였던 것이므로, 그에 관한 납세의무를 다하지 못하는 데 있어 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 따라서 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 피고

1) 원고에 대한 2019사업연도 법인세에 관하여는 사업연도 종료일인 2019. 12. 31. 시행중이던 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)이 적용되어야 하는데, 원고는 첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019. 9. 6. 만료되어 사업연도 종료일 기준 쟁점 조항에 따른 감면요건을 충족하고 있지 않다. 또한 원고가 주장하는 국세청 질의회신(갑 제6호증)은 단순한 안내수준인 행정서비스에 불과하여 행정청의 공적인 견해 표명으로 볼 수 없고, 위 질의회신 내용과 다른 취지의 질의회신도 수차례 있었으므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하지 않는다.

2) 또한 쟁점 조항에 관하여 과세관청은 질의회신을 통하여 조세특례제한법상 세액감면을 적용받는 감면기간 중 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도는 감면대상이 되지 않는다는 입장을 밝혀왔는 바, 원고가 앞서 본 질의회신이나 다른 법령에 관한 조세심판원의 결정 내용을 유추하여 쟁점 조항을 잘못 해석하였다고 하더라도 납세의무를 다하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분도 적법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 쟁점 조항에 따른 감면요건 충족 여부

1) 쟁점 조항의 구체적 내용과 개정 경과

구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제12조의2는 제1항 제1호에서 ‘연구개발특구법에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 같은 법 제9조 제1항에 따라 2015. 12. 31.까지 지정을 받은 첨단기술기업이 감면대상사업장에서 감면대상사업을 하는 경우에는 소득세 또는 법인세를 감면한다’고 규정하고, 제2항에서 ‘제1항의 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(첨단기술기업 지정을 받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 전액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있다. 이후 조세특례제한법이 수차례 개정되었는데, 쟁점 조항 제1항 제1호는 연구개발특구법 제9조 제1항에 따른 첨단기술기업 지정 시한만 2018. 12. 31., 2021. 12. 31., 2023. 12. 31.까지로 각 연장되었을 뿐 나머지 부분은 개정되지 않았다.

2) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

앞서 본 쟁점 조항의 구체적 내용과 개정 경과에 더하여 을 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 쟁점 조항에 따른 법인세 감면이 적용되기 위해서는 해당 과세연도의 종료일까지 첨단기술기업의 지정이 유지되어야 하고, 그 이전에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우에는 원칙적으로 쟁점 조항에 따른 법인세 감면이 적용될 수 없다고 봄이 타당하다. 그리고 이러한 해석이 원고의 주장하는 바와 같이 쟁점 조항이 정하는 감면요건을 합리적인 이유 없이 제한해석하여 법인세 감면 대상을 축소하는 것이라거나 신뢰보호의 원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

가) 쟁점 조항 제1항 제1호는 법인세 감면요건을 ‘20XX. 12. 31.까지 연구개발특구법 제9조 제1항에 따라 첨단기술기업 지정을 받을 것’이라고 정하지 않고 ‘연구개발특구법 제9조 제1항에 따라 20XX. 12. 31.까지 지정을 받은 첨단기술기업일 것’이라고 정하는 규정형식을 취하면서 그 일몰기한만을 수차례 연장해왔다. 이에 비추어 보면 쟁점 조항 제1항 제1호는 ‘첨단기술기업에 해당할 것’과 ‘첨단기술기업 지정 시기가 일몰기한 내일 것’을 별도의 감면요건으로 규정하고 있는 것으로 해석되고, 쟁점 조항 제2항은 위와 같은 감면요건을 충족한 경우 해당 연도의 감면률만을 규정하고 있다고 봄이 상당하다. 따라서 쟁점 조항에 따라 법인세 감면을 받기 위해서는 해당 기업이 감면요건 적용 당시 첨단기술기업에 해당하여야 하는 것은 당연하고, 이는 법인세 납세의무 성립일인 사업연도 종료일을 기준으로 판단되어야 한다(원고의 주장과 달리, 해당 기업이 일몰기한 내에 첨단기술기업 지정을 받은 이상 이후 일몰기한이 추가로 연장되지 않는다고 하더라도 첨단기술기업 지정 시기에 관한 요건이 다시 문제될 여지는 없다).

나) 연구개발특구법은 첨단기술기업에 대하여 세재 지원(제14조), 국유․공유 재산의 사용․수액․대부 및 매각의 특례(제15조) 등 특혜를 부여하는 것으로 규정하고 있고, 쟁점 조항은 첨단기술기업에 대한 소득세 또는 법인세 감면에 관하여 규정하고 있다. 연구개발특구법 제9조, 같은 법 시행령 12조의3에 따라 첨단기술기업으로 지정되기 위해서는 연구개발특구에 입주하여 특정 첨단기술 및 첨단제품 분야에 국내외 특허권을 보유하고 이를 활용하여 제품을 생산․판매하여야 할 뿐만 아니라, 해당 특허권을 활용한 제품의 매출액이 연간 총매출액에서 20%(2019. 3. 12. 개정 전에는 30%)를 차지해야 하고, 연간 총매출액의 3%~5%(연간 총매출액의 규모에 따라 차등)를 연구개발비에 투자해야 한다. 또한 연구개발특구법 시행령 제12조의4 제3항은 첨단기술기업 지정의 유효기간을 2년으로 정하고 있다. 쟁점 조항 및 연구개발특구법이 위와 같이 엄격한 요건을 갖춘 첨단기술기업에 대하여 세재 지원을 하는 취지는 연구개발특구 내 기업의 연구개발을 활성화하고 이를 사업화하여 그에 따른 성과를 연구개발에 재투자하도록 유도함과 동시에 이를 통하여 연구개발특구를 육성하기 위한 데 있고, 나아가 첨단기술기업 지정의 유효기간을 2년으로 한정하는 것은 일단 첨단기술기업으로 지정받은 기업이라도 이후 지속적으로 연구개발에 재투자하여 첨단기술기업으로 재지정받을 수 있도록 유도하기 위함이다. 따라서 첨단기술기업으로 지정받은 기업이라고 하더라도 2년의 유효기간이 종료된 이후 다시 첨단기술기업으로 지정받지 못한 경우라면 더 이상 각종 특혜를 받을 수 없고, 특히 쟁점 조항에 따른 세재 지원도 종료된다고 해석하는 것이 위와 같은 쟁점 조항 및 연구개발특구법의 입법취지에 부합한다.

다) 원고가 지적하는 바와 같이 기업이 연구개발에 투자하더라도 이를 사업화하여 수익을 창출하는 데 상당한 시간이 걸리는 경우가 많으므로 초기사업화 단계에서의 연구개발 투자가 촉진될 수 있도록 장기적인 관점에서 세재 지원이 이루어질 필요가 있는 것은 사실이다. 그러나 쟁점 조항 제2항은 첨단기술기업의 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도부터 5년간, 첨단기술기업 지정을 받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 5년간 소득세 또는 법인세의 전액 또는 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하도록 함으로써 세재 지원 기간을 5년에서 최대 10년까지의 상당한 기간으로 정하고 있는바, 쟁점 조항이 위 기간 동안 첨단기술기업의 지정을 유지하도록 요구하는 것으로 해석하더라도 앞서 본 입법취지에 반하는 것은 아니다. 오히려 쟁점 조항을 원고의 주장과 같이 해석할 경우, 연간 총매출액이 크지 않은 기업 설립 초기에는 첨단기술기업 지정을 위한 연구개발비 투자 요건을 충족시키기가 상대적으로 용이하므로, 소액의 연구개발비만을 투자하여 첨단기술기업으로 지정받은 이후 5년에서 최대 10년 동안 다액의 법인세 감면을 받는 방법으로 쟁점 조항을 악용할 우려도 있다.

라) 원고는, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 ‘벤처기업법’이라고 한다)에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업에 대하여 소득세 또는 법인세 일부를 감면하도록 정하고 있는 조세특례제한법 제6조 제2항¹⁾의 경우 2000. 12. 29. 및 2015. 12. 15. 개정을 통하여 그 단서에서 감면배제 규정을 마련하였던 것과 달리 이 사건 처분 당시 적용 중이던 쟁점 조항은 아직 감면배제 규정을 두고 있지 않았으므로, 첨단기술기업지정의 유효기간이 만료되었다는 이유로 쟁점 조항에 따른 법인세 감면이 배제되어서는 안된다는 취지로 주장한다. 그러나 조세특례제한법 제6조 제2항은 쟁점 조항과 감면요건 및 감면률에 관한 규정 형식을 달리 하고 있는 점, 벤처기업법이 정하는 벤처기업 확인의 요건²⁾과 연구개발특구법이 정하는 첨단기술기업 지정의 요건이 서로 다른 점(특히 벤처기업의 경우 첨단기술기업과 달리 반드시 연구개발비가 연간 총매출액의 일정 비율 이상이 되어야 하는 것은 아니다) 등에 비추어 보면, 조세특례제한법 제6조 제2항과 쟁점 조항을 같은 선상에서 비교할 수 없다.

한편 조세특례제한법이 2022. 12. 31. 법률 제19199호 개정되면서 쟁점 조항 제2항 단서에도 ‘제1항 제1호에 따른 지정이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다’라는 감면배제 규정이 신설되었고, 그에 따라 조세특례제한법 시행령 제11조의2 제2항은 ‘연구개발특구법 시행령 제12조의4 제3항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우(다만 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다)’를 감면배제 사유 중 하나로 정하고 있다. 그럼에도 조세특례제한법 부칙<제19199호, 2022. 12. 31.>은 별다른 경과규정 없이 위 감면배제 규정을 2023년부터 바로 적용하도록 규정하고 있는바, 이에 비추어 보더라도 위와 같은 감면배제 규정의 신설은 단지 확인적 의미만을 갖는 것으로 봄이 상당하다.

마) 원고가 신뢰보호 원칙의 근거로 드는 국세청 질의회신(갑 제6호증)은 단순한안내수준인 행정서비스에 불과할 뿐 아니라 그 기재에 따르더라도 원고에 대한 2019사업연도 법인세가 감면되어야 한다는 내용이 아니므로, 이를 피고의 공적 견해 표명으로 볼 수 없고, 오히려 국세청은 종전부터 첨단기술기업 지정 유효기간이 만료되는 경우 원칙적으로 해당 사업연도부터 세액 감면을 받을 수 없다는 취지로 질의회신해왔다. 또한 원고가 신뢰보호 원칙의 다른 근거로 드는 조세심판원 결정들 역시 모두 조세특례제한법 제6조 제2항이 적용되는 사안들에 대한 것으로 쟁점 조항과는 무관하다.

나. 가산세 면제 사유 유무

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고2000두5944 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 가.의 마)항에서 본 바와 같이 쟁점 조항의 해석에 관하여 피고나 과세관청이 어떠한 신뢰를 부여한 바 없음에도 원고는 쟁점 조항을 독자적으로 해석하여 2019사업연도 법인세에 관한 신고․납세의무를 위반하였는바, 거기에 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분도 적법하므로, 이에 반하는 원고의 주장도 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)

② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2024년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일

2. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업 (1)「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제10호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라한다) (2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다) (3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다) (4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다) (5) 삭제 <2020.2.11> (6)「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제66조에 따른 한국벤처투자 (7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자 (8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3 제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다. 1) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 2) 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서 다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)

② 제1항 제2호 나목 및 다목에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다