주문

1. 피고가 2022. 9. 14. 원고에게 한 양도소득세 0,000,000원과 가산세 0,000,000원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 각자 부담한다.

청구취지

주문과 같다 {원고는 소장에서 양도소득세 부과처분 취소를 주위적 청구취지로, 가산세 부과처분 취소를 예비적 청구취지로 특정하였다. 그러나 병합의 형태가 단순병합인지 예비적 병합인지는 당사자의 의사가 아니라 병합청구의 성질을 기준으로 판단하여야 하고(대법원 2014. 5. 29. 선고 2013다96868 판결), 원고의 위 각 청구는 실체법적으로나 소송법상으로 서로 양립할 수 없는 경우라고 보기 어려우므로, 병합 형태를 단순병합으로 선해하여 판단한다 }.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 OO OO구 OO동 000-0 OO맨션 0동 000호(이하 ‘이 사건 쟁점 주택’이라 한다)를 1992. 12. 12.경 취득한 후 2020. 8. 31. 이 사건 쟁점 주택을 매매대금 000,000,000원에 양도하였다.

나. 원고는 2020. 10. 5. 피고에게 이 사건 쟁점 주택의 양도가 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라한다) 제155조 제8항 등에 따른 1세대 1주택의 특례 요건을 충족한다고 보아 납부할 양도소득세가 없는 것으로 양도소득세 예정신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)를 하였다.

다. 피고는 이 사건 신고 내용을 검토한 결과 원고가 이 사건 쟁점 주택의 양도 당시 이 사건 쟁점 주택 외에도 OO OO구 OO동 000-0 소재 단독주택(이하 ‘이 사건 단독주택’이라 한다) 등을 20년 이상 소유하고 있었기 때문에 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제89조 제1항 제3호 등에 따른 비과세 양도소득 요건에 해당하지 않는다고 보아 2022. 9. 14. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 00,000,000원(10원 미만 버림)을 경정·고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 같은 날 부산지방국세청장에게 이의신청을 하였다. 부산지방국세청장은 2022. 10. 20. 이 사건 쟁점 주택의 실지거래가액과 필요경비에 관한 원고의 예비적 주장을 일부 받아들여 이 사건 쟁점 주택의 취득가액을 실지거래가액 00,000,000원으로 인정하고, 등록세 000,000원, 교육세 000,000원, 부동산 중개비 000,000원, 화장실 공사비용 0,000,000원, 샤시 교체비용 0,000,000원을 필요경비로 인정하여 과세표준과 세액을 경정한다는 내용의 결정을 하는 한편, 원고의 나머지 이의신청은 기각하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 재차 2022. 11. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 피고는 위 심판청구 중 원고가 주장한 이 사건 쟁점 주택의 취득세 등 합계 000,000원을 추가 필요경비로 인정하여 원고에 대한 2020년 귀속 양도소득세를 00,000,000원(가산세 0,000,000원 포함)으로 경정하였다. 이후 조세심판원은 2023. 1. 4. 피고가 위와 같이 추가 필요경비로 인정한 금액 외에도 합계 0,000,000원(= 도시가스보일러 공사비 0,000,000원 + 시설분담금 00,000원 + 화장실과 샤시공사비 중 원고가 입은 상해와 상계하기로 한 0,000,000원)을 필요경비로 추가 공제하여 과세표준과 세액을 경정한다는 내용의 결정을 하는 한편, 원고의 나머지 심판청구는 기각하였다.

바. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 2023. 1. 20. 원고에게 2020년 귀속 양도 소득세와 가산세 합계 00,000,000원{= 양도소득세 0,000,000원 + 무(과소, 초과환급) 신고 가산세 000,000원 + 납부지연 가산세 0,000,000원 }을 경정·고지하였다(이하 원고에게 경정·고지된 양도소득세 부분을 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 하고, 가산세 부분을 ‘이 사건 가산세 부과처분’이라 하며, 위 처분들을 통칭할 때는 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 각 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 양도소득세 부과처분에 대하여

가) 비과세 양도소득 요건에 해당한다는 주장

원고와 그 가족들은 이 사건 쟁점 주택과 이 사건 단독주택에서 경제적 형편, 아이들의 학업 문제 등을 이유로 부득이 분산생활을 한 것에 불과하고, 실질적으로는 가까운 거리에서 이 사건 단독주택의 취득 여부와는 무관하게 1세대를 구성하여 생활하였다. 그럼에도 원고를 비롯한 1세대가 다주택을 보유하고 있음을 전제로 한 이 사건 양도소득세 부과처분은 원고의 구체적인 사정을 고려하지 않은 채 자의적으로 이루어진 것으로서 헌법 제10조의 행복추구권, 헌법 제11조의 차별금지의 원칙, 헌법 제17조의 사생활 보호 원칙 등을 위반하여 위법하다.

나) 장기보유특별공제율 적용이 부당하다는 주장

원고는 이 사건 쟁점 주택을 27년 9개월이나 보유하고 양도하였음에도 15년을 보유한 사람과 동일하게 거주기간별 공제율을 최대 30%만 적용받았는바, 이 사건 양도소득세 부과처분은 헌법 11조에서 규정하고 있는 평등권 등을 침해하여 위법하다.

다) 필요경비의 추가 공제 주장

(1) 국민주택채권 할인비용

원고는 이 사건 쟁점 주택의 취득 당시 국민주택채권 000,000원을 매입한 후 곧바로 은행에 매각하였으므로, 위 금액 또한 필요경비로 인정되어야 한다.

(2) 가스보일러 교체 공사 비용

원고는 양도자산인 이 사건 쟁점 주택의 개량 또는 이용편의를 위하여 가스보일러 교체 공사 비용으로 000,000원을 지출하였고, 그 지출 내역이 신용카드매출전표, 이용대금명세서 등을 통하여 확인된다. 그럼에도 피고는 위 비용을 필요경비로 산정하지 않은 채 만연히 원고에게 양도소득세를 부과하였다.

2) 이 사건 가산세 부과처분에 대하여 설령 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법한 것으로 보더라도, 원고는 2020. 10. 5. 피고에게 납부할 양도소득세가 없는 것으로 양도소득세 예정신고를 하였는데, 피고는 그로부터 약 1년 8개월이 지난 2022. 6.경에 이르러서야 비로소 원고가 기존에 신고한 양도소득세를 경정하고 가산세를 부과할 예정이라는 취지의 과세예고 통지를 한 점, 이와 같이 피고가 2022. 6.경에 이르러서야 원고에게 과세예고 통지를 한 점 등을 고려하면, 피고가 이 사건 쟁점 주택의 양도에 관하여 더 이상 양도소득세를 부과하지 않겠다는 의사를 표명한 것으로 볼 여지가 충분함에도 피고는 양도소득세의 납부 지연으로 책임을 모두 원고에게 전가하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 처분 중 적어도 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 양도소득세 부과처분에 대한 판단

1) 비과세 양도소득 요건에 해당하는지 여부

위 제1항 기재 처분의 경위, 위 제1항의 [인정근거]에서 든 증거들, 갑 제9호증의 기재와 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 이 사건 쟁점 주택의 양도가 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 등에 따른 거주자의 양도소득에 대한 비과세 양도소득 요건을 충족한다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 구 소득세법 제88조 제6호에서는 “「1세대」란 거주자 및 그 배우자(법률상 이혼을 하였으나 생계를 같이 하는 등 사실상 이혼한 것으로 보기 어려운 관계에 있는 사람을 포함한다. 이하 이 호에서 같다)가 그들과 같은 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 자[거주자 및 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학, 질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소에서 일시 퇴거한 사람을 포함한다]와 함께 구성하는 가족단위를 말한다”고 규정하고 있고, 제7호에서는 "「주택」이란 허가 여부나 공부(공부)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다“고 규정하고 있다. 앞서 본 소득세법에 따른 정의 규정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 쟁점 주택의 양도 당시 이 사건 단독주택과 OO OO군 OO읍 OOO 000-00 소재 단독주택 또한 소유하고 있었던 이상 특별한 사정이 없는 한 원고를 포함한 1세대가 1주택만을 보유하고 있었던 것으로 평가할 수는 없다.

② 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나.목, 구 소득세법 시행령 제115조 제8항에 따르면, ”기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유(이하 이 항에서 "부득이한 사유"라 한다)로 취득한 수도권 밖에 소재하는 주택과 그 밖의 주택(이하 이 항에서 "일반주택"이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 부득이한 사유가 해소된 날부터 3년 이내에 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.“고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제71조 제3항 각 호와 제72조 제7항에서는 소득세법 시행령 제155조 제8항의 ”「그 밖에 부득이한 사유」란 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 학교폭력으로 전학 등 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다.“고 규정하고 있으나, 청구인이 주장하는 경제적 형편 등의 사유에 대하여는 위 규정에서 말하는 ‘부득이한 사유’로 규정하고 있지 않다.

③ 그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 것이므로(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조), 위 규정 내용과 달리 원고가 주장하는 경제적 형편 등의 사유로 1세대가 다주택을 보유하게 된 경우에는 위 규정을 적용할 수 없다고 봄이 타당하다.

④ 그리고 1세대 다주택 보유자에 대하여 양도소득세 중과 규정을 둔 이유는 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람들에게 소유가 집중되는 것을 막아 다수 국민의 주거생활의 안정을 이룩하고, 국가경제 전체의 발전을 도모하자는 것으로서 이로 인하여 일부 다주택자들이 양도소득세를 더 부담하게 되더라도 이를 들어 합리적인 이유 없는 차별이라 보기는 어렵다.

⑤ 그리고 특정한 경우 양도소득세를 부과하지 않는다는 법률조항은 국민의 권리를 제한하거나 새로운 의무를 부과하는 법률과는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정되므로, 입법자는 그 입법의 목적, 수혜자의 상황, 국가예산 등 제반사항을 고려하여 그에 합당하다고 스스로 판단하는 내용의 입법을 할 권한이 있고, 그렇게 제정된 법률의 내용이 현저하게 합리성이 결여되어 있는 것이 아닌 한 헌법에 위반된다고 할 수는 없으므로(헌법재판소 2011. 10. 25. 선고 2010헌바134 결정 등 참조), 입법자가 원고가 주장하는 경제적 형편 등의 사유를 양도소득세의 과세대상에서 제외하는 입법을 하지 않았다고 하여 입법재량의 범위를 벗어났다거나 과잉금지 원칙에 위배되어 원고의 행복추구권 등을 침해한다고 볼 수도 없다.

2) 장기보유특별공제율 적용의 위법 여부

살피건대, 원고가 이 사건 쟁점 주택의 양도 당시 1세대가 2주택 이상을 보유하고 있었던 점은 앞서 본 바와 같고, 여기에다가 ① 오늘날 세원(세원)이 극히 다양하고, 납세의무자인 국민의 담세능력에도 차이가 많을 뿐만 아니라, 조세도 국가재원의 확보라는 고전적 목적 이외에 다양한 정책적 목적으로 부과되고 있기 때문에 조세법의 영역에서는 입법자에게 광범위한 형성권이 부여되어 있으므로, 부동산 양도소득에 대한 소득세의 입법과 관련하여서도 입법자는 모든 과세대상을 동일하게 취급할 것인가 아니면 특정의 대상에 대하여는 이와 구별하여 중과세할 것인가, 중과세할 경우 그 대상을 무엇으로 한정할 것이며 그 세율은 어느 정도로 할 것인가, 부동산 양도소득에 대하여 인정되는 장기보유특별공제를 인정할 것인가 등에 관하여 광범위한 입법형성의 자유를 갖는다고 할 수 있다는 점(헌법재판소 2011. 3. 31. 선고 2009헌가22 결정 등 참조), ② 그러한 측면에서 입법자는 양도자산의 보유기간별 공제율과 공제율의 최대한도 등에 관하여도 광범위한 입법형성의 자유를 갖는다고 할 수 있는 점, ③ 또한 세액공제의 비율이나 부동산 시세 등락 등을 고려하여 부동산을 언제 처분할 것인지는 납세자 본인의 선택에 달려 있다고 볼 수 있는 점, ④ 구 소득세법 제95조 제2항은 1세대 2주택 이상 소유자에 대하여 장기보유 특별공제를 완전히 배제하는 것은 아니고, 1세대 1주택 보유자와 1세대 2주택 이상 보유자에 대하여 공제율에 차이를 둔 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 피고가 구 소득세법 제95조 제2항 본문 등에 따라 이 사건 쟁점 주택의 양도에 관하여 보유기간별 공제율을 최대 30%만 적용하였다고 하더라도, 이를 들어 납세자를 자의적으로 차별한 것이라고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 필요 경비의 추가 공제 여부

가) 국민주택채권 할인비용에 대하여

살피건대, 구 소득세법 제97조 제1항 3호와 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제163조 제5항 제2호는 국민주택채권 양도 시 발생하는 매각차손을 필요경비로 하여 양도가액에서 차감하도록 규정하고 있으나, 원고가 제출한 갑 제11호증의 기재만으로는 국민주택채권 매각차손이 000,000원이라는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 주장하는 국민주택채권 할인비용 000,000원은 필요경비로 인정할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

나) 가스 보일러 교체 공사비용에 대하여

(1) 관련 규정과 법리

구 소득세법 제97조 제1항 제2호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호는 위 ‘자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’의 하나로 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용 편의를 위하여 지출한 비용’을 규정하고 있다.

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다고 할 것이지만, 그와 같은 경우란 과세관청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증된 경우 등을 가리키는 것으로, 그에 관한 입증이 전혀 없는 경우에까지 납세의무자에게 곧바로 필요경비에 대한 입증의 필요를 돌릴 수는 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

갑 12호증의 기재와 변론 전체의 취지에 따르면, 원고가 주장하는 자본적 지출액인 보일러 교체 공사비용에 대하여 그 지출 사실이 합계금액이 ‘000,000원’, 접수일이 ‘2013. 11. 7’로 기재된 OOOO보일러 OOO 명의의 신용카드매출전표, 그리고 이에 부합하는 신용카드 이용대금 명세서로 확인되고(다만 원고는 그 비용을 000,000원이라고 주장하나, 위 증빙서류로 확인되는 금액은 000,000원이다), 달리 원고가 제출한 위 증빙서류가 허위로 작성된 것이라고 볼 만한 자료나 정황은 찾을 수 없다.

이에 대하여 피고는, 원고가 위 비용을 지출한 사실이 있다고 하더라도 그 비용이 이 사건 쟁점 주택에 사용된 것인지 여부가 불분명하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 원고가 제출한 증빙서류가 허위로 작성된 것이라고 의심할 만한 정황은 찾을 수 없는 점, 원고는 이 사건 쟁점 주택을 1992. 12. 12.경 취득하였는바 원고와 그 가족들의 거주기간 등을 고려하면, 원고가 2001년경 이 사건 쟁점 주택에 도시가스 설치 등의 시설공사를 한 사실이 있다고 하더라도 2013. 11. 7.경 추가적으로 보일러 교체의 필요성이 없었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

따라서 원고가 지출한 보일러 교체 공사비용은 이 사건 쟁점 주택의 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함되어야 한다.

4) 취소의 범위

가) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 지출한 보일러 교체 공사비용은 이 사건 쟁점 주택의 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함되어야 하는데, 이 사건 쟁점 주택의 필요경비 금액을 계산하여 원고에게 적법하게 부과될 정당한 양도소득세액을 산출할 만한 자료가 모두 제출되었다고 볼 수 없으므로, 원고에게 부과될 정당한 양도소득 세액을 계산할 수 없어 이 사건 양도소득세 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

라. 이 사건 가산세 부과처분에 대한 판단

1) 가산세의 종류에 따라서는 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세도 있으나, 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실 가산세 등은 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니하는 경우에 이를 따로 부과할 수 없다(대법원 2018. 11. 29. 선고 2015두56120 판결 등 참조).

2) 위 법리에 비추어 보건대, 원고에게 부과된 가산세의 종류가 무신고 가산세 000,000원과 납부지연 가산세 0,000,000원인 사실, 그리고 원고에게 부과될 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없어 이 사건 양도소득세 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 한 이 사건 가산세 부과처분 또한 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.