주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 1,406,404,347원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19○○. ○.경 설립되어 컴퓨터 소프트웨어개발ㆍ공급 등을 주된 사업으로 영위하고 있는 법인이다. 원고의 2014 사업연도 및 2015 사업연도의 각 매출액과 상시 종업원의 수는 아래의 표 기재와 같다.

     구분              2014 사업연도       2015 사업연도

     매출액             800.8억 원               904.9억 원

     상시 종업원의 수     238명                   313명

나. 원고는 2017. 3.경 과세표준을 35,146,046,585원으로, 산출세액을 7,312,130,248원으로 하고, 거기에 공제감면세액 1,683,268,856원과 기납부세액 747,576,070원을 차감하여 산정된 4,881,285,322원(= 7,312,130,248원 –1,683,268,856원 –747,576,070원)을 최종 납부 세액으로 하여 2016 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고ㆍ납부하였는데, 위 공제감면세액 1,683,268,856원은 연구ㆍ인력개발비 세액공제율을 8%로 적용하고, 중소기업에 대한 특별세액 감면신청은 하지 않은 것이었다.

다. 이후 원고는 2022. 3. 14. 피고를 상대로, 2016 사업연도는 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항이 적용되어 중소기업에 해당한다고 주장하면서, ‘연구ㆍ인력개발비세액공제 대상금액 및 공제율’을 정정하고 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’을 추가하여 위 나.항 기재와 같은 종전의 2016 사업연도 법인세 신고 내역 중 1,447,845,339원을 감액하여 달라는 경정청구 하였다.

라. 피고는 2022. 5. 9. 원고의 위 경정청구 중 사회보험료 사용자 부담분에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하여 산정된 감면액 41,440,992원은 이를 받아들여 원고의 2016 사업연도 법인세액에서 차감하여 환급하여 주었으나, 나머지 1,406,404,347원(= 1,447,845,339원 –41,440,992원)에 대하여는 원고의 2016 사업연도가 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 적용을 받아 중소기업으로 간주되는 경우에 해당하지 않는다고 판단하여 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 5. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 11. 2. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고의 사업이 속하는 정보서비스업종의 경우, 중소기업기본법이 정하는 중소기업의 기준이 2015. 1. 1. 이전에는 ‘상시 근로자수 300명 미만 또는 매출액 300억 원 이하[구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 이전의 것) 제3조 제1항 제1호, 별표 1]’였다가 2015. 1. 1.부터는 ‘평균매출액 또는 연간매출액이 800억 원 이하’[구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 제3조 제1항 제1호, 별표 1]로 변경되었다.

앞서 본 원고의 2014 및 2015 각 사업연도 매출액 및 상시 종업원 수를 위와 같은 기준의 변경에 비추어 보면, 원고는 2014 사업연도에는 중소기업기본법상 중소기업에 해당하였지만 2015 사업연도에는 중소기업기본법상 중소기업에 해당하지 않게 되었는데, 이는 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에서 정하는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에 해당하는바, 원고는 그 사유가 발생한 2015 사업연도부터 그 다음 3개 과세연도인 2018 사업연도까지 조세특례제한법에서 정한 중소기업에 대한 특별세액감면을 받을 수 있다.

그러므로 이와 달리 원고가 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에서 정하는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 않는 경우에 해당하지 않는다는 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조).

2) 살피건대, 앞서 든 증거들, 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, ‘조세특례제한법 시행령 제2조 제5항에서 정하는 중소기업기본법 시행령의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’는 단순히 직전 사업연도에는 중소기업에 해당하였다가 직후의 당해 사업연도에는 중소기업에 해당하지 않게 된 경우를 가리키는 것이 아니라 종전의 기준에 의할 경우에는 직접 사업연도뿐만 아니라 직후의 당해 사업연도에도 중소기업에 해당하는데 직후의 당해 사업연도부터 직용되는 변경된 기준에 의하여 새롭게 중소기업에 해당하지 않게 된 경우를 의미하는 것으로 해석함이 타당하고, 결국 원고는 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 및 구 조세특례제한법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 받을 수 없다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 이유 없다.

① ㉮ 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은, ‘제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다’고 규정하고 있다. 문장의 구조나 내용으로 볼 때, 앞부분의 ‘「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이’라는 문언이 뒷부분의 ‘중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’를 수식하거나 한정하여 주는 것으로 보는 것이 보다 자연스럽다(그렇지 않으면 어떻게 하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때가 되는 것인지 이해하거나 해석하기 어렵다). ㉯ 그리고 ‘「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때’라는 문언은, 그 자체로 ‘중소기업기본법 시행령의 개정이 없었다면 그렇지 않을 터인데, 중소기업기본법 시행령이 개정되었기 때문에 새롭게 중소기업에 해당하지 않게 된 때’를 뜻하는 것으로 이해된다(즉, 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항의 문언은, 중소기업기본법 시행령의 개정 이전에는 중소기업에 해당하였다가 그 개정 이후에는 중소기업에 해당하지 않게 된 모든 기업에 대하여 적용된다고 해석되지 않는다).

② 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항은 중소기업에 해당하는지 여부의 판단에 관하여 중소기업기본법의 기준을 적용하고 있으므로, 중소기업기본법상의 중소기업 기준의 변경을 살펴 볼 필요가 있다. ㉮ 원고의 사업이 속하는 정보서비스업종의 경우, 중소기업기본법이 정하는 중소기업의 기준은, 2015. 1. 1. 이전에는 ‘상시 근로자수 300명 미만 또는 매출액 300억 원 이하[구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 이전의 것) 제3조 제1항 제1호, 별표 1]’였다가 2015. 1. 1.부터는 ‘평균매출액 또는 연간 매출액이 800억 원 이하’[구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 제3조 제1항 제1호, 별표 1]로 변경되었다. ㉯ 그리고 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정된 것)의 부칙 제2조 제1항은, 기존 중소기업에 대한 특례로 ‘제3조 제1항 및 제2항과 별표 1의 개정 규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하였던 기업이 이 영 시행 후 제3조 제1항 및 제2항과 별표 1의 개정 규정에 따른 기준에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2018. 3. 31.까지 중소기업으로 본다’고 정하고 있는데, 이에 의하면 위 ㉮항과 같은 중소기업 기준의 변경에도 2018. 3. 31.까지 중소기업으로 간주될 수 있는 기업은 그 변경 전의 종전 기준에 따라 중소기업에 해당하였던 기업이다. ㉰ 중소기업청의 2015년 개정판 중소기업 범위 해설(갑 제2호증)에 의하더라도 위 ㉯항의 부칙은 중소기업이 법령의 개정에 따른 중소기업 범위 기준의 변동으로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 기업의 규모 등에 변화가 없음에도 불구하고 중소기업에 해당하지 않아 예상치 못한 경영상의 어려움을 겪게 될 수 있어 이에 대한 충격을 완화하기 위한 법률적 장치로서 둔 경과조치이고, ‘종전의 규정에 의해 중소기업’이었던 기업이 ‘개정규정’으로 중소기업에 해당하지 않아야 그 경과조치의 적용을 받을 수 있다고 설명하고 있다.

③ 원고는 앞서 본 바와 같이 2014 과세연도에 이미 매출액은 2015. 1. 1. 이전의 기준이나 그 이후의 기준이나 모두 중소기업에 해당하지 않았고, 상시 종업의 수만이 2015. 1. 1. 이전의 기준으로 중소기업에 해당하는 상황이었고, 2015 사업연도에는 2015. 1. 1. 이전의 기준에 의하더라도 매출액뿐만 아니라 상시 종업원의 수도 중소기업에 해당하지 않고, 2015. 1. 1. 이후의 기준에 의할 때 중소기업에 해당하지 상황이다. 이에 의하면, 원고가 2015 사업연도에 중소기업에 해당하지 않게 된 것은 단순히 법령의 개정에 따른 기준의 변경 때문이라기보다는 기업의 규모가 커지는 변화도 있기 때문으로 봄이 상당하므로(더욱이 원고는 2015 사업연도에 2015. 1. 1. 이전의 기준에 의하더라도 중소기업에 해당하지 않는 상황이었으므로 기업의 규모가 커지는 변화가 보다 주된 요인으로 보인다), 원고에게 중소기업 기준의 변경에 따른 유예 제도를 통하여 보호하고자 하는 정당한 이익이 있다고 할 수 없다.

④ 반면 원고의 주장에 따르면, 2015. 1. 1.을 기준으로 중소기업기본법에 정한 중소기업 기준이 변경된 이상 2014 과세연도에 중소기업의 기준을 충족하기만 하면 그 후 매출액의 증가 등으로 기업의 규모가 훨씬 커지더라도 무조건 조세특례제한법 제2조 제5항의 적용을 받아 2018 사업연도까지 중소기업으로서 특별세액감면을 받게 되는 결과가 발생하는데, 이러한 해석은 중소기업 기준의 변경에 따른 경과조치 내지 특례 등을 둔 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 및 중소기업기본법의 목적이나 입법취지에도 부합한다고 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

■ 조세특례제한법 시행령

제2조(중소기업의 범위)

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

■ 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통통령 제25302호로 개정되기 이전의 것)

제3조(중소기업의 범위)

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천 명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천 억 원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천 억 원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천 5백 억 원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

■ 구 중소기업기본법 시행령(2015. 6. 30. 대통령령 제26356호로 개정되기 전의 것)1)

제3조(중소기업의 범위)

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단 또는 채무보증제한기업집단에 속하는 회사

나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

부칙 <제25302호, 2014. 4. 14>

제1조(시행일)

이 영은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제3항 및 제4항, 제10조의3, 제10조의4, 제13조 및 제14조의 개정규정은 2014년 4월 15일부터 시행한다.

제2조(기존 중소기업에 관한 특례)

① 제3조 제1항 및 제2항과 별표 1의 개정규정에도 불구하고 이 영 시행 전에 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하였던 기업이 이 영 시행 후 제3조 제1항 및 제2항과 별표 1의 개정규정에 따른 기준에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2018년 3월 31일까지 중소기업으로 본다.

끝.