주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. 6. 1. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세

169,689,940원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결 이유의 인용

원고가 당심에서 주장하는 내용은 아래 제2항의 추가 주장 외에는 제1심에서의 주장내용과 크게 다르지 아니한바, 원고의 당심 추가 주장을 제외한 원고의 주장을 제1심 및 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 따라서 이 법원이 이 판결에게 기재할 이유는 아래와 같이 추가하거나 고쳐 쓰는 부분과 아래 제2항에서 추가 주장에 대한 판단을 기재하는 외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제1심 판결문 제6면 두 번째 도표 아래에 다음의 내용을, 같은 면 아래에서 제6,7행의 [인정근거]에 "갑 제25, 33, 34, 45 내지 48호증"을 각 추가한다.

『(7) C은 2014. 10. 1. 합병승인에 관한 이사회 결의에 따라 2014. 11. 19.을 합병기일로 하여 D을 소규모 합병방식으로 흡수합병하였고, 2014. 11. 25. 합병등기를 완료하였다. 합병 전 C은 합병을 위하여 D의 자본잠식 상태를 해소하고자 합병 전 자본금을 500만 원에서 58억 원으로 증자하였고, D은 증자를 통해 납입된 자금으로 C에 대한 채무를 변제하였다. 합병 전 D의 2010~2014년 사업연도 손익계산서의 주요 내용은 다음과 같다.

(단위: 백만 원)

○ 제1심 판결문 제8면 제21행 다음에 "[원고는, 이 사건 주식의 양도 당시 시가를 평가함에 있어 구 상증세법 시행령 제49조 제1항에 따라 시가의 평가기간은 이 사건 주식 양도 전후 6개월로 보아야 한다고 주장한다. 그런데 이 사건 주식 양도에 대한 시가 산정에 적용할 법령은 구 소득세법 제101조에 의하여 위임받은 구 소득세법 시행령 제167조 제5항이라고 할 것인데, 구 소득세법 시행령 제167조 제5항 전단은 양도소득의 부당행위계산에서 시가의 평가기간에 관하여 구 상증세법 시행령 제49조 제1항을 준용하면서, 후단은 이 경우 상증세법 시행령 제49조 제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간으로 본다고 규정하고 있다. 따라서 위 후단의 규정에 따라 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내 기간의 매매가격만을 시가로 인정할 수 있을 뿐 이와 달리 6월 이내 기간의 매매가격을 시가로 인정할 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.]"를 추가한다.

○ 제1심 판결문 제10면 제1행의 "보이지 아니한다." 다음에 "[원고는, 이 사건 선박의 순수한 취득가격인 12,600,000달러에서 그 취득일로부터 이 사건 주식의 양도일까지의 감가상각비를 공제한 4,053,214,883원이 정당한 장부가액이라고 주장한다. 구 상증세법 시행령 제52조 제1항의 장부가액에 대한 명확한 정의규정은 없으나, 이는 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액을 의미하는 것으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출 · 자산 평가증 등을 가산하고 감가상각 · 평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리키는 것으로 이해된다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2010두28601 판결 참조). 따라서 피고가 이 사건 선박의 장부가액을 산정함에 있어 이 사건 선박의 취득가액뿐만 아니라 자본적 지출에 해당하는 개조비용을 포함하여 선박가격을 산정한 후 감가상각비를 공제한 것에 잘못이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다(을 제7호증의 기재에 의하면, B도 이 사건 선박에 대한 장부가액을 산정함에 있어 이 사건 선박의 취득가격 뿐만 아니라 개조비용도 포함한 가격에서 감가상각비를 공제한 금액으로 산정하였다. 다만 공제한 감가상각비의 금액을 달리 산정하였다).]"를 추가한다.

○ 제1심 판결문 제10면 제15행의 "(4)"와 "그 밖에" 사이에 "앞서 본 ③항과 같이 선박의 거래가격은 외부적인 변수뿐만 아니라 내부적인 변수에도 영향을 받으며, 선박의 개별 상태 등도 서로 다르고, 이 사건 선박의 경우 취득한 이후 상당한 비용을 들여 개조하였으므로, 이러한 점이 반영되지 아니한 채 이 사건 선박과 크기와 건조년도가 유사한 선박들을 단순 비교하여 추정 가격으로 의견을 제시한 이 법원의 한국해양진흥공사장에 대한 사실조회회신과 갑 제23, 24, 25호증의 각 기재만으로는 이 사건 선박을 재취득할 수 있다고 예상되는 가격을 단정할 수 없고"를 추가한다.

○ 제1심 판결문 제16면 제22행 다음에 이 법원의 별지로 '추가 법령'을 추가한다.

2. 추가 주장에 대한 판단

가. 양도대상 주식 불특정 및 취득가격 산정 잘못 주장에 대한 판단

1) 원고의 주장

가) 원고가 2014. 11. 24. G에게 이 사건 주식을 양도할 당시 원고는 2001. 7. 7. 취득한 B 주식 19,750주와 2014. 5. 1. 유상증자 시 취득한 B 주식 19,750주를 소유하고 있었다. 그런데 피고는 이 사건 주식의 양도차익을 산정함에 있어 원고가 G에게 양도한 주식을 특정하지 아니하여 위법하다.

나) 피고는 원고가 G에게 양도한 이 사건 주식의 양도가액을 구 소득세법령과 구 상증세법령에 따라 평가한 가격으로 산정하였으므로, 이 사건 주식의 취득가격도 구 소득세법 제100조 제1항에 의하여 구 소득세법령과 구 상증세법령에 따라 평가한 가격으로 산정하여야 함에도 이와 달리 산정하여 위법하다.

2) 구체적 판단

가) 구 소득세법 제98조의 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제162조 제5항은 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있다. 그런데 을 제12호증의 기재에 의하면, 원고는 2014. 12. 8. 피고에게 이 사건 주식의 양도소득과세표준신고 및 납부계산서를 작성하여 제출하면서 이 사건 주식의 취득일자를 2001. 7. 7.로 기재하였으므로, G에게 양도된 이 사건 주식은 B 설립당시인 2001. 7. 7. 취득한 주식 19,750주 중 일부라는 것이 분명하다고 할 것이다. 설령 그렇지 않다고 하더라도 G에게 양도된 이 사건 주식은 구 소득세법 시행령 제162조 제5항에 의하여 원고가 먼저 취득한 2001. 7. 7.자 주식 19,750주 중 일부라고 봄이 상당하다. 따라서 G에게 양도된 이 사건 주식이 특정되지 아니하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

나) 구 소득세법 제100조 제1항은 '양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액 · 감정가액이 적용되는 경우에는 그 매매사례가액 · 감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액 ·감정가액 · 환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액 · 감정가액 · 환산가액 등을 포함한다)에 따르고 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 그 기준시가에 따른다.'고 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 제101조 제1항은 '납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.'고 규정하고 있다. 위 관련 규정의 내용에 의하면 양도차익을 계산할 때에는 먼저 취득가액과 양도가액을 실지거래가액으로 산정하되, 다만 특수관계인과의 거래로 구 소득세법 시행령 제167조 제3항에 규정된 바와 같이 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 실지거래가액을 부인하고 구 소득세법 시행령 제167조 제4, 5항에 따라 시가에 의하여 그 가액을 계산하여야 한다. 그런데 구 소득세법 시행령 제167조 제3항은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정된 때라 함은 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때(제1호), 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산 시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정한 때(제2호)를 규정하고 있는바, 이 사건 주식의 양도가액은 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 제1호에 해당되어 같은 조 제4, 5항에 의하여 양도가액을 시가로 계산하여야 할 것이고, 이 사건 주식의 취득가액은 구 소득세법 시행령 제167조 제3항에 규정된 요건에 해당하지 아니하는 한 구 소득세법 제100조 제1항에 따라 실지거래가액에 따라 산정하여야 한다. 따라서 이와 달리 이 사건 주식의 취득가액도 구 상증세법 시행령 제167조 제4, 5항에 의하여 시가로 계산하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

나. 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서 적용 주장에 대한 판단

1) 원고의 주장

C은 2013년도와 2014년도 기준으로 부동산에 준하는 자산인 선박의 평가액이 총자산의 50% 이상인 법인이므로, 부동산과다보유법인에 대한 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서를 유추 적용하여 이 사건 주식의 평가를 순손익가치 40%와 순자산가치60%의 가중치로 평가하여야 한다.

2) 구체적 판단

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조).

나) 구 소득세법 시행령 제167조 제5항에 의하여 준용되는 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 단서는 '부동산과다보유법인(소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.'고 규정하고, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목은 '당해 법인의 자산총액 중 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인'이라고 규정하고 있으며, 구 소득세법 제94조 제1항은 제1호에서 '토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득'을, 제2호에서 '부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다), 지상권, 전세권과 등기된 부동산 임차권의 양도로 발생하는 소득'을 정하고 있다. 위와 같은 각 법령의 문언상 부동산과다보유법인 해당 여부 판단의 기준이 되는 자산은 '부동산 및 부동산에 관한 권리'에 한정된다고 보는 것이 타당하다.

원고는 임대업과 용선업은 부동산인지 선박인지에 차이가 있을 뿐 일정기간의 임대료 수입을 목적으로 한다는 점에서 차이가 없으므로 선박을 소유한 기업 역시 부동산과다보유법인으로 유추하여 적용할 수 있다고 주장한다. 그러나 선박 · 자동차 · 항공기 · 건설기계는 등기 · 등록에 의해 그 권리관계를 공시하는 점에서 민법상 부동산과 유사하게 공시되기는 하나 그 성질상 동산에 해당하는 것으로, 일정기간의 임대료 수입을 목적으로 한다는 이유만으로 이를 부동산으로 볼 수는 없다. 또한 위 각 규정이 부동산과다보유법인 판단 기준이 되는 자산가액 산정 시 그 대상이 되는 자산을 '토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득' 및 '부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권과 등기된 부동산의 임차권의 양도로 발생하는 소득'으로 명시한 점에 비추어 보면, 선박을 부동산으로 보아 위 각 규정을 유추적용하는 것은 조세법률주의에 위배되는 것으로 허용될 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다. 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호1) 적용 주장에 대한 판단

1) 원고의 주장

C은 2014년도에 일시적으로 순이익을 얻기는 하였으나, 이는 매출액 증가에 기인한 것이 아니라 전체 계열사 차원의 구조조정 과정에서 발생한 오류에 불과하므로, 이러한 점을 바로잡아 2014년도 C의 손익을 재산정하면 실질적으로 손실이 있었던 것으로 보아야 한다. 따라서 C의 주식은 '평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인의 주식'에 해당하므로, C 주식의 가액은 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호에 따라 순자산가치에 의하여 평가되어야 한다.

2) 구체적 판단

가) 구 소득세법 시행령 제167조 제5항에 의하여 준용되는 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호는 '평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분의 경우 제1항의 규정에도 불구하고 순자산가치에 의하여 비상장주식의 가치를 평가한다.'고 규정하고 있다.

나) 위 인정사실과 앞서 든 증거, 을 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, C이 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① C에 대한 2014년 감사보고서는 외부감사인 N 회계법인으로부터 적정의견을 받아 공신력 있는 전자공시시스템(DART)에 공시되었는데, 위 감사보고서는 재무제표 자체에 대한 평가뿐 아니라 재무제표 작성을 위하여 경영진이 적용한 회계정책의 정합성과 경영진이 도출한 회계추정치의 합리성에 대한 평가까지 포함하는 것이다. C의 재무제표는 '2014. 12. 31. 및 2013. 12. 31. 당시의 재무상태, 재무성과 및 현금흐름을 일반기업회계기준에 따라 중요성의 관점에서 공정하게 표시하고 있다'는 감사의견을 표명하고 있다. 이러한 감사절차를 거친 재무제표에 의하면 평가기준일 당시 C은 2014 사업연도에 1,774,086,755원의 당기순손익을 올렸고 부채를 초과하는 자산을 보유하고 있었으므로, 재무제표상 C이 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손금이 있는 법인에 해당하지 않는다는 점은 명백하다.

② 한편 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제26호증(O회계법인 작성의 2020. 7. 9.자 C 과거 10년간 재무제표에 대한 분석적 검토 보고서)의 '일반적인 한계점 및 이용상의 유의사항'에는 '본 보고서는 회사의 경영자에 의해서만 이용되거나 신뢰할 수 있으며 회계법인의 사전 서면동의 없이는 자기의 위험으로 보고서를 신뢰하거나 신뢰하지 않을 제3자에게 본 보고서의 전체 또는 일부가 제공되어서는 안 된다.'고 기재되어 있거나, '본 용역은 기본적으로 회사에서 제공한 과거 재무제표를 근거로 수행되었으나 위와 같이 제공된 과거 자료에 대하여 별도로 조사하거나 검증하지 않아 자료의 정확성이나 완전성과 관련하여 어떠한 형식의 확신도 제공하지 않으며 의견을 표명하지 않는다.'고 기재되어 있어, 갑 제26호증의 기재만으로는 위 ①항의 외부감사인 N 회계법인 작성의 C에 대한 2014년 감사보고서의 내용을 배척하기에 부족하다.

③ 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호는 그 문언상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는지 여부만 고려할 뿐 해당 법인이 얻은 익금이 영업이익으로 인한 것인지, 자본거래에 의한 것인지에 따라 경우를 나누어 달리 산정하거나 자본거래에 의한 이익을 익금에서 제외하고 있지는 않다. 또한 영업이익 뿐 아니라 자본거래에 의한 이익이 모두 법인세법상의 이익에 해당함도 분명하다. 따라서 위 조항에서 정한 결손금 존부를 판단할 때에는 자본거래에 의하여 이익 역시 익금에 포함하여 산정하는 것으로 봄이 타당하다.

라. 구 상증세법 시행령 제56조 제2항 적용 주장에 대한 판단

1) 원고의 주장

C의 2014년도 순손익 발생은 매우 이례적인 것으로 구 상증세법 시행령 제56조 제2항 제1호 및 구 상증세법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제1항 제3호에 따라 '일시적이고 우발적인 사건으로 기획재정부령으로 정하는 경우'에 해당하므로 추정이익의 평균가액으로 평가되어야 한다.

2) 구체적 판단

가) 구 소득세법 시행령 제167조 제5항에 의하여 준용되는 구 상증세법 시행령 제56조 제2항은, 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 법령에 따른 신용평가전문기관, 회계법인 또는 세무법인이 산출한 추정이익의 평균가액으로 대체할 수 있는 예외요건으로, 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당할 것(제1호), 구 상증세법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준 신고기한 및 증여세 과세표준 신고기한까지 1주당 추정이익의 평균가액을 신고할 것(제2호), 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서작성일이 해당 과세표준 신고기한 이내일 것(제3호), 1주당 추정이익의 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 같은 연도에 속할 것(제4호)을 각 요건으로 규정하고 있다. 나아가 그 위임에 따라 규정된 구 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항에서는 그 요건 중 '일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우'에 대하여 제3호에서 '평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병 또는 분할을 하였거나 주요 업종이 바뀐 경우'라는 요건을 정하고 있다.

나) 구 상증세법 시행령 제56조 제2항은 위와 같은 예외요건을 두면서 '각 호의 요건을 모두 갖춘 경우'에 위와 같이 추정이익의 평균가액으로 대체할 수 있다고 명시하고 있으므로, 각 호의 요건이 모두 충족된 경우에 한하여 위 규정을 적용할 수 있다고 보아야 한다.

그런데 우리 회계법인의 C에 대한 추정이익산정 및 평가서(갑 제28호증)는 과세표준 신고기한 2015. 2. 28. 이후인 2019. 12. 26.에 작성된 것에 불과하고, 달리 C의 주식과 관련하여 과세표준 신고기한까지 1주당 추정이익의 산정, 평가서의 작성 및 신고가 이루어진 사실을 인정할만한 아무런 자료가 없어 '증여세 과세표준 신고기한까지 신고할 것(제2호)' 및 '추정이익의 산정기준일 등이 해당 과세표준 신고기한 이내인 것(제3호)'의 요건 모두에 해당하지 않는다.

뿐만 아니라 D이 C에 흡수합병된 것은 2014. 11. 25.인데, 이는 이 사건 주식의 양도일인 2014. 11. 24. 이후로 구 상증세법 시행규칙 제17조의3 제1항 제3호의 '평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병된 경우'에 해당하지도 않음이 역수상 명백하여 구 상증세법 시행령 제56조 제2항 제1호에도 해당하지 아니한다.

따라서 C의 주식의 시가를 구 상증세법 시행령 제56조 제2항에 따라 평가할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 이중과세 주장에 대한 판단

1) 원고의 주장

이 사건 주식의 양수인인 G에 대하여 간주 증여세가 부과되었음에도 다시 양도인인 원고에게 양도소득세가 부과되는 것은 실질적으로 가상의 소득에 대하여 이중으로 과세되는 것이므로 부당하다.

2) 구체적 판단

증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서, 과세관청이 각 부과처분을 함에 있어서는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로, 위 규정들의 요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니다(대법원 2003. 5. 13. 선고 2002두12458 판결 참조). 따라서 이 사건 주식의 양도와 관련하여 원고에게 양도소득세를, G에게 증여세를 각 부과하였다고 하여 이중과세라고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.