피고가 2018. 11. ×. 원고에게 한 2016 사업연도 귀속 법인세 ××,×××원(가산세 포함), 2017 사업연도 귀속 법인세 ×,×××,×××원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 2016. ×. ×. 주택건설사업, 주택조합업무대행업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 2016. ×. ×. CC동 지역주택조합 추진위원회(이하 ‘CC동 주택조합’이라 한다)와, 2017. ×. ×. DD동 지역주택조합 추진위원회(이하 ‘DD동 주택조합’이라 한다)와 사이에 토지매입, 모델하우스 운영, 분양광고, 조합원 모집 등 지역주택조합 등의 시행자 지위의 일체 업무를 대행하는 업무대행계약(이하 ‘이 사건 업무대행계약’이라 한다)을 각각 체결하였는바, 위 업무대행계약에 따라 2016, 2017년 아래와 같이 지급받은 업무대행 용역비 합계 ××,×××,×××원(이하 ‘이 사건 업무대행비’라 한다)을 선수금 또는 신탁예치금으로 회계처리한 다음, 법인세 수입금액을 0원으로 신고하였다. [표 생략]

다. 피고는 2018. ×. ×.부터 2018. ×. ×.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2016 및 2017 사업연도에 수령한 이 사건 업무대행비 등에 대한 수입금액을 신고 누락하였다고 보아, 2016 사업연도 법인세 ××,×××원(가산세 포함)과 2017 사업연도 법인세 ×,×××,×××원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2019. ×. ×. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2020. ×. ×. 그 심판청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6 내지 14호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

피고는 원고가 이 사건 업무대행비를 수령한 시점에 수익으로 인식하여 이 사건 처분을 하였는바, 이는 다음과 같이 위법하므로 취소되어야 한다.

 가) 이 사건 업무대행계약과 같이 장기간 진행되는 용역의 경우, 수익은 ‘작업진행률’에 따라 인식하여야 하고, 용역의 성격이 사업기간 전체에 대한 서비스제공인 경우 예상 총 용역제공기간을 기준으로 진행률을 산정할 수 있다(이를 기준으로 수익을 다시 인식하여 계산해 보면 다음과 같이 2016, 2017 사업연도 익금의 차이가 발생함을 알 수 있다).

[표 생략]

나) 만일 ‘작업진행률을 합리적으로 추정할 수 없는 경우’에 해당한다고 보더라도, 이 사건의 경우 그 수익의 귀속시기는 ‘대가를 받은 때’가 아니라 용역제공의 경우에는 ‘용역의 제공이 완료되는 때’라는 점에서 아직 도래하지 않아 위법하다.

2) 피고의 주장

 법인세법상 1년 이상의 장기용역은 작업진행률을 기초로 수익을 인식하여야 하는 것이지만 이 사건의 경우 당사자 사이에 용역 수행의 단계별로 대가를 지급하기로 하는 중간지급 조건부 약정이 있었으므로 그에 따라 수익을 인식하여야 한다. 이 사건 업무대행계약상 조합원 모집비율, 사업승인신청 및 중도금분할납부대비 균등분할지급을 조건으로 각각 80%, 10%, 10%의 비율을 약정하는 등 용역수행의 정도를 기준으로 삼아 대가를 지급하기로 약정한 이상 그에 따라 대가를 수령하기로 한 지급기일이 작업진행률에 따른 귀속시기에 해당하는바, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

 나. 관계 법령

 [별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

 1) 원고와 CC동 주택조합사이에 작성된 2016. ×. ×.자 업무대행용역계약의 주요

내용은 다음과 같다.

 [표 생략]

 2) 원고와 DD동 주택조합이 작성한 2017. ×. ×.자 업무대행용역계약서의 목적과 업무대행비 지급 규정 등 주요 내용은 다음과 같다.

 [표 생략]

 3) 원고는 이 사건 업무대행계약에 따라 조합원 모집을 하고 업무대행비로 2016년에 ×,×××,×××원(부가가치세 포함, 이하 같다), 2017년에 ××,×××,×××원 합계 ××,×××,×××원을 수령하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법 규정 및 법리

 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조는 제1항에서 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고, 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 내지 제71조는 거래의 유형 내지 대금의 지급방법 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 개별적으로 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제69조 제1항 본문은 “법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설, 용역 등의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 ‘작업진행률’이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.”고 규정하면서, 제2항 제1호로 ‘작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입’하도록 예외규정을 두고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행규칙(2018. 3. 21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조¹⁾ 제1항은 “영 제69조 제1항 본문에서 ‘건설 등을 완료한 정도’란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.”면서 제1호에서 건설의 경우 ‘작업진행률’을 계산하는데 적용되는 산식을 다음과 같이 규정하고, 제2호에서는 제1호 외의 경우에는 제1호를 준용하여 계산한 비율로 작업진행률을 계산하도록 규정하고 있다.

 나) 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와 사이에 시간적 간격이 있을 때 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생된 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식으로서 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용한 것으로, 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 1984. 3. 13. 선고 83누720 판결, 대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 등 참조).

 다) 위와 같이 구 법인세법 제40조는 제1항, 제2항 등에서 권리의무확정주의를 선언하고, 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있다. 그러나 이러한 거래유형 등에 따른 세법상의 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다종다양(多種多樣)한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없으므로, 위 규정들만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에는 법인세법상의 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 구 법인세법 제43조에서 정하였듯이 일반적으로 공정·타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수도 있다고 해석함이 타당하며, 이러한 해석이 국세기본법 제20조의 취지에도 부합한다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2014두44847 판결 등 참조).

 라) 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4항의 위임에 따라 용역의 공급시기에 관하여 정하고 있는 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제22조 제2호는 중간지급 조건부로 용역을 공급하는 경우에는 ‘그 대가의 각 부분을 받기로 한 때’를 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제40조에서 정한 내국법인의 익금의 귀속시기는 원칙적으로 그 수입할 금액과 그 수입할 권리가 확정된 때, 즉 법률상 그 권리를 행사할 수 있게 된 시기를 의미한다. 중간지급 조건부 용역의 공급의 경우 원칙적으로 당사자 사이의 약정에 의하여 대가의 각 부분을 분할 지급받기로 한 때에 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 도래하고, 실제로 대가를 받았는가는 그 시기의 확정에 영향을 미치지 않는다. 다만 각 분할지급시기가 도래하기 전에 당사자가 별도 약정으로 대가의 지급시기를 늦추기로 합의하였다면 그에 따라 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 변경될 수 있지만, 분할지급시기가 도래한 이후에는 그와 같은 합의를 하더라도 원칙적으로 이미 발생한 부가가치세와 법인세 납세의무에 영향을 미칠 수 없다(대법원 1992. 1. 21. 선고 91누1684 판결, 대법원 2015. 8. 19. 선고 2015두1588 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

 가) 이 사건 업무대행계약의 성격

 앞서 본 인정사실에 의하면, 이 사건 업무대행계약은 ‘전체 예정 조합원의 일정 비율(20%↑)이상 모집’ 등의 중간지급 조건이 성취되면 각 부분 비율에 해당하는 대가를 일정시기(원고의 신청 또는 청구일로부터 10일 이내)에 지급받기로 하는 중간지급 조건부 용역계약에 해당한다고 할 것이다.

 나) 이 사건 업무대행비의 익금 귀속시기

 위 인정사실 및 법리에다가 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 업무대행비는 조합원 모집비율을 곱하여 지급하도록 정해져 있고, 조합원 탈퇴, 제명 등으로 인한 조합원 부담금 환불 시에도 원고는 업무대행비를 반환하지 아니한다고 정하고 있는 점, ② 원고는 2016 및 2017 사업연도 중 이 사건 업무대행계약에 따라 중간지급 조건에 정해진 조합원 모집비율에 도달하여 해당 업무대행비를 청구하여 지급받게 된 것인 점, ③ 업무대행계약상 주택조합들은 원고에게 반환요청 등의 어떠한 청구나 이의를 제기하지 못한다고 규정하고 있는 점, ④ 원고는, 단순 장기용역계약에 해당함을 전제로 구 법인세법 시행령 제69조에 따른 ‘작업진행률’을 기준으로 손익 귀속시기가 결정되어야 한다는 취지로 주장하나, 작업진행률에 관한 위 시행령 규정은 권리확정주의에 대한 예외에 해당하고 다종다양(多種多樣)한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없으므로 중간지급 조건부 용역계약의 경우 권리확정주의의 원칙으로 돌아가 손익의 귀속을 정할 수 있는 점, ⑤ 지역주택조합에서 조합원 모집의 중요도 등에 비추어 원고와 주택조합들이 실제 용역수행 정도를 기준으로 한 작업진행률에 상응하는 대가를 지급받기로 약정한 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 업무대행비는 원고가 주택조합들에게 업무대행비를 신청 및 청구하여 그로부터 10일 이내에 수령한 것으로 보이는 ‘단계별 지급기일이 도래한 때’에 개별 지급조건이 충족되어 해당 용역대금지급청구권이 이미 발생하였거나 적어도 성숙단계에 이르렀다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 수령한 이 사건 업무대행비를 2016 및 2017 사업연도의 익금에 산입하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다(한편 원고는, 구 법인세법 시행령 제69조 제2항 제1호 및 같은법 시행규칙 제34조 제4항에 따라 작업진행률을 계산할 수 없으므로, ‘용역의 제공이 완료된 때’가 이 사건 업무대행비의 귀속시기가 되고, 결과적으로 2016, 2017 사업연도의 익금에 산입될 수익은 없다는 취지로도 주장하나, 이 사건 업무대행계약이 중간지급 조건부 용역계약이 아닌 단순 장기용역계약임을 전제로 익금 귀속시기가 아직 도래하지 않았다는 취지의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다).

 다) 소결론

결국 이 사건 처분은 적법하므로, 이와 다른 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.