[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에 대한 설계, 제조, 판매, 정비 등의 사업을 영위하는 법인으로, 2012년 8월경 OOO과 체결한 MOU에 따라 2013.9.9. OOO에 사업장을 신설하고, 해당 사업장에서 OOO제조활동을 위한 기계장치, 공기구(치공구)의 구입 및 설치, 설비보수 등 투자활동을 하였다.

나. OOO은 2015.3.30. 「지역개발 및 지원에 관한 법률」에 따라 지역활성화지역으로 지정되었다.

다. 청구법인은 2022.3.30. OOO이 지역활성화지역으로 지정된 이후인 2015〜2017사업연도 중 약 OOO원을 투자하였으므로 「조세특례제한법」제121조의17에 따른 법인세 감면을 적용하여 2016사업연도 법인세 OOO원을 감액하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 투자금액이 OOO원에 미치지 못하였다는 이유로 2022.6.15. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 「조세특례제한법」제121조의17 및 같은 법 시행령 제116조의21(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 정하는 감면요건은 ① 투자 요건, ② 지역 요건, ③ 사업장 신설 요건으로 구분되는바, 청구법인이 이 중 지역 요건과 사업장 신설 요건을 충족한 것에 대해서는 처분청과 다툼이 없다.

 (2) 투자 요건은 지역활성화지역 안에서 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우로서 투자금액이 OOO원 이상일 것을 의미하는바, 투자금액의 집계는 지역활성화지역 안에서 시설이 새로이 설치되는 때를 기준으로 이루어져야 한다.

  (가) 쟁점규정은 투자의 집계 기준을 특별히 정하고 있지 않고, ‘각 호에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우’라고 규정하였는바, 이는 투자를 ‘시설’이라는 물적설비에 대해 ‘설치’라는 물리적 행위를 기준으로 판단하도록 한 것으로, 대금 지급 조건과는 무관하게 해당 시설의 설치 완료 시점, 즉, 정상제품 제조가 개시된 시점을 기준으로 투자금액의 집계가 이루어져야 한다.

  (나) 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」은 지역의 성장 잠재력을 개발하고 공공과 민간의 투자를 촉진하여 지역개발사업이 효율적으로 시행될 수 있도록 종합적ㆍ체계적으로 지원함으로써 지역경제를 활성화하고 국토의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 하고, 쟁점규정은 이러한 법률에 따라 지정된 지역에서 정상적으로 사업을 개시하여 지역발전과 국가균형발전에 이바지하는 기업에게 그에 상응하는 세제감면의 혜택을 부여하기 위한 근거법령이므로, 정상적인 사업을 영위하기 위한 설비의 설치 및 시험가동이 완료되지도 않은 기업에게 감면혜택을 부여할 이유가 없다.

  또한, 쟁점규정에 따른 감면은 ‘사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일’부터 기산하도록 규정하고 있는바, 현금지출 기준으로 감면요건을 충족했다고 하더라도 소득 발생일까지의 기간이 5년 이상 걸리는 경우에는 실질적인 감면 적용 기간이 단축되는 불합리한 경우가 발생될 수 있다.

  (다) 청구법인의 기계장치 투자 관련 계약내용에 따르면, 단순 인도조건의 계약이 아닌 설치완료까지 장기간이 소요됨에 따라 검수가 완료되기 전까지는 언제라도 계약이 해지될 수 있으므로, 현금지출 기준으로 투자금액을 집계하는 경우에는 선급금만 지급하고 투자가 진행되지 않더라도 투자가 이루어진 것으로 집계되는 문제가 발생된다.

  (라) 기업회계기준서 K-IFRS 제1016호 ‘유형자산’에 따르면, 경영진이 의도하는 방식으로 가동될 수 있는 장소와 상태에 이를 때까지 발생하는 관련 비용들을 유형자산의 취득원가로 인식하도록 하고 있고, 「법인세법」 및 「소득세법」상의 자산의 취득기준은 통상 잔금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날로 하고 있는데, 이는 모두 현금지출 시점을 기준으로 하는 것이 아닌, 검수가 모두 완료된 이후 회사가 잔금을 청산하는 시점 또는 잔금청산보다 실제 자산의 사용이 더 빨리 이루어진 경우, 그 사용이 시작된 날을 기준으로 자산의 취득을 판단하도록 하고 있다.

  (마) 투자세액공제 관련 조문인 「조세특례제한법」제5조에서도 투자를 완료시점으로 판단하도록 하고 있으며, 2개의 과세연도에 걸쳐 진행 중인 투자의 경우에는 완료기준 또는 현금지출기준 중에서 납세자가 선택하여 적용할 수 있도록 특례 조항을 두고 있으나, 이는 설치에 장기간이 소요되는 기계장치 등과 같이 취득 완료까지의 기간이 오래 소요되는 경우를 고려하여 납세자에게 유리한 방법을 선택할 수 있도록 한 것일 뿐, 반드시 현금지출 기준을 선택해야만 하는 것은 아니다.

  (바) 현금지급 기준으로 투자 요건을 판단한다면, 선급금 명목으로 OOO원의 현금만 지출하여도 쟁점규정에 따른 감면을 적용받을 수 있게 되므로, 쟁점규정의 취지에 전혀 부합하지 않는 편법이 발생될 수 있고, 감면세액의 추징 규정을 적용할 수도 없게 된다.

 (3) 청구법인은 2015년 4월경부터 2017.12.31.까지 OOO 소재 사업장에 대한 새로운 시설의 설치로서 아래 <표1>과 같이 OOO원을 투자하였는바, 쟁점규정에 따른 감면요건을 충족하였음이 명백하다.

<표1> 청구법인이 주장하는 투자 내역(투자완료기준)

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 (4) 처분청은 사실관계가 전혀 다른 유권해석을 원용하면서 법률에 규정되지 아니한 감면요건 기준을 추가하여 청구법인에 대하여 쟁점규정에 따른 감면을 적용할 수 없다는 의견이나 이는 부당하고, 설령 동 유권해석을 원용하더라도 설치완료기준을 따르는 이상 청구법인은 OOO원 이상을 투자한 것으로 보아야 한다.

  (가) 처분청이 제시한 기획재정부 유권해석(기획재정부 조세특례제도과-697, 2018.9.13.)은 감면대상지역 지정 이후에 비로소 공장 준공 및 사업장 등록이 완료된 경우로서, 공장 준공에 따른 투자가 완료된 이후의 설비투자가 없는 상태에서 공장 신축 투자금액에 대한 세액감면 여부를 질의한 사안이다. 즉, 사업장 등록 이전에 이루어진 공장 신축에 대한 투자에 대하여 세액감면이 적용되는지를 질의한 것으로서, 사업장 등록도 되기 전이라면 감면대상지역으로 지정되기 전에 투자한 금액은 감면요건이 되는 투자금액에 포함하지 아니한다고 회신한 것으로 이해할 수 있다.

  (나) 이와는 달리, 청구법인의 경우에는 감면대상지역으로 지정되기 이전에 이미 공장 준공 및 사업장등록까지 완료되었는바, 동 유권해석에서와 같이 공장 신축에 대한 사업장 신설 이전의 투자금액은 문제될 여지가 전혀 없고 사업장 신설 이후의 신규 설비 투자금액에 대한 세액감면 여부가 쟁점이 될 뿐이다.

  (다) 더욱이, 동 유권해석의 회신내용 어디에도 처분청이 주장하는 바와 같이 감면대상지역 지정일 이후 지출된 투자금액만을 감면요건 기준이 되는 투자금액에 포함(현금지출기준)하여야 한다는 문구는 없고, 처분청은 쟁점규정의 문언, 입법취지 및 목적으로부터 현금지출기준이 어떻게 도출되는지에 대하여 구체적으로 설명하고 있지도 않다.

 (5) 처분청은 「조세특례제한법 시행규칙」제8조의3에 따른 감면대상 사업용자산에 건설 중인 자산이 포함되어 있다는 점을 들어, 설치완료기준으로 감면요건 기준이 되는 투자금액을 집계할 수 없다고 보았으나, 동 규정이 감면대상 사업용자산에 건설 중인 자산을 포함시키고 있는 것은 원칙적으로 시설을 새로이 설치완료하는 것을 투자로 보지만 해당 시설의 설치완료 자체가 장기간이 소요되는 건설의 경우에는 건설 중이라도 부분 완료에 해당하는 만큼을 투자로 보아 감면한도의 산정시 고려해 주겠다는 취지에서 비롯된 것일 뿐, 반대로 모든 사업용 자산에 대하여 설치 중인 상태에서 현금지출기준으로 투자금액을 집계하여야 한다는 의미는 아니다.

 당사자 간에 임의로 정할 수 있는 계약상의 대금지급일정을 기준으로 감면요건 기준이 되는 투자금액을 집계하는 것은 우연한 사정에 따라 감면요건의 충족여부를 다르게 판단하는 결과를 초래하는바, 현금지출기준은 법적 안정성과 예측가능성의 측면에 비추어 보더라도 전혀 합리적이라고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

 (1) 실질적인 투자지출을 통해 낙후지역의 지역활성화를 유도하고 있는「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제67조의 입법 취지 및 목적과 해당 법률을 조세정책적으로 지원하기 위해 제정된 쟁점규정의 입법 취지 및 목적 등을 고려할 때, 지역활성화지역 지정일 이후에 지출된 투자금액을 기준으로 감면요건을 판단하여야 한다.

  (가) 기획재정부는 유권해석을 통해 감면지역 지정 전 투자금액은 감면요건이 되는 투자금액에 포함하지 않는 것이라고 해석한 바 있다(기획재정부 조세특례제도과-697, 2018.9.13.).

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  (나) OOO은 지역활성화지역으로 지정되기 전에 이루어진 청구법인 및 다른 사업자의 투자 등으로는 개발수준이 다른 지역에 비하여 현저하게 열악하고 낙후도가 심하다고 판단되어 2015.3.30. 지역활성화지역으로 지정된 것이므로, 청구법인의 주장과 같이 투자금액 계산의 범위를 투자시설 설치 완료시점으로 보고 지정지역 지정일 전에 이루어진 투자금액을 감면요건 계산시 포함하게 될 경우에는 새로운 투자를 유인하기 위해 지역활성화지역을 지정한 이후에도 추가적인 투자가 이루어지지 않음에도 감면효과만 누리는 결과를 가져올 수 있다.

  (다) 「조세특례제한법 시행규칙」제8조의3은 설치가 완료되지 않은 건설 중인 자산도 감면적용 대상인 사업용자산으로 규정하고 있는바, 이를 보더라도 시설의 설치 완료 여부가 투자금액의 범위를 정하는 요건이 되지 않음을 알 수 있다.

  (라) 쟁점규정은 지역활성화지역에 사업장을 신설하는 기업이 그 지역 안의 사업장에서 하는 사업에 대해 감면을 적용할 수 있도록 규정하고 있는바, 청구법인의 주장과 같이 설비 대금을 일부 선지급하는 경우에는 신설 사업장 내에서 소득이 발생되기 어려워서 감면의 적용이 어렵고, 「조세특례제한법」제121조의19는 감면세액의 추징에 대해 규정하고 있으므로 부당한 감면에 대한 관리가 가능하다.

 (2) 2015〜2017사업연도 중 청구법인의 투자내역은 아래 <표2>와 같은바, 투자금액이 OOO원에 미달하여 쟁점규정에 따른 감면을 적용할 수 없다.

<표2> 처분청이 집계한 청구법인의 투자 내역(현금지출기준)

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3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구법인이 기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 감면(「조세특례제한법」제121조의17) 요건을 충족하였는지 여부

나. 관련 법령 등

 (1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것)

 제5조(중소기업 등 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 및 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장(이하 이 조에서 “증권시장”이라 한다)에 최초로 신규 상장한 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “신규상장 중견기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2018년 12월 31일까지[…생략…] 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 중 신규상장 중소기업과 신규상장 중견기업의 경우는 100분의 4)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[…생략…] 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

 제121조의17(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 “감면대상사업”이라 한다)을 하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다.

 1. 기업도시개발구역에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역의 사업장에서 하는 사업

 2. 기업도시개발사업 시행자가 하는 사업으로서 「기업도시개발 특별법」제2조 제3호에 따른 기업도시개발사업

 3. 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조 제1항 제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다) 또는 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업(법률 제12737호 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」 부칙 제4조에 따라 의제된 지역개발사업구역 중 「폐광지역 개발 지원에 관한 특별법」에 따라 지정된 폐광지역진흥지구에 개발사업시행자로 선정되어 입주하는 경우에는 「관광진흥법」에 따른 관광숙박업 및 종합휴양업과 축산업을 경영하는 내국인을 포함한다)이 그 구역 또는 지역 안의 사업장에서 하는 사업

 4. 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제11조(같은 법 제7조 제1항 제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다)에 따른 지역개발사업구역과 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역에서 같은 법 제19조에 따라 지정된 사업시행자가 하는 지역개발사업

 5. 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」제15조 제1항에 따라 지정ㆍ고시된 해양박람회특구에 2018년 12월 31일까지 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외한다)하는 기업이 그 구역 안의 사업장에서 하는 사업

 6. 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」제18조 제1항에 따른 사업시행자가 박람회 사후활용에 관하여 시행하는 사업

② 제1항에 해당하는 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제5호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 제1항 제2호ㆍ제4호ㆍ제6호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제5호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 제1항 제2호ㆍ제4호ㆍ제6호의 경우 법인세 또는 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 각각 감면한다.

④ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액이 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 초과하는 경우에는 그 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 “감면한도”라 한다)로 하여 세액을 감면한다.

 1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

 2. 다음 각 목의 금액 중 적은 금액

  가. 해당 과세연도의 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천만원

  나. 제1호의 투자누계액의 100분의 20

⑤ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제4항 제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

⑥ 제4항 제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 상시근로자의 범위, 상시근로자 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 창업의 범위에 관하여는 제6조 제6항을 준용한다.

⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 제121조의19(감면세액의 추징 등) ① 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제121조의17에 따라 감면된 법인세 또는 소득세를 추징한다.

 3. 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 3년이 되는 날이 속하는 과세연도) 종료일 이후 2년 이내에 제121조의17 제1항에 따른 조세감면기준에 해당하는 투자가 이루어지지 아니한 경우

② 제1항 제3호에 해당하는 경우에는 해당 과세연도와 남은 감면기간 동안 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다.

 (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부개정되기 전의 것)

 제116조의21(기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ① 법 제121조의17 제1항 제1호ㆍ제3호 및 제5호에 따라 법인세 또는 소득세를 감면하는 투자는 투자금액이 100억원 이상(제116조의2 제17항 제2호에 해당하는 사업의 경우에는 20억원 이상이며 제116조의2 제17항 제3호에 해당하는 사업의 경우에는 50억원 이상을 말한다)으로서 「기업도시개발특별법」제2조 제2호에 따른 기업도시개발구역(이하 이 조에서 “기업도시개발구역”이라 한다), 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제11조에 따라 지정된 지역개발사업구역(같은 법 제7조 제1항 제1호에 해당하는 지역개발사업으로 한정한다. 이하 이 조에서 “지역개발사업구역”이라 한다) 및 같은 법 제67조에 따른 지역활성화지역(이하 이 조에서 “지역활성화지역”이라 한다), 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」제15조 제1항에 따라 지정ㆍ고시된 해양박람회특구(이하 이 조에서 “해양박람회특구”라 한다) 안에서 제116조의2 제17항 각 호에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우를 말한다.

② 법 제121조의17 제1항 제2호ㆍ제4호 및 제6호에 따라 법인세 또는 소득세를 감면하는 투자는 「기업도시개발특별법」제11조에 따른 기업도시개발계획에 따라 기업도시개발구역을 개발하거나 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제19조에 따라 지정된 사업시행자가 지역개발사업구역 또는 지역활성화지역을 개발하기 위한 지역개발사업 또는 「여수세계박람회 기념 및 사후활용에 관한 특별법」제18조 제1항에 따른 사업시행자가 해양박람회특구를 개발하기 위한 개발사업으로서 총개발사업비가 1천억원 이상인 경우를 말한다.

③ 법 제121조의17 제1항 제1호ㆍ제3호 및 제5호에 해당하는 기업도시개발구역, 지역개발사업구역, 지역활성화지역 및 해양박람회특구에 창업하거나 사업장을 신설하는 기업이 그 구역에 있는 사업장에서 경영하는 사업의 감면대상소득은 제1항에 따른 감면대상사업을 경영하기 위하여 그 구역에 투자한 시설에서 직접 발생한 소득을 말한다.

④ 법 제121조의17 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 투자누계액”이란 법 제121조의17 제2항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받는 해당 과세연도까지의 기획재정부령으로 정하는 사업용자산에 대한 투자 합계액을 말한다.

⑤ 법 제121조의17 제6항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(그 수가 음수이면 영으로 보고, 감면받은 과세연도 종료일 이후 2개 과세연도 연속으로 상시근로자 수가 감소한 경우에는 두 번째 과세연도에는 첫 번째 과세연도에 납부한 금액을 뺀 금액을 말한다)으로 하며, 이를 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

　해당 기업의 상시근로자 수가 감소된 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제121조의17 제4항 제2호에 따라 감면받은 세액의 합계액 - (상시근로자 수가 감소된 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수 × 1천만원)

⑥ 법 제121조의17 제7항에 따른 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수의 계산방법에 관하여는 제23조 제10항부터 제12항까지의 규정을 준용한다.

⑦ 법 제121조의17 제2항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

 제116조의23(감면세액의 추징) 법 제121조의19 제1항의 규정에 의한 법인세 또는 소득세의 추징은 다음 각 호의 기준에 의한다.

 2. 법 제121조의19 제1항 제3호의 경우 : 감면받은 세액 전액 추징

 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2017.3.10. 기획재정부령 제606호로 일부개정되기 전의 것)

 제8조의3(연구개발특구 등에의 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면 적용 시 사업용자산의 범위) 영 제11조의2 제2항, 제116조의14 제2항, 제116조의15 제4항, 제116조의21 제4항, 제116조의25 제2항 및 제116조의27 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 사업용자산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 말한다.

 1. 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산

 2. 건설 중인 자산

 3. 「법인세법 시행규칙」별표 3에 따른 무형고정자산

 (4) 지역 개발 및 지원에 관한 법률

 제1조(목적) 이 법은 지역의 성장 잠재력을 개발하고 공공과 민간의 투자를 촉진하여 지역개발사업이 효율적으로 시행될 수 있도록 종합적ㆍ체계적으로 지원함으로써 지역경제를 활성화하고 국토의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

 제67조(지역활성화지역의 지정) ① 국토교통부장관은 낙후지역 중 개발수준이 다른 지역에 비하여 현저하게 열악하고 낙후도가 심한 지역에 대하여 도지사의 요청을 받아 지역활성화지역으로 지정할 수 있다. 이 경우 그 지정 목적의 달성에 필요한 최소한의 범위에서 지정하여야 한다.

 (5) 지역 개발 및 지원에 관한 법률 시행령

 제65조(지역활성화지역의 지정 요건) 국토교통부장관은 법 제67조 제1항에 따라 지역활성화지역을 지정하려는 경우에는 다음 각 호의 요건을 고려하여야 한다.

 1. 지역총생산 또는 재정자립도가 다른 지역에 비하여 현저하게 낮을 것

 2. 해당 지역의 인구가 일정 기간 지속적으로 감소하거나 정체되어 있을 것

 3. 경제적 여건 변화로 종래의 지역산업이 급격히 쇠퇴하여 새로운 소득기반의 조성이 필요할 것

 4. 그 밖에 지역접근성, 재난ㆍ재해 등 지역 특성에 따라 균형 있는 개발을 위하여 특별한 지원이 필요할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2012.3.19. OOO와 2014년부터 2025년까지 OOO를 납품(수주액 OOO달러)하기로 계약을 체결하였고, 원활한 납품을 위해 2012.9.25. OOO 내 약 OOO 부지에 약 OOO원을 투자하여 생산공장을 건립하기로 OOO과 MOU를 체결하였으며, 2013.6.24. OOO을 건설(사업자등록)하여 생산설비를 지속적으로 투자하였다.

 OOO은 OOO 등의 첨단 가공장비 및 자동화 기술이 접목된 조립라인을 갖추고 2014년 5월경 초도생산을 완료한 후 OOO에 납품을 시작하여, 2015년경부터 소득이 발생되었다.

 (2) 청구법인이 2015〜2017사업연도 중 OOO에 투자한 금액은 아래 <표3>과 같은바, 청구법인 주장과 처분청 의견의 차이는 2016.4.29. 취득한 기계장치(OOO)의 투자에 소요된 금액 중 OOO이 지역활성화지역으로 지정(2015.3.30.)되기 전에 지출된 금액을 2015〜2016사업연도 투자금액으로 볼 것인지 여부에 따른 것으로 확인된다.

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<표3> 투자금액 집계 차이

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 (3) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대해 검토하던 중, 감면대상구역으로 지정되기 전부터 투자가 진행되어 오다가 감면대상구역으로 지정된 후에 설치완료된 자산의 감면요건이 되는 투자금액의 범위에 대해 청구법인과 이견이 있어서, 2022.5.18. 국세청 법무과에 청구법인이 제출한 납세자 의견서를 포함하여 과세기준자문을 신청하였다.

 국세청 법무과는 2022.5.30. 처분청의 과세기준자문 신청은 국세부과 제척기간 만료일까지의 기한이 3월 이하인 경우 및 기존의 세법해석사례^*가 있는 경우에 해당하여 「법령사무처리규정」제28조의3 제1호에 따라 반려한다고 통지하였다.

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 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등).

  (나) 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제1조에 따르면, 이 법은 지역의 성장 잠재력을 개발하고 공공과 민간의 투자를 촉진하여 지역개발사업이 효율적으로 시행될 수 있도록 종합적ㆍ체계적으로 지원함으로써 지역경제를 활성화하고 국토의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 하고, 같은 법 제67조에 따르면, 지역활성화지역은 낙후지역 중 개발수준이 다른 지역에 비하여 현저하게 열악하고 낙후도가 심한 지역에 대하여 도지사의 요청을 받아 국토교통부장관이 지정할 수 있으며, 쟁점규정은 기업도시개발구역, 지역개발사업구역, 지역활성화지역 등 특정 감면대상구역 내에서 이루어지는 특정 사업을 하기 위한 투자로서 일정한 요건을 충족하는 투자에 대하여 법인세 또는 소득세를 감면하기 위한 규정이라 하겠다.

  (다) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점규정에서 정한 투자금액의 집계는 지역활성화 지역 안에서 시설이 새로이 설치되는 때를 기준으로 이루어져야 한다고 주장하나, 쟁점규정은 투자금액이 OOO원 이상으로서 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」에 따라 지정된 지역활성화지역 안의 사업장에서 제조업 등을 영위하기 위하여 시설을 새로이 설치하는 경우에 적용되고, OOO은 2015.3.30. 지역활성화지역으로 지정되었으므로, 청구법인이 2015.3.30. 이후 OOO에서 시설을 새로이 설치하기 위하여 투자한 금액이 OOO원 이상이어야만 그 적용이 가능한 것으로 해석되며, 지역활성화지역 지정 이전에 지출된 투자금액은 감면요건 판단시 제외되는 것이 쟁점규정의 입법취지상 타당한 것으로 보이는 점, 기획재정부 역시 「지역 개발 및 지원에 관한 법률」제11조에 따라 지역개발사업구역으로 지정되기 전에 해당 지역에 투자한 금액은 쟁점규정에 따른 감면의 요건이 되는 투자금액에 포함하지 않는다고 해석한 바 있는 점(기획재정부 조세특례제도과-697, 2018.9.13.), 청구법인이 제시한 「조세특례제한법」제5조는 투자행위에 대하여 세제혜택을 주는 규정으로서 투자금액을 바탕으로 세액공제 여부가 결정되는 것이 아니라 세액공제의 적용시점에 대한 판단이 필요할 뿐이고, 같은 조 제1항에서 ‘중소기업 등을 경영하는 내국인이 일정 자산에 투자하는 경우에 해당 투자금액의 3%를 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도에 공제’하도록 명시하면서, 같은 조 제2항은 ‘투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액(즉, “현금지출”의 의미로 해석됨)을 공제’하도록 하여 현금지출기준을 예외적으로 인정하도록 하고 있는바, 쟁점규정은 투자금액의 집계 기준에 대하여 구체적으로 정하고 있지 않고, 오히려 「조세특례제한법」제5조 제2항과 그 문구가 유사한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점규정 적용시 투자완료시점을 기준으로 투자 요건을 판단하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  (라) 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.