주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 원고에게 2021. 4. 19. 한 2019년 제2기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 및 2021. 7. 1. 한 2019년 제2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 산업용밸브 제조 판매업, 배관자재 제작 판매업 등을 목적으로 2000. 4. 20. 설립된 주식회사이다.

나. 원고는 2019. 1. 23. 00지방법원 2018회합xxxxx호로 회생개시결정을 받았다(이하 위 결정으로 개시된 회생절차를 ‘이 사건 회생절차’라고 한다). 00지방법원은 2019. 8. 12. 이 사건 회생절차에 관하여 아래와 같은 내용이 포함된 회생계획을 인가하였다(이하 위와 같이 인가된 회생계획을 ‘이 사건 회생계획’이라고 한다). 이 사건 회생절차는 이후 종결되었다.

다. 이 사건 회생계획 중 이 사건에 관련된 상거래채권인 회생채권(이하 ‘이 사건 회생채권’이라고 하고, 위 채권의 채권자들을 ‘이 사건 채권자들’이라고 하며, 주식회사의 상호 중 ‘주식회사’ 부분은 ㈜로 표시하고, 개인사업자는 상호만을 표시한다)에 관한 권리변경 및 변제방법의 내역은 아래 표 기재와 같다.

라. 원고는 2019. 8. 13. 이 사건 회생계획에 따라 이 사건 회생채권 중 90%를 원고가 발행한 액면가 1주당 10,000원의 기명식 보통주식으로 출자전환하였고, 원고가 출자전환을 위하여 발행한 신주는 모두 이 사건 회생계획에 정한 바에 따라 같은 날 200:1의 비율로 병합되었다(이하 위와 같이 병합된 주식을 ‘이 사건 주식’이라고 한다). 이에 따라 이 사건 채권자들에게 각 귀속된 이 사건 주식의 액면가는 아래 표 기재와 같다.

마. 이 사건 채권자들은 2019. 9. 2.부터 2020. 12. 8.까지 관할 세무서장에게 이 사건 회생채권에 관하여 아래 표 기재와 같이 대손세액 공제신고를 하고, 해당 대손세액을 공제받았다.

바. 피고는 이후 이 사건 채권자들의 관할 세무서로부터 ① 이 사건 채권자들 중 ㈜bbb를 제외한 나머지 채권자들이 제출한 대손세액 공제신고서를 과세자료로 통보받고 원고의 2019년 제2기 부가가치세 매입세액에서 이 사건 채권자들 중 ㈜bbb를 제외한 나머지 채권자들이 공제받은 대손세액 합계 xxx,xxx,xxx원(=xxx,xxx,xxx원 － xx,xxx,xxx원)을 공제하여 원고의 2019년 제2기 부가가치세액을 위 금액만큼 증액경정한 다음 2021. 4. 19. 원고에게 2019년 제2기 부가가치세로 위와 같이 증액경정한 xxx,xxx,xxx원에서 국고금 관리법 제47조 제1항 본문에 따라 10원 미만의 수를 제외한 xxx,xxx,xxx원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 경정 전 제1처분’이라고 한다)을 하고, ② 이 사건 채권자들 중 ㈜bbb가 제출한 대손세액 공제신고서를 과세자료로 통보받고 원고의 2019년 제2기 부가가치세 매입세액에서 ㈜bbb가 공제받은 대손세액 xx,xxx,xxx원을 공제하여 원고의 2019년 제2기 부가가치세액을 위 금액만큼 증액하는 것으로 재경정한 다음 2021. 7. 1. 원고에게 2019년 제2기 부가가치세로 위와 같이 증액재경정한 xx,xxx,xxx원에서 국고금 관리법 제47조 제1항 본문에 따라 10원 미만의 수를 제외한 xx,xxx,xxx원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 제2처분’이라고 한다)을 하였다.

사. 원고는 위 바항 기재 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 12. 27. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

아. 피고는 2023. 6. 12.경 원고의 2019년 제2기 부가가치세 매입세액에서 공제할 이 사건 채권자들의 대손세액을 아래 표 기재와 같이 xxx,xxx,xxx원에서 xxx,xxx,xxx원으로 재산정하여 원고의 2019년 제2기 부가가치세액에서 위 각 금액의 차액에 해당하는 x,xxx,xxx원(= xxx,xxx,xxx원 － xxx,xxx,xxx원)1)을 감액하는 내용의 재경정 결의를 하였다. 이에 따라 이 사건 경정 전 제1처분에 의하여 원고가 납부할 2019년 제2기 부가가치세는 xxx,xxx,xxx원(= xxx,xxx,xxx원 － x,xxx,xxx원)으로 감액되었다(이하 위와 같이 감액경정된 처분을 ‘이 사건 제1처분’이라고 하고, 이 사건 제2처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라고 한다) 제45조 제5항에 따라 대손세액 공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항을 정한 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제87조 제1항은 “법 제45조 제1항 본문에서 ‘파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.”고 규정하였다. 2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정된 부가가치세법 시행령(이하 ‘개정 부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제87조 제1항 제2호는 “채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 ‘채무자회생법’이라고 한다)에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우”를 구 부가가치세법 제45조 제1항에 정한 대손사유로 명시하는 한편, “출자전환하는 시점의 출자전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 시가 사이의 차액”을 대손금액으로 산정하도록 규정하였다.

2) 피고는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 따라 이 사건 회생채권자들이 공제받을 대손세액을 원고의 2019년 제2기 부가가치세 매입세액에서 공제하여 이 사건 각 처분을 하였다. 그러나 부가가치세법 시행령 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호) 제2조는 “이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있는바, 이 사건 회생채권은 모두 원고가 개정 부가가치세법 시행령의 시행일인 2019. 2. 12. 이전에 이 사건 채권자들에게 재화나 용역을 공급함에 따라 발생한 것이므로, 이 사건 회생채권에 대손사유가 발생한 경우에는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 적용될 수 없고, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 적용되어야 한다. 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 적용되는 경우, ① 이 사건 회생계획에서는 이 사건 회생채권 중 출자전환하는 것으로 권리변경이 이루어진 부분에 관하여 출자전환으로서 해당 회생채권의 변제에 갈음한다고 명시하고 있는 점, ② 회생계획에서 별도의 납입 등을 요구하지 아니하고 신주발행 방식의 출자전환으로 기존 회생채권의 변제를 갈음하기로 하면서 출자전환에 의하여 발행된 주식을 무상으로 소각하기로 정한 경우에는 출자전환의 전제가 된 회생채권이 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호에서 대손금으로 인정되는 사유로 정한 ‘회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권’에 해당할 수 있으나, 이 사건 회생계획에서와 같이 주식 병합 등의 방법으로 출자전환 주식 중 일부만을 감자한 경우, 채권자가 보유한 주식의 지분 비율이 유지되므로 출자전환의 전제가 된 회생채권이 회수불능으로 확정되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 회생계획에서와 같이 신주발행 방식의 출자전환으로 이 사건 회생채권 중 일부의 변제를 갈음하기로 하되 출자전환에 의하여 발행된 신주를 병합하여 감자한 경우에는 구 부가가치세법 제45조, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 정한 대손사유가 발생하였다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

3) 이 사건 회생채권은 모두 원고가 2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정된 부가가치세법 시행령의 시행일인 2019. 2. 12. 이전에 이 사건 채권자들에게 재화나 용역을 공급함에 따라 발생한 것이므로, 피고가 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항을 적용하여 이 사건 각 처분을 한 것은 소급과세금지 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항의 적용 여부

살피건대, 앞서 본 관계 법령의 규정에 앞서 인정한 사실 및 그로부터 인정되는 아래와 같은 사정들을 더하여 보면, 2019년 제2기 부가가치세액을 증액경정(증액 재경정 및 감액재경정 포함)한 이 사건 각 처분에 관하여는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 적용된다고 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 부가가치세법 시행령 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호) 제1조는 개정된 부가가치세법 시행령이 그 공포일인 2019. 2. 12.부터 시행된다고 규정하고 있다.

나) 구 부가가치세법 제45조 제1항은 “사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손세액(= 대손금액 × 110분의 10)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 “제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정하여야 한다.”고 규정하고 있다.

다) 앞서 본 구 부가가치세법 제45조 제1항, 제3항, 부가가치세법 시행령 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호) 제1조, 개정 부가가치세법 제87조 제1항의 문언에 아래와 같은 관계 법령 규정의 내용과 체계, 입법취지를 더하여 보면, 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항은 위 시행령 시행일인 2019. 2. 12. 이후 대손세액이 확정된 경우에 적용된다고 봄이 타당하다.

(1) 부가가치세법 시행령 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호) 제2조의 ‘일반적 적용례’는 개정 규정이 부칙 제1조에 정한 시행일에 시행됨을 전제로, 개정 규정의 적용대상 등을 명확히 하는 취지의 규정이다.

(2) 구 부가가치세법 제4조는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급(제1호) 또는 재화의 수입(제2호)를 부가가치세의 과세대상으로, 같은 법 제5조 제1항은 간이과세자의 경우 1월 1일부터 12월 31일까지를 과세기간으로(제1호), 일반과세자의 경우 1월 1일부터 6월 30일까지를 제1기 과세기간으로, 7월 1일부터 12월 31일까지를 제2기 과세기간으로 각 정하고 있다. 따라서 부가가치세법이나 같은 법 시행령이 개정되는 경우 부가가치세의 과세요건사실에 해당하는 재화 또는 용역의 공급 재화의 수입이 발생한 시기를 기준으로 개정 법령의 적용대상 및 적용시기를 정하는 것이 타당하다.

(3) 구 부가가치세법 제2조, 제15조는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 그 공급을 받는 자로부터 부가가치세를 징수·납부하여야 한다고 규정하고 있으므로, 사업자가 공급을 받는 자로부터 실제로 부가가치세 상당액의 거래징수를 하였는지의 여부에 관계없이 그 납세의무를 부담하는 것이 원칙이다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13855 판결 참조). 이에 구 부가가치세법 제29조 제6항은 같은 법 제45조 제1항에 따른 대손금액을 과세표준에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(4) 구 부가가치세법 제45조에 정한 대손세액공제 제도는 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 일정한 사유로 매출채권이 대손되어 부가가치세를 거래징수하지 못한 경우 그 사업자의 조세 부담을 경감하여 주기 위하여 그 대손세액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감하고(구 부가가치세법 제45조 제1항), 위 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받은 사업자에 대해서는 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 관련 대손세액에 해당하는 금액을 공제하여 부가가치세액을 결정 또는 경정하도록 한 것으로(구 부가가치세법 제45조 제3항),3) 구 부가가치세법 제45조 제1항에 따른 대손세액공제 및 같은 조 제3항에 따른 부가가치세 결정 또는 경정은 모두 대손이 확정되는 것을 요건으로 한다. 그런데 재화 또는 용역의 공급에 따라 매출채권이 발생하는 시점에는 그 매출채권의 전부 또는 일부에 대하여 장래 대손이 확정될지 여부를 알 수 없으므로, 다른 특별한 사정이 없는 한 대손되는 매출채권의 성립 시점은 구 부가가치세법 제45조에 따른 대손세액공제에서 별다른 의미를 가지지 못한다. 위와 같은 대손사유의 발생에 따라 감액되거나 증액되는 부가가치세는 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 이루어진 재화 또는 용역의 공급, 재화의 수입을 요건으로 발생하는바, 부가가치세법 시행령 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호) 제2조 제2조에 정한 “이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분”은 개정 부가가치세법 시행령 시행 후에 성립한 부가가치세 과세대상을 가리킨다고 봄이 타당하다.

(5) 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제2항은 “법 제45조에 따른 대손세액 공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 제1항의 사유로 확정되는 대손세액(법 제57조에 따른 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준에 대하여 부가가치세액을 납부한 경우 해당 대손세액을 포함한다)으로 한다.”고 규정하였다가 2020. 2. 11. 대통령령 제30397호로 위 조항 중 ‘공급일부터 5년’ 부분이 ‘공급일부터 10년’으로 개정되었다. 위 개정 규정에 관한 적용례를 정한 부가가치세법 시행령 부칙(2020. 2. 11. 대통령령 제30397호) 제5조(대손세액 공제 신청 적용례)는 “제87조 제2항의 개정 규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 대손이 확정되는 분부터 적용한다.”라고 규정하여 대손세액 공제 범위에 관한 개정 시행령의 규정이 대손 확정일을 기준으로 적용됨을 명시하고 있다.

라) 이 사건 회생계획에 따른 출자전환 및 주식병합의 효력이 발생한 날은 2019. 8. 13.로서 개정 부가가치세법 시행령 시행일인 2019. 2. 12. 이후이므로, 이 사건 회생채권 중 출자전환된 매출채권에 관하여는 구 부가가치세법 제45조, 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호에 따라 위 출자전환 및 주식병합의 효력 발생일인 2019. 8. 13. 대손사유가 발생하였다고 보아야 한다.

[피고는, 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항은 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 개정되기 전부터 인정된 법리를 명문화한 것에 불과하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항은 대손이 발생한 매출채권의 발생일이 아니라 그 매출채권에 관한 대손이 확정된 날을 기준으로 적용하는 것이 타당하고, 이 사건 회생채권에 관한 대손이 확정된 날은 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 시행일인 2019. 2. 12. 이후이므로, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 개정 전부터 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항의 규정과 같은 법리가 있었는지 여부는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 적용되는 이 사건 처분의 적법 여부와는 직접 관련이 없다4)].

2) 소급과세금지원칙 위반 여부

가) 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결, 대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두16531 판결 등 참조), 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없다(대법원 1989. 9. 29. 선고 88누11957 판결 참조).

나) 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 바와 같이 ① 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항은 2019. 2. 12. 시행된 점, ② 이 사건 회생계획에 정한 출자전환 및 주식병합의 효력은 2019. 8. 13. 발생한 점, ③ 이 사건 채권자들은 이 사건 회생계획에 따른 출자전환 및 주식병합의 효력이 발생한 후 관할 세무서장에게 이 사건 회생채권에 관한 대손세액 공제신고를 하여 해당 금액을 매출세액에서 공제받았고, 피고는 위 금액 범위 내에서 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 따라 이 사건 채권자들의 대손세액을 산정하고, 이를 원고의 2019년 제2기 부가가치세 매입세액에서 공제하여 원고의 2019년 제2기 부가가치세액을 경정한 점에 비추어 보면, 원고의 2019년 제2기 부가가치세액 납세의무는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 시행 이후에 성립한 것이라고 인정되므로, 위 규정의 적용에 관하여 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지는 없다.

다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.