주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 3. 15. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세

부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 제1심판결의 해당 부분을 수 정하거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다.

2. 제1심판결 중 수정하거나 추가하는 부분

가. 제1심판결 중 ‘1. 처분의 경위’ 부분

○ 제1심판결 2쪽 4행의 “율곡, 이목은”을 “율곡 이이, 목은 이색”으로 수정한다.

○ 제1심판결 2쪽 15행의 “제62조의 2”를 “제62조의2”로 수정한다.

○ 제1심판결 3쪽 1행과 20행, 7쪽 6행의 “이 사건 토지”를 “이 사건 각 토지”로 수정한다.

○ 제1심판결 3쪽 3행의 “25,765,854원”을 “225,765,854원”으로 수정한다.

○ 제1심판결 3쪽 10행의 “갑 제1, 8호증”을 “갑 제1, 2, 8호증”으로, “을 제1, 2, 3호증”을 “을 제1 내지 4호증”으로 각 수정한다.

나. 제1심판결 중 ‘2. 이 사건 처분의 적법성’ 부분

○ 제1심판결 3쪽 16~19행 부분을 아래 내용으로 수정한다.

『① 원고의 규약상 목적에는 ‘선현에 대한 봉제사’ 외에도 ‘유도진흥과 문화향상에 공헌하고 원고의 재산을 유지관리하는 것’도 포함되어 있는 점, 원고의 서원(OO서원을 가리킨다. 이하 같다.)은 조선시대 국왕인 O종으로부터 유교의 발전 및학문의 증진을 위하여 사액된 서원이고, 이 사건 각 토지는 원고의 서원의 유지를 위하여 함께 하사된 이래 현재까지 서원의 부속토지로서 보존되어 온 점, 일반적으로 서원은 서원에 깃들어 있는 조상들의 유교문화, 관련 문화재, 건물, 시설물, 서원에 속한 농경지와 산림 등 자연환경까지 전부 망라하여 하나로 인식되어야 하는 점, 이 사건 각 토지는 원고의 서원 부지와 연결된 일단의 토지의 일부이어서 지리적·공간적으로 밀접한 관련성을 가지고 있고, 지방문화재로 지정된 원고의 서원 보호를 위하여 정해진 역사문화환경 보존지역 안에 위치하고 있는 점, 원고와 유사한 재단법인인 향교재단도 향교재산법상 ‘향교재산의 유지 및 관리’가 그 목적사업에 포함되어 있는 점, 이 사건 각 토지 중 원고가 임대하여 임대료를 받은 토지는 청주시 상당구 용정동 *** 토지(이하 ‘용정동 *** 토지’라 한다)뿐인데, 위 임대료는 원고의 서원의 유지관리 등을 위한 부수수익에 불과하므로 위 토지를 임대한 것도 고유목적사업에 사용한 것에 해당하는 점 등을 고려하면, 이 사건 각 토지는 원고의 규약에 규정된 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보아야 한다.』

○ 제1심판결의 4쪽 2행의 관련 법령을 이 판결의 “별지 2”로 수정한다.

○ 제1심판결 4쪽 11행의 구 법인세법 다음에 “(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다)”를, 같은 행의 구 법인세법 시행령다음에 “(2018. 2. 3. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법시행령’이라 한다)”를 각 추가한다.

○ 제1심판결 5쪽 6행부터 7쪽 4행까지 부분을 아래와 같이 수정한다.

『1) 이 사건 각 토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부

가) 관련 법리

구 법인세법 제3조 제3항 제1호, 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제1항, 제2항에 의하면, 비영리내국법인의 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세의 과세소득의 범위에 포함되나, ‘해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’의 처분으로 인하여 생기는 수입은 과세소득의 범위에서 제외되며, 다만 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것은 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에서 제외된다.

여기서 구 법인세법 시행령 제2조 제2항이 규정하고 있는, 비영리내국법인이 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련 정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 법인의 목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우에 한정하여 해석하여야 할 것이다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 참조). 한편 위 관계 법령의 규정형식과 문언에 비추어 보면 해당 고정자산이 처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다.

나) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 갑 제3 내지 5, 9 내지 12, 15 내지 17, 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다.)의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 각 토지의 처분일 현재 3년 이상 이 사건 각 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장을 받아들일 수 없다.

① 원고의 서원은 1570년경에 건립되어 구현(九賢)의 학문과 덕행을 추모하고 위패를 모시다가 1660년경에 ‘OO’이라 사액(賜額) 되었고, 그 후 선현 배향과 지방교육의 일익을 담당해왔다. 원고 규약상 원고의 목적은 ‘선현에 대한 춘추향사를 봉행하고 삼남(충청, 전라, 경상도)의 수급 서열로 정격된 위상으로 발전하여 유도(儒道)진흥과 문화향상에 공헌하며 재산을 유지관리하는 것‘이다. 이러한 원고의 유래와 기능, 규약상 목적에 의하면, 원고의 고유목적사업에는 ‘선현에 대한 봉제사’와 ‘유도진흥’, 그리고 이러한 ‘유도진흥과 관련된 문화향상에 공헌하는 것’이 포함되는 것으로 보인다. 원고의 위와 같은 고유목적사업 내용을 고려하면, 원고의 서원 건물이나 재실, 향사 등을 직·간접적으로 수행할 목적으로 설치된 시설물, 서원 건물과 재실의 부지 및 시설물의 부지는 원고의 고유목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다.

한편, 원고의 규약에는 원고의 목적 중 하나로 ‘서원 재산의 유지관리’가 있다. 그런데 비영리내국법인의 정관이나 규약상의 목적으로 ‘법인 재산의 유지관리’가 정해져 있다는 이유로 비영리내국법인이 소유한 모든 고정자산이 고유목적사업에 직접사용된 것으로 인정하게 되면, 비영리내국법인이 고정자산을 처분하여 양도소득을 얻더라도 법인세를 과세할 수 없게 되는 상황이 발생하고, 이는 앞서 본 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 등의 관계 법령을 형해화하게 한다. 따라서 비영리내국법인의 정관이나 규약상 법인의 목적으로 ‘법인 재산의 유지관리’가 정해져 있다고 하더라도 그 사정을 이유로 곧바로 비영리내국법인이 소유한 고정자산이 법인의 고유목적사업에 직접 사용되고 있다고 보아서는 아니 되고, 앞서 본 법리, 즉 비영리내국법인이 당해 고정자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련 정도 등을 종합적으로 고려하여 당해 고정자산이 법인의 고유목적사업에 직접 사용되고 있는지 여부를 판단함이 타당하다.

② 이 사건 각 토지는 10필지로 구성되어 있는데, 이 사건 각 토지의 처분 당시 그중 2필지의 지목은 전이고 나머지 토지들의 지목은 임야이다. 또한 위 2필지의 전과 나머지 토지들 중 일부는 농경지로 사용되었고, 그 밖의 토지는 그 지목과 같이 임야 상태로 남아있었던 것으로 보인다. 이처럼 이 사건 각 토지의 처분 당시 그 지상에는 춘추향사의 봉행, 유도진흥 및 그 문화향상을 위하여 이용되는 서원 건물이나 재실, 사적비 등 시설물이 전혀 없었다. 또한 원고가 춘추향사의 봉행이나 유도진흥 및 그 문화향상을 위하여 이 사건 각 토지를 어떠한 방식으로라도 이용하여 왔다는 점을 인정할 아무런 자료도 없다(원고의 주장에 의하더라도 서원 건물 주변의 경관에 속하는 이 사건 각 토지는 단지 서원 건물 등과 일체가 되어 보존되어 왔다는 것이다). 나아가 이 사건 각 토지가 그 처분 당시 원고의 서원 건물 등과 일체가 된 상태에서 그 유지보존이 필요할 만큼의 경관적 가치를 가지고 있었다고 인정할 아무런 자료도 없다.

③ 더구나 이 사건 각 토지는 원고의 서원 건물이 있는 부지(청주시 상당구 용정동 120 토지)에 직접 연접하여 있지 아니하고, 그 부지 경계에서 수 십 미터 내지 수 백 미터 떨어진 곳에 흩어져 있다. 원고는 이 사건 각 토지 중 농경지로 이용된 부분에서 생산된 농산물이나 그곳을 임대하여 얻은 임대료를 원고를 운영하고 서원 건물이나 시설물 등을 유지관리하는 데에 사용한 것으로 보이는바, 이에 의하면 이 사건 각 토지 중 농경지로 이용된 부분은 원고가 고유목적사업 수행에 필요한 경비를 마련하는 데에 이용된 것이라 할 것이므로, 원고의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기는 어렵다. 또한 이 사건 각 토지 중 임야들은 원고의 서원 부지와 조금 더 멀리 떨어져 있는데, 원고가 제출한 증거만으로는 위 임야들이 원고의 서원 건물이나 시설물을 위하여 또는 원고의 규약상 목적인 춘추향사 봉행과 유도진흥 및 그 문화향상을 위하여 어떻게 사용되었는지 알 수 없다.

④ 원고의 주장과 같이 원고의 서원은 1660년경 조선시대 국왕인 O종으로부터 유교의 발전 및 학문의 증진을 위하여 사액된 서원으로서, 당시 이 사건 각 토지까지 함께 하사된 것으로 보이고, 원고의 서원이 1977년경 충청북도 지방문화재로 지정되어 이 사건 각 토지가 원고 서원의 보호를 위한 역사문화환경 보존지역에 포함되어 있는 것으로 보이기는 하나, 이 사건 각 토지의 처분 당시 그 이용실태나 원고의 목적사업과의 관련 정도가 앞서 본 바와 같은 이상, 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 경위나 취득 후 장기간이 경과하였으며 역사문화환경 보존지역에 속하여 있다는 사정 등을 고려하더라도 이 사건 각 토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기는 어렵다.

⑤ 원고는 이 사건 각 토지 중 용정동 *** 토지를 임대하여 연간 3~4백 만원의 수익을 올렸는데, 위와 같은 임대업은 구 법인세법 제3조 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령 제2조 제1항에 따른 수익사업에 해당한다. 앞서 본 바와 같이 용정동 OOO-O 토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되고 있지 아니한 이상, 원고가 위 토지를 임대하여 얻은 임대료를 위 토지에 대한 입장료·관람료 등과 같은 부수적인 수입과 동일하게 취급할 수는 없다.

⑥ 원고는, 향교재단도 향교재산법상 ‘향교재산의 유지 및 관리’가 그 목적사업에 포함되어 있다고 주장하나, 향교재산법 제5조는 향교재단의 목적을 ‘관할 시·도에 있는 각 문묘의 유지’(제1호), ‘교육이나 그 밖의 교화사업의 실시’(제2호), ‘유교의 진흥’(제3호), ‘문화발전에 대한 기여’(제4호)라고 규정하고 있는 점을 고려하면, 위 법 제3조 제1항이 “관할 구역에 있는 향교재산의 관리와 운영을 위하여 특별시·광역시·도 및 특별자치도마다 재단법인을 설립한다.”고 규정하고 있는 사정을 근거로 향교재산법이 향교재단의 목적으로 ‘향교재산의 유지 및 관리’라고 규정하고 있다고 보기는 어렵다.

또한 원고는, 조세심판원이 종중의 경우 묘지나 제사에 사용되는 부지를 포함한 임야 전부를 고유목적사업에 사용한 것으로 인정하고 있다면서 몇 가지 사례를 들고 있지만, 위 사안들은 종중이 소유한 임야 중 일부에 선조의 분묘들이 존재하고 있는 사실이 인정되는 반면, 이 사건의 경우 이 사건 각 토지가 원고의 서원 건물 및 부지와 떨어져 있다는 점에서 위 사안들과 그 사실관계가 다르므로, 종중의 임야가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부에 관한 법리를 이 사건에 원용할 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.