주 문

청 구 취 지

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1997. 7. 1. 개업하여 ○○시 ○○면 ○○터길 122에서 전문건설업, 산업기계 및 부품제조, 철물제작 및 설치 등의 제조업을 영위하는 법인이고, BB는 원고의 대표이사이다. 원고의 지분은 BB가 64.86%, CC(BB의 배우자) 18.36%, DD(BB의 자녀) 16.78% 각 소유하여, BB와 그 가족이 원고의 지분 100%를 보유하고 있다.

나. BB는 아래 표 기재와 같이 특허를 출원ㆍ등록하였다(이하 위 발명을 ‘이 사건 각 발명’이라 하고, BB가 발명한 특허권을 ‘이 사건 제1 특허권’, CC이 발명한 특허권을 ‘이 사건 제2 특허권’라 하며, 이 사건 제1, 2 특허권을 통틀어 ‘이 사건 각 특허권’이라 한다).

다. 원고는, 2017. 3. 1. BB와 이 사건 제1 특허권을 양수대금 653,000,000원에 양수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 제1 양도계약’이라 한다)을 체결하고, 2017. 3. 2. 이사회를 개최하여 이 사건 제1 양도계약을 승인하는 내용의 결의를 하였다. 또 원고는, 2017. 12. 26. BB로부터 이 사건 제2 특허권을 양수하기로 하면서 이를 승인하는 내용의 결의를 하였고, 2017. 12. 29. 이 사건 제2 특허권을 양수대금 810,000,000원에 양수하기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 제2 양도계약’이라 하고, 이 사건 제1, 2 양도계약을 통틀어 ‘이 사건 각 양도계약’이라 한다)을 체결하였다.

라. 원고는 이 사건 각 양도계약의 양수대금 상당액을 원고의 무형자산으로 계상한 후, 무형자산 감가상각비로 2017년에 86,856,666원, 2018년 및 2019년에 각 207,746,000원을 손금산입하여 법인세 과세표준을 신고하였다.

마. 피고는 이 사건 각 특허권의 실질적 소유자를 BB가 아닌 원고로 보고, 원고가 BB 명의로 이 사건 각 특허권을 출원ㆍ등록한 후 다시 그 권리를 취득하는 거래 형식을 통하여 원고의 자금을 대표이사에게 부당 유출하였다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 원고에 대하여 무형자산 감가상각비 합계 502,348,666원을 손금불산입하고, 이 사건 각 양도계약의 양도대금 1,463,000,000원을 대표이사 BB의 상여로 소득처분하여, 2020. 12. 7. 원고에게 2017년 귀속 법인세 32,030,510원(가산세 포함), 2018년 귀속 법인세 71,191,060원(가산세 포함), 2019년 귀속 법인세 64,816,300원(가산세 포함)을 각 부과하고(이하 ‘이 사건 각 법인세 부과처분’이라 한다), 2020. 12. 10. BB에 대한 2017년 귀속 상여로 1,487,269,691원, 2018년 및 2019년 귀속 상여로 각 64,336,880원에 관한 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 하고, 위 부과처분과 소득금액변동통지처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2021. 2. xx. 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 10. xx. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함. 이하 가지번호를 별도로 특정하지 않는 한 같다), 을 제1, 4, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 각 특허권은 원고의 대표이사인 BB가 직접 발명한 것이고, 원고가 그 개발에 관여한 사실이 없다. 따라서 이 사건 각 특허권의 실질적인 소유자를 BB가 아닌 원고로 보아 이 사건 각 양도계약을 부인하여 과세한 것은 위법하므로, 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제 88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조). 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였다거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705 판결 등 참조).

2) 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제9, 12, 13호증, 을 제2, 3, 5 내지 7, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) 이 사건 제1 특허권은 적재장치를 구성하는 수평 프레임 및 수지 프레임 사이에 내진부를 구비함으로써 외력에 의해 전방향에서 발생되는 진동이 내진부로 인해 감쇠됨에 따라 차량이 안정적으로 격납된 상태를 유지하도록 하는 주차설비에 관한 것이고, 이 사건 제2 특허권은 상부데크가 자바라 형태로 접이가 가능하게 구성되고 진입부가 상부데크로의 차량진입 여부를 조절함으로써 차량의 높이에 따라 1단 주차 또는 2단 주차의 선택이 가능한 직선운동을 이용한 주차설비에 관한 것이다.

나) 원고는 2015년경부터 연구개발부서를 설립하고, 2015년부터 2017년까지 각 1명의 연구전담직원을 두고 있었으며, 각 연구원에 대한 급여로 2015년 37,410,000원, 2016년 37,500,000원, 2017년 25,500,000원을 각 지출하였다.

다) 이 사건 각 특허권에 관한 사항을 대리하였던 △△국제특허법률사무소의 대표변리사 EE은 이 사건 각 특허출원, 우선심사 및 등록을 위한 진행 시 2016. 5.경 및 2017. 7.경 BB로부터 현금 각 2,000,000원을 비용으로 지급받았다는 내용의 확인서를 제출하였으나, 위 △△국제특허법률사무소는 원고에게, 이 사건 제1 특허권과 관련하여 2016. 2. 11. 특허출원비로 2,200,000원의, 2016. 10. 24. 특허등록비로 1,650,000원의 각 세금계산서를, 이 사건 제2 특허권과 관련하여 2017. 6. 26. 특허출원비로 2,200,000원의, 2017. 11. 3. 특허등록비로 1,650,000원의 각 세금계산서를 각 발행하였다.

라) 한편, 주식회사 ◇◇(이하 ‘◇◇’라 한다)는 원고를 공급받는 자로 하여, 2016. 11. 29. 및 2017. 11. 14. ‘경영컨설팅’이라는 품목으로 합계 5,500,000원(=공급가액 5,000,000원 + 세액 500,000원)의 각 전자세금계산서를 발행하였는데, 이 사건 각 특허권에 대한 감정평가를 실시한 주식회사 aa법인과 주식회사 bb¹⁾은 위 감정평가가 이루어진 당일인 2016. 12. 1. 및 2017. 11. 30. ◇◇에게 ‘감정평가보고서’ 및 ‘감정평가수수료’ 품목으로 합계 8,800,000원(=공급가액 8,000,000원 + 세액 800,000원)의 각 전자세금계산서를 발행하였다.

마) 2015년, 2016년 연구전담직원인 이xx와 2017년 연구전담직원인 오xx은 ‘이 사건 각 특허권의 연구 및 발명에 대하여 일체 참여하지 않았으며, 원고의 대표이사 BB가 직접 발명 연구하였음을 확인한다’는 내용의 확인서를 작성ㆍ제출하였다.

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 특허권과 관련하여 BB 개인이 이 사건 각 발명을 완성하였다거나 직무와 무관하게 이 사건 각 발명을 한 것이라고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 특허권의 실질적인 귀속자는 원고라고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 이유 없다.

가) 원고는 건설업, 산업기계 및 부품제조 등을 영위하는 법인으로, 건물의 철공 및 관련 구조물 공사를 주된 사업으로 영위하여 왔다. 그런데 이 사건 각 특허권은 모두 주차설비에 관한 것으로 원고가 영위하는 사업 내용과 밀접한 관련이 있는바, 이사건 각 발명은 원고의 업무 범위에 속한다고 보이고, 따라서 이 사건 각 발명을 하게 된 행위는 원고의 영업에 관한 행위로서 당시 원고의 대표이사였던 BB의 직무에 속한다고 봄이 타당하다.

나) 원고는 2015년경 연구전담부서를 설치하여 그 비용을 지출하였는바, 여기에 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 특허권이 원고의 사업과 직접 관련이 있는 내용으로서 연구전담부서가 설치된 이후에 특허로 출원된 점 등을 고려하면, 이 사건 각 특허권이 원고 소속 기술연구인력 및 시설과 무관하다고 보기 어렵다.

다) 원고는 이 사건 각 특허권의 발명자가 BB 개인이라고 주장하나, 이 사건 각 특허권에 대한 BB의 각 발명일지(을 제7호증)를 보면, 위 발명일지가 전체 16면에 불과하고, 그 내용이 연구개발 과정을 적은 것으로 보기에는 다소 부실할 뿐만 아니라 이 사건 각 발명의 연구과정을 설명하기 위하여 기재한 내용 이외에는 이 사건 각 특허권 등의 개발을 완성하기까지 그 오류나 시행착오에 관한 내용은 발견할 수 없는 점, 더욱이 이 사건 제2 특허권의 발명자는 BB가 아닌 CC임에도 발명일지가 BB가 작성한 것으로 되어 있는 점, 특히 구체적인 연구과정과 발명의 목적 및 효과 달성을 위하여 요구되는 실질적인 수단에 관한 내용 등이 포함되어 있지 않고, 발명에 대한 기본적인 착상 내지 아이디어 등이 나열되어 있는 것으로 보일 뿐인 점 등에 비추어 보면, 위 발명일지만으로 BB가 단독으로 이 사건 각 특허권 등을 개발하였다고 인정하기는 어렵다.

라) 더욱이 이 사건 각 특허권의 청구항(갑 제5호증) 내용을 살펴보면, 각 발명품의 구체적인 도면이 자세히 기재되어 있는데, 이 사건 각 특허권은 BB 개인의 단순한 구상만으로는 개발이 어려웠을 것으로 판단되고, 기술의 실현가능성, 효율성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작이나 다양한 실험이 필요하며 그 과정에서 상당한 설비와 비용이 필요하였을 것으로 보인다. 그런데도 BB의 위와 같은 비용지출이나 관련 설비 이용 방법에 관하여 입증할 수 있는 자료가 확인되지 않는다. 반면 이 사건 각 특허권의 출원과 등록과 관련된 비용 뿐만 아니라 특허에 관한 감정평가 비용은 모두 BB가 아닌 원고가 지출한 것으로 보인다.

마) 원고가 제출한 이xx, 오xx 작성의 각 확인서에는 이 사건 각 특허권에 관하여 ’BB가 직접 발명 연구하였음을 확인한다’라고 기재되어 있으나, BB가 원고의 대표이사라는 점에 비추어 보면 위 각 확인서의 기재내용을 그대로 믿기 어렵다.