주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2020. 10. 5. 원고에게 한 부가가치세 합계 xxx,xxx,xxx원(2013년 xx,xxx,xxx원, 2014년 xx,xxx,xxx원, 2015년 1기 xx,xxx,xxx원) 및 법인세 합계 xxx,xxx,xxx원(2013년 xx,xxx,xxx원, 2014년 xx,xxx,xxx원, 2015년 xx,xxx,xxx원)의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 전기자재 제조업을 영위하는 회사로서, 2013년 제1기부터 2015년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 bbb(이하 ‘bbb’이라고 한다)으로부터 아래 [표 1]과 같이 총 16매, 공급가액 합계 xxx,xxx,xxx원(2013년 제1기 xxx,xxx,xxx원, 2013년 제2기 xxx,xxx,xxx원, 2014년 제1기 xx,xxx,xxx원, 2014년 제2기 xx,xxx,xxx원, 2015년 제1기 xxx,xxx,xxx원)의 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다)를 수취하였고, 이를 공제대상 매입세액 및 손금에 산입하여 각 과세기간에 대한 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. oo세무서장은 2019. 7. 29.부터 2019. 12. 19.까지 bbb에 대한 조세범칙조사(대상기간: 2013년 제1기~2015년 제1기, 이하 ‘이 사건 조사’라고 한다)를 실시한 결과, 원고가 bbb으로부터 실물거래 없이 허위로 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다고 판단한 뒤 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 위 과세자료를 검토한 후, 이 사건 각 세금계산서에 관련된 거래(이하 ‘이 사건 거래’라고 한다)가 가공거래에 해당하고, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우라고 보아 국세부과 제척기간 10년을 적용하여, 2020. 10. 5. 원고에게 아래와 같이 부가가치세 합계 xxx,xxx,xxx원, 법인세 합계 xxx,xxx,xxx원을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

라. 원고는 이의신청을 거쳐 2021. 4. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 5. 30. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 제1 주장

이 사건 거래는 가공거래가 아닌 정상거래이다. 또한, bbb 대표 AAA가 oo지방검찰청 oo지청 소속 검사로부터 허위 세금계산서 발급ㆍ수취로 인한 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 불기소처분을 받았으므로, 원고가 실물거래 없이 허위로 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 제2 주장

이 사건 거래는 정상거래이므로 당연히 5년의 국세부과 제척기간이 적용되어야 하고, 설령 정상거래가 아니라고 하더라도 원고에게 이 사건 거래로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 볼 수 없어 10년의 국세부과제척기간을 적용할 수 없음에도, 10년의 국세부과 제척기간을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 제3 주장

거래업체와 허위 세금계산서를 발급ㆍ수취하였다는 조세범처벌법위반 혐의로 수사기관으로부터 조사를 받은 AAA는 무혐의로 불기소 처분을 받았는데, 허위 세금계산서를 발급 또는 수취하였다고 지목된 56개 업체 가운데 세무조사를 받아 부가가치세 등 경정처분이 내려진 업체는 몇 곳 없고, 더구나 그 중에는 세무서에 이의신청을 하여 받아들여진 업체도 있는바, 이들과 달리 원고에게 이 사건 처분을 한 것은 조세형평주의 내지 평등원칙에 반한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조), 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

나) 구체적 판단

(1) 살피건대, 앞서 든 증거, 을 제6 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 각 세금계산서는 재화의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이다.

① 피고가 원고에게 발행한 [표 1]의 순번 1 내지 6 기재 각 세금계산서{2013. 3. 28.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2013. 4. 30.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2013. 6. 28.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2013. 8. 30.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2013. 9. 30.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2013. 10. 22.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원) 총 발행금액 xxx,xxx,xxx원의 세금계산서}와 관련하여, 원고는 피고에게 아래와 같이 2013. 4. 25. xx,xxx,xxx원, 2013. 5. 30. xx,xxx,xxx원, 2013. 7. 10. xx,xxx,xxx원, 2013. 9. 10. xx,xxx,xxx원, 2013. 10. 7. xx,xxx,xxx원 합계 xxx,xxx,xxx원을 지급하였다. 이 사건 조사 결과 BBB는 bbb의 주주로서 원고 외에도 bbb이 세금계산서를 발급한 거래처들의 대표 또는 그 관련인 개인 명의의 계좌로 돈을 송금해주는 역할을 하였던 자이고, CCC은 bbb의 대표 AAA의 지인으로 ‘ccc 주식회사’의 oo은행 계좌를 이용하여 실제 거래가 있는 것처럼 금융거래의 외관을 만든 것으로 각 밝혀졌는바, bbb 출처인 것으로 보이는 자금이 BBB 또는 ccc 주식회사로부터 원고의 대표이사 DDD 및 그의 남편 EEE 등을 거쳐 원고에게 지급되었고, 원고는 이를 다시 bbb에게 지급한 것이다. 이는 원고와 bbb 측의 관련자 등이 함께 이 사건 거래가 실물거래임을 가장하기 위하여 그에 관한 금융거래내역의 외관을 만든 것으로 판단된다.

② 피고가 원고에게 발행한 [표 1] 순번 7 기재 세금계산서 2013. 12. 11.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원) 와 관련하여, 원고는 2013. 12. 31. 피고에게 아래와 같이 xx,xxx,xxx원을 지급하였다. bbb 출처인 것으로 보이는 자금이 BBB 또는 ccc 주식회사로부터 DDD을 거쳐 원고에게 지급되었고, 원고는 이를 다시 bbb에게 지급한 것이다. 이는 원고와 bbb 측의 관련자 등이 함께 이 사건 거래가 실물거래임을 가장하기 위하여 그에 관한 금융거래내역의 외관을 만든 것으로 판단된다.

③ 피고가 원고에게 발행한 [표 1] 순번 8 내지 10 기재 각 세금계산서{2014. 2. 28.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2014. 3. 31.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2014. 6. 27.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원) 총 발행금액 xx,xxx,xxx원}와 관련하여, 원고는 피고에게 아래와 같이 2014. 4. 10. xx,xxx,xxx원, 2014. 4. 28. xx,xxx,xxx원, 2014. 7. 10. xx,xxx,xxx원 합계 xx,xxx,xxx원을 지급하였다. 이 사건 조사 결과 주식회사 ddd는 bbb에게 허위 세금계산서를 발행하였을 뿐 아니라 bbb이 다른 거래처와 금융거래를 조작할 때 출금메모 란에 기재하였던 업체로, eee는 DDD의 자녀 FFF이 운영하는 개인사업체로 각 밝혀졌는바, bbb 출처인 것으로 보이는 자금이 BBB 또는 주식회사 ddd 및 ccc 주식회사로부터 DDD을 거쳐 원고에게 지급되었고, 원고와 eee는 이를 다시 bbb에게 지급한 것이다. 이는 원고와 bbb 측의 관련자 등이 함께 이 사건 거래가 실물거래임을 가장하기 위하여 그에 관한 금융거래내역의 외관을 만든 것으로 판단된다.

④ 피고가 원고에게 발행한 [표 1] 순번 12 기재 세금계산서{2014. 12. 18.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원)}와 관련하여, 원고는 2014. 12. 23. 피고에게 아래와 같이 xx,xxx,xxx원을 지급하였다. 이 사건 조사 결과 GGG은 bbb의 직원이면서 부사장인 HHH의 자녀로 밝혀졌는바, bbb 출처인 것으로 보이는 자금이 GGG으로부터 DDD을 거쳐 원고에게 지급되었고, 원고는 이를 다시 bbb에게 지급한 것이다. 이는 원고와 bbb 측의 관련자 등이 함께 이 사건 거래가 실물거래임을 가장하기 위하여 그에 관한 금융거래내역의 외관을 만든 것으로 판단된다.

⑤ 원고가 피고에게 2014. 10. 1. x,xxx,xxx원, 2015. 3. 31. x,xxx,xxx원, 2015. 4. 9. x,xxx,xxx원을 각 송금한 것은, 피고가 원고에게 발행한 [표 1] 순번 11, 13, 14 기재 각 세금계산서{2014. 9. 19.자 세금계산서(공급가액 xx,xxx,xxx원), 2015. 3. 31.자 각 세금계산서(공급가액 xx,xxx,xxx원 및 xx,xxx,xxx원)}의 부가가치세 상당액만을 지급한 내역으로 보인다.

⑥ 피고가 원고에게 발행한 [표 1] 순번 15, 16 기재 각 세금계산서 2015. 4. 30.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원), 2015. 5. 13.자 세금계산서(발행금액 xx,xxx,xxx원) 총 발행금액 xx,xxx,xxx원의 세금계산서 와 관련하여, 원고는 피고에게 아래와 같이 2015. 5. 7. xx,xxx,xxx원, 2015. 5. 8. xx,xxx,xxx원 합계 xxx,xxx,xxx원을 지급하였다. 이 사건 조사 결과 fff는 자금순환거래의 방식을 통해 bbb에게 허위 세금계산서를 발행한 회사로 밝혀졌는바, bbb 출처인 것으로 보이는 자금이 AAA 또는 fff로부터 DDD을 거쳐 원고에게 지급되었고, 원고는 이를 다시 bbb에게 지급한 것이다. 이는 원고와 bbb 측의 관련자 등이 함께 이 사건 거래가 실물거래임을 가장하기 위하여 그에 관한 금융거래내역의 외관을 만든 것으로 판단된다.

⑦ 원고는 위와 같은 자금흐름의 경위에 관하여 원고의 전(前) 대표이사인 EEE이 bbb의 부사장인 HHH에 대하여 가지고 있던 채권을 DDD이 양수함에 따라 이를 변제하는 과정에서 발생한 것이라는 취지로 주장하나, EEE과 HHH 사이에 채권채무관계의 발생 원인이나 금액 등을 구체적으로 확인할 수 있는 객관적인 증거는 없는 점, HHH 개인의 채무변제 명목이라고 하면서도 변제(입금)자가 HHH가 아닌 bbb의 주주(BBB), 대표이사(AAA), HHH의 아들인 GGG, 다른 업체 등 제각각인 점 등의 사정에 비추어 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 따라서 원고가 이 사건 각 세금계산서가 정상거래에 관한 것이라는 점에 관하여 증명할 필요가 있다고 할 것이나, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 이를 인정하기 어렵고 달리 증거가 없다.

① 원고는 이 사건 거래가 ‘FET, LED칩 5730, LED 30W 일자등’ 등의 실물공급이 동반된 정상거래라고 주장하면서도 이를 입증할 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다. 원고는 조세심판원에 심판청구를 할 당시 oo로지스 명의의 택배 운송장을 제출하였는데, oo로지스는 2015년 경부터 운영을 시작한 택배사이므로 그 이전에 ‘oo로지스 명의’의 운송장이 발행될 수는 없는 점, 일부 운송장의 경우 운송장 번호가 앞선 것이 나중 번호의 운송장 보다 발송일자가 1년 이상 늦는 등 발송일자와 운송장 번호의 순서가 맞지 않는 점, 원고가 발송한 LED칩 등의 수량이 현저히 차이가 나는 경우에도 운송장 상의 운임이 동일하게 기재된 점 등에 비추어 제출된 택배운송장을 정상거래의 근거로 보기 어렵다.

② 원고는, bbb 대표 AAA가 수사기관으로부터 조세범처벌법위반 혐의가 혐의 없음으로 불기소 처분을 받았다는 사정을 근거로 이 사건 거래가 정상거래라고 주장하나, 동일한 사실관계에 관한 확정된 형사판결이 관련 재판에서 유력한 증거자료가 되는 것과 달리, 검찰의 불기소처분에 대해서는 확정된 형사판결과 동일한 증거가치를 부여할 수는 없고 행정재판이 그 불기소처분사실에 구속되는 것도 아니라고 할 것이므로(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다21884 판결 등 참조), 위와 같은 사정만으로 이 사건 거래가 정상적인 실물거래라고 볼 수는 없다.

(3) 소결론

결국 이 사건 거래는 실물거래가 동반되지 않은 가공거래이고, bbb이 원고에게 발행한 이 사건 각 세금계산서는 허위의 세금계산서인바, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 제2 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

(1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 같은 항 제1호의 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결).

(2) 납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급⋅공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고⋅납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고⋅납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결).

나) 이 사건 처분 중 법인세 부분

살피건대, 원고는 2013년부터 2015년까지 bbb으로부터 사실과 다른 이 사건 각 세금계산서를 수취하고 이 사건 각 세금계산서를 이용하여 부풀려진 공급가액 상당액을 매입으로 손금산입함으로써 법인세를 허위로 신고하였고, 그 과정에서 이 사건 각 세금계산서를 발급한 bbb과 협력하여 금융거래의 외관을 만드는 등 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 한 점 등에 비추어 원고의 행위는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분 중 법인세 관련 부분에는 10년의 국세부과 제척기간이 적용된다고 할 것이다.

다) 이 사건 처분 중 부가가치세 부분

살피건대, 앞서 든 증거, 을 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, bbb이 이 사건 각 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 이 사건 각 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받을 경우 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 충분히 인식하고 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분 중 부가가치세 관련 부분에도 10년의 국세부과 제척기간이 적용된다고 할 것이다.

① bbb은 2013년 제1기부터 2015년 제1기까지 이 사건 각 세금계산서 외에도 합계 약 x,xxx,xxx,xxx원 상당의 허위 매출세금계산서를 발행하는 한편 합계 약 x,xxx,xxx,xxx원 상당의 허위 매입세금계산서를 수취하였다. 이처럼 bbb은 위 기간 동안 허위로 매출세액보다 더 많은 매입세액을 신고함으로써 결과적으로 부가가치세를 면탈하였는데, 설령 bbb이 일시적으로 이 사건 각 세금계산서에 따른 매출세액을 납부한 것과 같은 결과가 발생하였다고 하더라도, 이는 그 무렵 bbb 발행의 허위 매출세금계산서의 금액이 bbb이 수취한 허위 매입 세금계산서의 금액보다 더 많았던 것에 따른 우연한 사정에 불과하다.

② bbb은 위와 같이 매출세액보다 더 많은 매입세액을 신고함으로써 부가가치세를 면탈해 오다가 2015년 제1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 체납하였고, 이후 사업장을 폐쇄하고 2016. 6. 23. 폐업신고를 하였다. 이에 비추어 보면 bbb이 2014년 제2기까지의 부가가치세를 신고․납부하였던 것도 최종적인 부가가치세 체납과 폐업 전까지의 부가가치세 면탈을 숨기고 정상적인 업체의 외관을 만들기 위한 목적에서였던 것으로 보인다.

③ 원고와 bbb은, bbb의 소속 직원, 주주, 타 회사 등의 차명계좌를 이용하여 원고의 대표이사인 DDD, 전(前) 대표이사인 EEE에게 자금을 지급하고, 원고 등은 위 자금(수수료 포함)을 다시 bbb에 지급함으로써 원고가 정상적으로 bbb에게 물품대금을 지급하는 것과 같은 외관을 만들었는바, 원고로서는 이 사건 각 세금계산서를 수취할 당시 bbb이 해당 매출세액을 실제로 신고하지 않을 것이라는 점을 충분히 알고 있었을 것으로 보인다.

라) 소결론

이 사건 거래에 관하여는 모두 10년의 국세부과 제척기간이 적용되고, 이 사건 처분은 10년의 국세부과 제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것임이 역수상 명백하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 제3 주장에 관한 판단

살피건대, 갑 제4호증의 기재만으로는 원고에 대한 부가가치세 및 법인세 경정․고지와 ggg 대표 JJJ에 대한 부가가치세 및 종합소득세 경정․고지가 동일한 사실관계에 관한 것이라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 설령 위 두 사안의 사실관계가 유사하다고 하더라도 조세평등주의는 헌법상 평등의 원칙을 조세법적으로 표현한 것으로서 국가가 조세입법 및 조세법령의 해석․적용에 있어 모든 국민을 평등하게 취급하여야 한다는 원칙일 뿐, 처분청이 어떠한 사안에 대하여 조세부과 제척기간을 5년으로 판단한 예가 있다고 하여 그와 유사한 다른 사안에 대하여 사실관계를 달리 판단하고 조세부과 제척기간을 10년으로 판단한 것이 곧바로 조세평등주의에 위반된다는 의미는 아니므로, JJJ에 대한 이의신청절차에서 oo세무서장이 JJJ의 이의신청을 받아들였다 하더라도 그러한 사정만으로 이 사건 처분이 조세평등주의에 반하는 것이라고 할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.