1. 피고가 2019. 10. 1. 원고에 대하여 한,

가. 2012년 귀속 종합소득세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분을,

나. 2013년 귀속 종합소득세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분을,

다. 2012년 귀속 종합소득세 관련 가산세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분을,

라. 2013년 귀속 종합소득세 관련 가산세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 19/20는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 10. 1. 원고에게 한 별지2 [표1] 기재 2011년 내지 2017년 귀속 종합소득세 합계 ##원의 각 부과처분, 별지2 [표2] 기재 2011년 내지 2017년 귀속 종합소득세 관련 가산세 합계 ##원의 각 부과처분, 별지2 [표3] 기재 2011년제1기 내지 2017년 제2기 및 2018년 제2기 귀속 부가가치세 합계 ##원의 각 부과처분 및 별지2 [표4] 기재 2011년 제1기 내지 2017년 제2기 및 2018년 제2기 귀속 부가가치세 관련 가산세 합계 ##원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서비스, 볼링장업을 영위하는 사업자로서, 2007. 6.경부터 2012. 12.경까지

** ** **에 위치한 갈**(이하 ‘** 사업장’이라 한다)를, 2010. 12.경부터 2019. 8.경까지 ** ** **에 위치한 둔**(이하 ‘이 사건 사업장’이라 한다)를, 2015. 12.경부터 2019. 8.경까지 ** *** **에 위치한 주식회사 **(이하 ‘서울 사업장’이라 한다)을 각 운영하였고, 그 외에도 **에서 노래연습장 및 마트를, **에서 편의점을 각 운영하였다.

나. **지방국세청(이하 ‘과세관청’이라 한다)은 2019. 5. 30.부터 2019. 7. 31.까지원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였는데, 위 세무조사과정 중 이 사건 사업장의 창고에서 이 사건 사업장의 매출금액 정산서 및 매출 누락내역 파일 등이 저장된 이동식 저장장치(USB, 이하 위 USB에 저장된 자료를 ‘이 사건USB 자료’라 한다)가 발견되었고, 이후 과세관청은 이 사건 USB 자료를 기초로 하여원고가 이 사건 사업장에 대하여 2011년부터 2018년까지 부가가치세 및 소득세 신고시 이중장부를 작성하는 등의 방법으로 현금매출 ###원을 누락한 것을 확인하였다. 이에 과세관청은 원고가 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정 되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’(이하 ‘부정행위’라 한다)를 하여 부가가치세와 소득세를 포탈하였다고 보면서, 원고에게 구 국세기본법 같은 조항에 따른 10년의 장기부과제척기간 및 같은 법 제47조의3 제2항 제1호에 따른 부당과소신고가산세 규정을 적용하여야 한다는 취지의 세무조사결과를 통지하였다.

다. 이에 따라 피고는 2019. 10. 1. 원고에게 별지1의 [표1] 기재 종합소득세 부과처분 내역과 [표2] 기재 부가가치세 부과처분 내역과 같이 2011년부터 2017년까지의 귀속 종합소득세 합계 ##원(각 가산세 및 부당과소신고가산세 포함) 및 2011년 제1기부터 2017년 제2기까지 및 2018년 제2기 귀속 부가가치세 합계 ##원(각 가산세 및 부당과소신고가산세 포함)을 각 경정·고지(이하 ‘이 사건 당초 각 부과처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 당초 각 부과처분에 불복하여 2019. 12. 16. 이의신청을 거쳐2020. 4. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 8. 20. ‘이 사건 사업장의 실제 매출에 대하여 별도의 이중장부를 작성ㆍ관리하여 현금수입금액을 은폐하고 매출을 허위로 신고한 원고의 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 보아 원고에게 10년의 부과제척기간을 적용하고 부당과소신고가산세를 부과한 이 사건 당초 각 부과처분은 적법하다’는 취지로 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

마. 한편, **세무서장은 이 사건 소송이 진행되던 중인 2023. 2. 2. 원고에 대한 2011년부터 2013년 귀속 종합소득세에 관하여 추가 손금 인정금액(##원)을 반영하여, 2011년부터 2013년까지의 귀속 종합소득세 부분 중 합계 ##원 부분을 감액하는 내용으로 직권취소하였고, 이를 원고에게 통보하였다(이하 이 사건 당초 각 부과처분에서 위와 같이 직권취소 되고 남은 부분 중 각 종합소득세 부과처분 부분을 ‘이 사건 각 종합소득세 부과처분’이라 하고, 각 부가가치세 부과처분을 ‘이 사건 각 부가가치세 부과처분’이라 하며, 이를 합쳐 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 원고의 부정행위의 부존재 및 근거과세원칙 위반에 관한 주장 피고는 이 사건 USB 자료를 근거로 원고가 이 사건 사업장의 현금매출액을 은폐하기 위한 목적으로 이중장부를 작성ㆍ관리하여 매출액을 허위로 신고함으로써 부정행위를 하였다고 보아 이 사건 각 부과처분을 하였다. 그런데 이 사건 USB 자료는 원고를 대신하여 이 사건 사업장을 관리해 온 ***가 원고 몰래 작성한 것으로, ***가 자신의 횡령 사실을 은폐하거나 원고를 협박하는 등 개인적인 이익을 취득할 목적으로 생성ㆍ보관ㆍ관리한 것이고, 원고는 이 사건 USB 자료의 존재 및 작성 경위에 대하여 전혀 인지하지 못하고 있었다. 결국 이 사건 각 부과처분의 전제가 된 부정행위는 ***가 한 것일 뿐 원고가 위 부정행위에 관여한 사실이 없다.

또한 이 사건 USB 자료는 현금매출 비중이 통상적인 경우와 비교해 과다하고, 파일형식으로 조작ㆍ변경이 용이한 점 등에 비추어 그 내용의 객관성 및 신빙성이 결여되어 있다. 그럼에도 피고는 다른 실지조사 없이 이 사건 USB 자료에만 의존하여 이 사건 각 부과처분을 하였는바, 이는 구 국세기본법 제16조 제1항의 근거과세원칙에 위반되어 위법하다.

나. 부당과소신고가산세 부과의 위법성, 장기부과제척기간 적용에 관한 주장 ***는 개인적 이익을 취득할 목적으로 이 사건 각 부과처분의 전제가 되는 부정행위를 하였는바, 이와 같이 ***의 부정행위로 인한 피해자의 지위에 있는 원고에게 부정과소신고가산세를 부담하게 하는 것은 위법ㆍ부당하다.

또한 부정행위로 인해 부과제척기간이 10년이 되는 가산세는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2의 각 목에 열거되어 있어야 하고, 그 외 나머지 가산세의 경우 같은 항 제3호에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 이 사건 각 부과처분 중 가산세의 경우 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2의 각 목의 경우에 해당하지 않으므로, 같은 항 제3호에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 각 부과처분 중 2011년 내지 2013년 귀속 종합소득세 관련 가산세 합계 ##원 및 2011년 제1기 내지 2014년 제1기 귀속 부가가치세 관련 가산세 합계 ##원의 부당과소신고가산세 부분은 5년의 부과제척기간이 지난 이후 이루어졌으므로 무효로 보아야 한다.

다. 필요경비 인정 여부에 관한 주장

1) 설령 원고의 행위가 부정행위에 해당한다 하더라도, 이 사건 USB 자료상 2012년, 2013년 귀속연도에 기재된 필요경비와 피고가 최종적으로 인정한 필요경비 인정금액이 차이가 있는바, 그 차이금액은 추가로 종합소득세 필요경비에 반영하여 이 사건 각 종합소득세를 감액경정하여야 한다.

2) 또한 이 사건 USB 자료에는 위 필요경비 외에도 객관적인 원시 증빙자료를 통해 지출사실이 명백히 확인되는 비용 항목들이 다수 누락되어 있는바, 위와 같이 누락된 비용들도 모두 필요경비에 추가 반영하여야 한다.

3. 관계 법령

별지3 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 부정행위 인정 여부 및 근거과세원칙 위반 여부

1) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조).

행정재판에 있어서는 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도, 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로, 형사재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결 등 참조).

2) 인정사실

갑 제6호증, 을 제17, 18호증의 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) **지방검찰청은 2020. 6. 19. 원고에 대하여 다음과 같은 범죄사실(조세범처벌법위반)로 공소를 제기하였다.

나) 원고는, 제1심(대전지방법원 2020고단2567) 재판 과정에서 ‘① 수사기관이 입수한 이 사건 USB 자료는 ***가 원고 몰래 이익을 취하기 위해 개인적으로 작성 한 것일 뿐이므로 조세포탈의 고의로 작성된 이중장부가 아니고, 원고가 고의로 장부를 파기하였다고 인정할 수 없으며, 이 사건 USB 자료로 피고가 세금을 부과한 이상 조세의 부과, 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하게 되었다고 할 수 없으므로, ’사기나 그 밖의 부정한 행위‘라는 구성요건이 충족되지 않는다. ② 이 사건 USB 자료는 수정된 흔적이 있고, 이 사건 사업장의 매출액 대비 현금매출 비율이 다른 사업장에 비해 비정상적으로 높으며, 일부 비용은 이 사건 USB 자료 중 하나인 영업일보에 기재되어 있지 않고, 반대로 영업일보에 기재된 급여는 사업용 계좌에 지출된 기록이 없는바, 포탈세액 산정에 활용된 이 사건 USB 자료는 신빙성이 없다. ③ ***가 이 사건 사업장의 운영, 자금관리, 세금신고 등을 모두 맡아 수행하였고 원고는 여기에 어떠한 부정행위가 있는지 전혀 알지 못하였으므로, 원고에게 조세포탈의 범의가 인정되지 않는다.’는 취지로 주장하였다.

다) 이에 제1심은 ***에 대한 증인신문과 각종 증거자료에 대한 조사를 거쳐 원고의 부정행위 및 이 사건 USB 자료의 신빙성을 인정하였는데, 그 주요 근거는 아래와 같다.

(1) 이 사건 사업장에서 2010년부터 2018년 11월까지 근무(2015. 5.부터 2015. 12.까지는 서울 사업장에서 근무)하면서 회계, 자금 업무를 담당한 ***의 진술 및 증거기록에서 인정되는 사실관계에 의하면, ① 이 사건 사업장에서는 매일 집계, 관리되는 POS 자료(일종의 매출원장 내지 매출에 관한 원시증빙)가 주기적으로 파기되었던 점, ② 반면 실제 매출액을 알 수 있는 영업일보는 직원들이 따로 보관하는 USB에 저장되어 관리되었고 이러한 사정은 ***뿐만 아니라 ***의 진술에서도 확인되는 점, ③ 이 사건 사업장의 총 매출 대비 현금매출 비율은 2011년~2018년 평균 32% 정도(시간이 흐를수록 현금매출 비율이 점차 낮아지는 경향을 보인다)에 달하는데, 부가가치세 신고서에는 신용카드/현금영수증발행 매출의 약 10% 정도만 현금매출로 기재되어 있는 점 등이 인정되고, 이러한 사실에 볼링장 사업의 특성상 매출의 대부분을 차지하는 게임요금의 경우 매출에 대응하는 직접원가 성격의 비용이 없어 의도적으로 현금매출을 누락하고 장부를 파기한다면 매출액을 합리적으로 추산할 수 있는 적당한 방법이 없는 점을 종합하여 보면, 원고가 ‘부정행위’를 하지 않았다고 볼 수는 없다고 판단하였다.

또한 ***는 원고가 장부작성, 자금관리, 세금신고납부 등 업무 전반에 관하여 상당한 지식과 경험을 가지고 있고, 자신이 이 사건 사업장을 떠나 서울 사업장으로 파견을 나가 있는 동안에는 원고가 이 사건 사업장 영업을 관리하였으며, 원고가 서울 사업장에 주로 있었던 기간에도 정기적으로 이 사건 사업장으로 와 영업을 관리, 감독하였다고 진술한 점, 이 사건 사업장의 회계, 자금, 세무 관련 업무에 관여한 직원은 ***와 ***를 보좌하는 직원뿐인데, 이 사건 사업장과 같이 현금 취급 비중이 높은 사업장에서 원고가 오로지 위 두 직원만 믿고 회계, 자금, 세무 관련 업무를 일임하였다는 것은 매우 설득력이 떨어지는 점, ***나 기타 직원이 주기적으로 장부를 파기하고 USB를 만들어 영업일보를 따로 보관하며 세금 신고를 임의로 줄이는 등의 불필요한 일을 할 유인도 없는 점까지 고려하면, 세금 납부신고에 관여하지 않았다는 원고의 주장은 받아들이지 아니하고, 원고가 부정행위를 한 것으로 판단하였다.

(2) 한편 이 사건 USB 자료의 신빙성 여부에 관하여, 과세관청이 세무조사 과정에서 입수한 이 사건 USB 자료에는 과거 엑셀 프로그램으로 관리하던 영업일보 자료가 저장되어 있었고 과세관청은 여기에 적힌 매출액을 이용하여 부가가치세, 종합소득세 포탈액을 계산하였는데, 이 사건 사업장은 일정한 기간 동안 수익금을 계산하여 투자자에게 일정한 비율의 수익을 지급해 왔고, 해당 투자자에게 지급한 수익금을 계산한 자료에 기재된 매출액은 USB에 저장된 매출액과 일치하였던 점, 세무조사 과정에서 입수한 프로샵 매출전표 내역은 해당 일자 영업일보상의 프로샵 매출금액과도 일치하였던 점, ***는 앞서 본 바와 같이 일상적인 회계, 자금 업무를 처리하면서 엑셀프로그램을 이용하여 영업일보를 작성하였고 이를 USB에 저장하였다고 진술한 점 등의 사정을 종합하여 보면, 이 사건 USB 자료의 신빙성은 인정된다고 보았다.

이에 대하여 원고는 사업용 계좌의 일부 출금내역이 이 사건 USB 자료에 저장된 영업일보상 비용에 기재되지 않았다거나 위 영업일보에 기재된 급여가 사업상 계좌에 지출된 기록이 없다고 주장하였으나, 부가가치세 납부액은 손익계산서에 기재될 비용 항목이 아니고, 인테리어 리모델링 비용도 자본적 지출로 볼 경우 자산에 계상되어야 하지 손익계산서에 기재될 비용 항목은 아니어서 영업일보의 신빙성에는 별다른 영향을 미치지 못하며, 개인금고에 넣어둔 현금으로 급여를 지급한다면 사업상 계좌에 기록하지 않고 비용 지출이 가능하므로, 결국 이 사건 USB 자료의 신빙성에는 영향이 없다고 판단하였다.

라) 제1심 법원은 2021. 8. 19. 원고의 조세범처벌법위반 범죄사실을 유죄로 인정하면서 원고에 대하여 징역 1년 6월을 선고하였다.

마) 이후 원고는 위 제1심 판결에 대하여 항소하였는데, 항소이유에 대해서는 ‘양형부당’만을 이유로 들었다. 이에 항소심 법원은 원고가 원심에서 부인하였던 자신의 범행을 모두 인정하며 반성하는 점, 당심에서 포탈한 세금 전액을 납부한 점 등을 고려하여 원심판결을 파기하고, 원고에게 징역 1년 6월에 집행유예 2년에 처하는 판결을 선고하였으며(대전지방법원 2021노2862), 위 항소심 판결은 그 무렵 확정되었다(이하 원고에 대한 위 제1심, 항소심 형사재판을 통틀어 ‘관련 형사재판’이라 하고, 관련 형사사건의 확정된 유죄판결을 ‘관련 형사판결’이라 한다).

3) 구체적 판단

앞에서 본 바와 같이 이 사건 각 부과처분의 전제가 된 사실관계에 관하여 관련형사재판에서 전부 유죄가 인정되어 판결이 확정되었다. 원고는 제1심 형사재판 과정에서 이 사건에서 주장하는 것과 동일한 내용의 주장을 하였으나, 제1심 법원은 증거조사 결과를 토대로 상세한 이유를 들어가며 그 주장을 전부 배척하였다. 한편 원고는 항소심 형사재판에서 범죄사실을 모두 인정하면서 양형부당만을 항소이유로 들었고, 그에 따라 항소심 형사재판에서도 유죄가 선고되었다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건에서 제출하고 있는 증거만으로는 관련 형사판결의 사실판단을 채용하기 어려운 특별한 사정이 있다고 보기 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 각 부과처분의 전제가 된 사실이 모두 적법하게 인정된다고 보아야 하므로, 원고에게 부정행위를 인정할 수 없다거나 이 사건 USB 자료의 신빙성을 인정할 수 없음에도 이를 근거로 이 사건 각 부과처분을 한 것이 근거과세원칙에 위반된다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

[한편, 원고는 이 사건에서도 ***가 원고 몰래 개인적인 이익(횡령, 공갈)을 위하여 허위로 이 사건 USB 자료를 작성ㆍ관리한 것이라고 주장하면서 수사기관에 제출한 ***에 대한 업무상 횡령 혐의에 관한 고소장(갑 제14호증)을 증거로 제출하였다. 그러나 이 사건 USB 자료로 확인되는 누락된 현금매출액은 ###원임에 비하여 ***가 횡령하였다고 본 횡령금의 액수는 ##원에 불과한 점, 더욱이 위 고소사건에 대하여 ***에게 불기소 처분(혐의없음)이 내려졌고, 위 불기소 처분에 대한 원고의 항고 및 재정신청 모두 기각된 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장도 받아들일 수 없다.]

나. 부당과소신고가산세 부과의 위법 여부 및 장기부과제척기간 적용 여부

1) 관련 규정 및 법리

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 ‘국세는 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년의 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다’고 규정하고 있다.

이와 관련된 사항을 위임받은 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법 시행령’이라 한다) 제12조의2 제1항은‘법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 ｢

조세범 처벌법｣ 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다’고 규정하고 있고, ｢조세범 처벌법｣ 제3조 제6항은 ‘제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’, 제2호에서 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’, 제3호에서 ‘장부와 기록의 파기’, 제4호에서 ‘재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐’, 제5호에서 ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’, 제6호에서‘「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작’, 제7호에서 ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’ 등을각 들고 있다.

구 국세기본법 제26조의2 제1항의 입법 취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 위 조항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’(이하 ‘부정행위’라 한다)라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 참조). 이때 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상위한 정도, 허위신고의 경우 허위 사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2014. 2. 21. 선고 2013도13829 판결 등 참조).

한편, 구 국세기본법 제47조의3 제1항은 ‘납세의무자가 법정신고기한까지 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다’고 규정하고, 같은 조 제2항 제1호 가목은 ‘납세자가 부정행위로 과소신고한 경우 그 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세(일명 ’부당과소신고가산세‘)로 한다’고 규정하고 있다. 구 국세기본법의 체계와 관련 규정 내용 및 그 형식 등에 비추어 보면, 위와 같이 구 국세기본법상의 부당과소신고가산세의 요건인 ‘부정행위’ 역시 앞서 본 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 규정된 부정행위와 같은 기준에 따라 판단되어야 한다고 봄이 타당하다.

2) 부당과소신고가산세 부과의 위법 여부

가) 원고가 현금수입금액을 은폐하고 매출을 허위로 신고한 행위는 조세범처벌법 제3조 제6항 제1호에 해당하는 행위로서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제1호의2에서 정하는 ‘부정행위’에 해당함은 앞서 본 바와 같고, 더욱이 소득세는 부과과세방식이 아닌 신고납세방식의 조세로서 납세의무자의 신고로 과세표준과 세액이 확정되므로, 결국 원고는 위 현금수입금액에 관하여 단순히 세법상 신고를 하지 않은 것을 넘어 이 사건 USB 자료와 같은 이중장부를 작성ㆍ관리를 통하여 재산을 은닉 또는 소득을 은폐함으로써 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 은닉의도가 있는 ‘부정행위’를 하였다고 판단된다. 따라서 이에 반하는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

나) 이에 대하여 원고는, 납세자가 고용한 사용인이 납세자 본인의 이익이나 의사에 반하여 개인적인 이익을 도모할 목적으로 사기, 배임 등의 범행을 저지르는 과정에서 소득을 은닉하는 등 적극적으로 부정한 행위를 한 사안에서 사용인 등의 부정행위를 이유로 범죄피해자의 지위에 있는 납세자 본인에게 중과세율을 적용하여 부당과소신고가산세의 제재를 가할 수 없다는 대법원 2017두38959 전원합의체 판결을 들어 ***의 부정행위로 인하여 피해자의 지위에 있는 원고에게 부당과소신고가산세를 부과할 수는 없다고 주장한다.

그러나 위 대법원 전원합의체 판결은 사용인 등의 부정한 행위가 납세자 본인을 피해자로 하는 사기, 배임 등 범행의 수단으로 행하여져 이로 인한 국가의 조세수입 감소가 발생하였음을 전제로 하고 있는데, 앞서 본 바와 같이 원고의 ‘부정행위’가 인정되어 원고가 조세범처벌법위반으로 유죄판결이 확정된 반면, ***는 업무상 횡령혐의에 대하여 불기소처분을 받았는바, 원고에 대한 사용인의 사기, 배임행위가 있다고 볼 수 없다. 따라서 위 대법원 전원합의체 판결의 판시취지는 이 사건과 사안을 달리하여 원용하기에 적절하지 않다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

3) 부당과소신고가산세에 관한 장기부과제척기간 적용 여부

관련 법리와 관계 규정의 내용을 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 본세를 포탈하려는 부정행위가 인정되어 그 부과제척기간이 10년이 되었다면 부당과소신고가산세의 부과제척기간 역시 10년이라고 봄이 타당하다.

따라서 이에 반하는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

가) 구 국세기본법 제47조 제2항에서 “가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 ‘국세’의 세목으로 한다”고 규정하는 등 가산세는 징수절차상의 편의를 위해 세법이 정하는 국세의 세목으로 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 행정상 제재의 일종이다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조). 그리고 가산세는 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세(무신고, 과소신고, 납부불성실가산세 등)로 분류된다.

이 사건에서 문제되는 부당과소신고가산세는 그 중 ‘② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세’에 해당한다. 따라서 ‘① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세’가 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에도 별도로 부과할 수 있는 것과 달리, 부당과소신고가산세는 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에 따로 부과할 수 없으므로, 종속성이 더욱 강하게 인정된다. 이렇듯 부당과소신고가산세의 입법취지가 납세자가 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우 제재를 가하여 의무이행을 확보하려는 데에 있는 만큼, 납세자가 본세에 대해 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 전액 납부하지 않은 상태가 계속되는 한 그에 따른 가산세를 부과할 수 있는 가능성을 열어두는 것이 부당과소신고가산세의 입법취지에도 부합한다.

나) 한편 국세기본법은 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정하면서 제26조의2 제1항 제1호의2에 ‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하였다.

그리고 앞서 본 다른 규정과의 체계에 비추어 볼 때, 위 신설 규정은 특정 가산세에 대해서만 장기부과제척기간을 적용하겠다는 취지가 아니라, 본세액의 포탈이 없는 자에 대하여 가산세가 부과되는 경우에도 같은 조 제1항 제1호와 마찬가지로 10년의 부과제척기간을 적용하기 위한 취지로 마련되었다고 이해된다.

다) 이에 대해 원고는, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 납세자가 부정행위로 ‘국세’를 포탈하는 경우 10년의 부과제척기간을 두고 있으나, 이와 별도로 납세자의 부정행위로 ‘가산세’를 부과하는 경우에는 같은 항 제1호의2 각 목에 해당하는 경우에 한하여 10년의 부과제척기간이 적용된다고 규정하고 있으므로, 국세와 별개인 가산세 부과처분에 대해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호를 근거로 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 ① 구 국세기본법 제47조 제2항은 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 “국세”의 세목으로 한다’라고 규정하고 있고, 같은 법 제26조의2 제1항 제1호는 부과제척기간의 적용대상에서 가산세를 배제한다는 명시적인 규정이 없으며, 만일 같은 조 제1항에서 정한 국세에 일반적인 가산세는 포함되지 않는다고 해석할 경우 가산세의 부과제척기간에 대한 일반 조항은 없게 되는 점, ② 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 제1호의2에서 특정 가산세에 대한 장기부과제척기간을 규정한 것 외에는 모두 국세에 대한 부과제척기간을 규정하고 있어 위 규정상 ‘국세’에 가산세가 포함된다고 해석하는 것이 합리적인 점, ③ 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호도 ‘제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 않는 경우 해당 “국세”를 부과할 수 있는 날부터 5년’이라고 규정하고 있는바, 원고의 위 주장에 의할 경우 이 사건 각 부과처분 중 부당과소신고가산세 부분에 대해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 역시 적용할 수 없는 문제가 발생하는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

다. 필요경비 인정 여부

1) 관련 법리

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 따라서 납세의무자가 종합소득세의 과세표준 등 신고에 있어 필요경비에 산입할 비용에 관하여 신고를 누락하였던 경우에는 그와 같은 필요경비의 존재 및 업무관련성은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다.

2) 이 사건 USB 자료 상 누락된 2012년, 2013년 귀속연도의 필요경비 인정 여부 이 사건 USB 자료에 기재된 2012년 필요경비 금액이 1,104,319,325원이고, 2013년 필요경비 금액이 ##원인 반면, 과세관청이 이 사건 사업장에 대한 필요경비로 인정한 금액은 2012년의 경우 ##원, 2013년의 경우 ##원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제19호증의 기재에 의하여 인정된다.

그런데 앞서 이 사건 USB 자료가 이 사건 사업장 운영과 관련한 회계 장부로써 객관성과 신빙성을 갖춘 과세자료에 해당한다고 본 이상, 이 사건 USB 자료에 기재된 필요경비 부분도 그 신빙성이 인정된다고 할 것이므로, 과세관청이 인정한 필요경비 금액과 이 사건 USB 자료에 기재된 필요경비 금액의 차액만큼 추가 필요경비로 인정하여야 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 그 밖의 필요경비 인정 여부

가) **세무서장은 2023. 2. 2. 원고에 대한 2011년부터 2013년 귀속 종합소득세에 관하여 추가 손금으로 ##원을 인정하여 2011년부터 2013년까지의 귀속 종합소득세 부분 중 합계 ##원 부분을 감액하는 내용으로 직권취소를 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제3, 4호증의 기재에 의하면, 원고는 이 사건 세무조사 과정에서 당초 종합소득세 신고 시 필요경비로 신고하지 않았던 인건비 등 기타경비에 대한 자료를 제출하였고, 이로 인하여 피고는 2011년부터 2017년까지의 이 사건 사업장 영업과 관련한 추가 필요경비로 합계 ##원을 반영한 사실이 인정된다.

그런데 원고가 이미 필요경비로 추인된 금액 외의 필요경비로써 2011년부터 2017년까지 약 15억 여원을 지출하였음을 입증할 증거로 제출한 갑 제28 내지 33호증 (가지번호 포함)은 모두 이 사건 사업장에 대한 세무조사 과정이나 조세심판원의 심판청구 과정에서도 제출되지 않은 점, 원고가 당초 신고한 필요경비와 과세관청이 인정한 필요경비의 규모에 비추어 볼 때, 원고가 누락하였다고 주장하는 필요경비의 비중이 결코 작지 아니한 점 등을 고려하면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비가 각 과세연도에 사업장 운영과 관련하여 발생한 비용에 해당한다고 인정하기에 부족하다.

나) 또한 원고가 이 사건 사업장 외에도 ** 사업장, ** 사업장을 운영하였을 뿐만 아니라 그 외 노래연습장, 마트 등도 함께 운영한 점4), 원고가 제출한 증거들 대부분은 간이영수증과 계좌이체내역 등인 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 필요경비가 다른 사업장 운영에 관한 필요경비일 가능성을 배제하기 어려운바, 이 사건 사업장 운영과 관련하여 발생한 비용에 해당한다고 단정하기 어렵다.

다) 더 나아가 피고는 당초 원고가 종합소득세를 신고할 당시 첨부한 손익계산서에서 기재된 항목별 경비 금액을 필요경비로 인정한 것인데, 원고가 누락되었다고 주장하는 필요경비의 항목은 당초 신고된 손익계산서의 각 계정과 다를 뿐만 아니라 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 주장하는 필요경비 부분이 당초 신고된 항목별 경비 금액과는 별도의 비용으로써 누락된 것인지가 입증되었다고도 보기 어렵다.

라. 소결론(취소 범위)

1) 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다(대법원 1992. 7. 24. 선고 92누4840 판결, 법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2) 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 사업장 운영과 관련하여 지출한 필요경비로써, 이 사건 USB 자료 상 2012년, 2013년 귀속연도에 기재된 필요경비와 과세관청이 최종적으로 인정한 필요경비 금액과 차이금액(2012년의 경우 ##원, 2013년의 경우 ##원)이 추가 필요경비로 인정되어야 하며, 이를 기초로 하여 원고의 정당한 종합소득세액을 계산하면, 다음 표의 기재와 같다.

<표> 2012년, 2013년 종합소득세 및 가산세

3) 따라서 피고의 원고에게 한 이 사건 각 부과처분 가운데, 2012년 귀속 종합소득세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분, 2013년 귀속 종합소득세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분, 2012년 귀속 종합소득세 관련 가산세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분, 2013년 귀속 종합소득세 관련 가산세 ##원의 부과처분 중 ##원을 초과하는 부분은 각 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.