주     문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 11 18. 원고들에게 한 양도소득세 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 원고들의 경정청구에 대한 거부처분경위

 가. 원고들은 2009. 12. 29. OO시 OO면 OO리 330-1외 20필지(지목은 전 및 임야)를 4,500,000,000원에 공유로 매수하여 소유권이전등기를 마쳤다.

 나. 위 토지들 중 OO리 330-2와 696를 제외한 나머지 부분(이하 ‘이 사건 쟁점토지 부분’이라 한다)은 2011. 4. 19. 지목이 변경되어 각 대지 및 도로로 되었고, 지상에 1종 근린생활시설 9개동이 신축되었다.

 다. 원고들은 2018. 3. 27. 위 각 토지 및 건물을 14,700,000,000원에 주식회사 BB에 양도하고 아래와 같이 양도소득세를 신고납부하였다.

 라. 원고들은 피고에 대하여, 이 사건 쟁점토지 부분에 ① 상하수도, 옹벽 설치 등과 은 택지개발공사를 하였고, ② 농지였던 토지의 개발을 위한 농지전용부담금을 납입하였는바, 위 각 비용을 필요경비(토지에 대한 자본적지출액)로 양도가액에서 공제하여 양도소득세를 감액하여 달라는 취지로 양도소득세 경정청구를 하였다. 원고들은 1차로2020. 10. 7. 위 ① 공사비용에 관하여 경정청구를 하였고, 피고는 2020. 11. 18. 원고들의 1차 경정청구를 거부하였다. [나중에 원고들이 2021. 1. 8. 위 ② 농지전용부담금에 관한 2차 경정청구를 하였다.]

 마. 원고는 피고의 위 1차 경정청구 거부 이후인 2021. 2. 4. 원고들의 1차, 2차 각 경정청구를 인용하여 달라는 취지로 심판청구를 하였고, [피고는 심판청구 도중인 2021. 4. 8. 원고들의 2차 경정청구를 거부하였다] 조세심판원은 2021. 8. 30. 위 ① 공사비용에 관한 1차 경정청구 부분에 대하여 원고들의 심판청구는 기각하였으나, 한편 원고들의 위 ② 농지전용부담금에 관한 2차 경정청구 부분에 대하여는 이를 양도가액에서 공제할 필요경비로 인정하여 원고들의 심판청구를 인용하였다.

 바. 피고의 경정 거부처분 중 조세심판원 심판청구 인용 부분을 제외한, 위 ① 공사비용(이하 ‘이 사건 쟁점 공사비용’이라 한다)에 관한 원고들의 1차 경정청구 금액으로서, 이 사건에서 다투어지고 있는 부분은 원고 허O 양도소득세 311,395,128원, 원고 안OO 양도소득세 313,332,655원 경정청구 부분이다(이 부분에 관한 피고의 경정 거부처분을 이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3, 5, 6, 을 1 내지 5(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장 요지

 이 사건 쟁점토지 부분에 2009년부터 2011년경까지 토목공사 등 택지개발공사가 실제로 이루어졌다. 원고들이 당시 공사에 비용지출한 증빙자료를 보관하지 못하고 있어 2019년 6월부터 2020년 3월경 사감정을 의뢰하여 위 쟁점토지 부분의 택지개발공사비를 감정평가받은 결과 금액이 1,782,880,000원으로 산출되었다. 위 감정평가액은 원고들이 지목이 전, 임야이던 토지를 그 위에 건축물을 신축하기 위하여 거기에 상하수도, 옹벽 설치 등과 같은 택지개발공사를 하면서 소요된 이 사건 쟁점 공사비용이라고 볼 수 있고, 이는 원고들 소유이던 이 사건 쟁점토지 부분에 관한 자본적지출액이 되므로, 이를 양도가액에서 필요경비로 공제하여 양도소득세를 계산할 것을 구하는 원고들의 이 사건 양도소득세 경정청구가 받아들여져야 한다.

3. 이 사건 거부처분의 적법 여부

 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제2호는 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’을 열거한다. 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항 제1호, 제67조 제2항은 ‘“자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비’를 말한다고 하면서, 그 예로 본래 용도를 변경하기 위한 개조, 기타 개량, 확장 등에 해당하는 지출 등을 열거한다.1) 어떤 비용이 위 규정들에서 정한 ‘자본적지출액’으로 인정받아 양도자산의 양도차익 계산시 양도가액에서 필요경비로 공제되려면, 납세자가 실제로 자본적지출을 하였는지, 실제로 지출된 비용의 액수가 얼마인지에 관한 사실관계가 인정될 수 있는 경우이어야만 한다.

 한편 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1989. 8. 8. 선고 88누9978 판결 등 참조).

 위 법리 등의 취지에 비추어 이 사건을 살핀다. 앞서 본 증거, 갑 4호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래 사실 내지 사정 등을 종합하면, 원고들이 의뢰하여 실시한 사감정 결과만으로 이 사건 쟁점 공사비용을 원고들이 실제로 지출하였는지, 지출된 비용이 정확히 얼마인지 여부를 확정하기는 어렵다고 할 것이므로, 이 사건 거부처분은 적법하다.

  ① 어떤 비용을 자본적지출액으로 인정받으려면 납세자가 해당 비용을 실제로 지출하였다는 사실관계가 인정되어야만 하는데, 해당 사실관계를 인정할 자료가 부족하다.[이 사건 쟁점 공사비용은 이 사건 쟁점토지 부분의 지목변경을 위한 택지개발공사에 소요된 비용이므로, 그 비용의 성질만 놓고 보면 해당 토지의 자본적지출액이 될 수는 있다. 그러나 관련 개발행위허가신청서에 신청인으로 기재된 사람은 원고들뿐만이 아닌, 안CC, 허DD도 있고, 이는 농지전용부담금 납부 명의인 관계에서도 마찬가지이다. 관련 건축허가절차에서는 건축주를 당초 안CC, 허DD으로 하였다가, 나중에 가서 원고들로 변경하였다. 이러한 상황에서라면 이 사건 쟁점 공사비용이 과연 원고들이 지출한 것인지 여부가 분명하지 않다고 볼 여지가 있는데, 원고들은 자신들이 이사건 쟁점 공사비용을 실제로 지출하였음을 밝힐만한 계좌 출금내역, 이체내역, 신빙할만한 영수증 등 어떤 자료도 제시하지 못하고 있다. 이 사건 쟁점 공사비용과 대비하여, 조세심판원에서 원고들의 경정청구가 인용된 농지전용부담금 부분 필요경비는, 원고 허O 명의 기업은행 계좌에서 258,470,000원이 대체지급된 자료, 원고 안OO 명의로 300,000원이 납입된 자료가 제출되었던 점과 대비된다.]

  ② 이 사건 쟁점토지 부분에 대한 택지개발공사를 하는 데에 소요되는 비용이 얼마인지에 대하여는 원고들이 의뢰하여 실시한 감정평가결과가 일응의 기준이 될 여지는 있으나(물론 법원감정 등과 같이 객관성, 공정성이 어느 정도 담보되는 감정결과인지는 알기 어렵다), 그러한 감정평가결과를 언제나 신뢰할 수 있다고 단정하기도 어렵고, 설령 신뢰할 수 있다 하더라도 이를 필요경비로 그대로 인정할 것이냐는 별개 문제이다(납세의무자가 비용 지출에 관한 증빙자료를 전혀 구비하지 않더라도 과세관청이 감정 평가결과만으로 필요경비를 그대로 인정한다면 경우에 따라 납세의무자들이 납세의무 이행 과정에서 증빙자료를 전혀 구비하지 않음으로써 납세부담을 축소시키려는 시도를 할 때 어떻게 대처할 것인지 등의 문제도 고려하여야 한다).

  ③ 대법원은 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 과세관청이 가능한 범위 내에서 필요경비 금액을 입증하여야 하고, 납세의무자가 그보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아간다고 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조). 원고들에게 필요경비의 발생이 명백하다고 할 수 있으려면, 택지개발공사 비용의 지출 주체가 원고들이라는 점이 드러나야 한다고 할 것인데, 위에서 본 바와 같이 이 사건에서는 원고들의 실제 비용 지출 여부가 분명하지 않으므로, 결국 원고들이 입증의 필요를 부담하는 필요경비에 관한 자료제출이 불충분하다고 볼 수밖에 없다고 판단된다.

4. 결론

 그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.