1. 질의내용 요약

당초 법인세신고 시 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하여 신고한 후 과세관청의 경정 시 부당과소신고금액의 경정으로 산출세액이 증가하는 경우 당초 신고한 감면소득금액에 대한 감면세액을 재계산하여야 하는지 여부

○ 갑설

당초 신고 시 감면세액만 감면한다.

○ 을설

부당과소신고금액은 감면배제 하는 것이나 경정 후 산출세액에서 당초 신고한 감면소득에 해당하는 부분은 감면세액을 재계산한다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. (2001.12.31. 개정)

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (1998.12.28. 개정)

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】

③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항의 규정에 의하여 경정을 하는 경우와 국세기본법 제81조의 6의 규정에 의한 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제30조의 2, 제31조 제4항․제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. (2004.12.31. 개정)

나. 관련 기존 예규

【분류/일자】서면2팀-2133, 2004.10.22.

귀 질의의 경우 적용받은 감면 대상의 종류가 무엇인지 불분명하여 정확히 회신하기 어려우나, 조세특례제한법 제63조의 2의 규정 등을 적용받는 법인은 같은 법 제143조의 규정에 의하여 감면 대상소득과 기타의 소득을 구분하여 당해 구분 경리된 감면소득에 대하여 법인세법 제59조의 규정에 의하여 감면세액을 산출하는 것이며,

다만, 과세관청이 경정 시 감면세액을 재계산하는 경우에 법인세법시행령 제118조의 규정에 의한 부당과소신고 금액에 대하여는 조세특례제한법 제128조 제3항의 규정에 의하여 당해 감면대상 소득에서 제외되는 것임.

【분류/일자】서이46012-10113, 2003.01.16.

감면대상 소득 또는 감면대상이 아닌 소득이 법인세법 제66조 제2항에 의하여 경정되는 경우 조세특례제한법 제7조 중소기업특별세액감면은 경정후의 산출세액, 과세표준, 감면대상소득을 기준으로 법인세법 제59조의 규정에 따라 재계산하여 적용하는 것임.