[회 신] |
비영리내국법인(법인세법 제3조 제2항 1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리법인 제외)이 같은 조 제2항 제4호(주식 등)와 5호(토지․건물)의 수입이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 신고․납부하는 방법과 소득세법 제92조의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고․납부하는 방법 중 법인이 선택하여 적용 받을 수 있으며, 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것으로 예정신고기간이 경과된 자산이 있는 경우 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하여야 하며 소득세법 제105조 규정에 의하여 신고․납부한 세액은 기 납부세액으로 공제하는 것이며 소득세법 제105조 규정에 의하여 신고하는 경우 같은 법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하는 것으로 양도가액이나 취득가액은 소득세법 제96조 제1항 각호의 자산을 제외하고는 양도 및 취득 당시 기준시가에 의하여 계산하는 것이며 1세대 3주택에 대한 과세특례는 적용되지 않는 것입니다. |
1. 질의내용 요약 |
수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인으로 등록한 교회가 수양관 건립 목적으로 임야, 대지, 전, 및 주택 20여 채를 구입하여 건축허가신청을 하였으나 허가가 나지 않아 매각하는 경우 1. 자산양도차익에 대하여 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 과세제외가 가능한지 2. 법인세법 제62조의 2 규정에 따라 예정신고를 하는 경우 임야 등은 기준시가로 신고할 수 있는지 여부와 주택에 대하여 60% 중과세가 되는지 여부 3. 소득세법에 의한 예정신고기간 경과 시 예정신고세액공제만 배제하고 신고 할 수 있는지 여부 4. 주민세 신고방법 |
2. 질의내용에 대한 자료 |
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998.12. 28. 개정) 1. 각 사업연도의 소득 (1998.12.28. 개정) 2. 청산소득 (1998.12.28. 개정) ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998.12.28. 개정) 1. 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28. 개정) 2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자․할인액 및 이익 (1998. 12.28. 개정) 3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (1998.12. 28. 개정) |
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
4. 주식․신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998.12.28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998.12.28. 개정) 6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998.12.28. 개정) ○ 제2조 【수익사업의 범위】 ①「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류“라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. (2005. 2.19. 개정) ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001.12.31. 개정) 1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (1998.12.28. 개정) 2. 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금 (2003.12.30. 개정) 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998.12. 28. 개정) |
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립․운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2004. 1.29. 개정) ○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) 1. 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001.12.31. 신설) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001.12.31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2001.12.31. 신설) |
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
○ 법인세법 시행령 제99조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 ① 법 제62조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목(주식 등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호․제5호에 규정된 자산을 말한다. (2005. 2.19. 개정) ② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) ③ 법 제62조의 2 제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 출연 받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업 외에 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다. (2001.12.31. 신설) 1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 (2001.12.31. 신설) 2. 행정관청으로부터 허가․인가 등을 받은 경우에는 그 허가․인가 등을 받은 사업(2001.12.31. 신설) 3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 (2001.12.31. 신설) ④ 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. (2005. 2.19. 개정) ⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. (2001.12.31. 신설) |
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
⑥ 법 제62조의 2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. (2001.12.31. 신설) ○ 소득세법 제92조 【양도소득과세표준의 계산】 ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 “양도소득과세표준”이라 한다)은 종합소득․퇴직소득 및 산림소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다. (1994.12.22. 개정) ② 양도소득과세표준은 제94조 내지 제102조와 제118조의 규정에 의하여 계산한 양도소득금액에서 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 금액으로 한다. (1994.12.22. 개정) |
나. 관련사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
【분류/일자】서면2팀-246, 2004.02.19. 비영리내국법인(수익사업 영위 비영리내국법인 제외)이 보유하고 있는 비수익사업용 토지를 양도하는 경우 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정’ 적용 가능함. 【분류/일자】서이46012-12114, 2003.12.15. 귀 질의의 경우 주무관청에 등록되지 아니한 교회가 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부는 별도 사실 판단할 사항이며, 당해 교회가 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하는 경우로서 수익사업을 영위하는 경우에는 법인세법 제62조의 2의 규정을 적용할 수 없는 것임. 비영리내국법인으로서 법인으로 보는 단체의 경우에는 법인세법시행령 제56조 제1항의 규정에서 정한 단체에 한하여 같은 법 제29조의 규정을 적용할 수 있는 것임. |
나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
【분류/일자】서면2팀-1700, 2004.08.17. 비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니하고 토지를 양도한 경우 처분으로 인한 수입은 수익사업에 해당하는 것임. 【분류/일자】서이46012-10327, 2002.02.26. 비영리내국법인에 해당하는 종교 법인이 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 제60조의 규정에 의하여 신고․납부하여야 하는 것이며, 동 법인이 같은 법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은 법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것임. |