※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 대구에 95년에 취득하여 2005.12.30일 이전에 관리처분인가된 재건축입주권과 2003년에 취득한 아파트를 소유하고 있습니다.

 - 위의 아파트와 입주권을 모두 양도하여야 하기에 다음과 같이 질의합니다.

○ 질의내용

- 양도소득세를 절세할 수 있는 방법과 입주권에 대한 양도소득세를 계산함에 있어 장기보유특별공제를 받을 수 있는지 등에 대하여 질의합니다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. - 2. 생략

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

4. 삭 제 (2005.12.31)

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는

이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업

또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

1.- 3. 생략

② - ④ 생략

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (1995. 12. 30. 개정)

⑥ 제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑦ -⑨ 생략

○ 소득세법 부칙 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】(2005.12.31. 법률 제7837호)

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 「주택건설촉진법」(법률 제6852호 「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매ㆍ상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 청산금을 납부한 경우 (2001. 12. 31. 개정)

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

2. 청산금을 지급받은 경우 (2001. 12. 31. 개정)

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비)×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금)÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액］

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. (2005. 5. 31. 개정)

                   취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조

    기존건물과 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

    그 부수토지 × ─────────────────────────

    의 평가액 관리처분계획인가일 현재 기존 건물과 그 부수토지의

                   법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

③ 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다. (2005. 5. 31. 개정)

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2005. 2. 19. 개정)

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) (2005. 5. 31. 개정)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 (2005. 5. 31. 개정)

3. 생략

나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-53 (2006.01.12)

【질의】

- A주택 : ○○동 아파트, 1982∼1992년까지 거주함.

ㆍ2004.10.30. : 사업시행인가 ㆍ2005.5.10. : 관리처분인가 및 동호수 추첨

ㆍ2006.3. : 철거예정 ㆍ2009.3. : 준공예정

ㆍ추가부담금 1.5억원에 양도예상가액 15억원임.

- B주택 : ××아파트, 1992.11.∼현재까지 거주

1. ××의 아파트를 현재 양도하는 경우 언제 팔아야 양도소득세가 비과세되는지.

2. ○○의 아파트는 언제 팔아야 세금을 가장 적게 낼 수 있는지.

【회신】

1세대 2주택을 소유하던 자가 그 중 하나의 주택이 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행으로 2005.12.31. 이전에 관리처분인가되고 사실상 주택이 멸실된 이후부터 재개발 또는 재건축주택의 완성일 전에 나머지 1주택을 양도하는 경우 양도하는 주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제154조 제1항의 규정에 해당하면 양도소득세를 비과세받을 수 있는 것이며, 이 경우에도 양도하고자 하는 주택이 소득세법 시행령 제156조의 고가주택에 해당하는 경우에는 소득세법 제95조 제3항의 규정에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세가 과세되는 것임.

이때 재건축주택의 입주권을 양도하는 경우에는 양도소득세가 비과세되지 않으나 입주권이 주택으로 완성된 후 주택으로 양도하는 경우에는 양도일 현재 당해 주택의 1세대 1주택 비과세여부를 판정하는 것임.

○ 서면5팀-758, 2006.11.09

【질의】

(내용)

- 1988년 : 경기도 ○○시 소재 아파트 취득

- 2005.5.16. 사업시행인가됨.

- 관리처분인가 예정(2006.9.18.경 관리처분신청)이고, 현재 공실상태 및 거주 불가능한 상태임.

- 사업시행인가일 현재 위 재건축주택 이외에 다른 주택을 보유하고 있었고 현재는 다른 주택을 양도하여 위 재건축 주택만 남아있는 상태임.

(질의)

① A주택은 현재 관리처분이 나지 않았으나 사업승인이 되었기 때문에 입주권이라고 하는데 A주택을 현시점에서 양도할려고 하는데 이 경우 장기보유 특별공제에 45％ 적용이 가능한지.

② 입주권 양도시 양도세 신고는 실거래가 신고가 아닌 관리처분시 토지감정평가액으로 신고하면 된다는 기사내용도 있던데, 그 말이 맞는지.

【회신】

1. 2005.5.30. 이전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 조합원입주권을 양도할 경우 당해 조합원의 양도차익은 「구 소득세법 시행령」 제166조(2005.5.31. 개정되기 전)의 규정을 적용하여 산정하는 것이며, 이 경우 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간(취득일부터 사업시행인가일까지)에 따라 기존 부동산의 양도차익에서 공제할 수 있는 것임.

2. 「소득세법」 제95조 제2항 제3호 단서 규정에서 양도차익의 100분의 45가 적용되는 1세대 1주택이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말하는 것임.

3. 조합원입주권의 양도가액은 「소득세법」 제96조 제2항 제2호 규정에 의하여 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액이며, 실제로 거래한 가액이 불분명한 경우에는 「소득세법」 제100조 규정의 매매사례가액 또는 감정가액으로 하는 것임.

○ 서면4팀-3758, 2006.11.13

【질의】

(사실관계)

- 서울 ○○동 소재 A주택을 1989년 취득하여 현재까지 소유하고 있음.

- 경기도 ○○시 소재 B주택을 1989년 취득함. : 2006년 11월 재건축 관리처분 인가되어 입주권으로 전환됨.

(질의내용)

- 입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 여부 및 적용되는 세율

【회신】

1. 1주택과 소득세법 제89조 제2항의 조합원입주권을 소유한 1세대가 조합원입주권을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목에 해당하는 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 보는 것이므로, 소득세법 제104조 제1항 제2의 6 규정에 의한 중과세율(50％)이 적용되지 않는 것임.

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.