1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 농업법인에 8년이상 계속하여 경작하던 농지를 현물출자하는 경우임
○ 질의내용
- 농업법인 설립시에 농민이 농지원부에 등록된 8년이상 계속하여 경작하던 농지를 현물로 출자하거나, 양도하는 경우
- 농업법인을 설립하여 1년이상 경영하던 법인에 농민이 8년이상 경작하던 농지를 출자하는 경우 양도소득세가 감면되는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)
○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】
① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)
② 「도시개발법」 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006. 12. 30. 개정)
○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】
① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (2005. 12. 31. 개정)
② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 “농지감면한도액”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.
○조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】
① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙)
1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31 신설)
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31 신설)
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙)
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)
가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998. 12. 31 개정)
나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31 개정)
2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31 개정)
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정)
(중간생략)
⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 신설)
○ 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
① 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 「지방세법」 제197조의 규정에 따른 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (2006. 12. 30. 개정)
② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2009년 12월 31일까지 지급받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조의 규정에 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대하여는 주민세를 부과하지 아니하며, 당해 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조 제2항의 규정에 따른 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
④ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 “초지”라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29. 개정)
⑥ 제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 제46조 제4항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. (2001. 12. 29. 개정)
⑦ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 영농조합법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)
⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2004. 12. 31. 신설)
○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】
④ 법 제66조 제4항ㆍ제7항 및 법 제68조 제2항 전단ㆍ제3항에서 “대통령령이 정하는 농업인”이라 함은 「농어촌발전 특별조치법」에 의한 농업인으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구안에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. (2005. 2. 19. 개정)
○ 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】
① 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. (2006. 12. 30. 개정)
② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항 내지 제8항을 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업, 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)
나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면4팀-153, 2007.01.11
【질의】
(사실관계)
- 1996.12.20. 고양시 일산구 □□동 소재 농지 구입(3,303㎡)
- 취득당시 서울시 양천구 ○동에 주소를 두고도 농지를 통작할 수 있는 요건이 되어 농지 계약후 1997.1.14. 농지취득자격증을 발급받았으며, 그 이후 계속하여 9년간 자경을 하였음.
- 2000.11.8. 최초로 서울시 양천구 ○1동 동장으로부터 농지원부를 발급받음.
- 2001.11.30. 주소를 고양시 일산구 ◇◇동으로 옮겨 2003.6.7.까지 농지옆에서 1년 6개월동안 자경을 하였으며, 2001.12.18. 2번째로 고양시 일산구청장으로부터 농지원부를 발급받았음.
- 2003.6.7. 부득이 주소를 경기도 성남시 ○○구로 옮겼지만 농사는 계속자경을 하였으며, 2004.6.22. 성남시 ○○구청장으로부터 농지원부를 발급받았음.
- 2005.4.26.에도 성남시 ○○구청장으로부터 농지원부를 발급받았으며, 그 이후에도 계속농사를 지었음.
- 상기와 같이 본인은 1996.12.21.부터 2006.12.20.까지 농지소유자로써 농지원부를 가지고 자경을 하였음.
(질의내용)
개정전의 법규에 의거 8년 이상 소유와 자경을 하였는 바 조세특례제한법 제69조 제1항 본문 “거주자가 직접 8년간 경작한 경우”에 해당하여 양도소득세감면에 해당하는지 여부
【회신】
조세특례제한법 제69조의 “자경농지에 대한 양도소득세의 감면”규정은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함. 이하 같음)안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구에 거주하면서 자기가 직접 8년 이상 경작한 사실이 있는 경우로서 양도일 현재 지방세법상 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수대상을 포함함)이 되는 토지(농지)에 대하여 적용하는 것임.
○ 서면4팀-916, 2006.04.12
【질의】
8년이상 자경하던 농지를 2005.12.28. 일부 양도하고 1억원의 세액감면을 받고 2006년 1월에 일부를 양도하는 경우 1억원의 양도소득세 감면 종합한도가 가능한 것인지.
【회신】
「조세특례제한법」 제133조 제2항(2005.12.31. 신설)에 의거 같은법 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서“농지감면한도액”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하며, 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산하는 것임. 다만, 이를 적용함에 있어서 2005.12.31. 이전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 같은법 부칙(법률 제7839호 2005.12.31.) 제36조에 의거 이를 합산하지 아니하는 것임.
○ 서면4팀-794, 2005.05.21
(질의)
상기와 같이 영농조합법인의 조합원이 보유하고 있는 농지를 영농조합법인에게 현물출자하는 경우 양도소득세가 감면 또는 이월과세받을 수 있는지.
【회신】
1. 현행의 소득세법상, 영농조합법인의 조합원이 농지를 영농조합법인에게 현물출자하는 경우에도 사실상 유상으로 소유권이 이전되는 것이므로, 같은법 제88조 제1항 및 제94조 제1호의 규정에 따라서 양도소득세 과세대상이 되는 것이며,
2. 영농조합법인에 농지를 현물출자함으로써 적용되는 조세특례제한법 제66조의 양도소득세 면제규정은 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말함. 이하 같음) 또는 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구안에 거주하면서 직접 농지를 경작한 자가 그 경작에 사용되던 전ㆍ답(지목에 관계없이 실제로 경작에 사용)인 농지를 농어촌발전특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인에게 현물출자하는 경우에 한하여 적용되는 것임.
3. 귀 질의의 경우 유사한 기 질의회신문(재일46014-12, 1996.1.5.)을 참고바람.
【질의】
당사는 달걀 판매업과 달걀 가공 및 기타 식료품의 제조, 판매를 주사업목적으로 하는 농어촌발전특별조치법 제7조의 규정에 의하여 설립된 농업회사 법인으로써, 당사의 과점주주로 되어 있는 출자자가 개별적으로 운영하고 있는 축산, 양계사업체를 사업의 연관성과 기업통합에 따른 재무구조의 개선을 도모하고 또한 경비절감을 통한 대외 경쟁력을 갖추기 위한 목적으로 당사에 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하되 사업용 건물과 그 부속토지를 당사에 현물출자를 하였을 경우에 조세감면규제법 제53조 제2항에 의하여 현물출자를 한 농업인(출자자)에 대하여 양도소득세가 면제되는지에 대하여 질의함.
【회신】
1. 농어촌발전특별조치법에 의한 농업인으로서 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말함. 이하 같음) 또는 그와 연접한 시·군·구 안에 거주하면서 직접 경작하던 자가 농어촌발전특별조치법에 의한 농업회사법인에 그 농지를 현물출자하는 경우에는 조세감면규제법 제53조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세가 면제되는 것임.
2. 위 1의 경우에서 말하는 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농로·수로 등에 사용되는 토지를 말하는 것이며, 조세감면규제법시행령 제54조 제1항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외하는 것임.