1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 서울시 노원구 소재 A아파트(25평형)는 IMF 미분양 아파트로 분양받아 취득함.(1998.10.1 최초 계약일)
- 상기 주택외 다른 1주택(B주택)을 취득하여 중복보유기간 1년을 초과하였을 경우 양도소득세에 대해 질의함
○ 질의내용
- 2주택 중복보유기간 1년을 초과하여 A아파트를 양도하는 경우 양도소득세 계산은?
- B주택을 먼저 양도하는 경우와 A아파트 양도 이후에 B주택양도시 과세여부?
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)
1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)
2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)
② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】
① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
② 법 제99조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 1998년 5월 21일 이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. (1998. 12. 31. 개정)
③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (1999. 10. 30. 신설)
1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)
2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (1999. 10. 30. 신설)
④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1999. 10. 30. 개정)
1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택 (1999. 10. 30. 개정)
가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 개정)
나. 건축물관리대장 (1999. 10. 30. 개정)
2. 제3항 제2호의 주택 (1999. 10. 30. 개정)
가. 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 개정)
나. 제1호의 서류 (1999. 10. 30. 개정)
3. 기타의 주택 (1999. 10. 30. 신설)
가. 취득시의 주택매매계약서 (1999. 10. 30. 신설)
나. 계약금을 납부한 사실을 입증할 수 있는 증빙서류 (1999. 10. 30. 신설)
나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 서면5팀-249, 2007.01.22
【질의】
조세특례제한법 제99조에 해당하는 주택이 5년이 경과한 후에 양도된 때에 양도소득세액을 계산함에 있어 「5년간 발생한 감면소득금액」을 계산하여 양도소득금액에서 차감하여 계산하는지 아니면 산출세액 중 감면소득금액에 상당하는 세액을 산출하여 차감하는 것인지에 대한 질의
【회신】
조세특례제한법 제99조 규정에 해당하는 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에는 양도소득금액은 과세대상소득금액에서 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하여 계산하는 것임.
○ 서면4팀-150, 2007.01.11
【회신】
1. 거주자(주택건설사업자를 제외함)가 주택건설사업자와 1998.5.22.부터 1999.6.30.까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998.5.22.부터 1999.12.31.까지)내에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득하는 신축주택(「소득세법 시행령」 제156조의 규정에 해당하는 고가주택을 제외함)을 그 취득한 날로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 그 감면받은 세액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것이며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 것임.
2. 분양아파트의 취득시기는 대금을 청산한 날 또는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일이 되는 것이나, 잔금청산일까지 완성되지 아니한 경우 당해 아파트의 완성일(사용승인일, 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날)이 취득시기가 되는 것임.
○ 서면4팀-269, 2007.01.19
【회신】
1. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지)내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택(소득세법 시행령 제156조에 해당하는 고가주택은 제외함)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 감면하는 세액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임.
2. 위1.의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축 주택외의 주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우에는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 양도소득세 비과세 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택은 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임.