1. 질의내용 요약
○ 사실관계
당사는 약품 제조업을 영위하는 법인으로「조세특례제한법」제63조의 2에 의한 감면세액 계산시 「법인세법」제113조의 규정에 의하여 구분경리를 하고 있으며, 당사의 구분경리 대상 비용 중 연구소에서 발생하는 생산활동과 관련된 경비는 제조원가로 처리하고, 생산활동과 관련없는 신약개발관련 지출액은 경상개발비(판매비와 관리비)로 회계처리하고 있음.
○ 질의내용
경상개발비를 감면사업과 기타사업 중 어떻게 구분하여 경리하여야 하는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제143조 【구분경리】
① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 제122조, 제122조의 2와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정)
○ 조세특례제한법 시행령 제136조 【구분경리】
① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조의 규정을 준용한다. (2005. 2. 19. 개정)
○ 법인세법 제113조 【구분경리】
① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
② 「신탁업법」 및 「간접투자자산운용업법」의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 신탁재산에 귀속되는 소득과 기타의 소득을 구분하여 경리하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제45조 제1항의 규정에 의하여 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 합병법인은 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정)
○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】
법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (1998.12.31. 개정)
○ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】
① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. (1999. 5. 24. 개정)
② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당 업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)
○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. (1999. 5. 24. 개정)
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. (1999. 5. 24. 개정)
○ 법인세법 기본통칙 113-156…6 【개별손익ㆍ공통손익 등의 계산】
규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다. (2001. 11. 1. 개정)
3. 개별손금
가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.
(1) 매출원가
(2) 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용
(3) 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금ㆍ충당금전입액
(4) 기타 귀속이 분명한 제비용
나. 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.
(1) 유가증권 처분손
(2) 고정자산 처분손
4. 공통손금
감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.
가. 사채발행비 상각
나. 사채할인발행차금 상각
다. 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용
○ 조세특례제한법 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】 (2002. 12. 11. 제목개정)
① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 단서개정)
1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 (2003. 12. 30. 개정)
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) (2005. 12. 31. 개정)
② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2003. 12. 30. 개정)
1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 (1999. 12. 28. 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
제조업을 영위하는 법인이 법인세법시행규칙 제76조 제6항의 규정에 의하여 감면사업과 기타사업에 공통되는 손익을 구분경리함에 있어, 당해 사업과는 별도로 수출을 목적으로 재화를 수입하여 제3국으로 수출하는 중계무역(도매업)에 의한 수입금액이 발생되는 경우, 공통익금은 수입금액(중계무역으로 발생된 것을 포함)에 비례하여, 공통손금은 감면사업과 기타사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산하는 것임.