※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 내 용

  - 2001년 6월 25일 2채의 주택을 임대사업자등록(등록번호 : 고양 제 2001-80)후 5년 이상(6년 10개월)임대해왔으며, 2003년 8월 13일 주택 2채를 추가등록 하였음

  - 상기 주택이 신축임대주택인지 매입임대주택인지 여부는 불분명함

  - 차후 2001년 6월 25일에 등록했던 아파트 중 한 채(경기 파주시 소재, 전용면적 66㎡, 건설회사로부터 미분양주택을 매입)에 본인이 거주후 양도할 예정임

 ○ 질 의

  - 상기와 같이 5년 이상 임대사업을 한 다음 이 중 한 채를 본인이 거주하다가 당해주택을 양도하는 경우 조세특례제한법상 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제97조의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】(2001. 12. 29. 제목개정)

   ① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 “신축임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다. (2001. 12. 29. 개정)

    1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택 (1999. 12. 28. 신설)

      가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택 (1999. 12. 28. 신설)

      나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1999. 12. 28. 신설)

    2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) (1999. 12. 28. 신설)

      가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택 (1999. 12. 28. 신설)

      나. 제1호 나목에 해당하는 주택 (1999. 12. 28. 신설)

   ② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다. (1999. 12. 28. 신설)

 ○ 조세특례제한법 시행령 제97조의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】 (2001. 12. 31. 제목개정)

   ① 법 제97조의 2 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)

   ② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산 등에 관하여는 제97조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조 제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조 제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2006. 6. 12. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령)

○ 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2001. 8. 14. 제목개정)

   ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

    1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

     2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

    2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

       신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

   ② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

   ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2000. 12. 29. 신설)

   ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000. 12. 29. 신설)

 ○ 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정)

   ① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

   ② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (2000. 12. 29. 신설)

   ③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (2000. 12. 29. 신설)

    1. 「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)

    2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (2005. 2. 19. 개정)

   ④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. (2001. 8. 14. 개정)

   ⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

   ⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. (2001. 12. 31. 항번개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

                     ┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐

                     └ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

     양도소득금액 × ─────────────────────

                      ┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐

                      └ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

 ② 이하 생략

○ 조세특례제한법 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 (2002. 12. 11 법률 제6762호)

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

 ② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. - 2. 생략

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

 4. 삭 제 (2005.12.31)

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. - 3. 생략

 ② - ④ 생략

 ⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (1995. 12. 30. 개정)

 ⑥ 제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다. (1998. 12. 31. 개정)

 ⑦ 이하 생략

○ 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. (2002. 12. 30. 개정)

 ③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (2002. 12. 30. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규, 해석사례)

 ○ 서면4팀-507 (2006.03.06)

  【회신】

  1. 조세특례제한법 제97조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 신축임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면 특례대상 주택에는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999.8.20. 이후 취득(1999.8.20.부터 2001.12.31.까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하는 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)을 포함하여 2호 이상을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하는 것임.

  2. 소득세법 제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 위의 1.에 해당하는 매입임대주택은 임대의무기간이 종료한 후에도 양도일까지는 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임.

 ○ 서면4팀-242(2006.02.10)

  【회신】

  1. 「조세특례제한법」 제97조의 2의 규정에 의한 신축임대주택에 대한 “양도소득세감면 특례 대상 주택” 이란 1999.8.20. 이후 신축된 국민주택으로서 취득당시 입주된 사실이 없는 주택 또는 1999.8.19. 이전에 신축된 공동주택으로서 1999.8.20. 현재 입주된 사실이 없는 주택으로 「임대주택법」에 의한 매입임대주택 중 1999.8.20. 이후 취득(1999.8.20.부터 2001.12.31.까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한함) 하여 임대를 개시한 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 당해 신축임대주택을 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 양도소득세가 100％ 감면되는 것이여, 감면세액의 20％는 농어촌특별세로 과세하는 것임.

  2. 위 1.에 해당하는 신축임대주택은 다른 거주하는 주택의 1세대 1주택 비과세규정을 적용함에 있어 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임.

○ 서면4팀-269 (2007.01.19)

 【회신】

 1. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지)내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택(소득세법 시행령 제156조에 해당하는 고가주택은 제외함)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 감면하는 세액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임.

2. 위1.의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축 주택외의 주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우에는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 양도소득세 비과세 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택은 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임.

( 이 하 여 백 )