※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 내 용

 - 토지구획정리사업 시행 중인 사업지구내의 토지를 보유하고 있으며, 당해 토지는 환지예정지가 지정된 상태임

 - 본인은 앞으로 환지확정된 토지 중 권리면적에 미달하게 환지됨으로써 보상(환지청산금)받을 부분만을 양도하려고 함

 - 환지청산금이 단시일내에 지급되지 않음으로 인해 자금사정이 여의치 않아, 앞으로 수령이 예상되는 환지청산금액 등을 감안하여 매매 당사자간에 적정 매매가격을 결정해서 양도할 예정임

○ 질 의

 - 위와 같이 매매하는 경우, 종전토지 등기부등본에는 일부 지분의 매매로만 기재될 수 밖에 없는 바, 이를 보완하기 위해서 매매계약서상에 환지청산금 부분만 매매한다는 내용을 별도로 부기하여 양도하고 당해 환지청산금 부분을 양도한 것으로 양도소득세를 신고ㆍ납부하여도 되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006. 12. 30. 후단개정)

 ② 생략

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29. 개정)

 1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006. 12. 30. 개정)

 2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정)

 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 12. 29. 개정)

 나. 지상권 (2000. 12. 29. 개정)

 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 (2000. 12. 29. 개정)

 3. 이하 생략

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

 ② 생략

 ③ 제1항 및 제2항 각 호의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 제94조 제1항 각호의 자산을 「법인세법」 제52조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

 ④ 이하 생략

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

 1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정)

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (2005. 12. 31. 개정)

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005. 12. 31. 개정)

 2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

 3. (삭제, 2000. 12. 29.)

 4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29. 개정)

② 생략

 ③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액 (2005. 12. 31. 개정)

 2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목, 제7항 또는 제114조 제7항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

 ④ 생략

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1996. 12. 30. 신설)

 ⑥ 이하 생략

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

 3. - 6. 생략

 ② 생략

 ③ 「도시개발법」 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다. (2005. 2. 19. 개정)

 ④ 이하 생략

○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준예정신고】

① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)

 2. 생략

 ② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다. (1999. 12. 28. 개정)

 ③ 생략

○ 소득세법 시행령 제169조 【양도소득과세표준 예정신고】

 ① 법 제105조 제1항의 규정에 의하여 예정신고를 하고자 하는 자는 재정경제부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고 및 자진납부계산서에 다음 각 호의 구분에 의한 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2007. 2. 28. 개정)

 1. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 양도하는 경우에는 다음 각 목의 서류 (2007. 2. 28. 개정)

 가. - 나. 생략

다. 환지예정지증명원ㆍ잠정등급확인원 및 관리처분내용을 확인할 수 있는 서류 등 (2001. 12. 31. 개정)

 라. 당해 자산의 매도 및 매입에 관한 계약서 사본. 이 경우 계약서 사본에는 양수자의 인감증명에 사용하는 인장을 날인하여야 한다. (2007. 2. 28. 후단개정)

 마. 양수자의 인감증명서 (2007. 2. 28. 개정)

 바. 자본적 지출액ㆍ양도비 등의 명세서 (2001. 12. 31. 개정)

 사. 생략

 2. 생략

 ② 제1항에 따라 예정신고를 받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산의 양도와 관련된 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다. 다만, 신고인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2006. 6. 12. 신설 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령)

 1. 토지대장 및 건축물대장 등본 (2006. 6. 12. 신설 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령)

2. 토지 및 건물 등기부 등본 (2006. 6. 12. 신설 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령)

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

 ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. (1999. 12. 28. 개정)

 ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (1999. 12. 28. 개정)

 ③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (1999. 12. 28. 개정)

 ④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정)

 ⑤ 제94조 제1항 제1호의 규정에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “확정신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득과세표준과 세액 또는 확정신고의무자의 실지거래가액 소명 여부 등을 고려하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 때에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제4항의 규정에 불구하고 「부동산등기법」 제57조 제4항의 규정에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 조에서 “등기부기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 등기부기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 신설)

 ⑥ 제4항의 규정을 적용하는 경우 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (2006. 12. 30. 신설)

⑦ 제4항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

 ⑧ 이하 생략

○ 소득세법 시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】

 ① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1999. 12. 31. 신설)

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 (1999. 12. 31. 신설)

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 (2005. 2. 19. 개정)

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다. (1999. 12. 31. 신설)

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (2003. 12. 30. 개정)

   양도당시의 실지거래가액, 제3항 취득당시의 기준시가

   제1호의 매매사례가액 또는 × ――――――――――――――

   동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가

 2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (2005. 12. 31. 개정)

   양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가

   제3항 제1호의 매매사례가액 × ────────────────────

   또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의

                                  규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에

                                  의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (1999. 12. 31. 신설)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액 (2005. 12. 31. 개정)

 2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액 (1999. 12. 31. 신설)

 3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액 (1999. 12. 31. 신설)

 4. 기준시가 (1999. 12. 31. 신설)

 ④ 이하 생략

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

 ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-2418, 2007.08.09.

 【회신】

1. 「소득세법」 제88조 규정에 의하여 양도소득세 과세대상인 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 양도소득세 과세대상 자산이 매도, 교환, 현물출자, 물납, 대물변제 등으로 인하여 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것이며, 거주자가 양도한 자산이 양도소득세 과세대상에 해당하는 경우 양도소득세의 세율은 「소득세법」 제104조 제1항 각 호에 의한 세율이 적용되는 것임.

 2. 생략

○ 서면4팀-121, 2007.01.10.

 【회신】

 1. 생략

2. 양도소득세의 과세표준이나 자산의 양도차익등을 계산함에 있어서 구체적인 세법 적용의 기준이 되는 과세요건의 판단은 「국세기본법」 제14조 제2항에 의하여 실질내용에 따라 적용하는 것이며, 주민등록등본 등 공부상의 등재내용과 실질내용이 상이한 경우에는 실질내용에 의하는 것이나 실질내용이 불분명한 경우에는 공부상의 내용에 의하는 것임. 이 경우 실질내용의 진위여부는 사실판단할 사항임.

○ 재일01254-1964 (1992.07.29)

 【회신】

1. 소득세법 중 소득에 관한 규정은 그 명칭 여하에 불구하고 국세기본법 제14조 제2항에 의하여 실질내용에 따라 적용하는 것이며

2. 등기부 등 공부상의 등재 내용과 실질 내용이 상이한 경우에는 실질 내용에 의하는 것이나, 실질 내용이 불분명한 경우에는 공부상의 내용에 의하는 것임.

 3. 귀문의 경우에는 전매 금지된 조합주택을 양도한 것인지 여부를 사실 조사하여 과세 여부를 판단하는 것임.

○ 서면4팀-1702 (2006.06.13)

 【회신】

부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일이 되는 것임.

○ 서면4팀-384, 2006.02.23.

 【회신】

「도시개발법」 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적 보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 하는 것이며 이는 2001.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것임.

○ 서면4팀-2415, 2007.08.09.

 【회신】

 1. 양도소득세 과세대상인 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 양도소득세 과세대상 자산이 매도, 교환, 현물출자, 물납, 대물변제 등으로 인하여 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것임.

2. 「소득세법」 제96조 제1항의 규정에 의한 양도자산이 실지거래가액 과세대상인 경우 양도가액은 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 ‘실지거래가액’이라 한다)에 의하도록 규정하고 있으며 여기서 ‘실지거래가액’이라 함은 거래당시 양도자가 당해 자산을 양도함에 있어서 그 대가로 양수자로부터 지급받은 가액으로서 매매계약서, 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 확인되는 가액을 말하는 것이며, 매매계약서에 표시된 실지거래가액이 동법 시행령 제176조의 2의 규정에 해당하여 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 동법 제114조 제7항의 규정에 의하여 산출한 가액으로 결정하는 것임.

( 이 하 여 백 )