※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 내 용

 - 2006년 4월에 충남 ○○군 지역에 소재하는 A주택과 부수토지를 ○○○○도시 시공사인 ○○공사와 협의매매 계약을 하였음

 - 위 협의매매에 따라 A주택의 부수토지와 지장물(건물)의 보상을 받으면서 지장물(건물 약 18평)의 보상액 10%를 유보금이란 명목으로 미수령 하였음

 - 위 수용되는 A주택의 부수토지는 토지공사로 소유권이전등기 되었으나, A주택의 건물은 토지공사로 이전되지 아니하였음

 - 수용지역 주민의 이주대책도 세워주지 않고 2007년 6월경에 현재 거주하고 있는 A주택에서 계속 거주하려면 년 공시지가의 2%에 해당하는 임대료를 지불하라는 통지를 받았음

 - 경기도 ○○시 지역에 소재하는 다른 B주택(5년 이상 보유 및 2년 이상 거주)을 소유하고 있어 당해 수용 보상에 따른 양도소득세를 2006.07.31. 자진신고 납부하였음

 - 경기도 ○○시 지역에 소재하는 B주택(5년 이상 보유 및 2년 이상 거주)을 양도할 예정임

○ 질 의

 - 위와 같이 A주택과 부수토지를 ○○공사와 협의매매 계약하고 A주택의 건물에 대한 보상금 중 10%를 유보금이란 명목으로 미수령하고 A주택의 건물에 대한 등기도 이전되지 아니한 상태에서 다른 B주택(5년 이상 보유 및 2년 이상 거주)을 양도하는 경우 당해 B주택은 1세대 1주택 비과세가 적용되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. - 2. 생략

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

 4. 삭 제 (2005.12.31)

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 부칙 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】(2005.12.31. 법률 제7837호)

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 「주택건설촉진법」(법률 제6852호 「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다)제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매ㆍ상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. - 3. 생략

② - ④ 생략

 ⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (1995. 12. 30. 개정)

 ⑥ 제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다. (1998. 12. 31. 개정)

⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음의 배율을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

 1. 도시지역안의 토지 5배 (2003. 12. 30. 개정)

 2. 도시지역밖의 토지 10배 (2003. 12. 30. 개정)

 ⑧ 이하 생략

○ 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】

 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

 ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다. (2002. 12. 30. 개정)

 ③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (2002. 12. 30. 개정)

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정)

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

 3. 이하 생략

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면4팀-842, 2006.04.06.

 【회신】

부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일이 되는 것임.

○ 서면4팀-483, 2007.02.05.

 【회신】

1세대 2주택을 소유하는 자의 1주택 및 그 부수토지가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 수용되면서 2006년 12월에 그 부수토지에 대한 보상금을 수령한 때에는「소득세법 시행령」제162조 제1항 규정에 의하여 대금을 청산한 날, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것임.

○ 서면4팀-3083, 2006.09.07.

 【회신】

「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족(직계존비속 및 형제자매)과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말하는 것이며, 이 경우 양도하는 주택이 「소득세법 시행령」 제156조 규정의 고가주택에 해당하는 경우에는 같은법 시행령 제160조 제1항 규정에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세가 과세되는 것임.

( 이 하 여 백 )