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1. 질의내용 요약
○ 사실관계
비영리 학교법인으로서 수익사업용(임대)자산을 2005년 매각하고 동 매각대금으로 2006년에 일부(40%)다른 수익사업용 자산을 취득하는데 사용하고 나머지 자산을 수익사업용 자산으로 분류하여 1년 만기 정기예금에 가입
○ 질의요지
질의1) 비영리법인이 수익용 자산의 매각으로 인한 소득금액을 고유목적사업준비금에 계상한 후 동 매각재산을 1년 만기 정기예금에 가입하여 그 운용소득을 고유목적사업회계로 전출하여 사용하는 경우 법인세법 제29에 규정하는 고유목적사업 준비금의 사용으로 볼 수 있는 지 여부
질의2) 세무조사로 인하여 당해 비영리법인에 법인세가 과세된 경우, 동 매각대금에서 법인세를 납부하면 이를 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 있는지 여부
질의3) 법인세 납부액이 고유목적사업 준비금이 사용으로 볼 수 없다면 법인세법 제29조 제4항의 규정에 의한 이자상당액 계산의 기산점은 법인세 추징시점인지 또는 해당과세기간에 대한 법인세 신고기한 종료시점인지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)
1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)
2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)
3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)
② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 해산한 때 (1998. 12. 28. 개정)
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 (1998. 12. 28. 개정)
3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 (2006. 12. 30. 개정)
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (1998. 12. 28. 개정)
④ 제3항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
⑤ 제1항의 규정은 이 법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (2005. 12. 31. 신설)
⑥ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2005. 12. 31. 항번개정)
⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 항번개정)
○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)
1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31. 개정)
2. (삭제, 2001. 12. 31.)
3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998. 12. 31. 개정)
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조 제1항 제1호의 금액으로 본다. (2007. 2. 28. 개정)
1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액 (2007. 2. 28. 개정)
2. 제2조 제1항 제5호 나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액 (2007. 2. 28. 개정)
3. 「한국주택금융공사법」에 따른 한국주택금융공사가 동법 제43조의 8 제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액 (2007. 2. 28. 개정)
③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. (2006. 2. 9. 개정)
④ (삭제, 2004. 3. 22.)
⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정)
1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 (2006. 2. 9. 개정)
2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 「국세기본법」 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 (2005. 2. 19. 개정)
3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 (2000. 12. 29. 개정)
4. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제61조 제1항의 규정에 의하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액 (2005. 2. 19. 개정)
5. 「농업협동조합법」에 의한 농업협동조합중앙회가 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액 (2005. 2. 19. 개정)
6. 「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합중앙회가 「수산업협동조합의 구조개선에 관한 법률」에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액 (2005. 2. 19. 개정)
7. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합중앙회가 동법에 의한 신용협동조합예금자보호기금에 출연하는 금액 (2005. 2. 19. 개정)
8. 「새마을금고법」에 의한 새마을금고연합회가 동법에 의한 예금자보호준비금에 출연하는 금액 (2005. 2. 19. 개정)
9. 「산림조합법」에 의한 산림조합중앙회가 동법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액 (2005. 2. 19. 개정)
⑦ 법 제29조 제4항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액”이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액 (1998. 12. 31. 개정)
2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 (2002. 12. 30. 개정)
⑧ 법 제29조 제5항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 당해 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우를 제외한다. (2006. 2. 9. 신설)
⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2006. 2. 9. 항번개정)
⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2006. 2. 9. 항번개정)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀- 1412, 2005.09.05.
비영리 내국법인이 수행하는 사업이 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적 사업이라 하더라도 「법인세법 시행령」 제2조 제1항에 규정한 수익사업에 해당하는 경우에는 고정자산의 취득 등 동 수익 사업을 위하여 지출하는 금액(의료법인의 의료기기 취득은 제외)은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 아니하는 것임.
【제목】
법령ㆍ정관에 규정된 비영리내국법인의 고유목적사업이라도 ‘수익사업’에 해당시는 고정자산의 취득등 동 수익사업위해 지출하는 금액(의료법인의 의료기기 등은 제외)은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 않음
【질의】
법인세법 제29조의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 같은법시행령 제56조 제5항에 규정된 당해 법인의 고유목적사업에 직접사용하기 위하여 취득한 고정자산의 취득비용으로서
투자유가증권, 콘도회원권, 장비·비품, 건물 및 토지(임대면적 포함)를 취득하기 위하여 지출한 비용이 동 목적에 사용한 것으로 볼 수 있는지.
【회신】
귀 질의의 경우 비영리내국법인이 수행하는 사업이 당해 비영리법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이라 하더라도 법인세법시행령 제2조 제1항에 규정한 수익사업에 해당하는 경우에는 고정자산의 취득 등 동 수익사업을 위하여 지출하는 금액(의료법인의 의료기기 취득은 제외)은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 아니하는 것임.
○ 법인46012-4050, 1999.11.22.
귀 질의의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항의 규정을 적용하는 것임.
다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 보는 것임.
「법인세법」 제29조 제1항 규정에 의한 비영리내국법인의 고유목적 사업준비금은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 사용하는 것이며, 고유목적사업이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 같은법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말하는 것임.
○ 서면2팀-122, 2007.01.06.
비영리내국법인이 「법인세법」 제29조 및 「법인세법 시행령」 제56조의 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용하는 경우에 당해 법인의 수익사업의 회계에 속하는 차입금을 상환하는 금액은 이를 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보지 아니하는 것임.