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질의회신
공익법인이 출연받은 재산의 매각대금 사후관리
서면인터넷방문상담4팀-581생산일자 2008.03.07.
AI 요약
요지
종교단체가 공익목적사업에 사용하던 부동산의 매각대금을 공익목적사업에 사용된 차입금의 상환에 사용하였다면 허가와 관계없이 매각대금을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임
회신
1.공익법인에 해당하는 종교단체가 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용하는 경우 「상속세 및 증여세법」제48조의 규정에 의하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 귀 질의와 같이 재산을 출연받은 즉시 매각하는 경우는 같은법 제48조 제2항 제4호ㆍ제4호의 2 및 같은법 시행령 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 30%, 2년 이내에 60%에 미달하는 경우는 같은법 제78조 제9항의 규정에 의하여 그 미달사용한 금액의 10%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 3년 이내에 90%에 미달하게 사용한 경우 그 미달사용한 금액에 대하여는 3년이 경과하는 날을 증여시기로 하여 증여세가 부과되는 것입니다. 이 경우 공익법인이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 재산을 취득하거나 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우에는 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다.2.「상속세 및 증여세법」제48조 제2항의 규정을 적용함에 있어 종교단체가 공익목적사업에 사용하던 부동산의 매각대금을 공익목적사업에 사용된 차입금의 상환에 사용하였다면 동 부동산의 매각대금을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다.
질의내용

※ 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

O 사실관계

- 공익법인에 해당하는 교회로서 출연받은 재산과 관련된 사항을 질의함

O 질문내용

1. 상속세 및 증여세법 제48조 규정에는 증여받은 재산을 3년이내에 사용하도록 하는 규정만 있고, 증여받은 재산을 매각하여 그 대금을 사용하는 경우 언제부터 매각할 수 있는지에 대한 규정은 없음. 따라서 부동산을 증여받은 즉시 매각하여 그 대금을 공익목적사업에 사용하는 경우도 과세가액불산입 되는지

2. 증여받은 재산을 매각하여 3년이내 90%이상을 고유목적사업에 사용하지 못하는 경우 증여세를 추징할 때 사용하지 못한 잔여금액을 과세표준으로 하여 추징하는지, 아니면 잔여 10%를 공제한 나머지 미사용액을 과세표준으로 하는지 여부

3. 2개의 서로다른 부동산을 비슷한 시기에 증여받은 경우(제1부동산은 당 교회와 멀리 떨어져있고, 제2부동산은 현 교회당 부속토지에 붙어있는 부동산으로 현재는 제3자에게 임대하였으며, 임대기간 종료후 동 상가를 멸실하고 교회주차장으로 사용할 계획임) 이때 멀리 떨어져 있는 제1부동산을 매각하여 증여받은 제2부동산의 임대보증금 상환에 사용하는 경우(임대계약기간 종료시점-3년이내임)에 고유목적사업에 사용한 것으로 인정되는지 여부

4. 증여받은 재산을 매각하여 최근에 신축한 교회본당 건축비 미지급분에 대하여 지급하는 경우 공익목적사업에 사용으로 인정되는지 여부(신축교회 본당은 2006년 9월 준공하였으며 건물 신축비를 3년 균등상환 하기로 약정함)

5. 증여받은 재산을 매각하여 교회신축부지를 매입하기 위하여 은행에서 차입한 부채를 상환하는 경우 사후에 주무관청의 허가를 얻는 경우에도 고유목적사업에 사용한 것으로 인정받을 수 있는지 여부

2. 질의 내용에 대한 자료

 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

  (중간생략)

  ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000. 12. 29. 개정)

  1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

  2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식 등을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2007. 12. 31. 개정)

  가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28. 개정)

  나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28. 개정)

  3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우 (2000. 12. 29. 개정)

  4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2007. 12. 31. 개정)

  4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2000. 12. 29. 신설)

  5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우

  (이하여백)

O 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】

  ① 법 제48조 제2항 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 재산”이라 함은 제12조 제1호에 규정된 종교사업에 출연하는 헌금(부동산ㆍ주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다.

  ② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(재정경제부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. (2000. 12. 29. 개정)

  ③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다.

  ④ 법 제48조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우”라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000. 12. 29. 신설)

  (중간생략)

  ⑦ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 “매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우”라 함은 매각대금중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000. 12. 29. 개정)

  (이하생략)

 나. 관련 예규(판례, 심판례, 심사례, 예규)

O 재재산-322. 2008.02.25

  【회신】

 상속세 및 증여세법 제48조 제2항의 규정을 적용함에 있어 종교단체가 공익목적사업에 사용하던 부동산의 매각대금 또는 헌금을 공익목적사업에 사용된 차입금의 상환에 사용하였다면 동 부동산의 매각대금 또는 헌금을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다.

O 서면4팀-2457, 2006.07.25

  【질의】

  o 개인소유 부동산인 나대지를 교회에 출연하는 경우 증여세 과세여부

  o 교회에서 증여받아 소유하고 있는 나대지를 양도하는 경우 양도소득세 과세여부

  【회신】

  1. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 제1호의 규정에 의하여 공익법인에 해당하는 종교단체가 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접공익 목적사업에 사용하는 경우 같은법 제48조의 규정에 의하여 증여세가 과세되지 아니하는 것임. 이 경우 직접 공익목적사업에 사용하는 것이라 함은 당해 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하는 것임.

  2. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제38조 제4항의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)을 직접공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함함)이 매각대금의 90%에 미달하는 경우 증여세가 부과되는 것임.

  3. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임.

O 서면4팀-1973, 2007.06.25

  【질의】

  (사실관계)

  - 본 환경운동연합이 임야를 기증받아 주무부서인 환경부로부터 기증지를 매각하고 그 매각대금으로 “환경교육장 설치 운영 및 환경관련자료 구입 등의 공익목적사업”에 사용토록 하는 “기증지 목적사업 기간연장” 승인을 받아 2007년 5월 매각하고 계약금 5천만원을 수령함.

  (질문내용)

  1. 공익법인이 출연받은 재산을 매각하는 경우에는 매각한 날이 속하는 사업연도의 종료일로부터 3년내에 90%에 상당하는 금액 이상을 직접공익목적사업에 사용하도록 규정된 것으로 알고 있으며, 다음의 경우도 직접공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부를 질의함.

  1) 수익사업용 또는 수익용재산 취득을 위한 지출과 회원(기부자) 확대를 위한 비용지출

  2) 공익법인에 종사하는 인건비로 지출하는 금액

  3) 계약금으로 수령한 5천만원을 타기관에 대여하여 이후 이자와 함께 상환받는 경우

  4) 환경연합 부설기관인 시민환경연구소 소유의 건물을 사용하면서 임차료를 지불하는 경우

  2. 위와같은 기증지 매각에 따른 세무신고와 절차 및 제출서류는 무엇인지.

  【회신】

  1. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제4호ㆍ제4호의 2 및 「같은법 시행령」 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 30%, 2년 이내에 60%에 미달하는 경우 「같은법」 제78조 제9항의 규정에 의하여 그 미달사용한 금액의 10%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 3년 이내에 90%에 미달하게 사용한 경우 그 미달사용한 금액에 대하여는 증여세가 부과되는 것임. 이 경우 공익법인이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 운용기간 6월 이상인 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우와 정관상 고유목적사업의 수행과 직접관련된 비용은 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임.

  2. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제5항 및 「같은법 시행령」 제41조 제1항의 규정에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등은 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 「같은법 시행규칙」 제25조 제1항에서 정하는 서식에 의하여 「공익법인 출연재산 등에 대한 보고서」를 제출하여야 하는 것임.

  3. 귀 질의와 관련된 유사사례(서면4팀-2342, 2006.7.19. ; 서면4팀-2016, 2004.12.10. ; 서면4팀-174, 2006.2.1.)를 참고하기 바람.

O 서면4팀-2755, 2006.08.10

  【질의】

  o 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호를 해석ㆍ적용함에 있어서 다음과 같이 의문이 있음.

  (질의1) 사용의무가 부여된 “매각대금”의 범위는

  ① 최초 출연받은 재산을 매각한 대금

  ② 출연받은 재산의 매각대금으로 취득한 재산의 매각대금

  ③ 수익사업 운용소득을 자금출처로 하여 취득한 재산의 매각대금

  ④ 취득자금의 출처를 특정할 수 없는 재산의 매각대금

  (질의2) 학교법인이 출연재산의 매각대금을 수익용 기본재산으로 분류하여 만기 6월 이상의 정기예금에 예입한 경우 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지.

  (질의3) 질의2에서 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다면 정기예금을 중도해약하거나 만기인출시 출연재산의 매각대금으로 보아 3년이내 공익목적사업에 사용하여야 하는지 여부

  【회신】

  1. 출연받은 재산을 매각한 경우에는「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 매각대금의 사후관리규정이 적용되는 것이며, 이 경우 출연받은 재산에는 수익용 또는 수익사업용 재산, 운용소득으로 취득한 재산 및 매각대금으로 취득한 다른 재산을 포함하는 것임.

  2. 공익법인이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우에는 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임. 다만, 그 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산인 경우에는 그러하지 아니함.

O 서면4팀-184, 2005.01.25

  【질의】

  (사실관계)

  o 당해 법인은 당초 사회복지법인으로서 정신질환자요양원 및 유치원을 영위해 오다가 1997년 관련법에 따라 사회복지법인의 정신질환자요양원이 의료법인 정신병원으로 전환되면서 정신병원설립 허가조건으로 사회복지법인의 기본재산에 포함되어 있던 유치원의 토지와 건물을 의료법인의 목적사업에 적합하도록 조치하라는 당국의 지시에 따라 1999.10.7.매각하고, 동 매각대금 전액으로 정신병원의 분원을 건립할 계획으로 토지를 1999년 11월 매입하였으나 여건변화로 유치원 토지ㆍ건물 매각후 3년이 경과된 현재 병원건물을 착공치 못하고 있는 실정임.

  (질의내용)

  (질의 1) 현행 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제4호에 의하면 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 증여세를 부과하도록 되어 있는 바, 위 사례의 경우 증여세가 과세 되는지 여부

  (질의 2) 증여세가 과세된다면 증여세 부과기준일은 최초 출연받은 시점, 출연받은 재산의 매각시점, 매각일로부터 3년이 경과한 시점중 어느 것인지.

  (질의 3) 이 경우 증여세과세가액은 최초에 출연받은 재산의 가액과 출연받은 재산의 매각대금중 어느것인지

  (질의 4) 증여세를 부과하는 경우 가산세가 부과되는지 여부

  【회신】

  1. 상속세 및 증여세법(1999.12.28. 법률 제6048호로 개정되기 전) 제48조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제38조 제6항의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 3년 이내에 80%에 미달하는 경우 그 미달사용한 금액에 대하여 3년이 경과하는 날을 증여시기로 하여 증여세가 부과되는 것임. 귀 질의의 경우 출연받은 재산의 매각대금으로 병원부지를 취득한 사실만으로 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보지 아니함.

2. 귀 질의와 관련된 질의회신문(재삼46014-815, 1999.4.29.)을 참고하기 바람.

O 서면4팀-1901, 2004.11.24

  【질의】

  1. 사회복직법인이 출연받은 토지의 매각대금을 타 지역의 장애인센터 건설자금으로 사용하는 경우 직접공익목적사업에 사용한 것으로 인정되어 증여세를 면제받을 수 있는지 여부

  2. 출연재산의 매각이 지연되는 경우 보유기간에 따른 규제사항이 있는지 여부

  【회신】

  1. 상속세및증여세법 제48조 제1항ㆍ제2항에 의하여 사회복지법인 등 같은법시행령 제12조 각호에 규정된 공익법인 등이 출연받은 재산을 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용하는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 건물의 신축비용은 직접공익목적사업 사용금액에 포함되는 것임.

  2. 같은법 제48조 제2항 제4호ㆍ제4호의 2 및 같은법시행령 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연재산을 매각하고 그 매각대금의 90% 이상을 매각일이 속하는 사업연도 종료일부터 3년 이내에 매년 30% 이상 직접공익목적사업에 사용하는 경우에는 증여세 또는 가산세가 과세되지 아니하는 것임.

  3. 귀 질의와 관련된 기 질의회신문(재산상속 46014-767, 2000.6.27. ; 서면4팀-541, 2004.4.23.)을 참고바람.

  (참고 : 재산상속 46014-767, 2000.6.27.)

 상속세및증여세법 제48조 제1항ㆍ제2항의 규정에 의하여 공익법인 등이 현금을 출연받아 그 출연받은 날로부터 3년 이내에 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 신축하는 경우 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 신축하는 경우 고유목적사업에 사용한 시기는 공사비를 지급한 때를 말하는 것임.