1. 질의내용 요약
□ 질의내용
질의1. 당사는 지방이전사업인 ◇◇복권 시스템 운영사업을 중단해야 할 상황인 바, 만약 당사가 ◇◇복권 시스템 운영사업을 중단하고, 그 이후에 진행 중인 소송에서 승소하여 수수료를 지급받게 되는 경우에 동 수수료가 임시특별세액감면 대상 소득에 해당하는지 ?
질의2. 당사가 승소로 지급받게 되는 동 수수료에 대해 임시특별세액감면세액을 계산함에 있어 적용할 감면율은 용역을 제공한 사업연도인지와 수정신고시 가산세 적용 여부
□ 사실관계
(1) 회사개요
- 1988.7월 설립, 1990년 즉석식 주택복권을 시작으로 각 종 즉석식 복권· 판촉경품권을 제작·납품하여 왔음.
- 당사는 2002.6월 온라인 복권운영기관인 △△은행과 온라인연합복권(◇◇복권이라 함) 시스템 구축 및 운영용역제공계약을 체결하고 온라인연합복권 시스템을 구축하고 이를 운영하고 있음,
- 2003.8월 본사를 서울에서 천안으로 이전, 2003사업연도부터 조특법 제63조의 2의 법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면을 적용받고 있음.
(2) 복권시스템 구축 및 운영용역 대가의 변경
- 당사와 온라인 복권운영기관(△△은행)간에 체결된 계약에 02.12.2~09.12.1(7년간)까지 복권 매출액의 9.523%를 용약대가로 지급받도록 되어 있고,
- 실제 계약체결일부터 2004.4.28까지 복권 매출액의 9.523%를 용역대가로 수취하였고 복권의 매출액이 당초 정부 추정액 수치를 상회함에 따라 당사에 귀속될 수수료 금액이 급증하자,
- 정부가 복권및복권기금법의 제정을 추진(2004.1.29 공포), 복권위원회가 수수료의 최고 한도를 매회 매출액의 4.9%(부가세 포함)로 고시(2004.4.29)한 바,
- 복권운영기관이 고시일 이후 복권 판매분에 대하여 3.144%의 수수료율을 적용하겠다고 의사표시하여 고시일 이후에는 3.144% 수수료를 지급하고 있음.
(3) 부당한 수수료율 인하에 대해 소송제기로 1심 승소
- 당초 계약한 수수료율(9.523%)과 실제 지급한 수수료와의 차이금액에 대해 소송제기로 승소함.
(4) 복권 시스템운영사업자의 재선정 등
조달청과 복권운영기관(△△은행)간에 체결된 계약에는 2007.12.1까지로 되어 있으므로
- 조달청이 새로운 시스템운영사업자를 선정하기 위해 2007.6.19 입찰공고, 다른 사업자 수행결정
․ 입찰조건 ; 정부와 소송진행중인 당사는 참가 불가
- 당사는 2007.12.2부터 복권발매 업무 중단예정, 2008.5월말에 복권시스템 운영사업의 사후관리 업무도 중단예정
- 복권사업의 해외진출을 위해 기술개발 등 복권 시스템 운영사업과 한국표준산업분류상 세분류가 동일한 컴퓨터시스템 설계 및 자문업(72100)에 해당하는 사업을 추가할 예정임.
(5) 임시특별세액감면의 적용
2003.8월 서울에서 천안으로 본사 이전후, 임시특별세액감면을 적용받고 있음.
- 2004.4.29 이전 9.523%의 수수료율 적용
- 2004.4.29 이후부터 3.144%의 수수료율 적용
- 수수료의 차이에 대해 수익을 계상하지 않고 있음.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면】 (2002. 12. 11. 제목 개정)
① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 단서개정)
1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것 (2003. 12. 30. 개정)
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다) (2005. 12. 31. 개정)
② 수도권외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2003. 12. 30. 개정)
1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득 (1999. 12. 28. 신설)
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 (2004. 12. 31. 개정)
가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 (2005. 12. 31. 개정)
나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 (2002. 12. 11. 개정)
다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) (2002. 12. 11. 개정)
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. (1999. 12. 28. 신설)
③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다)에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권 안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전 후 수도권 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. (2005. 12. 31. 개정)
④ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 법인세 감면기간중 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 과세연도부터 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 없다. (2004. 12. 31. 개정)
1. 제2항 제2호 다목의 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 (2004.12.31.개정)
2. 대통령령이 정하는 임원(이하 이 조에서 “임원”이라 한다)중 이전본사근무 임원수가 수도권 안의 본사근무 임원과 이전본사근무 임원의 합계인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우 (2004. 12. 31. 개정)
⑤ 수도권외 지역이전법인이 수도권 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조 제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조 제3항ㆍ제5항ㆍ제6항의 규정을 준용한다. (2002. 12. 11. 개정)
⑥ (삭제, 2001. 12. 29.)
⑦ 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받은 수도권외 지역이전법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다. (2002. 12. 11. 개정)
1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 법인이 해산한 때. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. (1999. 12. 28. 신설)
2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때 (2002. 12. 11. 개정)
3. 수도권 안에 본사 또는 제1항의 규정에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장을 설치한 때 (2003. 12. 30. 개정)
4. (삭제, 2001. 12. 29.)
5. 본사를 이전한 경우로서 수도권안에 대통령령이 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 때 (2002. 12. 11. 개정)
6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 때 (2004. 12. 31. 신설)
나. 관련 예규(판례, 심사·심판예, 예규)
○ 서면2팀-1804(2006.9.15)
【질의】
관할세무서로부터 과세예고통지를 받고 수정신고하는 경우 과소신고금액에 대한 감면배제 적용여부
【회신】
경정을 하는 경우와 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고하는 경우 감면배제되나 기타 사유로 수정신고하는 경우에는 감면배제 적용되지 않는 것임.
○ 서면2팀-1804(2006.9.15)
【질의】
(사실관계)
2004사업연도와 관련하여 세무조정 오류사항인 영업외비용에 포함되어 있는 법인세 추납액과 신주인수권조정계정에 대한 이자비용을 손금불산입 조정하여 법인세를 수정신고 하는 경우
(질의내용)
법인세추납액과 신주인수권조정계정의 이자비용을 손금불산입 세무조정누락에 대한 과소신고가산세 적용시 법인세법 시행령 제118조의 규정에 의하여 일반과소신고금액으로 하는지, 부당과소신고금액으로 하는지.
【회신】
귀 질의와 같이 법인이 세무조정누락에 대하여 손금불산입 조정하여 법인세 수정신고하는 경우로서, 단순한 계산착오가 아닌 법인이 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상한 경우에는 「법인세법」 제76조 제1항 제2호에서 규정하는 부당과소신고금액을 적용하는 것이므로, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 재무제표의 기장내용, 세액계산방법 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임.
○ 서이46012-10552(2002.3.20)
【질의】
회사의 경정청구에 의하여 세무서에서 경정결정을 하면서 과다하게 환급결정하였고, 그후 최종 경정결정시 추징액이 발생한 경우에(아래 표 참조), 최종 경정결정시의 과세표준 및 세액이 당초 회사가 신고한 금액에 미달하여도 과소신고가산세 및 미(과소)납부가산세를 부과할 수 있는지 여부
(단위 : 천원)
┌──────┬─────┬───────┬──────┬──────┐│ 구 분 │ 2001. 3 │ 2001. 5 │ 2001. 7 │ 2002. 2 │
│ │법인 신고 │법인 경정청구 │세무서 경정 │심판원 결정 │ ├──────┼─────┼───────┼──────┼──────┤ │ 과세표준 │ 449,638│ 292,355 │ 270,080 │ 347,209 │ ├──────┼─────┼───────┼ ─────┼──────┤ │ 결정세액 │ 125,630│ 81,725 │ 75,507 │ 97,037 │ ├──────┼─────┼───────┼──────┼──────┤│ 기납부세액 │ 248,297│ 248,297 │ 248,297│ 248,297 │
├──────┼─────┼───────┼──────┼──────┤ │납부할 세액 │ △122,667│ △166,572 │△172,790 │ △151,260 │ └──────┴─────┴───────┴ ─────┴──────┘【회신】
귀 질의의 경우 법인이 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호의 규정을 적용함에 있어 과세표준 및 납부할 세액을 과소신고·납부한 경우에도 당해 법인에게 그 귀책사유가 없다고 인정되는 때에는 동 규정에 의한 가산세를 적용하지 아니하는 것임.
○ 서이46012-10062(2001.8.31)
【질의】
1. 개요
1) 당사의 회계처리
당사는 보험사와 단체퇴직보험료정산일을 보험가입일로부터 매1년이 되는 날에 정산하기로 약정하였으며, 각 사업연도말 결산시 정산일부터 결산시까지 발생한 미수이자를 수익으로 계상하고 각 사업연도 법인세신고시 세무조정으로 익금불산입하였다가 정산일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하였음.
2) 과세관청의 부과처분
내국법인이 소득세법시행령 제45조 규정에 열거되지 아니한 원천징수대상이 아닌 이자소득을 기업회계기준에 따라 수익으로 계상한 경우에는 법인세법 제7조 제3항의 규정에 따라 기업회계기준에 의하도록 되어 있으므로 상기 단체퇴직보험료의 미수이자를 법인세신고시 익금불산입하여 신고한 것은 부당하다고 하여 동 미수이자가 발생한 당해 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 다음과 같이 경정·결정하였음.
- 1995∼1998사업연도 : 동 미수이자 익금조정에 따라 법인세를 부과하여 납부하였고,
- 1999사업연도 : 1998사업연도의 동 미수이자 익금조정에 따른 유보사항의 이월로 자동 손금추인에 의하여 과세관청에 경정청구를 통하여 법인세를 환급받았음.
3) 당사의 불복청구
이에 당사는 과세관청의 부과처분에 대하여 법인세법기본통칙에 의하여 정산기준일이 속하는 사업연도의 익금으로 신고하였음에도 과세관청이 이를 부인하는 것은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배되므로, 불복청구를 하여 국세심판원으로부터 부과처분을 취소하라는 결정을 통지받았음.
2. 질의
상기 1999사업연도와 같이 법인이 적법하게 신고·납부후 과세관청의 부과처분에 의하여 법인세를 환급받고, 국세심판결정에 따라 결과적으로 동 사업연도의 법인세를 과소신고 납부한 것이 되어, 당초 과세관청으로부터 환급받은 법인세를 다시 납부하는 경우 법인세법 제76조 및 동법시행령 제19조 규정에 의하여 미납부가산세가 적용되는지.
【회신】
귀 질의의 경우 법인이 법인세법 제64조의 규정에 의한 납부하여야 할 세액에 미달하게 법인세를 납부한 경우에도 당해 법인에게 그 귀책사유가 없다고 인정되는 경우에는 같은법 제76조 제1항 제3호의 규정에 의한 미납부가산세를 적용하지 아니하는 것임.
○ 서면2팀-2041(2005.12.12)
【질의】
(사실관계)
ｏ 외국에 본사를 두고 있는 외국법인의 한국내 지점은 2003.1.1. 이후 개시된 사업연도에 대한 법인세 신고목적으로 과세표준을 계산함에 있어서 계산상의 착오로 과세표준 및 세액이 과소하게 계산되었음을 발견하였음.
ｏ 이에 지점은 이러한 계산상의 오류를 수정하여 해당 사업연도에 대하여 수정신고를 하고자 함.
(질의내용)
위와 같이 지점이 과세표준의 계산에 있어서의 계산착오를 수정신고를 통하여 정정하는 경우 해당 과소신고금액은 법인세법 시행령 제118조에서 규정하고 있는 부당과소신고금액에 해당하는지 여부
【회신】
법인이 과세표준과 세액을 계산함에 있어서 단순한 계산착오로 인하여 과소신고한 금액이 있는 경우에는 법인세법 시행령 제118조 제4항에 규정된 부당과소신고금액에 해당되지 않는 것이나, 귀 질의의 경우가 단순착오인지 여부는 구체적인 세액계산 방법 등을 종합적으로 검토하여 판단할 사항임.
○ 서면2팀-1131(2005.7.19)
【질의】
수도권 과밀억제권역 안에서 5년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이라 함은 본사의 이전등기일로부터 소급하여 5년 이상 계속하여 ‘사업을 영위한 실적’이 있는 법인을 말하는 것으로서 ‘사업을 영위한 실적’에 사업을 준비하는 기간도 포함하는지.
【회신】
귀 질의 내용과 같이 「조세특례제한법」 제63조의 2(2003.12.11. 개정 전)에서 과밀억제권역 안에 5년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이라 함은 본사의 이전등기일로부터 소급하여 5년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있는 법인을 말하는 것으로써,
정보처리 및 컴퓨터 운용관련업을 영위하는 법인이 온라인연합복권시스템 운영사업에 대한 기술도입계약, 해외 기술연수 및 시장조사, 데이터센터 구축에 관련된 연구 및 개발활동 등 사실상 휴업기간 없이 정상적인 영업활동(준비기간을 포함)을 한 경우 당해 기간을 포함하는 것이며 주택건설업의 경우 법인설립 후 토지매입, 사업계획승인, 공사착공 등 사실상 휴업기간 없이 정상적인 영업활동을 하는 기간을 포함하는 것임.
○ 서면2팀-2019,2005.12.9
【질의】
(사실관계)
ｏ 수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 본점을 둔 법인이 수도권외의 지역으로 이전하여 법규정대로 사업을 개시하였음.
ｏ 이전법인이 영위하는 사업내용은 다음과 같은 3가지로 구분 할 수 있음.
- 이전 전 수도권 안에서 영위하던 사업소득
- 이전 후 새로 시작한 추가사업소득
- 자본거래, 증여 등 사업외에서 발생하는 소득
ｏ 조세특례제한법 제63조의 2 제2항 제2호 가목에는 “토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액”이라고 규정하여 부동산의 양도차익이외의 소득에 대하여는 아무런 감면제한 규정이 없음.
(질의내용)
ｏ (질의 1)의 경우
이전 후 새로 시작한 추가사업소득에 대하여도 법인세 감면 대상소득이 되는 지 여부
ｏ (질의 2)의 경우
수도권외 이전법인의 과세표준에 포함된 자본거래와 수증가액(무상으로 받은 자산가액)에 대하여도 법인세의 감면이 되는지 여부
【회신】
귀 질의의 경우 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 3년 이상 사업을 영위한 법인이 조세특례제한법 제63조의 2의 감면규정을 적용함에 있어서 한국표준산업분류표상 세분류를 기준으로 본사의 이전등기일로부터 소급하여 3년간 영위하던 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 동일한 경우 동 규정의 세액감면(자산수증익 등 제외)을 적용받을 수 있는 것임.
○ 서면2팀-720(2005.5.24)
【질의】
(사실관계)
당 법인은 2002.6.24. 온라인 복권운영기관인 ○○은행(이하 “은행”)과 온라인연합복권시스템 구축 및 운영용역제공계약(이하 “계약”)을 체결하고 온라인연합복권시스템을 구축하고 이를 운영하고 있음. 이건 관련계약에 따르면 당 법인은 7년간의 계약기간 동안 온라인복권 매출액의 9.523％(부가세 포함)를 용역의 대가로 받을 수 있고 실제 계약체결일부터 2004.4.28.까지의 기간중의 매출에 대하여 9.523％를 용역대가로 수취하여 왔음.
그러나 복권의 매출액이 당초 정부가 추정했던 수치를 크게 상회하고 그에 따라 수수료 금액이 급증하자 정부는 수수료를 줄이기 위하여 「복권 및 복권기금법」을 제정하여 복권위원회에서 수수료의 최고한도를 정할 수 있도록 하였으며, 복권위원회는 온라인복권발매시스템의 운용에 관한 수수료의 최고한도를 매회 매출액의 4.9％(부가세 포함)로 결정고시하였음.
한편, 시스템운용 용역제공자인 당 관련법인과 은행의 계약내용 중에 “수수료는 계약기간에도 불구하고 ‘관계법령에 의한 통제가격, 정부 등의 규제가격, 인ㆍ허가 또는 고시가격, 세법 등이 변경된 때’ 상호협의하여 조정할 수 있다”고 규정하고 있음. 은행은 복권위원회가 고시한 수수료의 최고한도를 고시가격으로 보고 수차 수수료의 인하를 요구하였으나 당 관련법인이 이에 응하지 않자 2004.5.2. 고시 발효일인 2004.4.29. 이후의 복권판매에 대한 수수료를 3.144％(부가세 포함)로 적용하겠다는 의사를 일방적으로 표시하고 실제 3.144％의 수수료지급하고 세금계산서를 수수하고 있음.
이에 대하여 당 관련법인은 은행을 상대로 당초 계약이 정한 수수료율(9.523％)을 적용하여야 한다는 민사소송과 복권위원회의 고시가 헌법이 보장한 계약자유원칙 등을 침해하였다는 취지의 위헌심판청구와 복권위원회의 수수료를 최고한도 고시의 취소를 구하는 행정소송을 제기하여 해당 소송들은 계류 중이 있으며, 소송결과는 현재 예측이 불가능한 상태임.
(질의내용)
위와 같이 계약에 의하여 온라인복권판매시스템 관리용역을 제공하고 수수료를 받는 계약기간중에 관계법령에서 계약상 정해진 금액 미만으로 용역대가의 최고한도가 정해진 경우에, 거래당사자간에 용역대가를 확정하지 못하고 소송 중인 상태에서 잠정가액을 수수하는 경우 법인세법상 수익금액 및 손익의 귀속시기는.
【회신】
당사자간의 계약에 의하여 용역제공 대가가 수수되던 중에, 신설된 법률에 의하여 용역제공 대가의 지급한도액이 규정되었으나 당사자간의 약정내용에 대한 다툼으로 인하여 잠정적인 용역대가가 수수되고 용역대가확정을 위한 소송이 진행 중인 경우
잠정대가인 수수료에서 부가가치세상당액을 차감한 금액을 해당 가액이 귀속되는 사업연도의 수입금액으로 하는 것이며, 법원의 판결에 따라 수수료가 증액 또는 감액되는 경우 그 증액 또는 감액되는 금액은 판결이 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 해당하는 것임.