1. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가외의 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가외의 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. (1999. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (1994. 12. 22 개정)

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

나. 유사사례

○ 심사양도99-4512, 2000.4.7

토지ㆍ건물과 병원운영권 및 병원시설물 일체를 일괄 양도한 바, 그 중 토지ㆍ건물가액이 객관적ㆍ합리적인 근거에 의한 실지거래가액으로 구분 안되 기준시가로 과세한 사례

청구인은 그 소유 토지와 지상에 건립된 건물, 병원시설물, 의료기기 및 영업권 일체를 각 구성물에 대한 개별적 가액을 정함이 없이 전체를 일괄 양도한 것으로서 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물과 기준시가가 없는 자산인 의료기기, 시설물 등을 함께 양도하여 각 자산별 양도가액은 구분되어 있지 않으면서 양도 당시 시점을 기준으로 기준시가가 없는 자산에 대한 감정가액도 없으므로 이 경우 자산별 가액을 안분계산 할 수 없는 경우에 해당하므로, 처분청이 토지 및 건물의 실지양도가액이 분명하지 않다고 하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 이를 기초로 양도소득세를 결정한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(같은뜻 : 국심88광 1434, 1989. 2. 13).

○ 국심98구930, 1999.2.24

토지와 건물 및 기계장치 등을 일괄양도한 경우로서 양도일이후 감정평가액이 있는 경우 토지와 건물의 실지거래가액 구분방법

(2) 이 건과 같이 여러종류의 자산을 함께 양도하였으나 자산별 가액의 구분이 불분명한 경우에 자산별 가액을 산출하는 방법에 대하여 규정한 조항은 전술한 소득세법 제100조 제2항 외에 달리 찾을 수 없다.

그런데 이 건과 같이 기준시가가 있는 자산인 토지 및 건물과 기준시가가 없는 자산인 시설물을 함께 양도하여 각 자산별 양도가액은 구분되어 있지 않으면서 일괄양도금액만 확인되는데다가 양도당시 시점을 기준으로 감정한 것으로 인정할 수 있는 각 자산별 감정가액이 있는 경우에,

일괄양도금액으로부터 각 자산별 실지양도가액을 산출하는 방법에 대하여서 전술한 소득세법 제100조 제2항은 명확하게 규정하고 있지 않은 관계로 이 건 쟁점토지의 실지양도가액을 어떠한 방법으로 산출할 것인지가 문제된다 할 것이다.

그러나 이러한 경우에도 전술한 소득세법 제100조 제2항과 같은 취지이면서 이러한 경우를 예상하여 규정한 조항이라 볼 수 있는 특별부가세 과세표준 산정에 관한 규정인 전술한 법인세법 제59조의 2 제5항 및 같은법시행령 제124조의 5 제3항 제2호를 원용하여 쟁점토지의 실지양도가액을 산출하는 방법이 가장 타당하다고 판단된다.

즉, 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산이 함께 양도되고 이에 대한 각 자산별 감정가액이 있는 경우 일괄양도금액에 기준시가가 있는 자산의 감정가액 합계액이 총감정가액에 차지하는 비율을 곱하여 기준시가가 있는 자산의 실지양도가액을 산출한 다음, 이렇게 산출된 기준시가가 있는 자산의 실지양도가액을 전술한 소득세법 제100조 제2항의 규정에 의하여 토지와 건물의 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분하면 쟁점토지의 실지양도가액이 산출되는 것이다(국심89구577, 1989. 7. 10 같은 뜻임)

이렇게 구분된 기준시가가 있는 자산의 감정가액과 기준시가가 없는 자산의 감정가액을 산출하여 이에 일괄양도금액을 적용하여 과세대상인 자산의 가액을 안분하여 산출한다. 이 과세대상인 자산의 가액은 토지와 건물을 합한 가액이라고 할 것이므로 이 가액을 토지의 기준시가액과 건물의 기준시가액에 비례하여 안분하고 쟁점토지의 실지양도가액을 산출하여야 할 것이다.

○ 재일46014-408, 1999.2.26

양도소득세 과세대상자산(토지ㆍ건물 등)과 그 외 자산(기계장치 등)을 경매로 일괄 취득하여 이를 양도하는 경우로서 양도소득세가 과세되는 자산의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 경우 그 취득ㆍ양도자산의 실지거래가액이 불분명한 때에는 경매개시 또는 양도당시에 평가된 감정가액, 기준시가 등 합리적 기준으로 안분계산하는 것입니다.