[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

-AA(주)는 항만 운영 목적으로 설립된 법인으로 컨테이너부두 건설과 배후부지 조성을 위한 사업시행자로

- 항만시설 건설 후 항만시설을 정부에 귀속시키고 무상사용수익권 및 배후부지에 대한 소유권을 취득하기로 약정

- 배후부지조성사업은 정부의 사전 승인을 받아 지방공기업에게 위탁하여 시행하기로 하고,

- AA(주)는 지방공기업과 배후부지 위․수탁 시행으로 인해 발생하는 이익이나 손실을 부담하지 않기로 약정함에 따라

-배후부지 공사비 등에서 발생한 부가가치세 환급금을 AA(주)의 예금계좌에 예치함에 따라 발생된 세전이자수익 전액을 지방공기업에게 반환해야 함

나. 질의요지

-반환특약에 의한 이자소득 및 공제받을 원천징수세액의 귀속자

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다

○ 법인세법 제64조【납부】

① 내국법인은 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 산출세액에서 다음 각호의 법인세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업년도의 소득에 대한 법인세로서 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

 1. 당해 사업년도의 감면세액

 2. 제63조의 규정에 의한 당해 사업년도의 중간예납세액

 3. 제69조의 규정에 의한 당해 사업년도의 수시부과세액

 4. 제73조의 규정에 의하여 당해 사업년도에 원천징수된 세액

② 내국법인이 제1항에 따라 납부할 세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부할 세액의 일부를 납부기한이 경과한 날부터 1개월(제25조제1항제1호에 따른 중소기업의 경우에는 2개월)이내에 분납할 수 있다.

○ 법인세법 제73조【원천징수】

① 다음 각 호의 금액(금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액을 포함하고, 법인세가 부과되지 아니하거나 면제되는 소득 등 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)을 내국법인(대통령령으로 정하는 금융기관은 제외한다)에게 지급하는 자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조제1항제12호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

 1. 「소득세법」 제127조제1항제1호의 이자소득금액

 2. 「소득세법」 제127조제1항제2호에 따른 배당소득금액(같은 법 제17조제1항제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁의 이익에 한정한다)

② 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호의 소득금액이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁재산에 귀속되는 시점에는 해당 소득금액이 어느 누구에게도 지급된 것으로 보지 아니한다.

③ 삭제 <2008.12.26 부칙>

④ 원천징수의무자를 대리하거나 그 위임을 받은 자의 행위는 수권 또는 위임의 범위안에서 본인 또는 위임인의 행위로 보아 제1항을 적용한다.

⑤ 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 금융기관(이하 "금융기관"이라 한다)이 내국법인(거주자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 발행한 어음 또는 채무증서를 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우에는 금융기관과 당해 내국법인간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 보아 제1항을 적용한다.

⑥ 삭제 <2000.12.29 부칙>

⑦ 상시 고용인원수 및 업종등을 참작하여 대통령령이 정하는 원천징수의무자는 제1항의 규정에 불구하고 원천징수한 법인세를 대통령령이 정하는 바에 따라 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지 납부할 수 있다.

⑧ 내국법인이 「소득세법」 제46조제1항에 따른 채권등(법인세가 비과세되거나 면제되는 채권등 그 밖의 대통령령으로 정하는 채권등을 제외하며, 이하 이 조에서 "채권등"이라 한다)에서 발생하는 이자 및 할인액(이하 이 조에서 "이자등"이라 한다)의 계산기간중에 당해 채권등을 타인에게 매도(중개·알선 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우를 포함하되, 환매조건부채권매매 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외한다. 이하 이 조 및 제74조에서 같다)하는 경우 채권등의 보유기간에 따른 이자등에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 당해 법인이 원천징수의무자를 대리하여 원천징수하여야 한다. 이 경우 당해 법인에 대하여는 이를 원천징수의무자로 보아 이 법을 적용한다.

⑨ 제1항·제2항·제4항·제5항·제7항 및 제8항을 적용할 때 이자소득의 지급시기, 법인세의 원천징수대상소득의 범위 및 금액의 계산, 원천징수세액의 계산 및 납부와 원천징수의무자의 범위, 채권등의 보유기간의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-2370, 2004.11.17 (법인-3044, 2004.11.15.에 따라 회신)

(사실관계)

농업기반공사가 한국토지공사에 김포매립지 313만평을 취득원가에 매각하기로 계약을 체결함에 있어 농업기반공사가 당초 토지 취득시 발행한 공사채의 만기일(2004.7.31.)이 잔금청산일(2004.5.13.) 이후에 도래함에 따라 공사채의 만기일까지의 이자상당액을 양도가액에 포함하여 수령하기로 하고, 농업기반공사는 동 이자상당액을 은행에 예치한 후 당해 예금에서 발생되는 세전이자상당액을 한국토지공사에 전액 반환하기로 별도계약을 체결한 경우 다음 내용에 대하여 질의함.

(질의 1)

농업기반공사가 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전체를 실질소유자인 한국토지공사에게 반환하는 경우 어느 법인이 원천징수된 세액에 대한 기납부세액공제를 받을 수 있는지.

〈갑설〉 반환특약에 불구하고 이자소득의 귀속자는 농업기반공사이므로 농업기반공사가 당해 예금이자에 대한 원천징수세액에 대한 기납부세액공제를 받을 수 있음.

（이유） 원천징수의무자는 “금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률”에 따라 그 명의자에게 원천징수하는 것이며, 토지 매각대금으로 수령한 금액 중 반환특약에 따라 세전이자소득 전액을 반환하기로 한 경우에도 당해 이자소득의 1차 귀속자는 명의상 소유주이므로 동 예금이자에 대한 원천징수세액은 명의상 소유자인 농업기반공사의 법인세에서 공제받을 수 있음.(서이46012-11295, 2003.7.9. ; 서이46012-10957, 2003.5.13.)

〈을설〉 실질과세원칙에 의해 농업기반공사는 단순 명의자일 뿐이므로 공제 불가하며, 한국토지공사가 기납부세액공제를 받을 수 있음.

（이유） 실질과세원칙에 따라 법인의 자금을 타인 명의로 예금하고 받는 수입이자는 실질귀속자인 법인의 수익으로 계상하여야 하는 것으로서, 원천징수 이후에 이자소득의 실질귀속자가 확인되는 경우 귀속의 실질을 확인할 수 있는 서류 등을 제시하여 소득세법 시행규칙 제93조에 따라 환급받거나, 그 실질귀속자(한국토지공사)인 법인의 기납부세액으로 공제하는 것이므로(법인 22601-2203, 1990.11.23. ; 국심2000서448, 2000.5.10.), 한국토지공사가 기납부세액공제를 받을 수 있음.

(질의 2)

질의 1의 갑설이 타당한 경우 반환특약에 따라 농업기반공사가 한국토지공사에 반환하는 이자소득금액상당액에 대한 세무처리 방법은.

〈갑설〉 농업기반공사의 익금 및 손금에 산입함.

（이유） 반환특약에 따라 세전이자소득 전액을 반환하기로 한 경우에도 당해 이자소득의 귀속자는 농업기반공사이므로, 이자소득금액 전부를 익금에 산입함과 동시에 한국토지공사에 지급할 금액을 손금에 산입함.

〈을설〉 농업기반공사의 익금 및 손금으로 처리하지 아니함.

（이유） 한국토지공사가 반환받는 금액 전액을 익금에 산입하여야 할 것이므로, 농업기반공사의 경우는 익금 및 손금으로 처리하지 아니함.

(회 신)

귀 질의의 경우 농업기반공사가 한국토지공사에게 토지를 매각하면서 매매계약의 조건에 따라 잔금수령액을 일정기간 은행에 예치하고 발생된 세전이자소득 전액을 한국토지공사에게 반환하기로 한 경우, 농업기반공사는 이자소득금액 전부를 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하여야 하는 것이며, 당해 계약조건에 따라 반환된 예금이자는 반환일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것임. 이 경우 당해 이자소득과 관련하여 원천징수된 세액은 기납부세액으로서 농업기반공사의 산출세액에서 공제하는 것임.

○ 서이46012-11295(2003.07.09)

당초 회신한 내용 중 “한편, 예금 등을 명의상 소유자 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 실질소유자에게 반환하는 경우 당해 이자소득의 1차 귀속자는 명의상 소유주이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 명의상 소유자인 당해 법인의 법인세에게 공제받을 수 있는 것입니다”를

“지방공기업이 지방자치단체의 대행사업비를 지방공기업 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 지방자치단체에 반환하는 경우 당해 이자소득의 귀속자는 지방공기업이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 지방공기업의 법인세에서 공제받을 수 있는 것입니다”로 정정함]

○ 서이460152-10967(2003.05.14)

(질 의)

정부업무를 대행하는 법인이 위탁관리하는 대행사업비에서 발생한 이자소득에 대하여 그 귀속이 정부이므로 법인소득으로 과세되지 아니하나, 법인명의로 원천징수된 세액[재정경제부 법인 46012-146(2002. 9. 9)호에 근거]을 기납부세액으로 공제받을 수 있는지.

(회 신)

1. 재정경제부 법인 46012-146(2002. 9. 9)호는 원천징수의무자가 소득지급시마다 명의자와 실질귀속자를 가려 원천징수해야 하는 것은 아니며 원천징수의무자는 “금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률”에 따라 그 명의자에게 원천징수하면 족하다는 의미이며

2. 이자소득의 실질귀속자가 법인세 비과세 대상법인임이 원천징수 이후에 확인되는 경우에는 당해 실질소득귀속자는 원천징수의무자에게 소득귀속의 실질을 확인할 수 있는 서류 등을 제시하여 과오납정정을 요청할 수 있으며 이 경우 원천징수의무자는 소득세법시행규칙 제93조에 따라 처리해야 하는 것임.

3. 한편, 예금 등을 명의상 소유자 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 실질소유자에게 반환하는 경우 당해 이자소득의 1차 귀속자는 명의상 소유주이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 명의상 소유자인 당해 법인의 법인세에서 공제받을 수 있는 것임.

○ 서이46012-10957(2003.05.13)

한국토지공사가 발행한 토지수익연계채권(이하 ' 채권' 이라 함)을 취득한 갑법인이 을법인에게 채권을 양도하면서 을법인이 채권발행자로부터 수령하는 이자소득의 일부를 돌려 받기로 별도의 약정을 체결함에 따라 을법인으로부터 돌려 받는 이자소득금액을 익금에 산입한 경우에도 을법인을 그 이자소득의 소득자로하여 원천징수된 세액은 갑법인의 산출세액에서 공제할 수 없는 것이며 이 경우 을법인은 이자소득금액 전부를 익금에 산입함과 동시에 갑법인에게 지급할 금액을 손금에 산입하고 원천징수된 세액 전부를 산출세액에서 공제함.

○ 재법인46012-145(2002.09.09)

(질의 1)

○○시 시설관리공단이 ○○시의 시설물을 관리운영하고 ○○시로부터 수령하는 대행사업비 중 대행사업에 직접 소요되는 금액(대행사업직접관리비)과 공단지원부서에 소요되는 금액(대행사업간접관리비)의 합계액 전액이 법인세 과세소득인지 아니면 공단지원부서 소요금액(대행사업간접관리비)만 과세소득인지 여부

(질의 2)

지방자치단체의 대행사업에서 발생하는 이자가 실질적으로 지방자치단체에 귀속한다면 법인세 납세의무가 없다고 하는데 시설관리공단의 대행사업 직접관리비 운영(기 전입된 대행사업종사직원의 퇴직급여충당금 운영이자 포함)에 따른 이자소득에 대한 법인세 과세여부

(회 신)

지방공기업법 제76조에 의하여 설립된 시설관리공단이 지방자치단체로부터 수령하는 대행사업비는 법인세법 제15조에 의하여 직접관리비와 간접관리비의 구분에 관계없이 모두 과세대상이 되는 것이며 지방자치단체의 대행사업비를 관리하면서 발생되는 이자가 지방자치단체에 귀속되는 경우에 동 이자는 예수금에 해당되어 과세가 되지 않는 것이나, 동 이자가 시설관리공단 명의의 예금에서 발생되면 원천징수 대상이 되는 것임.

○ 서면2팀-2114(2005.12.20)

(질 의)

갑법인이 을법인을 인수하는 과정에 인수대금을 을법인 명의의 통장에 예치하고 동 예치금에서 발생한 이자는 갑법인에게 귀속되는 것으로 계약을 한 경우 이자소득의 귀속자 및 원천징수방법은.

(회 신)

법인세법 제4조 【실질과세】의 규정에 따라 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 법인세법을 적용하는 것으로,

귀 질의와 같이 금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것으로, 그 거래의 실질내용은 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행(지급조건, 지급방법 등을 포함) 및 구체적인 정황을 기준으로 판단하는 것이며

원천징수의무자가 명의자를 소득자로 원천징수한 경우 당해 실질소득귀속자는 원천징수의무자에게 소득귀속의 실질을 확인할 수 있는 서류 등을 제시하여 정정을 요청할 수 있는 것임.

○ 서면2팀-2647(2004.12.16)

[ 요 지 ]

금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것임

[ 회 신 ]

귀 질의의 경우와 같이 금융자산과 해당 금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것임.

○ 법인46012-582(2003.10.10)

주택신축판매업을 영위하는 법인이 분양수입금의 입금통장 명의를 시공사인 건설업 법인의 명의로 개설(통장인감은 공동날인)함에 따라 당해 입금통장에서 발생한 수입이자에 대하여 금융기관이 시공사 명의로 원천징수한 경우 당해 원천징수세액은 동 수입이자의 실질적인 귀속자인 주택신축판매업 법인의 기납부세액으로 공제함.