1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

(질의1)합병법인 또는 피합병법인의 사업부문별 사업용 고정자산가액의 비율이 아래와 같은 경우 동일사업을 영위하는 법인 간 합병인지

(질의2) 동일 사업을 영위하지 않는 법인간의 합병의 경우 이월결손금을 공제받기 위한 구분경리의 범위 및 방법은

(질의3) 동일사업의 영위하던 법인간의 합병의 경우 사업용 고정자산의 범위와 공통(일반관리비부문) 부문 자산도 포함되는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제45조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】

① 내국법인이 다른 내국법인을 합병하는 경우 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조제3항 단서에 해당되어 구분경리하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)의 범위에서는 공제하지 아니한다.

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인으로서 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금이 있는 법인과 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 합병법인은 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 영위하는 법인 간에 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다. <개정 2008.12.26 부칙>

○ 법인세법 시행령 제80조 【합병평가차익상당액의 손금산입】

① 법 제44조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 자산"이란 사업용 유형고정자산을 말한다. <개정 2006.2.9 부칙, 2009.2.4 부칙>

③ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조제1항제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 "사업"이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 같은 호에 해당하는 사업부문의 자산에 한정하여 제2항을 적용한다. <개정 2009.2.4 부칙>

⑥ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도개시일부터 3년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되는 경우에는 제5항에도 불구하고 법 제44조제2항에 따라 해당 사유가 발생한 사업연도에 일시상각충당금 또는 압축기장충당금의 잔액전액을 익금에 산입한다. 이 경우 승계한 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정한다. <개정 2009.2.4 부칙>

 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 3분의 2 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

 2. 승계받은 사업을 6월 이상 계속하여 휴업하거나 폐업하는 경우

○ 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】

① 법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)ㆍ사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다. <개정 2009.2.4 부칙>

○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. <개정 2008.2.29 부칙, 2009.2.4 부칙>

② 법 제113조제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다. <신설 2009.2.4 부칙>

○ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

○ 법인세법 시행규칙 제77조 【합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리】

① 법 제113조제3항의 규정에 의하여 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 기타의 사업을 구분경리함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산은 다음 각호에 의한다.

 1. 고정자산과 부채는 용도에 따라 각 사업별로 구분하되, 용도가 분명하지 아니한 차입금은 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

 2. 현금ㆍ예금등 당좌자산 및 투자자산은 자금의 원천에 따라 각 사업별로 구분하되, 그 구분이 분명하지 아니한 경우에는 총수입금액에서 각 사업의 당해 사업연도의 수입금액이 차지하는 비율에 따라 안분계산

 3. 제1호 및 제2호외의 자산 및 잉여금 등은 용도ㆍ발생원천 또는 기업회계기준에 따라 계산

 4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분계산

② 합병법인은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 방법으로 구분경리할 수 있다. 이 경우 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 공제받고자 하는 사업연도가 종료할 때(연결모법인의 경우에는 합병 후 5년간을 말한다)까지 계속 적용하여야 한다. <개정 2009.3.30 부칙>

 1. 피합병법인으로부터 승계받은 사업장과 기타의 사업장별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 회계처리에 의하여 구분계산. 이 경우 피합병법인으로부터 승계받은 사업장의 자산ㆍ부채 및 손익은 이를 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것으로 한다.

 2. 본점등에서 발생한 익금과 손금등 각 사업장에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 안분계산

 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 합병등기일이후 새로이 사업장을 설치하거나 기존 사업장을 통합한 경우에는 그 주된 사업내용에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업장, 기타의 사업장 또는 공통사업장으로 구분. 이 경우 주된 사업내용을 판정하기 곤란한 경우에는 다음 각목에 의한다.

  가. 새로이 사업장을 설치한 경우에는 합병법인의 사업장으로 보아 구분경리

  나. 기존 사업장을 통합한 경우에는 통합한 날이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 각 사업장별 수입금액(수입금액이 없는 사업장이 있는 경우에는 각 사업장별 자산총액을 말한다)이 많은 법인의 사업장으로 보아 구분경리

③ 법 제113조제4항에 따라 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우에는 제1항 및 제2항을 준용한다. <개정 2009.3.30 부칙>

④ 법 제113조제5항에 따라 연결모법인이 피합병법인(분할법인을 포함한다)으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업에 속하는 것을 구분경리하는 경우에는 제1항 및 제2항을 준용한다. <신설 2009.3.30 부칙>

○ 조세특례제한법 시행령 제28조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9>

 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조제1항에서 "대통령령이 정하는 사업용고정자산"이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2008.2.29>

③ 법 제31조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2000.1.10, 2001.12.31, 2008.2.29>

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 서면2팀-1488, 2005.09.16

법인세법 시행령 제80조 제3항에 따라 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계받은 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 같은법 제44조 제1항 제3호의 규정에 해당하지 아니하여 합병시 이월결손금을 승계받을 수 없는 바,

이 규정을 적용함에 있어 고정자산은 토지를 포함한 법인세법 시행령 제24조에 규정한 유형고정자산과 무형고정자산을 의미하는 것으로 임대보증금이나 투자유가증권은 포함하지 아니하는 것임.

○ 재법인-24, 2009.01.13

(질의요지)

합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 공제한 경우로서 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 승계한 고정자산가액의 3분의 2이상을 처분하는 경우 처분일이 속하는 사업연도에 기 공제한 이월결손금을 익금에 산입하는 바, 상기 규정에서 “승계한 고정자산”이라 함은 승계받은 사업에 직접 사용하지 않는 고정자산도 포함되는지 여부

〈갑설 〉 피합병법인으로부터 승계한 모든 고정자산

〈을설 〉 피합병법인으로부터 승계한 고정자산 중 승계받은 사업에 직접 사용되는 고정자산

【회신】

귀 질의의 경우 〈을설 〉이 타당함.

○ 서면2팀-92, 2005.01.13

법인세법 제45조의 규정에 의한 합병시 이월결손금의 승계에 관한 규정을 적용함에 있어서 합병법인이 공제받은 피합병법인의 결손금은 같은법 제45조 제2항, 같은법 시행령 제81조 제3항 및 제6항의 규정에 의하여 사후관리하는 것이며, 구분경리는 같은법 시행규칙 제77조의 규정에 의하는 것이나,

이 경우 이월결손금의 공제가 종료된 이후 사업연도에 구분경리하지 아니한 경우에도 기공제 이월결손금을 소급하여 익금에 산입하지는 않는 것이나, 수개의 업종을 영위하는 경우에는 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익이 각각 독립된 계정과목에 의하여 기록ㆍ관리되어야 하는 것임.

○ 서삼46019-10827, 2002.05.17

합병법인이 피합병법인의 이월결손금 승계에 관한 법인세법 제45조의 규정을 적용함에 있어 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 기타의 사업을 같은법 제113조 제3항의 규정에 따라 구분경리하고 있는 사실이 당해 법인의 전산시스템, 원시자료 등에 의하여 객관적으로 인정되는 경우에는, 당초 법인세법 제60조의 규정에 의한 법인세 과세표준 등의 신고기한까지 소득구분계산서(법인세법시행규칙 「별지 제48호 서식」)를 작성·제출하지 못한 경우에도 같은법 제45조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 것임.