※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○ 사실 관계

   -’80. . 서울시교육청 소유 영등포 신길 소재 학교용지 위에 무허가건물(공장사용) 취득

      *’90～’98 토지사용료 납부(서울시교육청)

   - ’98.11.7. 상기 토지를 취득하기 위한 서울시교육청과 매매계약

     ․’98.11.7. 계약금 8,286,000원

     ․’99.1.5. 중도금 8,286,000원

     ․’99.11.～’08.11. 잔금 66,288,000원 10회 부불

      * ’99년부터 토지사용료 납부하지 않음

   - ’08.11.10. 소유권 이전등기

 ○ 질의 내용

   - 이 경우 토지의 취득시기와 장기보유특별공제가 가능한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 구 소득세법 시행령(1998.12.31. 대통령령15969호로 개정된 것)

제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.(1998. 12. 31. 개정)

   1.～2. 생략

   3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일전에 소유권이전등기등을 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. (1998. 4. 1. 직제개정)

   (이하 생략)

○ 구 소득세법 시행령 (1999.12.31. 대통령령16664호로 개정된 것)

 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

  ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

   1. ～2. 생략

   3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 (1999. 12. 31. 개정)

   4. ～6. 생략

   (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 부 칙 (1999. 12. 31 대통령령 제16664호로 개정된 것)

제7조【양도소득에 관한 적용례】

① 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

  ② 생략

  ③ 제162조 제1항 제3호의 개정규정은 이 영 시행후 최초의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행당시 종전의 규정에 의하여 양도 또는 취득의 시기가 도래한 것에 대하여는 종전의 규정을 적용한다.

  ④ 생략

○ 소득세법 시행규칙 (1999.05.07. 재정경제부령78호 개정된 것)

제78조 【건축물 등의 정의】

  ①～② 생략

  ③ 영 제162조 제1항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 장기할부조건”이라 함은 영 제157조ㆍ제158조에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. (1998. 8. 11. 직제개정)

   1. 당해 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것(1999. 5. 7. 개정)

   2. 양도하는 자산의 인도여부에 불구하고 첫회 부불금지급일의 다음날부터 최종의 부불금 지급일까지의 기간이 1년 이상인 것

 ○ 소득세법 제104조의 3【비사업용 토지의 범위】

  ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

   1.～3. 생략

   4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    가.「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설)

    다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

    (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제168조의 6【비사업용 토지의 기간기준】

법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

  1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

  2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

  3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만인 경우에는 가목을 적용하지 아니한다. (2009. 2. 4. 단서신설)

   가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설)

   나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정)

  ② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2008. 12. 26. 개정)

  (표1, 2 생략)

  ③ 생략

  ④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. (1996. 12. 30. 단서신설)

  ⑤ 생략

○ 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

   1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 (2008. 12. 26. 개정)

      제55조 제1항에 따른 세율

   2.～2의 6. 생략)

   2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 (2005. 12. 31. 신설)

          양도소득과세표준의 100분의 60

    (이하 생략)

  ② ～ ⑤ 생략

  ⑥ 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의 2에 따른 세율)을 적용한다. (2009. 5. 21. 개정)

나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)

○ 재산세과-411, 2009.10.07

 「소득세법 시행령」(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 것) 제162조 제1항 제3호의 규정은 부칙 제7조 제3항 규정에 따라 2000.1.1. 이후에 최초의 소유권이전등기(등록 및 명의개서 포함) 접수일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용하는 것이며, 귀 질의의 경우에는 개정 전 규정에 따라 첫회 부불금 지급일(첫회 부불금 지급일 전에 소유권이전등기 등을 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일)이 취득시기가 되는 것임

○ 서면인터넷방문상담4팀-273, 2008.01.30

1. 「소득세법」제104조 제1항 제2호의 7에서 규정하는 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 같은법 시행령 제168조의 6에서 정하는 기간 동안 같은 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것입니다.

  2. 위 2.의 규정을 적용함에 있어 건축물의 부수토지는 당해 토지를 소유하는 기간 중「소득세법 시행령」제168조의 6 규정에서 정하는 기간동안 같은법 제104조의 3 제1항 제4호 나목(「지방세법」제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지)에 해당되는 경우에는 비사업용 토지에서 제외되는 것이며 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실관계를 종합하여 판단할 사항입니다.

 ○ 서면5팀-132, 2008.01.17

  1. 소득세법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 「같은 법 시행령」 제168조의 14 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는「같은 법」제104조의 3 제1항 규정의 “비사업용 토지”로 보지 아니하는 것임.

  2. 거주자가 2007.1.1. 이후에 양도하는 토지가 소득세법 제104조의 3 규정에 의한 비사업용 토지에 해당되지 아니하는 경우에는 같은 법 제104조 제1항 제2호의 7 규정에 의한 양도소득세의 중과세율(60％)이 적용되지 아니하는 것이며, 이 경우 양도하는 토지에 대하여 양도소득세의 중과세율(60％)이 적용되지 아니하는 경우에는 같은 법 제95조 규정에 의한 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것임.

 ○ 심사양도2009-0236, 2009.11.18

  청구인이 주장하는 무허가건물은 소득세법 및 지방세법의 규정에 의하여 별도합산과세대상에서 제외되는 건축물에 해당하는 것으로 동 부속토지는 소득세법 규정에 의한 비사업용토지에 해당되는 것으로 청구주장은 이유 없음