※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

 ○사실 관계

  - ’03. 9. . 갑이 강남구 청담동 소재 3층 다가구주택 취득

               * 갑과 자 1명만 거주하고 배우자는 사업관계로 관악구에 거주

               * 지하1층～2층 9가구(원룸)는 주택임대사업자등록을 하고 임대 중

  - ’09. 7. . 강남 압구정동 소재 아파트 1채 취득

  - ’10. 1. . 강남 청담동 소재 다가구주택(고가주택) 양도예정

 ○ 질의 내용

   ① 일시적 1세대 2주택으로 비과세 적용여부

   ② ①에서 비과세 규정을 적용할 수 없는 경우 장기보유특별공제방법

   ③ 취득당시의 매매계약서를 분실하여 매매금액 등을 정산한 수첩 등에 기재한 금액이 취득계약서로 인정이 되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

 ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

  ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2008. 2. 22. 단서개정)

   1.～ 3. 생략

  ② ～ ④ 생략

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (1995. 12. 30. 개정)

  ⑥ 제1항에서 “가족”이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다. (1998. 12. 31. 개정)

  (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. (2008. 11. 28. 개정)

  ② ～ ⑭ 생략

⑮ 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 다가구주택(이하 “다가구주택”이라 한다)을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

   (이하 생략)

○ 소득세법 시행규칙 제74조 【다가구주택】

 영 제155조 제15항에서 “기획재정부령이 정하는 다가구주택”이라 함은「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. (2008. 4. 29. 직제개정)

○ 건축법 시행령【별표 1】 (2009. 8. 5. 개정)

    용도별 건축물의 종류(제3조의 4 관련)

   1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정보육시설ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터 및 노인복지시설을 포함한다] (2009. 7. 16. 개정)

    가. 나. 생략

    다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

     1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

     2) 1개 동의 주택으로 쓰는 바닥면적(지하주차장 면적은 제외한다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것

    3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것

    (이하 생략)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 생략

  ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2009. 12. 31. 개정)

   표 1 생략

   표 2 보유기간 공제율

    3년 이상 4년 미만 100분의 24

    4년 이상 5년 미만 100분의 32

    5년 이상 6년 미만 100분의 40

    6년 이상 7년 미만 100분의 48

    7년 이상 8년 미만 100분의 56

    8년 이상 9년 미만 100분의 64

    9년 이상 10년 미만 100분의 72

    10년 이상 100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다. (2009. 12. 31. 개정)

  ⑤ 생략

○ 소득세법 시행령 제159조의 2 【장기보유특별공제】 (2008. 2. 22. 제목개정)

 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

○ 소득세법 (2009.05.21. 법률9672) 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

   1. ～ 2의 4. 생략

   2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설)

      양도소득과세표준의 100분의 50

   2의 6. ～ 5. 생략

  ② ～ ⑤ 생략

  ⑥ 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의 2에 따른 세율)을 적용한다. (2009. 5. 21. 개정)

 ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

  ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정)

   1. ～ 5. 생략

   6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2009. 12. 31. 개정)

      양도소득 과세표준의 100분의 50

   7. ～ 11. 생략

  ② ～ ⑤ 생략

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. (2009. 12. 31. 개정)

 ○ 소득세법 시행령 제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

  ① 생략

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주택수의 계산은 다음 각호의 방법에 의한다. (2003. 12. 30. 신설)

   1. 다가구주택 : 제155조 제15항의 규정을 준용하여 주택수를 계산한다. 이 경우 거주자가 선택하는 경우에 한한다. (2003. 12. 30. 신설)

   (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제167조의 5【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 5에서“대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

   1. ～ 6. 생략

   7. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 2년이 지나지 아니한 경우(2년이 지난 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에 한한다] (2008. 11. 28. 개정)

   8. 9. 생략

  ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제167조의 3 제2항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. (2008. 10. 7. 개정)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

  ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)

   1. 취득가액 (2009. 12. 31. 개정)

    가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 (2009. 12. 31. 개정)

    나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2009. 12. 31. 개정)

   2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2009. 12. 31. 개정)

   3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2009. 12. 31. 개정)

  ② 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)

③ 제1항과 제2항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. (2009. 12. 31. 개정)

   1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액(제2항에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 금액)에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다. (2009. 12. 31. 개정)

    가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액 (2009. 12. 31. 개정)

    나. 생략

    다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액 (2009. 12. 31. 개정)

   2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액 (2009. 12. 31. 개정)

  ④ ～ ⑥ 생략

  ⑦ 제1항 제1호 가목 본문을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2009. 12. 31. 개정)

   1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우 (2009. 12. 31. 개정)

   2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 (2009. 12. 31. 개정)

○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

  ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

   1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

  ② ～ ⑩ 생략

⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

   1. 생략

   2. 거주자가 부동산 취득시 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(「주택법」제80조의 2에 따른 주택거래신고의 대상인 주택의 경우에는 동법 제80조의 2 제1항에 따른 주택거래가액을 말하며, 이하 이 호에서 “실제거래가격”이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

  ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

  ⑬ 생략

나. 관련사례 (예규, 해석사례, 심사례, 심판례, 판례)

○ 법규과-78, 2010.01.20

   귀 과세기준 자문의 경우 거주자 및 배우자 등이 구성하는 1세대가 1주택을 보유하면서 배우자가 가정불화로 인한 별거 등 부득이한 사유로 해당 주택에서 일시 퇴거한 경우 나머지 세대원이 거주요건을 충족하였다면 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용받을 수 있으며, 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항입니다.

○ 재산세과-724, 2009.11.12

 「소득세법」 제95조 제2항의 규정에 의하여 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 같은법 시행령 제159조의2에 규정된 1세대 1주택(1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말하며, 같은령 제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함함)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 「같은법」 제95조 제2항 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산하는 것입니다.

 ○ 서일46014-11862, 2003.12.22

   구 소득세법시행령(2002.10.1.자로 개정되기 전의 것) 제156조(고급주택의 범위)의 규정을 적용함에 있어서 소득세법시행규칙 제74조에서 규정하는 다가구주택은 원칙적으로 공동주택으로 보아 고급주택 규정을 적용하는 것이나, 소득세법시행령 제155조 제15항의 규정에 의하여 다가구주택을 단독주택으로 보아 1세대 1주택 비과세규정을 적용하는 경우에는 고급주택 규정 적용시 다가구주택을 단독주택으로 취급하여 고급주택 여부를 판단하는 것임.

 ○ 서면인터넷방문상담4팀-572, 2008.03.06

 실지거래가액에 의하여 부동산의 양도차익을 계산함에 있어 ‘실지거래취득가액’이라 함은 취득당시 거래당사자간에 거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 것을 말하는 것이며, 객관적인 자료로서 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 그 취득가액은「소득세법」제97조 제1항 제1호 나목 및「같은법시행령」제163조 제12항의 규정에 따라 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 순차적으로 적용하여 산정하는 것입니다.