※ 붙임 : 관련 참고자료
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 2002년 거주자 7명이 6억원씩(총 42억원) 출자하여 토지를 취득하고, 대출을 받아 건물을 신축한 후 병원을 운영하다 수익금액분배 문제로 분쟁이 발생하여 아래와 같이 화해결정을 받음(2009.12.3. 서울중앙지법)
<화해내용>
․ 원고들(2명)은 피고 5명에게 7억원씩 지급(총 35억원)
․ 피고들은 부동산(지분 각 1/7)을 원고들에게 소유권이전
* 부동산 : 수원시 영통구 소재 대지 2필지 및 병원건물(지하2층, 지상7층)
․ 피고들은 유체동산(의료기기 및 기타 집기 일체) 인도
․ 피고들은 채권(지분 각 1/7)을 원고들에게 양도
* 채권 : 정기적금, 보증금, 리스보증금 168,315,000원
․ 원고들은 채무 중 피고들 지분을 면책적으로 인수
* 채무 : 차입금, 리스, 기타부채 5,976,798,948원
․ 원고들은 피고 이◇◇와 이◇◇의 처 명의의 아파트에 설정되어 있는 근저당권설정등기(채권최고액 1억 5천만원, 채권자 ▲▲주식회사)를 말소해 주기로 함(말소에 갈음하여 피고 이◇◇에게 1억 5천만원을 지급하는 것도 가능)
․ 부동산 지분 이전 과정에서 발생하는 양도소득세, 취득세, 등록세 등 일체의 세금은 원고들이 부담함(대금 7억원 중 6억원은 부동산, 1억원은 유체동산에 대한 대금으로 지급한 것임)
․ 병원의 종합소득세 중 2009.1.1～2009.6.30.까지의 부분은 원고와 피고가 공동으로 납부하고, 2009.7.1. 이후 발생한 부분은 원고들이 납부함
․ 의료사고에 따른 손해배상채무는 원고들이 부담. 다만, 2009.11.27. 이전에 법원에 소장이 접수된 의료사고의 경우에는 각 지분별로 부담
․ 세무조사로 인하여 발생하는 추징세액은 원고들이 부담. 다만, 2009.11.27. 이전에 세무조사 개시된 경우에는 각 지분별로 부담
․ 피고들은 병원에 대한 일체의 권리를 포기함
․ 피고들은 2011.12.31.까지 수원시 영통구, 용인시 기흥구에서 산부인과 병원을 운영(개업, 동업, 근무)할 수 없음
- 2009.12.16. 원고들 대금 입금(각 피고인들에게 7억원씩)
- 2010.2.11. 부동산 소유권이전등기
- 현재 채무인수는 이루어지지 않음
○ 질의내용
- 위 피고인들 지분의 부동산 양도시기 및 양도가액
2. 질의내용에 대한 자료
○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】
① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
3. 이하 생략
② 이하 생략
○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「지적법」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
나. 지상권
다. 전세권과 등기된 부동산임차권
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
나. 이용권ㆍ회원권, 그 밖에 그 명칭과 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 구성원이 된 자에게 부여되는 시설물 이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자보다 유리한 조건으로 시설물 이용권을 부여받게 되는 경우 그 주식등을 포함한다)
다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산
② 제1항제3호 및 제4호에 모두 해당되는 경우에는 제4호를 적용한다.
○ 소득세법 제96조 【양도가액】
① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.
② 이하 생략
○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】
① 생략
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】
① ～ ⑤ 생략
⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.
⑦ 생략
○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】
① ～ ③ 생략
④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.
⑤ 삭제 <2000.12.29 부칙>
○ 소득세법 시행령 제159조 【부담부증여에 대한 양도차익의 계산】
① 생략
② 제1항을 적용할 때 양도소득세 과세대상에 해당하는 자산과 해당하지 아니하는 자산을 함께 부담부증여하는 경우로서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우 채무액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.
과세대상 자산가액
채무액 = 총 채무액 × ───────────
총 증여 자산가액
○ 소득세법 기본통칙 97-6 【매입자부담의 양도소득세 등 필요경비산입】
주택신축판매업자가 사업용 아파트 부지매입시 토지소유자에게 토지대금 이외에 양도소득세 등을 매수자가 부담하기로 약정하고 이를 실지로 지급하였을 경우 매도자는 동 양도소득세상당액을 포함한 가액을 양도가액으로 보고 매수자는 동 세액상당액을 매입원가로서 필요경비에 산입한다.
「구 소득세법」제96조 규정에 의하여 양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의하는 것이며, 이때 매매대금의 일부를 양수인이 양도인의 채무를 인수하는 조건으로 매매계약을 체결한 경우 그 채무액은 양도인의 양도가액에 포함되는 것임
토지ㆍ건물의 양도에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 산정하는 때에 매매대금의 일부를 매수인이 매도인의 채무를 인수하는 조건으로 매매계약을 체결한 경우 그 채무액은 양도인의 양도가액에 포함되는 것임
○ 서면4팀-3661, 2007.12.26.
1. 「소득세법」 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 동법 시행령 제166조 제6항 및 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산하는 것임
2. 양도차익을 실지거래가액으로 계산함에 있어서 양도소득세를 매수자가 부담하기로 약정하고 이를 실지로 지급하였을 경우 동 양도소득세 상당액을 포함한 가액을 양도자의 양도가액으로 보고 동 세액상당액을 양수자의 매입원가로서 필요경비에 산입하는 것이나, 매매약정내용에 관계없이 매매계약을 체결한 후 양수자가 양도자의 양도소득세를 아무런 조건 없이 대신 납부한 때에는 양수자가 대신 납부한 양도소득세액을 양도자에게 증여한 것으로 보아 별도로 증여세가 과세되는 것으로서, 양도소득세가 양도가액에 포함되는지 여부는 매매약정내용, 양도소득세 지급 여부 등 사실관계를 확인하여 판단할 사항임