[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣이 제정되어 기존의 ｢농업․농촌 식품산업 기본법｣에 따라 설립된 영농조합법인이 조합원의 합의에 따라 ｢상법｣상 합자회사 또는 합명회사로 조직변경이 가능

나. 질의내용

○특별법에 의해 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 등으로 인해 ｢상법｣상의 회사로 조직변경하는 경우 사업연도 계속 여부 및 청산소득에 대한 과세특례 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제2조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

 1. 각 사업연도의 소득

 2. 청산소득

 3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득

② ～ ③ 생략

○ 법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】

내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.

 1. 「상법」의 규정에 의하여 조직변경하는 경우

 2. 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직변경하는 경우

 3. 그 밖의 법률에 의하여 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

○ 법인세법 시행령 제120조의 11【법인의 조직변경 범위】

법 제78조 제3호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 「변호사법」에 의하여 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우와 「관세사법」에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우를 말한다.

○ 법인세법 기본통칙 3-0…1【비영리내국법인의 납세의무】

비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

○ 3-0…2【해산한 비영리내국법인의 납세의무】

비영리내국법인이 해산한 경우에도 그 청산기간 중 수익사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다.

○ 법인세법 제6조【사업연도】

① 사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

② 법령 또는 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항의 규정에 의한 법인설립신고 또는 제111조의 규정에 의한 사업자등록과 함께 납세지 관할세무서장(제12조의 규정에 의한 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 이를 신고하여야 한다.

③ 제94조의 규정에 의한 국내사업장(이하 “국내사업장”이라 한다)이 있는 외국법인으로서 법령 또는 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제2항의 규정에 의한 국내사업장설치신고 또는 제111조의 규정에 의한 사업자등록과 함께 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다.

④ 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조 제3호 또는 제7호의 규정에 따른 소득이 있는 법인은 따로 사업연도를 정하여 그 소득이 최초로 발생하게 된 날부터 1월 이내에 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다.

⑤ 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.

⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 기본통칙6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】

｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.

○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제18조【영농조합법인 및 영어조합법인의 조직변경】

① 영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 합명회사(합명회사)인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.

② 영농조합법인 또는 영어조합법인은 총조합원의 일치로 총회의 결의를 거쳐 조합원의 일부를 유한책임사원으로 하거나 유한책임사원을 새로 가입시켜 합자회사(합자회사)인 농업회사법인 또는 어업회사법인으로 조직을 변경할 수 있다.

③ 영농조합법인 또는 영어조합법인이 제1항 또는 제2항에 따라 조직변경의 결의를 한 경우에는 그 결의가 있는 날부터 2주 내에, 조합 채권자에 대하여 조직변경에 이의가 있으면 일정한 기간 내에 이를 제출할 것을 정관으로 정하는 바에 따라 1개월 이상 공고하고 이미 알고 있는 채권자에 대하여는 따로따로 공고 내용을 알려야 한다.

④ 채권자가 제3항에 따른 일정 기간 내에 이의를 제기한 경우에는 영농조합법인 또는 영어조합법인이 채무를 변제하거나 상당한 담보를 제공하지 아니하면 조직변경의 결의는 효력을 발생하지 아니한다.

⑤ 채권자가 제3항의 기간 내에 조직변경의 결의에 대하여 이의를 제기하지 아니한 경우에는 조직변경을 승인한 것으로 본다.

⑥ 영농조합법인 또는 영어조합법인이 제1항 또는 제2항의 조직변경을 한 때에는 본점소재지에서는 2주 내에, 지점소재지에서는 3주 내에 영농조합법인 또는 영어조합법인은 해산등기를, 농업회사법인 또는 어업회사법인은 설립등기를 하여야 한다.

⑦ 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원으로서 제2항에 따라 유한책임사원이 된 자는 제6항에 따른 본점 등기를 하기 전에 생긴 영농조합법인 또는 영어조합법인의 채무에 대하여 등기 후 2년이 될 때까지 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원으로서 책임을 진다

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-637(2009. 5.28)

｢인터넷주소자원에 관한 법률｣에 의해 설립된 “한국인터넷진흥원”과 ｢정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률｣에 의해 설립된 “한국정보보호진흥원” 및 ｢정보화촉진 기본법｣에 의해 설립된 “정보통신국제협력진흥원”이 ｢정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률｣의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 포괄 승계되어 “한국인터넷진흥원”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임

○ 법인세과-491(2006.04.24)

법인이 ｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로,

｢친환경상품 구매촉진에 관한 법률｣에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하는 “친환경상품진흥원”과 ｢환경기술개발 및 지원에 관한 법률｣에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하지 않는 “한국환경기술진흥원”이 ｢환경기술개발 및 지원에 관한 법률｣의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 포괄 승계되어 “한국환경산업기술원”으로 조직변경되는 경우 “한국환경기술진흥원”의 고유번호증을 반납하고 “친환경상품진흥원”의 사업자등록증은 기존의 신고사항 중 법인명․대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임

○ 법인세과-353(2009. 3.26)

｢민법｣에 의해 설립된 비영리법인인 재단법인 한국석유품질관리원이 ｢석유 및 석유대체연료사업법｣의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리․의무가 포괄 승계되어 한국석유관리원으로 조직변경되는 경우 종전 법인의 해산에 따른 청산소득에 대한 법인세의 신고․납부의무는 없는 것이며, 이 경우 조직변경되는 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것이고, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 법인명․대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하여야 하는 것임

○ 서면2팀-1005(2008.05.22)

상법ㆍ기타법령 등의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임. (같은뜻 서면2팀-2141, '07.11.23, 서면2팀-1150, '06.6.19, 법인46012-559, '00.02.28 외 다수)