사실관계 및 질의요지

○ 질의법인은 비영리법인으로 당해 법인 비영리사업부서 직원의 지방근무를 위한 숙소를 임대차계약을 체결하고 월세를 지급하려고 함

○ 당해 숙소의 임대인은 사업자등록이 되지 아니하여 월세를 지급할 경우 세금문제가 발생하는지 여부

□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)

□ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

□ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (1999. 5. 24. 개정)

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005. 2. 28. 후단개정)

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. (1999. 5. 24. 개정)

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. (1999. 5. 24. 개정)

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 (1999. 5. 24. 개정)

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. (1999. 5. 24. 개정)

□ 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증빙서류를 공제되는 소득의 귀속 사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다. (2008. 12. 26. 단서신설)

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증빙서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다) (2006. 12. 30. 개정)

1의 2. 현금영수증 (2006. 12. 30. 신설)

2. 「부가가치세법」 제16조의 규정에 의한 세금계산서 (2006. 12. 30. 개정)

3. 제121조 및 「소득세법」 제163조의 규정에 의한 계산서 (2006. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 제112조 【장부의 비치ㆍ기장】

납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제3조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다. (2009. 12. 31. 단서개정)

□ 법인세법 제120조의 3 【매입처별세금계산서합계표의 제출】

① 「부가가치세법」 및 「조세특례제한법」에 따라 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법인은 재화 또는 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 따라 세금계산서를 교부받은 때에는 대통령령이 정하는 기한 이내에 매입처별세금계산서합계표(「부가가치세법」 제20조의 규정에 따른 매입처별세금계산서합계표를 말한다. 이하 같다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」 제20조 제4항의 규정에 따라 제출한 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 신설)

② 매입처별세금계산서합계표의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 신설)

□ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 「부가가치세법」 제12조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에게 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서를 교부하여야 한다. (2001. 12. 31. 신설)

④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서 등을 교부하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령이 정하는 경우에는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 “매출ㆍ매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제3항의 규정에 따라 계산서를 교부받은 법인은 그 계산서의 매입처별합계표를 제출하지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 단서신설)

⑥ 「부가가치세법」에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 내지 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 계산서 등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

⑦ 계산서 등의 작성ㆍ교부 및 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 항번개정)

□ 법인세법 제76조 【가산세】

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 「부가가치세법」 제22조 제2항부터 제5항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분을 제외한다. (2008. 12. 26. 단서개정)

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 (1998. 12. 28. 개정)

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 (2001. 12. 31. 개정)

3. 제120조의 3 제1항의 규정에 따라 매입처별세금계산서합계표를 동조에 따른 기한 이내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 매입처별 세금계산서합계표에 대통령령이 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우 (2006. 12. 30. 신설)

○ 서이46012-10356(2001.10.15)

【질의】

1. 질의요지

당 시에서 매년 개최되는 전주풍남제를 (사)전주풍남제전위원회에 보조금을 교부하여 시행하고 있음.

보조금 정산서의 지출증빙서류에 있어 부가가치세법 제16조 및 동법 제25조에 의거 세금계산서를 보완토록 하였으나 (사)풍남제전위원으로부터 비영리법인의 비수익사업인 경우 세금계산서를 붙이지 않아도 된다는 회신이 있어

이를 명확히 하여 향후 보조사업의 정산에 지침이 되도록 하고자 질의함.

2. 공인회계사 ○○회계사무소 의견

ｏ 법인세법 제116조와 동법 제76조 제5항, 동법시행령 제158조 제1항 제1호 및 동시행령 제120조 제2항에 의거 비영리법인은 수익사업이 아닌 비영리법인의 고유 목적사업에 해당되므로 지출되는 경비에 대하여 그 공급자로부터 세금계산서를 수취하지 않아도 법인세법상 불이익을 당하지 않을 것으로 해석됨.

3. 의견

〈갑설〉비영리법인인 풍남제전위원회에서 시행하는 문화행사라 할지라도 제전위측에서 일반 사업자에게 재화나 용역을 제공받고 금품을 지급하였을 경우 이에 대한 영수방법으로서 부가가치세법 제16조에 의한 세금계산서를 발행하여야 하며 이를 지출증빙서류로서 첨부하여야 함.

〈을설〉법인세법 제116조와 동법 제76조 제5항, 동법시행령 제158조 제1항 제1호 및 동시행령 제120조 제2항에 의거 비영리법인은 수익사업이 아닌 비영리법인의 고유목적사업에 해당되므로 지출되는 경비에 대하여 그 공급자로부터 세금계산서를 수취하지 않아도 됨.

〈병설〉세금계산서 발급문제는 사업자 개인의 납세의무 문제이며 세금계산서 미발급으로 인한 세금탈루여부 가능성까지 제전위측에서 책임지고 방지해야 되는 것이 아니며 따라서 제전위측은 대급지출 증빙의 의무만 성실히 하면 됨.

(실제 모든 지급방법을 계좌입금하고 있으며 일반영수증을 같이 받고 있음)

【회신】

1. 귀 질의의 경우 법인세법시행령 제2조 제1항의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 법인세법 제116조 제2항 각호의 1에 해당하는 지출증빙서류를 수취 및 보관하지 아니하는 경우에는 같은법시행령 제120조 제2항 제2호의 규정에 의하여 법인세법 제76조 제5항 및 제9항의 가산세가 징수되지 아니하는 것이나,

  비영리법인에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 소득세법 제163조 및 법인세법 제121조의 규정에 의한 계산서를 교부하여야 하는 것이며 이를 교부받은 당해 비영리법인은 교부받은 세금계산서(계산서)의 매입처별세금계산서(계산서)합계표를 법인 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것임.

2. 위와는 별도로 귀 시가 (사)전주풍남제전위원회 등에 지급하는 보조금 정산시 세금계산서 등이 아닌 지출증빙서류를 제출받아 보관하여도 되는지에 대하여는 감사원 등 지방자치단체의 회계에 대한 감사기관에 문의하기 바람.

○ 법인46012-269(2001.02.01)

【질의】

수익사업과 비수익사업을 겸영하는 비영리법인이 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 법인세법 제116조 제2항 각호의 증빙서류를 수취하지 아니한 경우 수익사업분야나 비수익사업분야 모두 증빙불비가산세를 적용해야 하는 것인지 여부

【회신】

수익사업과 비수익사업을 겸영하는 비영리법인이 수익사업과 관련하여 사업자로부터 재화나 용역을 공급받은 경우에 법인세법시행령(2000. 12. 29 대통령령 제17033호로 개정된 것) 제158조 제2항 각호에 규정된 거래 외에는 같은법 제116조 제2항 각호의 지출증빙서류를 수취하여야 하는 것으로 이를 수취하지 아니한 경우에는 같은법 제76조 제5항의 규정에 의한 가산세를 납부하여야 하는 것이나,

비수익사업의 운영과 관련하여 사업자로부터 재화나 용역을 공급받은 경우에는 그러하지 아니하는 것임.