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1. 질의내용 요약

가. 사실관계

- 甲법인은 제조업을 영위하는 중소기업으로 1997.10월부터 ‘경기도 용인시 남사면’에서 본점 및 공장을 갖추고 사업을 영위해오다가 생산규모의 확대를 위해 2003.10월 ‘경기도 안성시’로 이전하기 위해 토지 매매계약을 체결하고 공장 이전에 착수함

- 2004.10월 공장에 대해 임시사용허가를 얻고, 2004.12월 공장 사용승인을 얻었으며, 2004.11월 사업자등록을 정정하는 등 2004.11월까지 본점 및 공장을 수도권외 지역으로 이전하여 사업을 개시함

- 종전의 토지 및 공장은 운휴상태로 유지하다가 2005.2월에 제3자에게 매각함

나. 질의요지

- 질의1) 甲법인은 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 제63조(법률 제6762호)의 부칙 제27조에 따라 개정 전(법률 제6538호)의 동 조항을 적용하여 세액감면을 적용받을 수 있는지 여부

- 질의2) 甲법인은 이전일이 속하는 2004 사업연도 이후부터 현재까지 세액감면 신청을 하지 않았으며, 이에 대해 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 경정청구가 가능한지 여부

- 질의3) 甲법인은 수도권 외 지역으로 이전하기 전부터 주업인 제조업과 그에 부수되는 도매업을 영위하였는데, 감면대상인 ‘이전 후의 공장에서 발생하는 소득’ 범위에 제조업에서 발생한 소득과 도매업에서 발생한 소득이 모두 포함되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제63조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】 (2002.12.11. 법률 제6762호)

① 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2003년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2002.12.11. 개정)

○ 조세특례제한법 제63조 【수도권외 지역 이전중소기업에 대한 세액감면】(2001.12.29. 법률 제6538호)

① 수도권 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2003년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2001.12.29. 개정)

○ 조세특례제한법 부 칙 (2002.12.11.법률 제6762호)

제1조 【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의 2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의 3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의 2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다.

제15조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면에 관한 적용례】

① 제63조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장을 수도권 과밀억제권역외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.

② 제63조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공장을 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 부 칙 (2002.12.11.법률 제6762호) 제27조 【수도권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면에 관한 경과조치】

이 법 시행 당시 종전의 제63조의 규정에 따라 수도권안의 공장시설을 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 2003년 12월 31일까지 수도권외 지역의 토지 및 공장시설의 구입계약을 체결하거나 공장 건축허가를 취득하는 등 실질적으로 이전에 착수하고, 2005년 6월 30일까지 공장시설을 수도권외의 지역으로 전부 이전하여 사업을 개시한 중소기업의 경우에는 제63조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따라 세액감면을 적용받을 수 있다. (2004.12.31. 개정)

○ 조세특례제한법 제2조 【정 의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998.12.28. 개정)

9.“수도권”이라 함은 「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권을 말한다. (2005.12.31. 신설)

10.“수도권과밀억제권역”이라 함은 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역을 말한다. (2005.12.31. 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 [별표 7] (2002.12.30. 삭제 전)

대도시권의 지역(제56조제2항·제57조 및 제61조 관련)

<비 고>

1. 제1호의 경우에 산업입지및개발에관한법률에 의하여 건설교통부장관이 지정한 반월특수지역 및 산업입지및개발에관한법률에 의하여 건설교통부장관의 승인을 얻어 인천광역시장이 지정한 인천주물지방산업단지, 공업배치및공장설립에관한 법률에 의하여 산업자원부장관이 지정한 인천광역시 남동유치지역 및 도시계획법에 의하여 철도청장이 건설하는 서울남부철도화물기지중 재정경제부령이 정하는 지역을 제외한다.

2. 제2호 및 제3호의 경우에 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지를 제외한다. (99.10.30. 개정)

○ 국세기본법 제45조 의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

○ 조세특례제한법 시행령 제54조【공장의 범위등<개정 1999.10.30>】

①법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2에서 "공장"이라 함은 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. <개정 1999.10.30, 2000.1.10, 2001.12.31, 2003.12.30>

②법 제60조·법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다. <개정 1999.10.30, 2000.1.10, 2001.12.31, 2003.12.30>

나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-2148, 2005.12.22

조세특례제한법 제63조의 규정을 적용함에 있어 2002.12.11. 법 개정 전 규정에 따라 수도권 안의 공장시설을 수도권 외의 지역으로 이전하기 위하여 2003년 12월 31일까지 수도권 외 지역의 토지 및 공장시설의 구입계약을 체결하거나 공장 건축허가를 취득하는 등 실질적으로 이전에 착수하고, 2005년 6월 30일까지 공장시설을 수도권 외의 지역으로 전부 이전하여 사업을 개시한 중소기업의 경우에는 제63조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따라 세액감면을 적용받을 수 있는 것으로, 2002.12.11. 법 개정 전 조세특례제한법 제63조에서 규정한 수도권이란 당시 같은 법 별표7 [대도시권역]에서 규정한 제1호의 수도권을 말하는 것으로 ○○시 ○○읍에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인으로서 창업 후 2년이 경과된 중소기업이 같은 법 시행령 제60조 제1항 각호의 요건을 갖추어 수도권 외의 지역인 ○○시로 그 공장시설을 전부 이전한 경우 같은 법 제63조에서 규정한 세액감면을 적용받을 수 있는 것임

○ 서면2팀-49, 2006.01.06

법인이 수도권과밀억제권역 안의 공장시설 및 본사를 수도권 외의 지역으로 이전하기 위하여 2003.12.31. 이전에 수도권 외의 지역에 소재하는 본사 및 공장용지 구입계약과 신공장 등의 건축설계에 착수한 경우에는「조세특례제한법」부칙(2003.12.30. 법률 제7003호) 제38조 제3항 규정의 ‘실질적으로 지방이전에 착수’한 경우로 보아 같은 법 제63조의 2(2003.12.30. 개정되기 전의 것)의 규정을 적용받을 수 있는 것임

○ 법인세과 - 278, 2009.01.22

1997년도에 창업하여 조세감면규제법 제6조에 해당하는 법인이 법인세 과세표준신고서를 법정 신고 기한내에 제출한 경우로서 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제 조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우에는 국세기본법 제45조의2의 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 것임

○ 서면2팀-543, 2007.03.29

법인이 세액의 감면 및 세액공제의 요건을 모두 충족을 하였으나 세액감면신청서 또는 공제신청서를 제출하지 않고 당해연도에 납부할 세액이 있어 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있음에도 불구하고 공제ㆍ감면을 적용받지 않은 경우에는 경정청구를 통하여 공제ㆍ감면을 적용 받을 수 있는 것이며, 이와 관련한 기 질의회신문(서면2팀-2068, 2005. 12. 14) 참조

○ 서면2팀-730, 2006.05.02

과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 내국법인이 2004사업연도 법인세 조사 시 창업중소기업에 대한 세액감면 요건에 해당되지 않아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 경정한 후, 경정 시 적용하였던 중소기업에 대한 특별세액감면을 임시투자세액공제로 변경·적용하여 납부할 세액이 감소하는 경우 국세기본법 제45조의 2 각 항에 규정한 기한 내에 경정청구를 할 수 있는 것이나 기한을 경과한 후에는 경정청구를 할 수 없는 것임

○ 서면2팀-2332, 2006.11.14

조세특례제한법 제63조의 규정을 적용함에 있어서 한국표준산업분류표상 세분류를 기준으로 공장의 이전일로부터 소급하여 5년간 영위하던 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 동일한 법인에 대하여 같은법 제63조의 세액감면을 적용하는 것임

○ 서이46012-11304, 2003.07.10

조세특례제한법 제63조의 2의 규정을 적용함에 있어서 한국표준산업분류표상 세분류를 기준으로 본사의 이전등기일로부터 소급하여 5년간 영위하던 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 동일한 법인에 대하여 같은 법 제63조의 2의 세액감면을 적용하는 것임