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1. 질의내용 요약
가. 사실관계
- 정부의 공공기관 선진화 계획에 따라 ｢한국환경공사법｣에 의한 ‘한국환경자원공사’와 ｢환경관리공단법｣에 의한 “△△△공단”이 설립근거 법률의 폐지 및 ｢한국환경공단법｣의 신설에 따라 “○○○공단”으로 통합
- 종전 특별법의 폐지에 따라 해산한 비영리법인의 목적사업은 신설된 특별법에 따라 “○○○공단”이 그대로 수행
- 신설된 법에 따라 “○○○공단”은 통합전 기관의 모든 재산과 권리･의무 및 직원을 포괄승계하고, 통합전 기관의 행위는 신설공단이 행한 것으로 보도록 규정
나. 질의요지
- 신설된 “○○○공단”의 설립이 법인세법상 합병인지 조직변경에 해당하는지 여부
- 조직변경으로 보는 경우 통합으로 인한 기존 법인이 세무상 유보사항이 그대로 승계가 가능한지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제2조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지 등 양도소득
○ 법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】
내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.
1. 「상법」의 규정에 의하여 조직변경하는 경우
2. 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직변경하는 경우
3. 그 밖의 법률에 의하여 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우
○ 법인세법 시행령 제120조의 11【법인의 조직변경 범위】
법 제78조 제3호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 ｢변호사법｣에 의하여 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우와 ｢관세사법｣에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우를 말한다.
○ 법인세법 기본통칙 3-0…1【비영리내국법인의 납세의무】
비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
○ 3-0…2【해산한 비영리내국법인의 납세의무】
비영리내국법인이 해산한 경우에도 그 청산기간 중 수익사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다.
○ 법인세법 제6조【사업연도】
① 사업연도는 법령 또는 법인의 정관 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.
② 법령 또는 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항의 규정에 의한 법인설립신고 또는 제111조의 규정에 의한 사업자등록과 함께 납세지 관할세무서장(제12조의 규정에 의한 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 이를 신고하여야 한다.
(이하생략)
○ 법인세법 제7조 【사업년도의 변경】
① 사업년도를 변경하고자 하는 법인은 그 법인의 직전 사업연도종료일부터 3월이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다.
② 법인이 제1항의 규정에 의한 신고를 기한내에 하지 아니한 경우에는 그 법인의 사업년도는 변경되지 아니한 것으로 본다. 다만, 법령에 의하여 사업연도가 정하여지는 법인의 경우 관련 법령의 개정에 따라 사업연도가 변경된 경우에는 제1항의 규정에 의한 신고가 없는 경우에도 당해 법령의 개정내용과 같이 사업연도가 변경된 것으로 본다. <개정 2000.12.29 부칙>
③ 제1항 및 제2항 단서의 규정에 의하여 사업연도가 변경된 경우에는 종전의 사업년도의 개시일부터 변경된 사업연도의 개시일전일까지의 기간에 대하여는 이를 1사업년도로 한다. 다만, 그 기간이 1월미만인 경우에는 변경된 사업연도에 이를 포함한다.
○ 법인세법 기본통칙6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】
｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.
○ 한국환경공단법 [2009.02.06-9433호]제정
제1조 【목적】
이 법은 한국환경공단을 설립하여 환경오염방지ㆍ환경개선 및 자원순환을 촉진하는 사업을 효율적으로 추진함으로써 환경보전과 순환형 자원관리체계를 마련하는 등 환경친화적 국가발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제17조 【사업】
① 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 환경오염방지ㆍ환경개선 및 자원순환(「자원의 절약과 재활용 촉진에 관한 법률」제2조제1호에 따른 자원순환을 말한다. 이하 같다) 촉진을 통한 자원생산성 향상 등을 위한 정책의 연구, 개발 및 지원
2. 재활용 가능자원 관련 물류시설, 폐기물에너지화시설, 폐기물재활용단지 및 연구시설 등 환경복합시설의 설치ㆍ운영
3. 「환경기술개발 및 지원에 관한 법률」에 따른 환경시설(이하 “환경시설”이라 한다)의 점검ㆍ진단ㆍ검사ㆍ설치ㆍ운영 및 기술지원
4. 환경산업의 육성, 환경시설의 설치, 환경기술의 개발 등 환경개선사업에 필요한 자금의 융자
5. 폐기물의 발생 억제, 부산물ㆍ폐기물의 순환이용(재사용ㆍ재생이용ㆍ재활용 등을 말한다), 폐기물의 친환경적 처리를 위한 사업
6. 대기ㆍ수질ㆍ소음ㆍ실내공기질 등을 측정하기 위한 환경측정망 및 관제센터의 설치ㆍ운영
7. 토양ㆍ지하수 환경의 조사ㆍ평가ㆍ검증ㆍ인증ㆍ정화 사업 및 관리
8. 환경유해인자(화학물질을 포함한다)의 검사ㆍ분석, 유해성시험, 위해성평가 및 관리
9. 환경 관련 국제협약 대응 및 환경시설 설치ㆍ운영 등 국제협력사업
10. 수변구역 매수토지관리ㆍ생태복원, 비점오염원 관리
11. 재활용산업의 육성지원, 재활용제품의 수요촉진, 제품의 자원순환성 평가 및 개발사업의 자원순환성 고려의 지원 등 자원순환 촉진을 위한 사업
12. 환경을 보전하거나 환경오염을 줄이기 위한 온실가스 관련 사업
13. 환경분야 지식ㆍ정보수집, 교육ㆍ홍보, 국내외 협력 및 각급 기관에 대한 지원
14. 공익상 그 수행이 필요하거나 공단의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
15. 제1호부터 제14호까지의 사업을 위한 조사ㆍ측량, 시험ㆍ연구, 통계관리, 정보화, 기술용역, 설계 및 공사의 관리ㆍ감독ㆍ감리
16. 환경오염방지 및 폐자원의 효율적 이용 등에 관한 대국민홍보 및 교육
17. 다른 법령에 따라 공단이 수행할 수 있는 사업
18. 그 밖에 공단의 설립목적을 달성하기 위하여 필요하다고 환경부장관이 인정하는 사업
19. 제1호부터 제18호까지의 사업에 딸린 업무로서 정관으로 정하는 사항
② 공단은 국가나 지방자치단체 또는 그 밖의 자로부터 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이나 그 밖의 환경개선 및 자원순환 촉진사업을 위탁받아 시행할 수 있다.
③ 공단은 제1항 각 호의 사업을 국외에서 시행할 수 있다
부칙 <제9433호,2009.2.6>
제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(다른 법률의 폐지) 한국환경자원공사법과 환경관리공단법은 각각 폐지한다.
제5조(재산과 권리ㆍ의무의 승계 등) ① 공단은 한국환경자원공사와 환경관리공단에 속하는 모든 재산과 권리ㆍ의무를 공단의 설립과 동시에 포괄승계한다.
② 제1항에 따라 포괄승계된 재산과 권리ㆍ의무에 관한 등기부, 그 밖에 공적 문서와 장부에 표시된 한국환경자원공사와 환경관리공단의 명의는 공단의 설립과 동시에 공단의 명의로 본다.
③ 이 법 시행 당시 종전의 한국환경자원공사와 환경관리공단이 시행한 사업 또는 시행 중인 사업은 공단이 시행하였거나 시행 중인 사업으로 본다.
제6조(무상대부 또는 무상사용ㆍ수익에 관한 경과조치) 종전의 ｢한국환경자원공사법｣ 제13조에 따라 한국환경자원공사에 국공유재산을 무상으로 대부한 경우와 ｢환경관리공단법｣ 제16조의6에 따라 환경관리공단에 국유재산을 무상으로 대부하거나 사용ㆍ수익하게 한 경우 그 대부기간 또는 사용ㆍ수익허가기간이 끝날 때까지는 종전의 규정을 따른다.
제7조(조직통합 및 기능 이관에 따른 소속 직원에 대한 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 한국환경자원공사와 환경관리공단의 직원은 공단의 직원으로 본다.
나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 법인세과-936(2009.08.27)
AA공사법 에 의해 설립된 “AA공사”와 BB공단법 에 의해 설립된 “BB공단”이 2010. 1. 1. CC공단법의 시행으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 “CC공단”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것이며, 이 경우 통합일 이전의 2009. 1. 1. ～ 2009.12.31. 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액은 통합 전의 법인이 각각 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것임
○ 법인세과-936(2009.07.14)
관련법령의 변경에 따라 수익사업을 영위하고 있는 3개의 비영리법인이 새로이 하나의 비영리법인으로 통합되는 경우 법인세 신고방법에 대하여는 아래 회신사례를 참고하시기 바람
법인이 상법 ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로,
비영리 내국법인이 관련 법률개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임
○ 법인세과-637(2009.05.28)
공공기관인 “AA진흥원”과 “BB진흥원” 및 CC진흥원”이 ABC에 관한 법률의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 “AA진흥원”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임
○ 법인세과-491(2009.04.24)
법인이 상법ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, dd법률에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하는 “00진흥원”과 ee법률에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하지 않는 “aa진흥원”이 dd법률 의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 “cc기술원”으로 조직변경되는 경우 “aa진흥원”의 고유번호증을 반납하고 “00진흥원”의 사업자등록증은 기존의 신고사항 중 법인명·대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임
○ 서면2팀-1005(2008.05.22)
(사실관계)
2008.7.1일자로 시행될 ｢산업재해보상보험법｣ 일부 개정법률에 의해 (재)산재의료관리원(이하 관리원)이 해산하고, 새로 설립되는 한국산재의료원(이하 의료원)에게 모든 재산과 권리 및 의무를 포괄적 승계함
(질의요지)
① ｢산업재해보상보험법｣에 의할 경우 관리원이 법률의 개정에 의해 해산하고 의료원이 설립되는 것을 조직변경으로 보아 당해 법인의 사업연도가 조직변경 전 사업연도가 계속되는지, 아니면 관리원과 의료원이 별개의 법인에 해당하여 관리원의 최종 사업연도와 의료원의 최초사업연도로 분리해야 하는지 여부
② 의료원이 관리원의 재산, 권리 및 의무 등을 포괄승계 하도록 규정하고 있는 바, 법인격의 동질성을 유지하면서 단순한 명칭변경등기를 하는 것으로 보아 법인변경등기와 사업자등록정정신고를 하는지, 아니면 ｢산업재해보상보험법｣ 제33조 제3항 및 부칙 제14조 제2항에 따라 법인설립등기를 하고 신규사업자등록을 해야 하는지 여부
(회 신)
상법ㆍ기타법령 등의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임 (같은뜻 서면2팀-2141, '07.11.23, 서면2팀-1150, '06.6.19, 법인46012-559, '00.02.28 외 다수)
○ 서이46012-10911(2002.04.30)
한국공항공단법에 의해 설립된 ○○공단이 동법의 폐지에 따라 한국공항공사법에 의해 설립된 ○○공사에게 모든 재산과 권리·의무를 포괄승계하는 경우에는 법인세법 제78조 규정에 의한 조직변경으로 보아 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니함