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1. 질의내용 요약
○ 질의내용
- 행정중심복합도시등 시행지역내 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국법인이 당해 공장을 사업시행자에게 양도 후 이전할 경우 양도차익의 익금불산입 대상액을 계산함에 있어 당해 공장의 임대부분에 대한 양도차익을 제외하는지 여부
○ 사실관계
- 1984년 설립된 당해 법인의 조치원 공장은 제조업 관련 자가 사용하는 부분과 당해 제조업과 관련한 업체에게 임대한 부분으로 구성되어 있음
‧ 당 법인의 조치원 공장 전체를 행정중심복합도시등 사업시행자에게 양도하였음(동일 규모의 공장시설 이전계획)
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제85조의2【 행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방 이전에 대한 과세특례 】
① 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시개발예정지구(이하 이 조에서 "행정중심복합도시등"이라 한다)에서 공장시설을 갖추고 사업을 하는 내국인이 대통령령으로 정하는 행정중심복합도시등 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 2012년 12월 31일까지 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다.
1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.
2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세이연을 받는 방법
② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방으로 이전하지 아니하거나 해당 공장 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업 또는 해산한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다.
③ 행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 하던 내국인이 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 이전사업에서 발생하는 소득에 대해서는 이전일 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 이전사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
④ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑤ 제3항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 제출하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제79조의3 【행정중심복합도시·혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례】
①법 제85조의2제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 행정중심복합도시등 밖"이란 「신행정수도 후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」 제2조에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조, 제79조의8 및 제79조의10에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. <개정 2008.2.22 부칙, 2010.2.18 부칙>
1. 수도권과밀억제권역
2. 부산광역시(기장군을 제외한다)·대구광역시(달성군을 제외한다)·광주광역시·대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다.
②법 제85조의2제1항제1호 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2008.2.22 부칙, 2010.2.18 부칙>
1. 행정중심복합도시등에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재 「법인세법」 제13조제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 차감한 금액
2. 기존공장의 양도가액 중 지방에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "지방공장"이라 한다)의 취득(지방에서 공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)
3. 지방공장의 면적비율 : 다음 산식에 따른 비율(100분의 100을 한도로 한다)
지방공장의 면적 - 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적
1 - ──────────────────────────────────── 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적
③법 제85조의2제1항제2호에 따른 과세이연을 적용받는 금액은 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 「소득세법」 제95조제1항에 따른 양도차익
2. 기존공장 양도가액 중 지방공장의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)
3. 지방공장의 면적비율 : 다음 산식에 따른 비율(100분의 100을 한도로 한다)
지방공장의 면적 - 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적
1 - ──────────────────────────────────── 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적
④제2항 및 제3항을 적용하는 경우 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액 및 면적은 이전(예정)명세서상의 예정가액 및 취득예정면적에 따른다.
⑤법 제85조의2제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 기존공장 또는 지방공장의 대지가 기획재정부령으로 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대해서는 법 제85조의2제1항을 적용하지 아니한다. <개정 2008.2.29 부칙, 2010.2.18 부칙>
1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 경우
2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우
⑥법 제85조의2제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다. <개정 2010.2.18 부칙>
1. 법 제85조의2제1항제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액
2. 법 제85조의2제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에 「소득세법」 제104조에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말한다) 전액
⑦법 제85조의2제1항을 적용하는 경우 제4항에 따른 취득예정가액 및 취득예정면적에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받은 때에는 실제 취득가액 및 취득면적을 기준으로 제2항 및 제3항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방공장을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 소득금액의 계산의 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.
○ 조세특례제한법 제85조의7【공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례】
① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다. 이하 이 조에서 같다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.
○ 조세특례제한법 제63조 의2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】
① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1>
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
조세특례제한법」제85조의7 규정을 적용함에 있어서, 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일) 현재 임대하는 공장의 대지와 건물을 사업시행자에게 양도하는 경우에는 상기 규정이 적용되지 않는 것입니다.
○ 재정경제부법인세제과-1130, 2007.12.20
「조세특례제한법」제85조의 2 및 같은 법 시행령 제79조의3을 적용함에 있어 첫째, 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이고, 둘째, 이 경우 지방공장의 취득시한의 始期는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것이며, 셋째, 2007.1.1일 전에 기존공장을 양도하였더라도 2007.1.1일 이후 지방공장으로 이전하는 경우에는 과세특례가 적용되고, 넷째, 공장의 기계장치의 양도차익에 대해서는 과세특례가 적용되지 않는 것임