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1. 질의내용 요약
가. 사실관계
- “재단법인 경기바이오센터”는 ｢과학기술기본법｣･｢생명공학육성법｣ 등에 근거하여 바이오산업 육성을 위해 경기도 조례에 의해 설립된 비영리법인으로 주로 고유목적사업을 영위하고 수익사업인 임대업을 일부 영위
- “재단법인 경기개발연구원”은 ｢지방자치단체출연 연구원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 근거하여 경기도 조례에 의해 설립된 고유목적사업만 영위하는 비영리법인으로 부설연구기관인 “재단법인 경기과학기술센터”를 두고 있음
- 2010년도에 경기도는 ｢경기도 바이오센터 설립 및 지원에 관한 조례｣를 폐지하고 “재단법인 경기바이오센터”와 “재단법인 경기과학기술센터”를 통합하여 “재단법인 경기과학기술진흥원”을 설립하도록 ｢경기도 과학기술진흥원 설립 및 지원에 관한 조례｣를 신설
- 신설된 조례에 따라 “재단법인 경기과학기술진흥원”은 “재단법인 경기바이오센터”와 “재단법인 경기과학기술센터”의 재산과 채권･채무, 수행사업 등을 포괄적으로 승계
나. 질의요지
- 법률에 근거하여 지방자치단체의 조례로 설립된 비영리법인이 해당 조례의 개폐로 통합하는 경우 조직변경에 해당하는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 법인세법 제2조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지 등 양도소득
○ 법인세법 제78조【법인의 조직변경으로 인한 청산소득에 대한 과세특례】
내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다.
1. 「상법」의 규정에 의하여 조직변경하는 경우
2. 특별법에 의하여 설립된 법인이 당해 특별법의 개정 또는 폐지로 인하여 「상법」상의 회사로 조직변경하는 경우
3. 그 밖의 법률에 의하여 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우
○ 법인세법 시행령 제120조의 11【법인의 조직변경 범위】
법 제78조 제3호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 ｢변호사법｣에 의하여 법무법인이 법무법인(유한)으로 조직변경하는 경우와 ｢관세사법｣에 따라 관세사법인이 관세법인으로 조직변경하는 경우를 말한다.
○ 법인세법 기본통칙 3-0…1【비영리내국법인의 납세의무】
비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
○ 3-0…2【해산한 비영리내국법인의 납세의무】
비영리내국법인이 해산한 경우에도 그 청산기간 중 수익사업에서 생긴 소득에 대하여 법인세를 납부할 의무가 있다.
○ 법인세법 제7조 【사업년도의 변경】
① 사업년도를 변경하고자 하는 법인은 그 법인의 직전 사업연도종료일부터 3월이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 이를 신고하여야 한다.
② 법인이 제1항의 규정에 의한 신고를 기한내에 하지 아니한 경우에는 그 법인의 사업년도는 변경되지 아니한 것으로 본다. 다만, 법령에 의하여 사업연도가 정하여지는 법인의 경우 관련 법령의 개정에 따라 사업연도가 변경된 경우에는 제1항의 규정에 의한 신고가 없는 경우에도 당해 법령의 개정내용과 같이 사업연도가 변경된 것으로 본다. <개정 2000.12.29 부칙>
③ 제1항 및 제2항 단서의 규정에 의하여 사업연도가 변경된 경우에는 종전의 사업년도의 개시일부터 변경된 사업연도의 개시일전일까지의 기간에 대하여는 이를 1사업년도로 한다. 다만, 그 기간이 1월미만인 경우에는 변경된 사업연도에 이를 포함한다.
○ 법인세법 기본통칙6-0…1【법인의 조직을 변경한 경우의 사업연도】
｢상법｣ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우에도 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 한다.
○ 경기도 바이오센터 설립 및 지원에 관한 조례
제1조(목적)
이 조례는 ｢과학기술기본법｣ 제21조제3항 및 ｢생명공학육성법｣ 제13조, 같은법 시행령 제12조의 규정과 ｢지방자치법｣ 제9조제2항제3호의 규정에 의하여 바이오산업의 육성 및 진흥을 위하여 경기도 바이오센터의 설립 및 지원에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제3조(경기바이오센터의 설치)
① 경기도지사(이하 “도지사”라 한다)는 바이오산업의 육성을 위하여 경기바이오센터(이하 “센터”라 한다)를 둔다.
② 센터는 「민법」 제32조의 규정에 따른 재단법인으로 한다.
○ 경기개발연구원 설립 및 운영 조례
제1조(목적)
이 조례는 지방자치단체출연연구원의설립및운영에관한법률(이하 “법률”이라 한다)에 따라 경기개발연구원(이하 “연구원”이라 한다)을 설립하고, 연구원의 운영 및 육성에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제2조 (설립)
①도에 경기개발연구원을 둔다.
②연구원은 재단법인으로 한다.
○ 경기도 과학기술진흥원 설립 및 지원에 관한 조례
제1조(목적)
이 조례는 경기도 과학기술진흥원의 설립으로 지역산업의 경쟁력 향상을 위한 과학기술과 정책의 연구ㆍ발굴을 통하여 도민의 복리증진과 과학기술의 발전에 이바지하기 위하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제2조(경기과학기술진흥원의 설치)
① 과학기술진흥의 효율적인 수행을 위하여 경기과학기술진흥원(이하“진흥원”라 한다)을 설립한다.
② 진흥원은 「민법」 제32조의 규정에 따른 재단법인으로 한다.
부칙 제1조(시행일)
이 조례는 2010년 5월 3일부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조는 공포한 날부터 시행한다.
부칙 제6조(임직원에 관한 조치)
① 진흥원의 설립과 동시에 경기바이오센터의 임원은 그 임기가 종료된 것으로 본다.
② 진흥원이 설립된 때에는 그 설립 당시의 경기바이오센터의 직원과 「경기개발연구원 설립 및 운영조례」에 따라 과학기술 진흥을 위한 부대사업을 위하여 설치된 기관(이하 “경기과학기술센터”라 한다)의 직원은 진흥원의 직원으로 본다.
부칙 제7조(해산의 특례)
경기바이오센터는 이 조례에 따른 진흥원의 설립과 동시에 해산된 것으로 본다.
부칙 제8조(권리ㆍ의무의 승계)
① 진흥원은 경기바이오센터와 경기과학기술센터의 재산과 채권ㆍ채무, 그 밖의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한다.
② 등기부와 그 밖의 공부에 표시된 경기바이오센터의 명의는 진흥원의 명의로 본다.
③ 진흥원에 승계된 재산의 가액은 진흥원의 설립일 전일의 장부가액으로 한다.
부칙 제9조(경기바이오센터 등의 사업에 관한 경과조치)
이 조례 시행 전에 경기바이오센터와 경기과학기술센터가 시행한 사업 또는 시행 중인 사업은 진흥원이 시행하였거나 시행 중인 사업으로 본다.
부칙 제10조(도의 출연 등에 관한 경과조치)
① 이 조례 시행 당시 종전의 「경기도 바이오센터 설립 및 지원에 관한 조례」에 따라 도가 경기바이오센터에 출연한 재산은 진흥원에 출연한 것으로 본다.
② 진흥원이 부칙 제8조제1항에 따라 경기바이오센터로부터 승계받은 재산의 장부가액에서 그 부채를 차감하고 남은 금액은 도가 이를 진흥원에 출연한 것으로 본다.
부칙 제11조(일반적 경과조치)
이 조례 시행 당시 종전의 「경기도 바이오센터 설립 및 지원에 관한 조례」에 따른 처분ㆍ절차, 그 밖의 행위는 이 조례에 저촉되지 아니하는 한 이 조례를 따라 행하여진 것으로 본다.
나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 법인세과-936(2009.08.27)
AA공사법 에 의해 설립된 “AA공사”와 BB공단법 에 의해 설립된 “BB공단”이 2010. 1. 1. CC공단법의 시행으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 “CC공단”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것이며, 이 경우 통합일 이전의 2009. 1. 1. ～ 2009.12.31. 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액은 통합 전의 법인이 각각 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것임
○ 법인세과-936(2009.07.14)
관련법령의 변경에 따라 수익사업을 영위하고 있는 3개의 비영리법인이 새로이 하나의 비영리법인으로 통합되는 경우 법인세 신고방법에 대하여는 아래 회신사례를 참고하시기 바람
법인이 상법 ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로,
비영리 내국법인이 관련 법률개정으로 해산하고 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 신설된 비영리법인으로 포괄 승계되어 조직 변경되는 경우, 해산된 비영리법인이 계상한 수입이자로서 손익 귀속사업연도의 미도래로 세무상 익금불산입한 금액은 그 귀속사업연도에 따라 신설된 비영리법인에게 승계되는 것임
○ 법인세과-637(2009.05.28)
공공기관인 “AA진흥원”과 “BB진흥원” 및 CC진흥원”이 ABC에 관한 법률의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 “AA진흥원”으로 그 조직이 변경되는 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임
○ 법인세과-491(2009.04.24)
법인이 상법ㆍ기타 법령의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로, dd법률에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하는 “00진흥원”과 ee법률에 의해 설립된 비영리법인으로 수익사업을 영위하지 않는 “aa진흥원”이 dd법률 의 개정으로 해산됨에 따라 해산법인의 모든 재산과 법률상의 권리·의무가 포괄 승계되어 “cc기술원”으로 조직변경되는 경우 “aa진흥원”의 고유번호증을 반납하고 “00진흥원”의 사업자등록증은 기존의 신고사항 중 법인명·대표자 등 변경된 사항에 대하여 정정신고를 할 수 있는 것임
○ 서면2팀-1005(2008.05.22)
상법ㆍ기타법령 등의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 경우 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속 되는 것으로 보는 것이며, 법인설립신고 및 사업자등록은 기존 신고사항 중 변경된 사항에 대하여 정정신고를 하는 것임 (같은뜻 서면2팀-2141, '07.11.23, 서면2팀-1150, '06.6.19, 법인46012-559, '00.02.28 외 다수)
○ 서면2팀-966, 2006.05.30
석탄산업법에 의해 설립된 ○○사업단이 광산피해의방지및복구에관한법률의 규정에 의하여 ○○사업단으로 조직을 변경한 경우 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보는 것임
○ 서면2팀-75, 2006.01.10
비영리법인이 상법 또는 설립근거법률의 개정에 따라 새로운 법인으로 조직변경 되면서 종전의 수익사업부분을 별도의 대가없이 승계하여 계속 영위하는 경우 조직변경 전의 법인세법 제13조 제1항의 규정에 의한 이월결손금 및 세무조정시 사내유보로 처분된 금액은 조직변경 후의 법인에 승계되는 것이며, 조직변경 전의 법인해산등기 또는 조직변경 후의 법인설립등기에 관계없이 당해 법인의 사업연도는 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것임
○ 서이46012-10911(2002.04.30)
한국공항공단법에 의해 설립된 ○○공단이 동법의 폐지에 따라 한국공항공사법에 의해 설립된 ○○공사에게 모든 재산과 권리·의무를 포괄승계하는 경우에는 법인세법 제78조 규정에 의한 조직변경으로 보아 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 아니함