1. 질의내용 요약

가. 질의요지

○ 우리사주소득공제를 받은 근로자가 퇴직 후 자사주를 인출하여 근로소득으로 과세되는 경우 원천징수 및 연말정산 방법

나. 사실관계

○ 2007년 우리사주조합원이 자사주 취득을 위하여 우리사주조합에 출자

 - 우리사주 출연금에 대한 소득공제를 받은 후 일부 근로자 퇴직

 - 2010년 우리사주조합의 주식을 모두 인출 및 우리사주인출 및 과세명세서 제출

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 조세특례제한법 제88조의4【우리사주조합원 등에 대한 과세특례】

① 「근로자복지기본법」에 따른 우리사주조합원(이하 “우리사주조합원”이라 한다)이 자사주를 취득하기 위하여 같은 법에 따른 우리사주조합(이하 “우리사주조합”이라 한다)에 출자하는 경우에는 해당 연도의 출자금액과 400만원 중 적은 금액을 해당 연도의 근로소득금액에서 공제한다.

⑤ 우리사주조합원이 우리사주조합으로부터 배정받은 자사주를 인출하는 경우에는 인출하는 자사주에서 다음 각 호의 자사주를 제외한 것(이하 이 조에서 “과세인출주식”이라 한다)에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “인출금”이라 한다)을 「소득세법」 제20조에 따른 근로소득으로 보고 소득세를 부과한다. 이 경우 그 소득의 수입시기는 그 자사주의 인출일로 하고, 해당 법인은 인출금에 「소득세법」 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 원천징수하여야 한다.

 1. 제1항에 따라 소득공제를 받지 아니한 출자금액으로 취득한 자사주

 2. 제4항 전단에 따른 자사주

 3. 잉여금을 자본에 전입함에 따라 우리사주조합원에게 무상으로 지급된 자사주

⑥ 우리사주조합원의 과세인출주식에 대한 인출금의 경우 자사주의 보유기간에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 상당하는 금액에 대해서는 소득세를 부과하지 아니한다. 이 경우 자사주의 보유기간은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권금융회사(이하 이 조에서 “증권금융회사”라 한다)의 우리사주조합원별 계정에 의무적으로 예탁하여야 하는 기간의 종료일의 다음 날부터 인출한 날까지의 기간으로 한다.

 1. 과세인출주식을 2년 이상 4년 미만 보유하는 경우 인출금의 100분의 50에 상당하는 금액

 2. 과세인출주식을 4년 이상 보유하는 경우 인출금의 100분의 75에 상당하는 금액

⑦ 우리사주조합원이 출연금을 자사주 취득에 사용하지 아니하고 인출하는 경우에는 해당 금액(제1항에 따라 소득공제를 받지 아니한 것은 제외한다)을 제5항에 따른 인출금에 포함한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제82조의4【우리사주조합원 등에 대한 과세특례】

④ 법 제88조의 4 제5항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 동항의 규정에 의한 과세인출주식의 매입가액 등과 당해 주식의 인출일 현재 시가 중 적은 금액(당해 법인이 파산선고를 받은 경우에는 0원)을 말한다.

⑤ 법 제88조의 4 제5항 및 제6항의 규정에 의한 과세인출주식의 수 및 보유기간 등을 계산함에 있어서는 우리사주조합원에게 먼저 배정된 자사주(동시에 배정된 자사주의 경우에는 과세대상주식외의 자사주)를 먼저 인출하는 것으로 본다.

⑬ 법 제88조의 4 제3항 및 제4항의 규정에 의한 당해 법인은 기획재정부령이 정하는 우리사주인출 및 과세명세서를 당해 자사주의 인출일이 속하는 연도의 다음연도 2월말(휴업 또는 폐업의 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

○ 소득세법 제55조 【세율】

① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

 1. 2010년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간에 발생하는 소득분

2. 2012년 1월 1일 이후 발생하는 소득분

○ 소득세법 제128조【원천징수세액의 납부】

① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 상시고용인원 수 및 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 반기(半期)의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다.

○ 소득세법 제129조【원천징수세율】

① 원천징수의무자가 제127조 제1항 각 호에 따른 소득을 지급하여 소득세를 원천징수할 때 적용하는 세율(이하 “원천징수세율”이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따른다.

 4. 근로소득에 대해서는 기본세율. 다만, 일용근로자의 근로소득에 대해서는 100분의 8로 한다.

○ 소득세법 제70조 【종합소득과세표준 확정신고】

① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

 1. 근로소득만 있는 자

② 2인 이상으로부터 받는 근로소득, 연금소득, 퇴직소득 또는 제1항제4호에 따른 소득이 있는 자(일용근로자는 제외한다)에 대해서는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조, 제138조 또는 제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대해서는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】

① 주된 근무지의 원천징수의무자가 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 이를 받는 사람의 해당 과세기간의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 해당 과세기간의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용한 금액을 종합소득과세표준으로 하여 종합소득 산출세액을 계산하고, 그 세액에서 다음 각 호에 따른 세액공제를 한 후 해당 과세기간에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 남은 금액을 원천징수한다.

③ 2인 이상으로부터 급여를 받은 사람(일용근로자는 제외한다)의 종된 근무지의 원천징수의무자가 소득세를 원천징수할 때에는 종된 근무지에서 지급하는 해당 과세기간의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득 산출세액에서 그 과세기간에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

○ 소득세법 제138조 【재취직자에 대한 근로소득세액의 연말정산】

① 해당 과세기간 중도에 취직한 사람에게 근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 그 근로소득자를 고용한 날이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 지급할 때에 제141조에 따라 그 근로소득자가 이전 근무지에서 해당 과세기간의 1월부터 퇴직한 날이 속하는 달까지 받은 근로소득을 포함하여 제140조제1항에 따른 근로소득자 소득공제신고서를 제출한 경우에는 이전 근무지에서 받은 근로소득과 합산하여 제137조에 따라 소득세를 원천징수한다.

② 해당 과세기간 중도에 퇴직한 근로소득자로서 제137조에 따라 소득세를 납부한 후 다시 취직하고 그 과세기간의 중도에 또다시 퇴직한 자에 대한 소득세의 원천징수에 관하여는 제1항을 준용한다

○ 소득세법 시행령 제199조 【2이상의 근무지가 있는 경우의 근무지의 신고 및 연말정산】

① 2이상의 사용자로부터 근로소득을 받는 자는 그 근로소득을 지급받기 전에 주된 근무지와 종된 근무지를 정하여 기획재정부령이 정하는 근무지(변동)신고서를 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 근무지를 신고한 자의 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 합계한 금액에 대하여 제196조의 규정을 준용하여 연말정산을 한다. 이 경우에 그 영수증을 교부한 종된 근무지의 원천징수의무자는 당해 근로소득자에 대하여 연말정산을 하지 아니하여도 된다.

⑤ 2이상의 사용자로부터 근로소득을 받은 자가 제1항의 근무지(변동)신고서를 제출하지 아니하였거나 제3항의 규정에 의한 종된 근무지의 원천징수영수증을 제출하지 아니한 때에는 주된 근무지 또는 종된 근무지의 원천징수의무자는 각각 그 근로소득자에 대하여 제196조의 규정에 의한 연말정산을 하여야 한다.

○ 소득세법 기본통칙 137-1 【근로소득을 추가지급한 때의 연말정산】

 원천징수의무가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 당해 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 근로소득세액의 연말정산을 다시 하여야 한다.

나. 관련사례

○ 원천-621, 2010.07.29

우리사주조합원이 우리사주조합으로부터 배정받은 자사주를 인출하여 「조세특례제한법」제88조의4제5항에 따라 해당 법인이 인출금을 근로소득으로 보는 경우, 해당 법인은 원천징수 시 「소득세법」제50조에 따른 기본공제 등을 적용하지 아니하고 같은 법 제55조제1항에 따른 세율을 적용하는 것임

○ 서면1팀-466, 2006.04.12

조세특례제한법 제88조의 4(우리사주조합원 등에 대한 과세특례) 규정에 의하여 우리사주출연금에 대하여 연말정산시 소득공제를 받고, 그 중 일부직원이 출연금으로 배정받은 주식을 인출할 때, 당해 법인은 소득세법 제20조의 규정에 의한 근로소득으로 보아 자사주의 인출일을 수입시기로 하여 소득세법 제55조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 원천징수하여야 하는 것임

○ 서이46013-11257, 2003.07.03

우리사주조합원이 우리사주조합에 출연한 출연금에 대하여 소득공제를 받은 출연금으로 취득한 자사주를 조합원이 당해 법인을 퇴사시 인출하지 아니하고 보유기간 3년 이내에 인출하는 경우 자사주의 인출하는 시점에서 근로소득으로 보아 당해 법인이 원천징수하여야 하는 것이며, 과세인출주식의 인출일 현재 상속세및증여세법 제63조 제1항 및 제2항을 준용하여 평가한 시가와 매입가액 중 적은 금액을 근로소득으로 보는 것임.

○ 서이46013-10529, 2003.03.17

원천징수의무자는 근로자가 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에 퇴직하는 달까지의 당해 연도의 근로소득금액에 대하여 소득세법 제137조의 규정에 의하여 연말정산을 하여야 하는 것임

○ 소득46011-61, 2000.01.15

원천징수의무가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 당해 과세기간 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 소득세법 기본통칙 137-1의 규정에 의하여 근로소득세액의 연말정산을 다시 하는 것임

○ 소득46011-209, 1999.10.21

1. 근로소득만이 있는 거주자는 소득세법 제73조 제1항 제1호에 의하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있으나

2. 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자(일용근로자 제외)가 소득세법 제137조ㆍ제138조의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 아니한 경우에는 같은 법 제73조 제2항에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 하는 것임