1. 질의내용

가. 사실관계

1.연말정산 경정청구 등 관할세무서 및 가산세 적용 여부

 ○ 당 법인은 은행업을 영위하는 내국법인으로 연말정산 수행 후 일부 임직원으로부터 연말정산 공제서류 미제출로 인한 소득세 과다납부 또는 소득공제 과다공제로 인한 소득세 과소납부를 수정할 수 있도록 하는 시스템 구축 작업을 하고 있음

 ○ 당 법인은 시스템 구축 이후에는 각 임직원이 직접 소득세법 제70조의 종합소득 과세표준확정신고, 국세기본법에 따른 수정신고 및 경정청구를 직접 수행하도록 할 예정임

2.장기주택저당차입금 이자상환액 공제 여부

 ○ 2005.12.31. 개정전 소득세법(2004.12.31. 법률7319호) 제52조 제3항 및 제4항은 “거주자가 2주택 이상을 소유한 경우에는 본인이 실제 거주한 주택에 한하여 당해 주택에 거주하는 기간동안 발생한 장기주택저당차입금의 이자상환액에 대하여 특별공제를 적용하는 것”으로 규정하고 있었음

 ○ 2005.12.31. 소득세법 개정(법률 제7873호) 규정은 “거주자가 2주택 이상을 보유하게 된 경우에는 그 보유기간이 속하는 과세연도에 지급한 이자상환액은 근로소득금액에서 공제하지 아니하는 것”으로 특별공제 대상을 축소하였음

    다만, 관련 부칙(2005.12.31. 법률제7837호) 제10조에 따르면 “당해 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 가입하거나 대출받은 분부터 적용하는 것”으로 규정

 ○ 2007.12.31. 소득세법 개정(법률 제8825호) 규정은 “세대구성원이 보유한 주택을 포함하여 거주자가 과세기간 종료일 현재 2주택 이상을 보유하거나 해당 과세기간에 2주택 이상을 보유한 기간이 3개월을 초과한 경우에는 그 보유기간이 속하는 과세기간에 지급한 이자상환액은 근로소득금액에서 공제하지 아니하는 것”으로 하여 과세기간 중 일시적 2주택 소유자에 대해서는 특별공제가 허용 되었음. 이와 관련한 부칙(2007.12.31. 법률 제8825호) 제10조 제5항에 따르면 “개정 규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간부터 적용하는 것” 으로 규정

나. 질의내용

1.연말정산 경정청구 등 관할세무서 및 가산세 적용 여부

 ○ 연말정산시 소득공제 자료 미제출에 따라 소득세를 과다하게 납부한 임직원이 국세기본법 상 경정청구 시 관할세무서는 어디인지

 ○ 연말정산시 소득공제를 과다하게 받은 임직원이 종합소득 확정신고시 수정하여 신고하는 경우 가산세 적용 여부

2.장기주택저당차입금 이자상환액 공제 여부

 ○ 2005.12.31. 이전에 이미 2주택 보유자로서 2006년과 2007년 과세기간 동안 2005.12.31. 소득세법(법률 제7837호)의 개정 부칙에 따라 본인 거주 주택분 장기주택저당차입금 상환이자를 특별공제를 받던 근로자가 2007.12.31. 개정된 소득세법(법률 제8825호) 규정 및 부칙 하에서 2008년 및 그 이후 과세기간에 장기주택저당차입금 상환이자를 소득공제 받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 국세기본법 제43조【과세표준신고의 관할】

  ① 과세표준신고서는 신고 당시 해당 국세의 납세지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 전자신고를 하는 경우에는 지방국세청장이나 국세청장에게 제출할 수 있다.

○ 소득세법 제6조 【납세지】

  ① 거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 한다. 다만, 주소지가 없는 경우에는 그 거소지로 한다.

○ 소득세법 제70조【종합소득과세표준 확정신고】

   ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. <개정 2010.12.27 부칙>

   ② 삭제 <2010.12.27 부칙>

   ③ 제1항에 따른 신고를 "종합소득 과세표준확정신고"라 한다.

○ 국세기본법 제47조의 3【과소신고가산세】

   ① 납세자(「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 국세기본법 제47조의 5【납부ㆍ환급불성실가산세】

   ① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

        납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

나. 관련사례

○ 서면인터넷방문상담1팀-23 (2006.01.06)

   근로소득만 있는 거주자는 소득세법 제73조 제1항 제1호에 의하여 같은 법 제70조의 규정에 의한 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있으나, 2인 이상으로부터 받는 근로소득이 있는 자(일용근로자 제외)가 같은 법 제137조 및 제138조의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 않은 경우에는 같은 법 제73조 제2항의 규정에 의하여 종합소득 과세표준확정신고를 하여야 하는 것이며,

   거주자가 소득세법 제70조의 규정에 의한 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니하고 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 때에는 각각 같은 법 제81조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 결정세액에 가산하는 것입니다.

○ 원천세과-338 (2009.04.15.)

   「소득세법」(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제52조 제3항에 따라 2005.12.31. 이전에 차입한 장기주택저당차입금이 있는 2주택 보유의 거주자가 같은 법 같은 조 제4항 제2호에 따라 본인이 실제 거주한 주택에 한하여 동 규정에 따른 주택자금공제를 적용받고 있는 경우에는 2008.1.1. 이후에도 「소득세법」(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정 된 것) 부칙 제10조에 따라 소득공제를 적용받을 수 있는 것임.

○ 서면1팀-190 (2007.02.01.) (2005.12.31. 이전 2주택자의 계속 소득공제 가능 질의)

   귀 질의의 2005.12.31. 이전에 차입한 장기주택저당차입금의 경우, 거주자가 2주택 이상을 소유한 경우에는 본인이 실제 거주한 주택에 한하여 당해 주택에 거주하는 기간 동안 발생한 장기주택저당차입금의 이자상환액에 대하여 소득세법 제52조 제3항의 규정을 적용하는 것임.